barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_8922_PI390587928

Source Contig U35_1006

barSeed

Links

Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_8922_PI390587928	Hv_44K_v2	TAATGTGATAGTGTATAGGCCTTCTTTCTGGGGACCTACTGCTCAACTACTGCACTCCTT	281	GeneList: None MasterList: None

Probe Values

This probe has no recorded values for this experiment

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	AK361403	1405	2e-24	1316 - 1375	100	60 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612 ABC49982
MLOC	AK371872	1144	2e-24	964 - 1023	100	60 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612 ABC49982
MLOC	MLOC_59230.1	252	2e-24	141 - 200	100	60 / 60	minus	ABC03062 ABC03063 ABC03065 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612
MLOC	AK358750	2290	7e-23	2206 - 2265	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03064 ABC03066 ABC03067 ABC03074 ABC32612
MLOC	AK360668	1519	7e-23	1435 - 1494	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03065 ABC03066 ABC03067 ABC03074 ABC32612
MLOC	AK360294	2129	7e-23	2021 - 2080	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03064 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612
MLOC	AK365517	2421	7e-23	2290 - 2349	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03064 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612
MLOC	AK369982	2078	7e-23	1942 - 2001	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03064 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612
MLOC	AK364453	2668	7e-23	2595 - 2654	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03064 ABC03066 ABC03067 ABC03074 ABC32612
MLOC	MLOC_79668.1	281	7e-23	69 - 128	98	59 / 60	minus	ABC03062 ABC03063 ABC03065 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612 ABC41046
MLOC	MLOC_62063.1	348	7e-23	267 - 326	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03065 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612 ABC41046
MLOC	MLOC_62063.2	182	7e-23	102 - 161	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03065 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612 ABC41046
MLOC	MLOC_52931.1	320	7e-23	164 - 223	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03065 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612 ABC41046
MLOC	MLOC_32655.1	764	7e-23	135 - 194	98	59 / 60	minus	ABC03062 ABC03063 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612 ABC49982
MLOC	MLOC_27292.1	443	7e-23	103 - 162	98	59 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612
MLOC	AK363837	4543	3e-21	4459 - 4518	97	58 / 60	plus	ABC03062 ABC03063 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612
MLOC	MLOC_29724.1	369	3e-21	156 - 215	97	58 / 60	minus	ABC03062 ABC03063 ABC03066 ABC03067 ABC03070 ABC03074 ABC32612
JLOC1	JLOC1_53049.1	240	4e-23	41 - 100	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_40596.1	424	4e-23	211 - 270	98	59 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_33958.1	257	4e-23	163 - 222	98	59 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_358.1	203	4e-23	75 - 134	98	59 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_19743.1	391	2e-21	178 - 237	97	58 / 60	minus
Harvest21	ABC32612	356	3e-25	164 - 223	100	60 / 60	plus	ABC32612
Harvest21	ABC03062	410	3e-25	309 - 368	100	60 / 60	plus	ABC03062
Harvest21	ABC03067	1427	1e-23	1281 - 1340	98	59 / 60	plus	ABC03067
Harvest21	ABC03063	663	1e-23	427 - 486	98	59 / 60	plus	ABC03063
Harvest21	ABC03074	730	2e-21	485 - 543	97	58 / 60	plus	ABC03074
Harvest35	U35_1006	383	3e-25	282 - 341	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_1004	1415	1e-23	1222 - 1281	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_997	1699	1e-23	1598 - 1657	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_996	663	1e-23	427 - 486	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_1007	806	2e-21	731 - 789	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_1005	730	2e-21	485 - 543	97	58 / 60	plus

Contig Sequence (383 bp)

>U35_1006 383 Hv_44K_v2
GCACGAGGCGGATAACGGTCACTGGCTGCTCCACAACAACGACAAGCACGACGGCCTTGA
CGAAGTTGTCTGCCGCCGACACCGAAGAGCAAGCCCGCCTTCTCCAGACTTGCATGACGG
GAGGGGAGGGGGCGACCACTGCCTCCTTCACACACCAAGCCGCCGACACCGAAGAGCAAG
CCCGCCTTCTCCAAAGTTTGCAAAGAAGCTTTACGTTCAGGGCATGGTTGTTTGTAGAGA
GTGGCGGACACTACTTTGATCCTTTGACATATAGTTCTTCATAATGTGATAGTGTATAGG
CCTTCTTTCTGGGGACCTACTGCTCAACTACTGCACTCCTTGGCTGCTATCGATCAAAAA
ATTTACAAAAAAAAAAAAAAAAA

Homology of Contig U35_1006 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None