barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_4631_PI390587928

Source Contig U35_23

barSeed

Links

Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_4631_PI390587928	Hv_44K_v2	TCACAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAATGTTGCCAACAACTG	407	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.014	0.013	0.154	2.652	6.044	10.365
Raw	11.774	13.727	190.633	4836.237	3864.997	7285.270

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_28499.1	321	7e-23	98 - 154	100	57 / 57	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_27672.1	236	7e-23	28 - 84	100	57 / 57	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_47363.1	407	3e-21	148 - 204	98	56 / 57	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_22496.1	998	3e-21	680 - 739	97	58 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52892 ABC53012
JLOC1	JLOC1_19111.1	321	4e-23	98 - 154	100	57 / 57	plus
JLOC1	JLOC1_18660.1	236	4e-23	28 - 84	100	57 / 57	plus
JLOC1	JLOC1_30552.1	407	2e-21	148 - 204	98	56 / 57	minus
JLOC1	JLOC1_15597.1	860	2e-21	542 - 601	97	58 / 60	minus
Harvest21	ABC29829	634	3e-25	408 - 467	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00765	1240	3e-25	716 - 775	100	60 / 60	plus	ABC00765
Harvest21	ABC43735	571	1e-24	230 - 288	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC45296	454	1e-23	398 - 454	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC45054	661	1e-23	479 - 535	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC43850	600	1e-23	352 - 408	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC43599	457	1e-23	399 - 455	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC43556	512	1e-23	323 - 379	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC34484	676	1e-23	233 - 289	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC34437	730	1e-23	521 - 577	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC34324	711	1e-23	379 - 435	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC34302	692	1e-23	455 - 511	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC34299	678	1e-23	268 - 324	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC34033	632	1e-23	185 - 241	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC33042	660	1e-23	513 - 569	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC32931	522	1e-23	343 - 399	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC32929	551	1e-23	495 - 551	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC32832	508	1e-23	322 - 378	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC32804	541	1e-23	455 - 511	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC32652	628	1e-23	497 - 553	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC32270	468	1e-23	278 - 334	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC29837	681	1e-23	399 - 455	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00781	1172	1e-23	586 - 642	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00761	832	1e-23	607 - 663	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00574	502	1e-23	388 - 444	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00563	650	1e-23	378 - 434	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00552	535	1e-23	415 - 471	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00549	868	1e-23	345 - 401	100	57 / 57	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00534	545	1e-23	398 - 454	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00531	704	1e-23	345 - 401	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00530	1096	1e-23	525 - 581	100	57 / 57	plus	ABC00530
Harvest21	ABC00523	1235	1e-23	650 - 706	100	57 / 57	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00506	1202	1e-23	622 - 678	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00505	620	1e-23	432 - 488	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00304	437	1e-23	319 - 375	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00302	713	1e-23	383 - 439	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00301	970	1e-23	391 - 447	100	57 / 57	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00289	622	1e-23	519 - 575	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00287	630	1e-23	517 - 573	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00283	671	1e-23	483 - 539	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00259	1011	1e-23	436 - 492	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00256	591	1e-23	478 - 534	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00247	580	1e-23	492 - 548	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00246	597	1e-23	496 - 552	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00244	620	1e-23	501 - 557	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00211	1515	1e-23	612 - 668	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC00022	505	1e-23	423 - 479	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC28956	605	6e-22	406 - 462	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC00772	662	6e-22	475 - 531	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC00577	1091	6e-22	509 - 565	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC00540	977	6e-22	402 - 458	98	56 / 57	plus	ABC00540
Harvest21	ABC00516	993	6e-22	404 - 463	97	58 / 60	plus	ABC00516
Harvest21	ABC00069	963	6e-22	379 - 438	97	58 / 60	plus	ABC00069
Harvest21	ABC45271	329	2e-21	256 - 311	98	55 / 56	plus
Harvest35	U35_23	634	3e-25	408 - 467	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_8	678	3e-25	478 - 537	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_45205	571	1e-24	230 - 288	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_45111	512	1e-23	323 - 379	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_38457	730	1e-23	521 - 577	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_38360	692	1e-23	455 - 511	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_38357	678	1e-23	268 - 324	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_38176	632	1e-23	185 - 241	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_37280	660	1e-23	513 - 569	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_37216	522	1e-23	343 - 399	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_37214	551	1e-23	495 - 551	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_37159	508	1e-23	322 - 378	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_37143	541	1e-23	455 - 511	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_329	617	1e-23	498 - 554	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_318	977	1e-23	534 - 590	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_227	661	1e-23	479 - 535	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_207	905	1e-23	397 - 453	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_206	602	1e-23	354 - 410	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_204	706	1e-23	345 - 401	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_203	583	1e-23	525 - 581	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_197	1206	1e-23	622 - 678	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_196	685	1e-23	433 - 489	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_115	711	1e-23	379 - 435	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_109	630	1e-23	517 - 573	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_106	671	1e-23	483 - 539	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_88	720	1e-23	436 - 492	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_77	633	1e-23	502 - 558	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_68	955	1e-23	558 - 614	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_24	729	1e-23	399 - 455	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_29600	605	6e-22	406 - 462	98	56 / 57	plus
Harvest35	U35_302	1080	6e-22	842 - 898	98	56 / 57	plus
Harvest35	U35_211	984	6e-22	402 - 458	98	56 / 57	plus
Harvest35	U35_82	1085	6e-22	501 - 557	98	56 / 57	plus
Harvest35	U35_25	939	6e-22	379 - 438	97	58 / 60	plus

Contig Sequence (634 bp)

>U35_23 634 Hv_44K_v2
CATTTTCACAACAGCCCATCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACCACAACCAT
TTCCACAACAGCCCATCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACCACAACCATTTC
CACAACAACCCATCCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCTTCCCATCACAAC
AACCATTTCCACAACAACCACCATTTTGGCAACAACAACCAGTTCTATCGCAGCAACAAC
CATGTACACAAGACCAAAGACCACTCCTACAAGAACAACAAGATCAAATGCTTGTGCAAG
TACAAATACCATTTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCC
TCCAGCAGCAGTGTAGCCCTGTGGCAATGTCACAACGTATTGCAAGGTCACAAATGTTGC
AACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAATGTTGCCAACAACTGCCGCAAATCCCCG
AACAAATCCGCCATGAGGCAGTCCGTGCAATCGTCTACTCTATCGTCCTGCAAGAACAAC
CCCTACAATTGGTCCAAGGTGTCTCCCAACCCCAACAACAGTCACAACAGCAACAAGTCG
GACAATGTTCTTTCCAACAACCTCAACCACAACA

Homology of Contig U35_23 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None