barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_37700_PI390587928

Source Contig U35_78

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_37700_PI390587928	Hv_44K_v2	TTATTGCTAGGTCGCAAATGTTGCAGCAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAATGTT	385	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.013	0.014	0.160	2.806	6.700	11.079
Raw	22.239	39.482	489.610	12353.387	10642.010	19285.567

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_75622.1	1651	6e-24	1272 - 1330	100	59 / 59	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
MLOC	MLOC_22764.1	1083	7e-23	496 - 555	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00295 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC53012
MLOC	MLOC_22496.1	998	7e-23	691 - 750	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52892 ABC53012
MLOC	MLOC_47363.1	407	3e-22	159 - 217	98	58 / 59	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_6381.1	1035	3e-21	517 - 576	97	58 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
JLOC1	JLOC1_50450.1	1084	3e-24	705 - 763	100	59 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_15771.1	1131	4e-23	544 - 603	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_15597.1	860	4e-23	553 - 612	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_30552.1	407	1e-22	159 - 217	98	58 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_4154.1	1067	2e-21	540 - 599	97	58 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_29821.1	840	6e-21	160 - 218	97	57 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_29820.1	602	6e-21	385 - 443	97	57 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_19111.1	321	6e-21	85 - 143	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34277	573	3e-25	456 - 515	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32998	547	3e-25	281 - 340	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32822	570	3e-25	366 - 425	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00763	763	3e-25	497 - 556	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00582	689	3e-25	308 - 367	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00543	1036	3e-25	431 - 490	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00524	874	3e-25	562 - 621	100	60 / 60	plus	ABC00524
Harvest21	ABC00296	861	3e-25	392 - 451	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00292	684	3e-25	390 - 449	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00285	1008	3e-25	406 - 465	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00266	565	3e-25	355 - 414	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00264	895	3e-25	516 - 575	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00241	1119	3e-25	523 - 582	100	60 / 60	plus	ABC00241
Harvest21	ABC00240	798	3e-25	386 - 445	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00232	1132	3e-25	546 - 605	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00214	698	3e-25	379 - 438	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC53012	868	1e-24	328 - 386	100	59 / 59	plus	ABC53012
Harvest21	ABC45271	329	1e-24	243 - 301	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC44715	490	1e-24	419 - 477	100	59 / 59	plus
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Harvest21	ABC00528	602	1e-24	253 - 311	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00508	596	1e-24	378 - 436	100	59 / 59	plus
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Harvest21	ABC34461	633	1e-23	314 - 373	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC34159	548	1e-23	344 - 403	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC33110	491	1e-23	301 - 360	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC32454	684	1e-23	428 - 487	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32452	588	1e-23	502 - 561	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32292	582	1e-23	378 - 437	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC00818	1411	1e-23	775 - 834	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC00252	701	1e-23	459 - 518	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00243	589	1e-23	319 - 378	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC52905	672	5e-23	324 - 382	98	58 / 59	plus
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Harvest21	ABC00751	669	5e-23	329 - 387	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00577	1091	5e-23	496 - 554	98	58 / 59	plus
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Harvest21	ABC52772	597	6e-22	434 - 493	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52700	548	6e-22	484 - 543	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC44012	492	6e-22	325 - 384	97	58 / 60	plus
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Harvest21	ABC00795	785	6e-22	530 - 589	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00785	999	6e-22	404 - 463	97	58 / 60	plus	ABC00785
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Harvest21	ABC00548	638	6e-22	388 - 447	97	58 / 60	plus
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Harvest21	ABC45296	454	2e-21	385 - 443	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC45054	661	2e-21	466 - 524	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC43850	600	2e-21	339 - 397	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC43599	457	2e-21	386 - 444	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC43556	512	2e-21	310 - 368	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34484	676	2e-21	220 - 278	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34437	730	2e-21	508 - 566	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34324	711	2e-21	366 - 424	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34302	692	2e-21	442 - 500	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34299	678	2e-21	255 - 313	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34033	632	2e-21	172 - 230	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC33042	660	2e-21	500 - 558	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32931	522	2e-21	330 - 388	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32929	551	2e-21	482 - 540	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32832	508	2e-21	309 - 367	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32804	541	2e-21	442 - 500	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32652	628	2e-21	484 - 542	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32270	468	2e-21	265 - 323	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC29837	681	2e-21	386 - 444	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00781	1172	2e-21	573 - 631	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00776	600	2e-21	346 - 404	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00761	832	2e-21	594 - 652	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00574	502	2e-21	375 - 433	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00559	906	2e-21	318 - 376	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00534	545	2e-21	385 - 443	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00531	704	2e-21	332 - 390	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00530	1096	2e-21	512 - 570	97	57 / 59	plus	ABC00530
Harvest21	ABC00523	1235	2e-21	637 - 695	97	57 / 59	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00506	1202	2e-21	609 - 667	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00505	620	2e-21	419 - 477	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00502	1071	2e-21	487 - 545	97	57 / 59	plus	ABC00502
Harvest21	ABC00304	437	2e-21	306 - 364	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00302	713	2e-21	370 - 428	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00301	970	2e-21	378 - 436	97	57 / 59	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00287	630	2e-21	504 - 562	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00283	671	2e-21	470 - 528	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00259	1011	2e-21	423 - 481	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00256	591	2e-21	465 - 523	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00247	580	2e-21	479 - 537	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00244	620	2e-21	488 - 546	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00211	1515	2e-21	599 - 657	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00022	505	2e-21	410 - 468	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_38169	608	3e-25	406 - 465	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37256	547	3e-25	281 - 340	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_75	1141	3e-25	543 - 602	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_38249	702	1e-23	446 - 505	98	59 / 60	plus
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Harvest35	U35_321	1089	5e-23	482 - 540	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_312	1046	5e-23	698 - 756	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_306	693	5e-23	420 - 478	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_304	577	5e-23	420 - 478	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_300	669	5e-23	329 - 387	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_211	984	5e-23	389 - 447	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_82	1085	5e-23	488 - 546	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_50642	578	6e-22	458 - 517	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_50517	548	6e-22	484 - 543	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_45148	629	6e-22	434 - 493	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_327	631	6e-22	424 - 483	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_319	724	6e-22	404 - 463	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_213	638	6e-22	387 - 446	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_50663	557	2e-21	153 - 211	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_45111	512	2e-21	310 - 368	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_38457	730	2e-21	508 - 566	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_38360	692	2e-21	442 - 500	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_38357	678	2e-21	255 - 313	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_38176	632	2e-21	172 - 230	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_37280	660	2e-21	500 - 558	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_37216	522	2e-21	330 - 388	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_37214	551	2e-21	482 - 540	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_37159	508	2e-21	309 - 367	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_37143	541	2e-21	442 - 500	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_329	617	2e-21	485 - 543	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_318	977	2e-21	521 - 579	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_313	934	2e-21	346 - 404	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_227	661	2e-21	466 - 524	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_218	599	2e-21	318 - 376	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_207	905	2e-21	384 - 442	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_206	602	2e-21	341 - 399	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_203	583	2e-21	512 - 570	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_197	1206	2e-21	609 - 667	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_196	685	2e-21	420 - 478	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_109	630	2e-21	504 - 562	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_106	671	2e-21	470 - 528	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_88	720	2e-21	423 - 481	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_77	633	2e-21	489 - 547	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_68	955	2e-21	545 - 603	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_24	729	2e-21	386 - 444	97	57 / 59	plus

Contig Sequence (488 bp)

>U35_78 488 Hv_44K_v2
GCAAAACCAAGAAACACTAGTTAACACCAATCCACTATGAAGACCTTCCTCATCTTTGCA
CTCCTCGCCATTGCGGCAACAAGTACGATTGCACAGCAACAACCATTTCCACAACAACCC
ATCCCACAACAGCCACAACCATACCCACAACAACCACAACCATATCCACAACAACCCTTC
CAACCGCAACAACCATTTCCACAACAAACCATCCCACAACAACAACAACCATGTACACCA
CAACAAACACCACTCCCACAAGGACAACTGTACCAAACGCTTCTGCAACTACAAATACCC
TATGTTCAACCATCTATTTTGCAACAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAG
TGCAGCCCCGTGCGAATGCCACAACTTATTGCTAGGTCGCAAATGTTGCAGCAGAGCAGT
TGCCATGTGTTGCAGCAACAATGTTGCCAGCAACTGCCGCAAATCCCCGAACAATTCCGC
CATGAGGC

Homology of Contig U35_78 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None