barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_37660_PI390587928

Source Contig U35_88

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_37660_PI390587928	Hv_44K_v2	TTTCCAACAACCTCAACCACAACAGGGTCAACAACAGCAAGTGCCACAGAGTGTTTTCTT	635	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.014	0.013	0.180	2.359	5.042	6.705
Raw	112.707	157.678	3057.793	54899.500	43979.500	64422.300

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_30835.1	717	2e-24	268 - 327	100	60 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52892 ABC53012
MLOC	MLOC_355.1	568	2e-24	54 - 113	100	60 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52611 ABC52892 ABC53012
JLOC1	JLOC1_20348.1	626	8e-25	268 - 327	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_226.1	512	8e-25	54 - 113	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34484	676	3e-25	433 - 492	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34324	711	3e-25	579 - 638	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34299	678	3e-25	468 - 527	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34033	632	3e-25	385 - 444	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC29810	599	3e-25	236 - 295	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00781	1172	3e-25	786 - 845	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00765	1240	3e-25	919 - 978	100	60 / 60	plus	ABC00765
Harvest21	ABC00563	650	3e-25	578 - 637	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00556	682	3e-25	363 - 422	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00549	868	3e-25	545 - 604	100	60 / 60	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00531	704	3e-25	545 - 604	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00530	1096	3e-25	726 - 785	100	60 / 60	plus	ABC00530
Harvest21	ABC00523	1235	3e-25	850 - 909	100	60 / 60	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00506	1202	3e-25	822 - 881	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00502	1071	3e-25	700 - 759	100	60 / 60	plus	ABC00502
Harvest21	ABC00302	713	3e-25	583 - 642	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00301	970	3e-25	591 - 650	100	60 / 60	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00259	1011	3e-25	636 - 695	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00211	1515	3e-25	812 - 871	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC52941	477	1e-23	200 - 256	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC44727	531	1e-23	333 - 389	100	57 / 57	minus	ABC44727
Harvest21	ABC37418	411	1e-23	75 - 131	100	57 / 57	plus
Harvest21	ABC32949	440	1e-23	73 - 129	100	57 / 57	plus	ABC32949
Harvest21	ABC00811	560	1e-23	168 - 227	98	59 / 60	plus	ABC00811
Harvest21	ABC00793	1091	1e-23	705 - 764	98	59 / 60	plus	ABC00793
Harvest21	ABC00783	801	1e-23	629 - 688	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00757	605	1e-23	469 - 528	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00577	1091	1e-23	709 - 768	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00567	616	1e-23	234 - 293	98	59 / 60	plus	ABC00567
Harvest21	ABC00540	977	1e-23	602 - 661	98	59 / 60	plus	ABC00540
Harvest21	ABC00305	1030	1e-23	699 - 758	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC29837	681	5e-23	599 - 657	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC52954	557	2e-22	290 - 344	100	55 / 55	plus
Harvest21	ABC00799	681	2e-21	629 - 681	100	53 / 53	plus
Harvest35	U35_38357	678	3e-25	468 - 527	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38176	632	3e-25	385 - 444	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_30098	599	3e-25	236 - 295	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_318	977	3e-25	734 - 793	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_313	934	3e-25	559 - 618	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_215	683	3e-25	363 - 422	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_207	905	3e-25	597 - 656	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_204	706	3e-25	545 - 604	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_197	1206	3e-25	822 - 881	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_115	711	3e-25	579 - 638	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_88	720	3e-25	636 - 695	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_82	1085	3e-25	701 - 760	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_68	955	3e-25	758 - 817	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_24	729	3e-25	599 - 658	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_332	559	1e-23	168 - 227	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_314	1235	1e-23	940 - 999	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_303	605	1e-23	469 - 528	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_211	984	1e-23	602 - 661	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50663	557	2e-22	290 - 344	100	55 / 55	plus
Harvest35	U35_196	685	2e-21	633 - 685	100	53 / 53	plus
Harvest35	U35_7	828	8e-21	777 - 828	100	52 / 52	plus

Contig Sequence (720 bp)

>U35_88 720 Hv_44K_v2
GCAGGAAACACTAGTTAATACCAATCCACCATGAAGACCTTCCTCATCTTTGCACTCCTC
GCCATTGTGGCAACAAGTACCATTGCACAGCAACAACCATACCCACAACAACCACAACCA
TTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACCACAACCATTT
CCACAACAACCCTTCCCATCACAACAACCATTTCCGCAACAACCACCATTTTGGCAACAA
CAACCAATTCTATCGCAGCAACAACCATGTACACCACAACAAACACCACTCCCACAAGGA
CAACAAGATCAAATGCTTGTGCAAGTACAAATACCATTTGTTCATCCATCTATTTTGCAG
CAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAGTGCAGCCCTGTGGCAATGTCACAA
CGTATTGCAAGGTCGCAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAATGT
TGCCAACAACTGCCGCAAATCCCCGAACAACTCCGCCATGAGGCAGTCCGTGCAATCGTC
TACTCTATCGTCCTGCAAGAACAATCCCTACAATTGGTCCAAGGTGTCTCCCAACCCCAA
CAACAGTCACAAAAGCAACAAGTCGGACAATGTTCTTTCCAACAACCTCAACCACAACAG
GGTCAACAACAGCAAGTGCCACAGAGTGTTTTCTTGCAGCCACACCAAATAGCTCAACTT

Homology of Contig U35_88 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None