barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_22637_PI390587928

Source Contig U35_38176

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_22637_PI390587928	Hv_44K_v2	CAGAGTTGGTGTCTAATGATAAGAAAAGGTCTCTAGAAATATATAGTTGAATCACCGTTG	561	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.024	0.020	0.281	2.753	5.646	9.199
Raw	71.868	98.191	1357.969	18115.433	13856.900	25284.833

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_355.1	568	2e-24	231 - 290	100	60 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52611 ABC52892 ABC53012
MLOC	MLOC_30835.1	717	3e-22	446 - 504	98	58 / 59	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52892 ABC53012
JLOC1	JLOC1_226.1	512	8e-25	231 - 290	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_20348.1	626	1e-22	446 - 504	98	58 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_4154.1	1067	6e-21	145 - 203	97	57 / 59	minus
Harvest21	ABC52672	431	3e-25	259 - 318	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34033	632	3e-25	562 - 621	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC29810	599	3e-25	413 - 472	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00811	560	3e-25	345 - 404	100	60 / 60	plus	ABC00811
Harvest21	ABC00793	1091	3e-25	882 - 941	100	60 / 60	plus	ABC00793
Harvest21	ABC00765	1240	3e-25	1096 - 1155	100	60 / 60	plus	ABC00765
Harvest21	ABC00556	682	3e-25	540 - 599	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00549	868	3e-25	722 - 781	100	60 / 60	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00523	1235	3e-25	1027 - 1086	100	60 / 60	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00506	1202	3e-25	999 - 1058	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00305	1030	3e-25	876 - 935	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00301	970	3e-25	768 - 827	100	60 / 60	plus	ABC00301
Harvest21	ABC37418	411	1e-23	253 - 312	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC34484	676	1e-23	610 - 669	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32763	421	1e-23	220 - 279	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00781	1172	1e-23	963 - 1022	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00259	1011	1e-23	813 - 872	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00530	1096	6e-22	903 - 962	97	58 / 60	plus	ABC00530
Harvest21	ABC52954	557	2e-21	463 - 521	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC52836	583	2e-21	400 - 458	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC52827	444	2e-21	24 - 82	97	57 / 59	minus
Harvest21	ABC44727	531	2e-21	153 - 211	97	57 / 59	minus	ABC44727
Harvest21	ABC43689	629	2e-21	297 - 355	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC37919	602	2e-21	159 - 217	97	57 / 59	minus	ABC37919
Harvest21	ABC32949	440	2e-21	253 - 305	100	53 / 53	plus	ABC32949
Harvest21	ABC32847	498	2e-21	335 - 393	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32534	543	2e-21	371 - 429	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32263	455	2e-21	266 - 324	97	57 / 59	plus	ABC32263
Harvest21	ABC00818	1411	2e-21	1171 - 1229	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00785	999	2e-21	800 - 858	97	57 / 59	plus	ABC00785
Harvest21	ABC00585	920	2e-21	765 - 823	97	57 / 59	plus	ABC00585
Harvest21	ABC00577	1091	2e-21	887 - 945	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00543	1036	2e-21	826 - 884	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00502	1071	2e-21	878 - 936	97	57 / 59	plus	ABC00502
Harvest21	ABC00296	861	2e-21	787 - 845	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00285	1008	2e-21	801 - 859	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00232	1132	2e-21	941 - 999	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_38176	632	3e-25	562 - 621	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_30098	599	3e-25	413 - 472	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_332	559	3e-25	345 - 404	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_314	1235	3e-25	1117 - 1176	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_215	683	3e-25	540 - 599	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_207	905	3e-25	774 - 833	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_197	1206	3e-25	999 - 1058	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_318	977	1e-23	911 - 970	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50663	557	2e-21	463 - 521	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_50595	583	2e-21	400 - 458	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_36990	543	2e-21	371 - 429	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_36851	455	2e-21	266 - 324	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_339	1379	2e-21	1171 - 1229	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_313	934	2e-21	737 - 795	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_114	974	2e-21	785 - 843	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_82	1085	2e-21	879 - 937	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_75	1141	2e-21	938 - 996	97	57 / 59	plus

Contig Sequence (632 bp)

>U35_38176 632 Hv_44K_v2
GGAAACACTAGTTAATACCAATCCACCATGAAGACCTTCCTCATCTTTGCACTCCTCGCC
ATTGTGGCAACAAGTACAAATACCATTTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCC
ATGCAAGGTATTCCTCCAGCAACAGTGCAGCCCTGTGGCAATGTCACAACGTATTGCAAG
GTCGCAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAATGTTGCCAACAACT
GCCGCAAATCCCCGAACAACTCCGCCATGAGGCAGTCCGTGCAATCGTCTACTCTATCGT
CCTGCAAGAACAATCCCTACAATTGGTCCAAGGTGTCTCCCAACCCCAACAACAGTCACA
ACAGCAACAAGTCGGACAATGTTCTTTCCAACAACCTCAACCACAACAGGGTCAACAACA
GCAAGTGCCACAGAGTGTTTTCTTGCAGCCACACCAAATAGCTCAACTTGAGGCGACAAC
TTCCATTGCGCTGCGTACCCTACCAACGATGTGCAGTGTTAATGTGCCGTTGTACCGCAT
AGTGCCATTAGCCATTGACACCAGAGTTGGTGTCTAATGATAAGAAAAGGTCTCTAGAAA
TATATAGTTGAATCACCGTTGTTCAATCGAGG

Homology of Contig U35_38176 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None