barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_13668_PI390587928

Source Contig U35_303

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_13668_PI390587928	Hv_44K_v2	ACAAGTCGGACAATGTTCTTTCCAACAACCTCAACCACAACAGGGTCAACAACAGCAAGT	450	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.013	0.013	0.158	2.458	5.462	7.612
Raw	93.267	142.891	2231.412	48054.767	39987.333	61402.033

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_355.1	568	2e-24	36 - 95	100	60 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52611 ABC52892 ABC53012
MLOC	MLOC_30835.1	717	6e-24	251 - 309	100	59 / 59	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC52892 ABC53012
JLOC1	JLOC1_226.1	512	8e-25	36 - 95	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_20348.1	626	3e-24	251 - 309	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC37418	411	3e-25	57 - 116	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34484	676	3e-25	415 - 474	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34324	711	3e-25	561 - 620	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34299	678	3e-25	450 - 509	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34033	632	3e-25	367 - 426	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32949	440	3e-25	55 - 114	100	60 / 60	plus	ABC32949
Harvest21	ABC29810	599	3e-25	218 - 277	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00811	560	3e-25	150 - 209	100	60 / 60	plus	ABC00811
Harvest21	ABC00799	681	3e-25	611 - 670	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00793	1091	3e-25	687 - 746	100	60 / 60	plus	ABC00793
Harvest21	ABC00783	801	3e-25	611 - 670	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00781	1172	3e-25	768 - 827	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00765	1240	3e-25	901 - 960	100	60 / 60	plus	ABC00765
Harvest21	ABC00757	605	3e-25	451 - 510	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00563	650	3e-25	560 - 619	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00549	868	3e-25	527 - 586	100	60 / 60	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00531	704	3e-25	527 - 586	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00523	1235	3e-25	832 - 891	100	60 / 60	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00506	1202	3e-25	804 - 863	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00305	1030	3e-25	681 - 740	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00302	713	3e-25	565 - 624	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00301	970	3e-25	573 - 632	100	60 / 60	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00259	1011	3e-25	618 - 677	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00211	1515	3e-25	794 - 853	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00776	600	1e-24	542 - 600	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00502	1071	1e-24	683 - 741	100	59 / 59	plus	ABC00502
Harvest21	ABC43850	600	1e-23	534 - 593	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00556	682	1e-23	345 - 404	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00530	1096	1e-23	708 - 767	98	59 / 60	plus	ABC00530
Harvest21	ABC44727	531	5e-23	348 - 406	98	58 / 59	minus	ABC44727
Harvest21	ABC34302	692	5e-23	637 - 692	100	56 / 56	plus
Harvest21	ABC29837	681	5e-23	581 - 639	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00577	1091	5e-23	692 - 750	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00567	616	5e-23	217 - 275	98	58 / 59	plus	ABC00567
Harvest21	ABC00540	977	5e-23	585 - 643	98	58 / 59	plus	ABC00540
Harvest21	ABC52941	477	2e-21	186 - 241	98	55 / 56	plus
Harvest35	U35_38357	678	3e-25	450 - 509	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38176	632	3e-25	367 - 426	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_30098	599	3e-25	218 - 277	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_332	559	3e-25	150 - 209	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_318	977	3e-25	716 - 775	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_314	1235	3e-25	922 - 981	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_303	605	3e-25	451 - 510	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_207	905	3e-25	579 - 638	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_204	706	3e-25	527 - 586	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_197	1206	3e-25	804 - 863	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_196	685	3e-25	615 - 674	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_115	711	3e-25	561 - 620	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_88	720	3e-25	618 - 677	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_68	955	3e-25	740 - 799	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_24	729	3e-25	581 - 640	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_7	828	3e-25	759 - 818	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_313	934	1e-24	542 - 600	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_82	1085	1e-24	684 - 742	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_215	683	1e-23	345 - 404	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_206	602	1e-23	536 - 595	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_38360	692	5e-23	637 - 692	100	56 / 56	plus
Harvest35	U35_211	984	5e-23	585 - 643	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_302	1080	6e-22	1024 - 1080	98	57 / 58	plus

Contig Sequence (605 bp)

>U35_303 605 Hv_44K_v2
ACAACCACAACCATACCCACAACAACCACAACCATTTTCACAACAGCCCATCCCACAACA
ACCACTACCATACCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACC
ACAACCATACCCACAACAAGATCAAATGCTTGTGCAAGTACAAATACCATTTGTTCATCC
ATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAGTGCAGCCCTGT
GGCAATGTCACAACGTATTGCAAGGTCGCAGATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTT
GCAGCAACAGTGTTGCCAACAACTGCCGCAAATCCCCGAACAACTCCGCCATGAGGCAGT
CCGTGCAATCGTCTACTCTATCGTCCTGCGAGAACAATCCCTACAATTGGTCCAAGGTGT
CTCCCAACCCCAACAACAGTCACAACAGCAACAAGTCGGACAATGTTCTTTCCAACAACC
TCAACCACAACAGGGTCAACAACAGCAAGTGCCACAGAGTGTTCTCTTGCAGCCACACCA
AATAGCTCAACTTGAGGCGACAACTTCCATTGCGCTGCGTACCCTACCAACGATGTGCAG
TGTTA

Homology of Contig U35_303 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None