barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_7621_PI390587928

Source Contig U35_224

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_7621_PI390587928	Hv_44K_v2	TTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAACAGTGCA	429	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.011	0.013	0.155	2.623	6.573	9.510
Raw	14.907	28.005	488.419	11766.637	10734.607	17186.057

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_65457.1	295	7e-23	62 - 121	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00585 ABC00711 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_47363.1	407	7e-23	240 - 299	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_28499.1	321	7e-23	3 - 62	98	59 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_25576.1	359	7e-23	35 - 94	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_75622.1	1651	3e-21	1353 - 1412	97	58 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
MLOC	MLOC_46003.1	1379	3e-21	78 - 137	97	58 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
MLOC	MLOC_6381.1	1035	3e-21	598 - 657	97	58 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
JLOC1	JLOC1_43078.1	295	4e-23	62 - 121	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_30552.1	407	4e-23	240 - 299	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_19111.1	321	4e-23	3 - 62	98	59 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_17453.1	328	4e-23	35 - 94	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_50450.1	1084	2e-21	786 - 845	97	58 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_29821.1	840	2e-21	78 - 137	97	58 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_29820.1	602	2e-21	466 - 525	97	58 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_4154.1	1067	2e-21	621 - 680	97	58 / 60	minus
Harvest21	ABC34437	730	3e-25	426 - 485	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34302	692	3e-25	360 - 419	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34033	632	3e-25	90 - 149	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC33042	660	3e-25	418 - 477	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC33022	372	3e-25	312 - 371	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32832	508	3e-25	227 - 286	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32736	553	3e-25	427 - 486	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32652	628	3e-25	402 - 461	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32600	421	3e-25	283 - 342	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32512	512	3e-25	424 - 483	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00774	934	3e-25	616 - 675	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00523	1235	3e-25	555 - 614	100	60 / 60	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00302	713	3e-25	288 - 347	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00248	547	3e-25	403 - 462	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00244	620	3e-25	406 - 465	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC52954	557	1e-23	71 - 130	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC52768	562	1e-23	449 - 508	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC52721	560	1e-23	435 - 494	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC45054	661	1e-23	384 - 443	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC43735	571	1e-23	137 - 196	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC00211	1515	1e-23	517 - 576	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00022	505	1e-23	328 - 387	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC29829	634	2e-22	316 - 373	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00765	1240	2e-22	624 - 681	98	57 / 58	plus	ABC00765
Harvest21	ABC53012	868	6e-22	246 - 305	97	58 / 60	plus	ABC53012
Harvest21	ABC52908	578	6e-22	377 - 436	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52905	672	6e-22	242 - 301	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52828	530	6e-22	203 - 262	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52824	427	6e-22	255 - 314	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52821	563	6e-22	329 - 388	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52780	668	6e-22	353 - 412	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52772	597	6e-22	353 - 412	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52706	589	6e-22	260 - 319	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC52700	548	6e-22	403 - 462	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC48289	106	6e-22	26 - 85	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC43873	245	6e-22	141 - 200	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC43627	629	6e-22	353 - 412	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00815	2900	6e-22	958 - 1017	97	58 / 60	plus	ABC00815
Harvest21	ABC00805	671	6e-22	317 - 376	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00798	631	6e-22	343 - 402	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00795	785	6e-22	449 - 508	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00789	1072	6e-22	400 - 459	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00785	999	6e-22	323 - 382	97	58 / 60	plus	ABC00785
Harvest21	ABC00763	763	6e-22	416 - 475	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00762	693	6e-22	338 - 397	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00759	830	6e-22	338 - 397	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00754	859	6e-22	747 - 806	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00751	669	6e-22	247 - 306	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00585	920	6e-22	288 - 347	97	58 / 60	plus	ABC00585
Harvest21	ABC00562	606	6e-22	511 - 570	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00559	906	6e-22	236 - 295	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00548	638	6e-22	307 - 366	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00529	804	6e-22	160 - 219	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00528	602	6e-22	171 - 230	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00508	596	6e-22	296 - 355	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC45173	323	8e-21	266 - 323	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC44715	490	8e-21	339 - 396	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_38457	730	3e-25	426 - 485	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38360	692	3e-25	360 - 419	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_37280	660	3e-25	418 - 477	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_224	518	3e-25	430 - 489	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_24	729	3e-25	304 - 363	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_50663	557	1e-23	71 - 130	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50562	637	1e-23	380 - 439	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50561	562	1e-23	449 - 508	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50528	560	1e-23	435 - 494	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_45205	571	1e-23	137 - 196	98	59 / 60	plus
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Harvest35	U35_38500	661	1e-23	429 - 488	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_38357	678	1e-23	173 - 232	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_37317	528	1e-23	390 - 449	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_37216	522	1e-23	248 - 307	98	59 / 60	plus
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Harvest35	U35_37143	541	1e-23	360 - 419	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_29600	605	1e-23	311 - 370	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_329	617	1e-23	403 - 462	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_318	977	1e-23	439 - 498	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_315	878	1e-23	747 - 806	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_314	1235	1e-23	645 - 704	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_313	934	1e-23	264 - 323	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_305	637	1e-23	320 - 379	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_303	605	1e-23	174 - 233	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_302	1080	1e-23	747 - 806	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_227	661	1e-23	384 - 443	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_211	984	1e-23	307 - 366	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_207	905	1e-23	302 - 361	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_206	602	1e-23	259 - 318	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_204	706	1e-23	250 - 309	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_203	583	1e-23	430 - 489	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_197	1206	1e-23	527 - 586	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_196	685	1e-23	338 - 397	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_115	711	1e-23	284 - 343	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_110	633	1e-23	424 - 483	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_109	630	1e-23	422 - 481	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_106	671	1e-23	388 - 447	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_105	649	1e-23	587 - 646	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_88	720	1e-23	341 - 400	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_82	1085	1e-23	406 - 465	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_77	633	1e-23	407 - 466	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_68	955	1e-23	463 - 522	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_7	828	1e-23	482 - 541	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_23	634	2e-22	316 - 373	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_8	678	2e-22	386 - 443	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_50642	578	6e-22	377 - 436	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_50517	548	6e-22	403 - 462	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_45148	629	6e-22	353 - 412	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_337	2900	6e-22	958 - 1017	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_330	671	6e-22	317 - 376	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_327	631	6e-22	343 - 402	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_321	1089	6e-22	400 - 459	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_319	724	6e-22	323 - 382	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_312	1046	6e-22	616 - 675	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_306	693	6e-22	338 - 397	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_304	577	6e-22	338 - 397	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_300	669	6e-22	247 - 306	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_219	608	6e-22	511 - 570	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_218	599	6e-22	236 - 295	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_202	652	6e-22	160 - 219	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_198	598	6e-22	296 - 355	97	58 / 60	plus

Contig Sequence (518 bp)

>U35_224 518 Hv_44K_v2
GAAACACTAGTTAATACCAATCCACCATGAAGACCTTCCTCATCTTTGCACTCCTCGCCA
TTGTGGCAACAAGTACCATTGCACAGCAACAACCATACCCACAACAGCCCATCCCACAAC
AACCACAACCATACCCACAACAACCACAACCATTTTCACAACAGCCCATCCCACAACAAC
CACAACCATACCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACCAC
AACCATACCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCTTCCCATCACAACAACCAT
TTCCGCAACAACCACCATTTTGGCAACAACAACCAATTCTATCGCAGCAACAACCATGTA
CACCACAACAAACACCACTCCCACAAGGACAACAAGATCAAATGCTTGTGCAAGTACAAA
TACCATTTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGC
AACAGTGCAGCCCTGTGGCAATGTCACAACGTATTGCA

Homology of Contig U35_224 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None