barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_3883_PI390587928

Source Contig U35_110

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_3883_PI390587928	Hv_44K_v2	TTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAGT	420	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.012	0.012	0.151	2.571	6.193	9.501
Raw	15.512	25.225	506.141	12387.437	10785.140	18309.213

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_65457.1	295	2e-24	65 - 124	100	60 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00585 ABC00711 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_47363.1	407	2e-24	243 - 302	100	60 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_25576.1	359	2e-24	38 - 97	100	60 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_28499.1	321	6e-24	1 - 59	100	59 / 59	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_75622.1	1651	3e-22	1356 - 1414	98	58 / 59	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
MLOC	MLOC_46003.1	1379	3e-22	76 - 134	98	58 / 59	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
MLOC	MLOC_6381.1	1035	3e-22	601 - 659	98	58 / 59	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
JLOC1	JLOC1_43078.1	295	8e-25	65 - 124	100	60 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_30552.1	407	8e-25	243 - 302	100	60 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_17453.1	328	8e-25	38 - 97	100	60 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_19111.1	321	3e-24	1 - 59	100	59 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_50450.1	1084	1e-22	789 - 847	98	58 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_29821.1	840	1e-22	76 - 134	98	58 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_29820.1	602	1e-22	469 - 527	98	58 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_4154.1	1067	1e-22	624 - 682	98	58 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_15771.1	1131	6e-21	628 - 686	97	57 / 59	minus
Harvest21	ABC52954	557	3e-25	68 - 127	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC52768	562	3e-25	446 - 505	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC52721	560	3e-25	432 - 491	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC45054	661	3e-25	381 - 440	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43850	600	3e-25	254 - 313	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43735	571	3e-25	134 - 193	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC43599	457	3e-25	301 - 360	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC43556	512	3e-25	225 - 284	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC34299	678	3e-25	170 - 229	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34175	583	3e-25	518 - 577	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC32804	541	3e-25	357 - 416	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC29829	634	3e-25	313 - 372	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC33042	660	1e-23	415 - 474	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC33022	372	1e-23	309 - 368	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32736	553	1e-23	424 - 483	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC00774	934	1e-23	613 - 672	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00754	859	1e-23	744 - 803	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00562	606	1e-23	508 - 567	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00523	1235	1e-23	552 - 611	98	59 / 60	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00302	713	1e-23	285 - 344	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00248	547	1e-23	400 - 459	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00244	620	1e-23	403 - 462	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC53012	868	5e-23	244 - 302	98	58 / 59	plus	ABC53012
Harvest21	ABC52908	578	5e-23	375 - 433	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52905	672	5e-23	240 - 298	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52828	530	5e-23	201 - 259	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52824	427	5e-23	253 - 311	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52821	563	5e-23	327 - 385	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52780	668	5e-23	351 - 409	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52772	597	5e-23	351 - 409	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52706	589	5e-23	258 - 316	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52700	548	5e-23	401 - 459	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC45173	323	5e-23	264 - 322	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC43873	245	5e-23	139 - 197	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC43627	629	5e-23	351 - 409	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00815	2900	5e-23	956 - 1014	98	58 / 59	plus	ABC00815
Harvest21	ABC00805	671	5e-23	315 - 373	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00798	631	5e-23	341 - 399	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00795	785	5e-23	447 - 505	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00789	1072	5e-23	398 - 456	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00785	999	5e-23	321 - 379	98	58 / 59	plus	ABC00785
Harvest21	ABC00763	763	5e-23	414 - 472	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00762	693	5e-23	336 - 394	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00759	830	5e-23	336 - 394	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00751	669	5e-23	245 - 303	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00585	920	5e-23	286 - 344	98	58 / 59	plus	ABC00585
Harvest21	ABC00559	906	5e-23	234 - 292	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00548	638	5e-23	305 - 363	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00529	804	5e-23	158 - 216	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00528	602	5e-23	169 - 227	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00508	596	5e-23	294 - 352	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC32832	508	2e-22	226 - 283	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC32600	421	2e-22	282 - 339	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC52909	539	6e-22	333 - 389	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC52707	645	6e-22	191 - 247	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC00282	1112	6e-22	438 - 494	98	56 / 57	plus	ABC00282
Harvest21	ABC00266	565	6e-22	272 - 328	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC00241	1119	6e-22	440 - 496	98	56 / 57	plus	ABC00241
Harvest21	ABC00069	963	6e-22	285 - 341	98	56 / 57	plus	ABC00069
Harvest21	ABC48289	106	2e-21	23 - 81	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC45027	540	2e-21	217 - 275	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC44715	490	2e-21	335 - 393	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC43436	382	2e-21	313 - 371	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34461	633	2e-21	231 - 289	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34277	573	2e-21	373 - 431	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34159	548	2e-21	261 - 319	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34137	702	2e-21	363 - 421	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC34056	620	2e-21	337 - 395	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC33110	491	2e-21	218 - 276	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32998	547	2e-21	198 - 256	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32822	570	2e-21	283 - 341	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32670	450	2e-21	165 - 223	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32454	684	2e-21	345 - 403	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32452	588	2e-21	419 - 477	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32292	582	2e-21	295 - 353	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC28946	481	2e-21	366 - 424	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00822	1417	2e-21	748 - 806	97	57 / 59	plus	ABC00822
Harvest21	ABC00818	1411	2e-21	692 - 750	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00582	689	2e-21	225 - 283	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00560	971	2e-21	317 - 372	98	55 / 56	plus
Harvest21	ABC00543	1036	2e-21	348 - 406	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00524	874	2e-21	479 - 537	97	57 / 59	plus	ABC00524
Harvest21	ABC00296	861	2e-21	309 - 367	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00292	684	2e-21	307 - 365	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00285	1008	2e-21	323 - 381	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00269	768	2e-21	422 - 480	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00264	895	2e-21	433 - 491	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00258	597	2e-21	248 - 306	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00252	701	2e-21	376 - 434	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00243	589	2e-21	236 - 294	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00240	798	2e-21	303 - 361	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00232	1132	2e-21	463 - 521	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC00214	698	2e-21	296 - 354	97	57 / 59	plus
Harvest21	ABC32446	747	8e-21	690 - 747	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_50663	557	3e-25	68 - 127	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_50562	637	3e-25	377 - 436	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_50561	562	3e-25	446 - 505	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_50528	560	3e-25	432 - 491	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_45205	571	3e-25	134 - 193	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_45117	482	3e-25	341 - 400	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_37317	528	3e-25	387 - 446	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_303	605	3e-25	171 - 230	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_106	671	3e-25	385 - 444	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_23	634	3e-25	313 - 372	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_8	678	3e-25	383 - 442	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_7	828	3e-25	479 - 538	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38457	730	1e-23	423 - 482	98	59 / 60	plus
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Harvest35	U35_38176	632	1e-23	87 - 146	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_37280	660	1e-23	415 - 474	98	59 / 60	plus
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Harvest35	U35_50642	578	5e-23	375 - 433	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_50517	548	5e-23	401 - 459	98	58 / 59	plus
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Harvest35	U35_327	631	5e-23	341 - 399	98	58 / 59	plus
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Harvest35	U35_319	724	5e-23	321 - 379	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_312	1046	5e-23	614 - 672	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_306	693	5e-23	336 - 394	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_304	577	5e-23	336 - 394	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_300	669	5e-23	245 - 303	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_218	599	5e-23	234 - 292	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_202	652	5e-23	158 - 216	98	58 / 59	plus
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Harvest35	U35_36938	747	8e-21	690 - 747	97	56 / 58	plus

Contig Sequence (633 bp)

>U35_110 633 Hv_44K_v2
CAAAACCAAGCAACACTAGTTAATACCAATCCATCATGAAGACCTTCCTCATCTTTGCAC
TCCTCGCCATTGTGGCAACAAGTACCATTGCACAACAACAACCATACCCACAACAACCAC
AACCATTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCACAAC
CATACCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACCACAACCAT
ACCCACAACAACCACAACCATTTCCCCTACAACCCTTCCCATCACAACAACCATTTCCAC
AACAACCACCATTTTGGCAACAACAACCAGTTCTATCGCAGCAACAACCATGTACACAAG
AACAAACACCACTCCTACAAGAACAACAAGATCAAATGCTTCTGCAAGTACAAATACCAT
TTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAGT
GCAGCCCTGTGGCAATGTCACAACGTATTGCAAGGTCGCAGATGTTGCAACAGAGCAGTT
GCCATGTGTTGCAGCAACAGTGTTGCCAACAACTGCCGCAAATCCCCGAACAACTCCGCC
ATGAGGCAGTCCGTGCAATCGTCTACTCTATCG

Homology of Contig U35_110 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None