barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_37060_PI390587928

Source Contig U35_9

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_37060_PI390587928	Hv_44K_v2	AATGTTCAACCATCTATTTTGCAACAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAG	743	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.017	0.014	0.182	2.888	7.870	12.731
Raw	17.096	16.464	290.928	6598.907	6515.053	11690.097

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_22764.1	1083	6e-24	581 - 639	100	59 / 59	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00295 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC53012
MLOC	MLOC_75622.1	1651	3e-22	1357 - 1415	98	58 / 59	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
MLOC	MLOC_46003.1	1379	3e-22	75 - 133	98	58 / 59	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
MLOC	MLOC_6381.1	1035	3e-22	602 - 660	98	58 / 59	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
JLOC1	JLOC1_15771.1	1131	3e-24	629 - 687	100	59 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_50450.1	1084	1e-22	790 - 848	98	58 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_29821.1	840	1e-22	75 - 133	98	58 / 59	plus
JLOC1	JLOC1_29820.1	602	1e-22	470 - 528	98	58 / 59	minus
JLOC1	JLOC1_4154.1	1067	1e-22	625 - 683	98	58 / 59	minus
Harvest21	ABC28946	481	3e-25	364 - 423	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00543	1036	3e-25	346 - 405	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00285	1008	3e-25	321 - 380	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC45027	540	1e-24	216 - 274	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC43436	382	1e-24	312 - 370	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC34277	573	1e-24	372 - 430	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC32998	547	1e-24	197 - 255	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC32822	570	1e-24	282 - 340	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC32670	450	1e-24	164 - 222	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC32454	684	1e-24	344 - 402	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00822	1417	1e-24	747 - 805	100	59 / 59	plus	ABC00822
Harvest21	ABC00582	689	1e-24	224 - 282	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00524	874	1e-24	478 - 536	100	59 / 59	plus	ABC00524
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Harvest21	ABC00292	684	1e-24	306 - 364	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00269	768	1e-24	421 - 479	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00264	895	1e-24	432 - 490	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00243	589	1e-24	235 - 293	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00240	798	1e-24	302 - 360	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00232	1132	1e-24	462 - 520	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC00214	698	1e-24	295 - 353	100	59 / 59	plus
Harvest21	ABC53012	868	5e-23	243 - 301	98	58 / 59	plus	ABC53012
Harvest21	ABC52908	578	5e-23	374 - 432	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52905	672	5e-23	239 - 297	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52828	530	5e-23	200 - 258	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52824	427	5e-23	252 - 310	98	58 / 59	plus
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Harvest21	ABC52780	668	5e-23	350 - 408	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52772	597	5e-23	350 - 408	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52706	589	5e-23	257 - 315	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC52700	548	5e-23	400 - 458	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC45173	323	5e-23	263 - 321	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC43873	245	5e-23	138 - 196	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC43627	629	5e-23	350 - 408	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00815	2900	5e-23	955 - 1013	98	58 / 59	plus	ABC00815
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Harvest21	ABC00795	785	5e-23	446 - 504	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00789	1072	5e-23	397 - 455	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00785	999	5e-23	320 - 378	98	58 / 59	plus	ABC00785
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Harvest21	ABC00762	693	5e-23	335 - 393	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00759	830	5e-23	335 - 393	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00751	669	5e-23	244 - 302	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00585	920	5e-23	285 - 343	98	58 / 59	plus	ABC00585
Harvest21	ABC00559	906	5e-23	233 - 291	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00548	638	5e-23	304 - 362	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00529	804	5e-23	157 - 215	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00528	602	5e-23	168 - 226	98	58 / 59	plus
Harvest21	ABC00508	596	5e-23	293 - 351	98	58 / 59	plus
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Harvest21	ABC52707	645	2e-22	190 - 247	98	57 / 58	plus
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Harvest21	ABC00282	1112	2e-22	437 - 494	98	57 / 58	plus	ABC00282
Harvest21	ABC00266	565	2e-22	271 - 328	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00241	1119	2e-22	439 - 496	98	57 / 58	plus	ABC00241
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Harvest21	ABC45296	454	8e-21	301 - 358	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC45054	661	8e-21	382 - 439	97	56 / 58	plus
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Harvest21	ABC43735	571	8e-21	135 - 192	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC43722	579	8e-21	487 - 544	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC43599	457	8e-21	302 - 359	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC43566	482	8e-21	342 - 399	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC43556	512	8e-21	226 - 283	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC43431	434	8e-21	340 - 397	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC34497	661	8e-21	427 - 484	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC34484	676	8e-21	136 - 193	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC34324	711	8e-21	282 - 339	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC34299	678	8e-21	171 - 228	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC34175	583	8e-21	519 - 576	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC33106	528	8e-21	388 - 445	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC32931	522	8e-21	246 - 303	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC32929	551	8e-21	398 - 455	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC32804	541	8e-21	358 - 415	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC32270	468	8e-21	181 - 238	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC29837	681	8e-21	302 - 359	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC29829	634	8e-21	314 - 371	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC28956	605	8e-21	309 - 366	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00802	525	8e-21	401 - 458	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00799	681	8e-21	332 - 389	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00793	1091	8e-21	408 - 465	97	56 / 58	plus	ABC00793
Harvest21	ABC00791	631	8e-21	420 - 477	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00783	801	8e-21	332 - 389	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00781	1172	8e-21	489 - 546	97	56 / 58	plus
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Harvest21	ABC00772	662	8e-21	378 - 435	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00765	1240	8e-21	622 - 679	97	56 / 58	plus	ABC00765
Harvest21	ABC00761	832	8e-21	510 - 567	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00760	637	8e-21	318 - 375	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00757	605	8e-21	172 - 229	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00755	874	8e-21	595 - 652	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00577	1091	8e-21	412 - 469	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00574	502	8e-21	291 - 348	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00563	650	8e-21	281 - 338	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00552	535	8e-21	318 - 375	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00549	868	8e-21	248 - 305	97	56 / 58	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00540	977	8e-21	305 - 362	97	56 / 58	plus	ABC00540
Harvest21	ABC00534	545	8e-21	301 - 358	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00531	704	8e-21	248 - 305	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00530	1096	8e-21	428 - 485	97	56 / 58	plus	ABC00530
Harvest21	ABC00519	483	8e-21	394 - 451	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00512	543	8e-21	411 - 468	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00506	1202	8e-21	525 - 582	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00505	620	8e-21	335 - 392	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00502	1071	8e-21	403 - 460	97	56 / 58	plus	ABC00502
Harvest21	ABC00305	1030	8e-21	402 - 459	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00304	437	8e-21	222 - 279	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00301	970	8e-21	294 - 351	97	56 / 58	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00289	622	8e-21	422 - 479	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00287	630	8e-21	420 - 477	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00283	671	8e-21	386 - 443	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00259	1011	8e-21	339 - 396	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00256	591	8e-21	381 - 438	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00247	580	8e-21	395 - 452	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00246	597	8e-21	399 - 456	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00211	1515	8e-21	515 - 572	97	56 / 58	plus
Harvest21	ABC00022	505	8e-21	326 - 383	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_9	861	3e-25	744 - 803	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38169	608	1e-24	322 - 380	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_37256	547	1e-24	197 - 255	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_37155	570	1e-24	282 - 340	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_342	1417	1e-24	747 - 805	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_226	691	1e-24	224 - 282	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_114	974	1e-24	306 - 364	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_81	589	1e-24	235 - 293	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_78	488	1e-24	302 - 360	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_75	1141	1e-24	459 - 517	100	59 / 59	plus
Harvest35	U35_50642	578	5e-23	374 - 432	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_50517	548	5e-23	400 - 458	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_45148	629	5e-23	350 - 408	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_337	2900	5e-23	955 - 1013	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_330	671	5e-23	314 - 372	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_327	631	5e-23	340 - 398	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_321	1089	5e-23	397 - 455	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_319	724	5e-23	320 - 378	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_312	1046	5e-23	613 - 671	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_306	693	5e-23	335 - 393	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_304	577	5e-23	335 - 393	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_300	669	5e-23	244 - 302	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_218	599	5e-23	233 - 291	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_202	652	5e-23	157 - 215	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_198	598	5e-23	293 - 351	98	58 / 59	plus
Harvest35	U35_90	565	2e-22	271 - 328	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_79	1120	2e-22	439 - 496	98	57 / 58	plus
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Harvest35	U35_38477	633	2e-21	230 - 288	97	57 / 59	plus
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Harvest35	U35_213	638	2e-21	303 - 361	97	57 / 59	plus
Harvest35	U35_87	602	2e-21	252 - 310	97	57 / 59	plus
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Harvest35	U35_329	617	8e-21	401 - 458	97	56 / 58	plus
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Harvest35	U35_314	1235	8e-21	643 - 700	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_313	934	8e-21	262 - 319	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_305	637	8e-21	318 - 375	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_303	605	8e-21	172 - 229	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_302	1080	8e-21	745 - 802	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_227	661	8e-21	382 - 439	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_211	984	8e-21	305 - 362	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_207	905	8e-21	300 - 357	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_206	602	8e-21	257 - 314	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_204	706	8e-21	248 - 305	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_203	583	8e-21	428 - 485	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_197	1206	8e-21	525 - 582	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_196	685	8e-21	336 - 393	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_115	711	8e-21	282 - 339	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_110	633	8e-21	422 - 479	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_109	630	8e-21	420 - 477	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_106	671	8e-21	386 - 443	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_105	649	8e-21	585 - 642	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_88	720	8e-21	339 - 396	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_82	1085	8e-21	404 - 461	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_77	633	8e-21	405 - 462	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_68	955	8e-21	461 - 518	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_23	634	8e-21	314 - 371	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_8	678	8e-21	384 - 441	97	56 / 58	plus
Harvest35	U35_7	828	8e-21	480 - 537	97	56 / 58	plus

Contig Sequence (861 bp)

>U35_9 861 Hv_44K_v2
GAGAACCAACCCCAGTATAAGTAAACACACCATCACACCCTTGAGGCCCATGGCTGGTTG
GCTGTCTCACACACCAAGATCAGAAACATCAATTCCAAGAAAGCAATAGTAACCACAAAT
CCAACATGAAGACCTTCCTCACCTTTGTCCTCCTTGCCATGGTGATGAGCATCGTCACTA
CCGCTAGGCAACTAAACCCTAGCAGCCAAGAGTTGCAATCACCACAACAATCATATCTGC
AGCAGCCATATCCACAAAACCCATATCTACCGCAACAACTATTTCCAGTGCAGCAACCGT
TTCACACACCCCAACAATATTTCCCCTATCTACCAGAGGAATTGTTTCCCCAATATCAAA
TACCAACCCCCCTACAACCACAACAACCTCTTCCTCGGCCCCAAAAACCATTCCCCTGGC
AACCACAACAACCATTTCCCCAGCCCCAAGAACCAATTCCCCAACAACAACAACAACAAC
GGCAACAGCAACAGCAACAACCATTCCCCCAGCAACCACAACAACCTTTTCCTCAGCCAC
AACAACCATTCCCCTCGCAACCACAACAACCATTTCCCCAGCCCCAACAACCAATTCCCT
ACCAACCACAACAACCATTTCCACAGCAACCACCATTTGGGCTACAACAACCAATTCTAT
CGCAACAACAACCATGTACACCACAACAAACACCACTCCCACAAGGACAACTGTACCAAA
CGCTTCTGCAACTACAAATACCCAATGTTCAACCATCTATTTTGCAACAGCTAAACCCAT
GCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAGTGCAGCCCCGTGCGAATGCAACAACTTATTGCTAGGT
CGCAAATGTTGCAGCAGAGCA

Homology of Contig U35_9 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None