barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_34191_PI390587928

Source Contig U35_37317

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_34191_PI390587928	Hv_44K_v2	AACGTATTGCAAGGTCGCAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAAT	467	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.012	0.013	0.171	2.720	6.211	9.355
Raw	19.031	27.491	504.897	11440.253	9561.037	15769.003

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_28499.1	321	2e-24	81 - 140	100	60 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_47363.1	407	7e-23	162 - 221	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_27672.1	236	7e-23	11 - 70	98	59 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_75622.1	1651	3e-21	1275 - 1334	97	58 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
JLOC1	JLOC1_19111.1	321	8e-25	81 - 140	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_30552.1	407	4e-23	162 - 221	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_18660.1	236	4e-23	11 - 70	98	59 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50450.1	1084	2e-21	708 - 767	97	58 / 60	minus
Harvest21	ABC45296	454	3e-25	381 - 440	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC45054	661	3e-25	462 - 521	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43850	600	3e-25	335 - 394	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43838	197	3e-25	137 - 196	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43599	457	3e-25	382 - 441	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43566	482	3e-25	422 - 481	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43556	512	3e-25	306 - 365	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34484	676	3e-25	216 - 275	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34437	730	3e-25	504 - 563	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34324	711	3e-25	362 - 421	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34302	692	3e-25	438 - 497	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34299	678	3e-25	251 - 310	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34033	632	3e-25	168 - 227	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC33106	528	3e-25	468 - 527	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC33042	660	3e-25	496 - 555	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32931	522	3e-25	326 - 385	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32929	551	3e-25	478 - 537	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32832	508	3e-25	305 - 364	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32804	541	3e-25	438 - 497	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32652	628	3e-25	480 - 539	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32270	468	3e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC29837	681	3e-25	382 - 441	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00781	1172	3e-25	569 - 628	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00761	832	3e-25	590 - 649	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00574	502	3e-25	371 - 430	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00534	545	3e-25	381 - 440	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00531	704	3e-25	328 - 387	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00530	1096	3e-25	508 - 567	100	60 / 60	plus	ABC00530
Harvest21	ABC00523	1235	3e-25	633 - 692	100	60 / 60	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00506	1202	3e-25	605 - 664	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00505	620	3e-25	415 - 474	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00304	437	3e-25	302 - 361	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00302	713	3e-25	366 - 425	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00301	970	3e-25	374 - 433	100	60 / 60	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00287	630	3e-25	500 - 559	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00283	671	3e-25	466 - 525	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00259	1011	3e-25	419 - 478	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00256	591	3e-25	461 - 520	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00247	580	3e-25	475 - 534	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00244	620	3e-25	484 - 543	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00211	1515	3e-25	595 - 654	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00022	505	3e-25	406 - 465	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32600	421	4e-24	361 - 420	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00772	662	4e-24	458 - 515	100	58 / 58	plus
Harvest21	ABC00248	547	4e-24	481 - 540	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC29829	634	1e-23	394 - 453	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC28956	605	1e-23	389 - 448	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00765	1240	1e-23	702 - 761	98	59 / 60	plus	ABC00765
Harvest21	ABC00577	1091	1e-23	492 - 551	98	59 / 60	plus
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Harvest21	ABC00552	535	1e-23	398 - 457	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00549	868	1e-23	328 - 387	98	59 / 60	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00540	977	1e-23	385 - 444	98	59 / 60	plus	ABC00540
Harvest21	ABC00289	622	1e-23	502 - 561	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00246	597	1e-23	479 - 538	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC52900	358	2e-22	253 - 310	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC34497	661	2e-22	507 - 564	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00799	681	2e-22	412 - 469	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00793	1091	2e-22	488 - 545	98	57 / 58	plus	ABC00793
Harvest21	ABC00791	631	2e-22	500 - 557	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00783	801	2e-22	412 - 469	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00760	637	2e-22	398 - 455	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00757	605	2e-22	252 - 309	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00755	874	2e-22	675 - 732	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC00305	1030	2e-22	482 - 539	98	57 / 58	plus
Harvest21	ABC53012	868	6e-22	324 - 383	97	58 / 60	plus	ABC53012
Harvest21	ABC52954	557	6e-22	149 - 208	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC45271	329	6e-22	239 - 298	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC44715	490	6e-22	415 - 474	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC43735	571	6e-22	215 - 274	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00815	2900	6e-22	1036 - 1095	97	58 / 60	plus	ABC00815
Harvest21	ABC00776	600	6e-22	342 - 401	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00560	971	6e-22	397 - 456	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00529	804	6e-22	238 - 297	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00528	602	6e-22	249 - 308	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00508	596	6e-22	374 - 433	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00502	1071	6e-22	483 - 542	97	58 / 60	plus	ABC00502
Harvest35	U35_45117	482	3e-25	422 - 481	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_45111	512	3e-25	306 - 365	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38457	730	3e-25	504 - 563	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38360	692	3e-25	438 - 497	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38357	678	3e-25	251 - 310	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38176	632	3e-25	168 - 227	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37317	528	3e-25	468 - 527	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37280	660	3e-25	496 - 555	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37216	522	3e-25	326 - 385	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37214	551	3e-25	478 - 537	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37159	508	3e-25	305 - 364	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37143	541	3e-25	438 - 497	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_329	617	3e-25	481 - 540	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_318	977	3e-25	517 - 576	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_227	661	3e-25	462 - 521	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_207	905	3e-25	380 - 439	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_206	602	3e-25	337 - 396	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_203	583	3e-25	508 - 567	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_197	1206	3e-25	605 - 664	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_196	685	3e-25	416 - 475	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_109	630	3e-25	500 - 559	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_106	671	3e-25	466 - 525	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_88	720	3e-25	419 - 478	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_77	633	3e-25	485 - 544	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_68	955	3e-25	541 - 600	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_24	729	3e-25	382 - 441	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_29600	605	1e-23	389 - 448	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_302	1080	1e-23	825 - 884	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_211	984	1e-23	385 - 444	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_204	706	1e-23	328 - 387	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_115	711	1e-23	362 - 421	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_82	1085	1e-23	484 - 543	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_23	634	1e-23	394 - 453	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_8	678	1e-23	464 - 523	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50562	637	2e-22	458 - 515	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_38500	661	2e-22	507 - 564	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_314	1235	2e-22	723 - 780	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_305	637	2e-22	398 - 455	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_303	605	2e-22	252 - 309	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_110	633	2e-22	502 - 559	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_7	828	2e-22	560 - 617	98	57 / 58	plus
Harvest35	U35_50663	557	6e-22	149 - 208	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_45205	571	6e-22	215 - 274	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_337	2900	6e-22	1036 - 1095	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_313	934	6e-22	342 - 401	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_202	652	6e-22	238 - 297	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_198	598	6e-22	374 - 433	97	58 / 60	plus

Contig Sequence (528 bp)

>U35_37317 528 Hv_44K_v2
GAGATCAAAACCAAGAAACACTAGTTAATACCAATCCACCATGAAGACCTTCCTCATCTT
TGCACTCCTCGCCATTGTGGCAACAAGTACCATTGCACAGCAACAACCATACCCACAACA
ACCACAACCATTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACC
ACAACCATTTCCACAACAGCCCATCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACCACA
ACCATTTTCACAACAACCATTTCCGCAACAACCACCATTTTGGCAACAACAACCAATTCT
ATCGCAGCAACAACCATGTACACCACAACAAACACCACTCCCACAAGGACAACAAGATCA
AATGCTTGTGCAAGTACAAATACCATTTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCC
ATGCAAGGTATTCCTCCAGCAGCAGTGCAGCCCTGTGGCAATGTCACAACGTATTGCAAG
GTCGCAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAATG

Homology of Contig U35_37317 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None