barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_26369_PI390587928

Source Contig U35_38457

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_26369_PI390587928	Hv_44K_v2	TATTGCAAGGTCGCAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGCAACAATGTTG	507	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.011	0.012	0.151	2.556	5.484	8.550
Raw	11.211	21.476	384.019	9567.557	7219.993	12421.747

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_28499.1	321	2e-24	85 - 144	100	60 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_47363.1	407	7e-23	158 - 217	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_27672.1	236	7e-23	15 - 74	98	59 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_75622.1	1651	3e-21	1271 - 1330	97	58 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00811 ABC00815 ABC00822 ABC32263 ABC32949 ABC37919 ABC44727 ABC53012
JLOC1	JLOC1_19111.1	321	8e-25	85 - 144	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_30552.1	407	4e-23	158 - 217	98	59 / 60	minus
JLOC1	JLOC1_18660.1	236	4e-23	15 - 74	98	59 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50450.1	1084	2e-21	704 - 763	97	58 / 60	minus
Harvest21	ABC45296	454	3e-25	385 - 444	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC45054	661	3e-25	466 - 525	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43850	600	3e-25	339 - 398	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43599	457	3e-25	386 - 445	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC43556	512	3e-25	310 - 369	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34484	676	3e-25	220 - 279	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34437	730	3e-25	508 - 567	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34324	711	3e-25	366 - 425	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34302	692	3e-25	442 - 501	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34299	678	3e-25	255 - 314	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34033	632	3e-25	172 - 231	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC32652	628	3e-25	484 - 543	100	60 / 60	plus
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Harvest21	ABC00761	832	3e-25	594 - 653	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00574	502	3e-25	375 - 434	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00534	545	3e-25	385 - 444	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00531	704	3e-25	332 - 391	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_197	1206	3e-25	609 - 668	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_196	685	3e-25	420 - 479	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_109	630	3e-25	504 - 563	100	60 / 60	plus
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Harvest35	U35_88	720	3e-25	423 - 482	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_77	633	3e-25	489 - 548	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_68	955	3e-25	545 - 604	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_24	729	3e-25	386 - 445	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_45117	482	1e-23	426 - 482	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_37317	528	1e-23	472 - 528	100	57 / 57	plus
Harvest35	U35_29600	605	1e-23	393 - 452	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_302	1080	1e-23	829 - 888	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_211	984	1e-23	389 - 448	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_204	706	1e-23	332 - 391	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_115	711	1e-23	366 - 425	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_82	1085	1e-23	488 - 547	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_23	634	1e-23	398 - 457	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_8	678	1e-23	468 - 527	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50562	637	6e-22	462 - 521	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_45205	571	6e-22	219 - 278	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_38500	661	6e-22	511 - 570	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_38169	608	6e-22	407 - 466	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_37256	547	6e-22	282 - 341	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_37155	570	6e-22	367 - 426	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_342	1417	6e-22	832 - 891	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_337	2900	6e-22	1040 - 1099	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_314	1235	6e-22	727 - 786	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_305	637	6e-22	402 - 461	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_303	605	6e-22	256 - 315	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_226	691	6e-22	309 - 368	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_202	652	6e-22	242 - 301	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_198	598	6e-22	378 - 437	97	58 / 60	plus
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Harvest35	U35_90	565	6e-22	356 - 415	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_79	1120	6e-22	524 - 583	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_78	488	6e-22	387 - 446	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_75	1141	6e-22	544 - 603	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_7	828	6e-22	564 - 623	97	58 / 60	plus

Contig Sequence (730 bp)

>U35_38457 730 Hv_44K_v2
GCCATATCTACCGCAAAAACCATTTCCAGTGCAGCAACCGTTTCACACACCCCAACAATA
TTTCCCCTATCTACCAGAGGAATTGTTTCCCCAATATCAAATACCCATCCCACAACAACC
ACAACCATACCCATTTTTTTCACAACCATTTTCACAACAGCCCATCCCACAACAACCACA
TCCATACCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACCACAACC
ATACCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCTTCCCATCACAACAACCATTTCC
GCAACAACCACCATTTTGGCAACAACAACCAATTCTATCGCAGCAACAACCATGTACACC
ACAACAAACACCACTCCCACAAGGACAACAAGATCAAATGCTTGTGCAAGTACAAATACC
ATTTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATGCAAGGTATTCCTCCAGCAACA
GTGCAGCCCTGTGGCAATGTCACAACGTATTGCAAGGTCGCAAATGTTGCAACAGAGCAG
TTGCCATGTGTTGCAGCAACAATGTTGCCAACAACTGCCGCATATCCCCGAACAACTCCG
CCATGAGGCAGTCCGTGCAATCGTCTACTCTATCGTCCTGCAAGAACAATCCCTACAATT
GGTCCAAGGTGTCTCCCAACCCCAACAACAGTCACAACAGCAACAAGTCGGACAATGTTC
TTTCCAACAA

Homology of Contig U35_38457 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None