You can download the FASTA and GTF files for EoRNA2RTD here.

Description	Download File
EoRNA2RTD transcripts FASTA file, unpadded	EoRNA2_rtd_fasta.zip
EoRNA2RTD transcripts GTF file, unpadded	EoRNA2_rtd_gtf.zip
EoRNA2RTD protein translations, FASTA file	EoRNA2rtd_transuite_v1_transfeat_pep.zip
TRAPID Annotation for EoRNA2RTD	EoRNA2_RTD_mergedAnnotation_10Oct2024.zip
The Pangenome20 FASTA file	PSVCP_20Pangenome_21.05.fasta.gz

Files of each comparison between the transcriptome datasets using GMAP mappings to the Pangenome.

Dataset	BaRTv1	BaRTv2	EoRNA2	HORVU1	HORVU3	HvMxRTD	JLOC1	MLOC	PanBart20
BaRTv1	-	BARTv1_v_BARTv2	BARTv1_v_EORNA2	BARTv1_v_HORVU1	BARTv1_v_HORVU3	BARTv1_v_HvMxRTD	BARTv1_v_JLOC1	BARTv1_v_MLOC	BARTv1_v_PanBart20
BaRTv2	BARTv2_v_BARTv1	-	BARTv2_v_EORNA2	BARTv2_v_HORVU1	BARTv2_v_HORVU3	BARTv2_v_HvMxRTD	BARTv2_v_JLOC1	BARTv2_v_MLOC	BARTv2_v_PanBart20
EoRNA2	EORNA2_v_BARTv1	EORNA2_v_BARTv2	-	EORNA2_v_HORVU1	EORNA2_v_HORVU3	EORNA2_v_HvMxRTD	EORNA2_v_JLOC1	EORNA2_v_MLOC	EORNA2_v_PanBart20
HORVU1	HORVU1_v_BARTv1	HORVU1_v_BARTv2	HORVU1_v_EORNA2	-	HORVU1_v_HORVU3	HORVU1_v_HvMxRTD	HORVU1_v_JLOC1	HORVU1_v_MLOC	HORVU1_v_PanBart20
HORVU3	HORVU3_v_BARTv1	HORVU3_v_BARTv2	HORVU3_v_EORNA2	HORVU3_v_HORVU1	-	HORVU3_v_HvMxRTD	HORVU3_v_JLOC1	HORVU3_v_MLOC	HORVU3_v_PanBart20
HvMxRTD	HvMxRTD_v_BARTv1	HvMxRTD_v_BARTv2	HvMxRTD_v_EORNA2	HvMxRTD_v_HORVU1	HvMxRTD_v_HORVU3	-	HvMxRTD_v_JLOC1	HvMxRTD_v_MLOC	HvMxRTD_v_PanBart20
JLOC1	JLOC1_v_BARTv1	JLOC1_v_BARTv2	JLOC1_v_EORNA2	JLOC1_v_HORVU1	JLOC1_v_HORVU3	JLOC1_v_HvMxRTD	-	JLOC_v_MLOC	JLOC1_v_PanBart20
MLOC	MLOC_v_BARTv1	MLOC_v_BARTv2	MLOC_v_EORNA2	MLOC_v_HORVU1	MLOC_v_HORVU3	MLOC_v_HvMxRTD	MLOC_v_JLOC1	-	MLOC_v_PanBart20
PanBart20	PanBart20_v_BARTv1	PanBart20_v_BARTv2	PanBart20_v_EORNA2	PanBart20_v_HORVU1	PanBart20_v_HORVU3	PanBart20_v_HvMxRTD	PanBart20_v_JLOC1	PanBart20_v_MLOC	-