barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_40719_PI390587928

Source Contig U35_50658

barSeed

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Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_40719_PI390587928	Hv_44K_v2	AACACCACTCCTACAAGAACAACAAGATCAAATGCTTCTGCAAGTACAAATACCATTTGT	316	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.016	0.015	0.143	2.780	5.340	8.598
Raw	4.462	5.234	72.967	2049.375	1417.484	2532.945

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_65457.1	295	7e-23	121 - 180	98	59 / 60	minus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00585 ABC00711 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
JLOC1	JLOC1_43078.1	295	4e-23	121 - 180	98	59 / 60	minus
Harvest21	ABC52887	476	3e-25	392 - 451	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC52768	562	3e-25	390 - 449	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC52721	560	3e-25	376 - 435	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34324	711	3e-25	225 - 284	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34175	583	3e-25	462 - 521	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC34029	553	3e-25	472 - 531	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32931	522	3e-25	189 - 248	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32929	551	3e-25	341 - 400	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC32804	541	3e-25	301 - 360	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00808	411	3e-25	317 - 376	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00802	525	3e-25	344 - 403	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00799	681	3e-25	275 - 334	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00793	1091	3e-25	351 - 410	100	60 / 60	plus	ABC00793
Harvest21	ABC00791	631	3e-25	363 - 422	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00774	934	3e-25	557 - 616	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00760	637	3e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00755	874	3e-25	538 - 597	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00754	859	3e-25	688 - 747	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00301	970	3e-25	237 - 296	100	60 / 60	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00289	622	3e-25	365 - 424	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00287	630	3e-25	363 - 422	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00283	671	3e-25	329 - 388	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00247	580	3e-25	338 - 397	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00246	597	3e-25	342 - 401	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00211	1515	3e-25	458 - 517	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC45296	454	1e-23	244 - 303	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC45264	568	1e-23	493 - 552	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC45054	661	1e-23	325 - 384	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43722	579	1e-23	430 - 489	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43599	457	1e-23	245 - 304	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43556	512	1e-23	169 - 228	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43431	434	1e-23	283 - 342	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC28956	605	1e-23	252 - 311	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00574	502	1e-23	234 - 293	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00563	650	1e-23	224 - 283	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00552	535	1e-23	261 - 320	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00549	868	1e-23	191 - 250	98	59 / 60	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00534	545	1e-23	244 - 303	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00531	704	1e-23	191 - 250	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00530	1096	1e-23	371 - 430	98	59 / 60	plus	ABC00530
Harvest21	ABC00519	483	1e-23	337 - 396	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00512	543	1e-23	354 - 413	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00506	1202	1e-23	468 - 527	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00505	620	1e-23	278 - 337	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00304	437	1e-23	165 - 224	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00022	505	1e-23	269 - 328	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43761	285	6e-22	190 - 249	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC32297	101	6e-22	10 - 69	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC29829	634	6e-22	260 - 316	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC00765	1240	6e-22	568 - 624	98	56 / 57	plus	ABC00765
Harvest35	U35_50658	376	3e-25	317 - 376	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_50561	562	3e-25	390 - 449	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_50528	560	3e-25	376 - 435	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_38174	553	3e-25	472 - 531	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37216	522	3e-25	189 - 248	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37214	551	3e-25	341 - 400	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_37143	541	3e-25	301 - 360	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_329	617	3e-25	344 - 403	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_314	1235	3e-25	586 - 645	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_305	637	3e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_110	633	3e-25	365 - 424	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_109	630	3e-25	363 - 422	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_106	671	3e-25	329 - 388	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_105	649	3e-25	528 - 587	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_68	955	3e-25	404 - 463	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_7	828	3e-25	423 - 482	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_45888	568	1e-23	493 - 552	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_45111	512	1e-23	169 - 228	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_29600	605	1e-23	252 - 311	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_315	878	1e-23	688 - 747	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_302	1080	1e-23	688 - 747	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_227	661	1e-23	325 - 384	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_207	905	1e-23	243 - 302	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_204	706	1e-23	191 - 250	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_203	583	1e-23	371 - 430	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_196	685	1e-23	279 - 338	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_115	711	1e-23	225 - 284	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_23	634	6e-22	260 - 316	98	56 / 57	plus
Harvest35	U35_8	678	6e-22	330 - 386	98	56 / 57	plus

Contig Sequence (376 bp)

>U35_50658 376 Hv_44K_v2
CCGGAGGAGGTGTTCCCGGGTTGCCATAAGGATGTGATGAAGCTCTTGGTTGCATGCGTG
CCTGCGCTCTGCAATGTCCCCATTCCCAACGAGGCGGTAGGCACCAGAGGGGTCTGCTAC
TGGTCAGCGTCTACGGACACCTAGTCAAGCGATTATTATGCTTTTTAATAATTTGTGTGG
TGTGCGTGCGCGCGCACAACATGAATAACCTGATCTCCTGGTGTCCCTTCCCATCACAAC
AACCATTTCCACAACAACCACCATTTTGGCAACAACAACCAGTTCTATCGCAGCAACAAC
CATGTACACAAGAACAAACACCACTCCTACAAGAACAACAAGATCAAATGCTTCTGCAAG
TACAAATACCATTTGT

Homology of Contig U35_50658 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None