barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_13646_PI390587928

Source Contig U35_315

barSeed

Links

Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_13646_PI390587928	Hv_44K_v2	AATGTCACAACGTATTGCAAGGTCCCAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCA	816	GeneList: black MasterList: Hordein_Function_Probe_Module

Probe Values

	3 dpa	4 dpa	5 dpa	6 dpa	7 dpa	8 dpa
Normalized	0.014	0.011	0.160	2.578	5.055	8.102
Raw	15.769	15.327	365.940	8575.003	6024.533	10636.277

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_27672.1	236	2e-24	3 - 62	100	60 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
MLOC	MLOC_28499.1	321	7e-23	73 - 132	98	59 / 60	plus	ABC00069 ABC00241 ABC00282 ABC00301 ABC00502 ABC00516 ABC00523 ABC00524 ABC00530 ABC00540 ABC00549 ABC00567 ABC00585 ABC00765 ABC00785 ABC00793 ABC00815 ABC00822 ABC53012
JLOC1	JLOC1_18660.1	236	8e-25	3 - 62	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_19111.1	321	4e-23	73 - 132	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00563	650	3e-25	353 - 412	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00552	535	3e-25	390 - 449	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00549	868	3e-25	320 - 379	100	60 / 60	plus	ABC00549
Harvest21	ABC00512	543	3e-25	483 - 542	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00289	622	3e-25	494 - 553	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC00246	597	3e-25	471 - 530	100	60 / 60	plus
Harvest21	ABC45296	454	1e-23	373 - 432	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC45054	661	1e-23	454 - 513	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43850	600	1e-23	327 - 386	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43838	197	1e-23	129 - 188	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43599	457	1e-23	374 - 433	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43566	482	1e-23	414 - 473	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC43556	512	1e-23	298 - 357	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC34484	676	1e-23	208 - 267	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC34437	730	1e-23	496 - 555	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC34302	692	1e-23	430 - 489	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC34299	678	1e-23	243 - 302	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC34033	632	1e-23	160 - 219	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC33106	528	1e-23	460 - 519	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC33042	660	1e-23	488 - 547	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32832	508	1e-23	297 - 356	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32652	628	1e-23	472 - 531	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32270	468	1e-23	253 - 312	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC29837	681	1e-23	374 - 433	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC29829	634	1e-23	386 - 445	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00781	1172	1e-23	561 - 620	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00772	662	1e-23	450 - 509	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00765	1240	1e-23	694 - 753	98	59 / 60	plus	ABC00765
Harvest21	ABC00761	832	1e-23	582 - 641	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00574	502	1e-23	363 - 422	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00534	545	1e-23	373 - 432	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00531	704	1e-23	320 - 379	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00530	1096	1e-23	500 - 559	98	59 / 60	plus	ABC00530
Harvest21	ABC00523	1235	1e-23	625 - 684	98	59 / 60	plus	ABC00523
Harvest21	ABC00506	1202	1e-23	597 - 656	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00505	620	1e-23	407 - 466	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00304	437	1e-23	294 - 353	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00302	713	1e-23	358 - 417	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00259	1011	1e-23	411 - 470	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00256	591	1e-23	453 - 512	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00244	620	1e-23	476 - 535	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC00022	505	1e-23	398 - 457	98	59 / 60	plus
Harvest21	ABC32600	421	2e-22	353 - 412	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00248	547	2e-22	473 - 532	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC43735	571	6e-22	207 - 266	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC34497	661	6e-22	499 - 558	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC34324	711	6e-22	354 - 413	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC32931	522	6e-22	318 - 377	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC32929	551	6e-22	470 - 529	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC32804	541	6e-22	430 - 489	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC32736	553	6e-22	497 - 553	98	56 / 57	plus
Harvest21	ABC28956	605	6e-22	381 - 440	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00799	681	6e-22	404 - 463	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00793	1091	6e-22	480 - 539	97	58 / 60	plus	ABC00793
Harvest21	ABC00791	631	6e-22	492 - 551	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00783	801	6e-22	404 - 463	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00760	637	6e-22	390 - 449	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00757	605	6e-22	244 - 303	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00755	874	6e-22	667 - 726	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00305	1030	6e-22	474 - 533	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00301	970	6e-22	366 - 425	97	58 / 60	plus	ABC00301
Harvest21	ABC00287	630	6e-22	492 - 551	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00283	671	6e-22	458 - 517	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00247	580	6e-22	467 - 526	97	58 / 60	plus
Harvest21	ABC00211	1515	6e-22	587 - 646	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_315	878	3e-25	817 - 876	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_204	706	3e-25	320 - 379	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_115	711	3e-25	354 - 413	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_45117	482	1e-23	414 - 473	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_45111	512	1e-23	298 - 357	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_38457	730	1e-23	496 - 555	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_38360	692	1e-23	430 - 489	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_38357	678	1e-23	243 - 302	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_38176	632	1e-23	160 - 219	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_37317	528	1e-23	460 - 519	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_37280	660	1e-23	488 - 547	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_37159	508	1e-23	297 - 356	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_329	617	1e-23	473 - 532	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_318	977	1e-23	509 - 568	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_227	661	1e-23	454 - 513	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_207	905	1e-23	372 - 431	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_206	602	1e-23	329 - 388	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_203	583	1e-23	500 - 559	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_197	1206	1e-23	597 - 656	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_196	685	1e-23	408 - 467	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_88	720	1e-23	411 - 470	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_77	633	1e-23	477 - 536	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_24	729	1e-23	374 - 433	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_23	634	1e-23	386 - 445	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_8	678	1e-23	456 - 515	98	59 / 60	plus
Harvest35	U35_50562	637	6e-22	450 - 509	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_45205	571	6e-22	207 - 266	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_38500	661	6e-22	499 - 558	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_37216	522	6e-22	318 - 377	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_37214	551	6e-22	470 - 529	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_37143	541	6e-22	430 - 489	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_37102	553	6e-22	497 - 553	98	56 / 57	plus
Harvest35	U35_29600	605	6e-22	381 - 440	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_314	1235	6e-22	715 - 774	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_305	637	6e-22	390 - 449	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_303	605	6e-22	244 - 303	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_302	1080	6e-22	817 - 876	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_110	633	6e-22	494 - 553	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_109	630	6e-22	492 - 551	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_106	671	6e-22	458 - 517	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_68	955	6e-22	533 - 592	97	58 / 60	plus
Harvest35	U35_7	828	6e-22	552 - 611	97	58 / 60	plus

Contig Sequence (878 bp)

>U35_315 878 Hv_44K_v2
AAACCAAGCAACACTAGTTAACACCAATCCACCATGAAGACCTTCCTCATCTTTGCACTC
CTGGCCATTGCGGCAACAAGTACGATTGCGCAGCAACAACCACTTCCGCAACAACCCATC
CCACAAAAACCACAACCATACCCACAACAACCCTTCCCACCGCAACAACCATTTCCACAA
CAACCCGTCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACCACAACAACCCTTCCCACCG
CAACAACCATTTCCACAACAACCACCATTTGGGTTACAACAACCCATCCCACAACAACCA
CAACCATACCCACAACAACCACAACCATATCCACAACAACCCTTCCCACCGCAACAACCA
TTTCCACAACAACCCATCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACCACAACCATAT
CCACAACAACCCTTCCCACCGCAACAAGAATTTCCACAACAACCATCATTTTGGCCACAA
CAACCATTTCCACAGCAACCACCATTTGGGCTACAACAACCAATTCTATCCGCAACAACC
CATCCCACAACAACCACAACCATACCCACAACAACCACAACCATTTCCACAACAACCCTT
CCCATCACAACAACCATTTCCACAACAACCACCATTTTGGCAACAACAACCAGTTCTATC
GCAGCAACAACCATGTACACAAGACCAAACACCACTCCTACAAGAACAACAAGATCAAAT
GCTTGTGCAAGTACAAATACCATTTGTTCATCCATCTATTTTGCAGCAGCTAAACCCATG
CAAGGTATTCCTCCAGCAGCAGTGCAGCCCTGTGGCAATGTCACAACGTATTGCAAGGTC
CCAAATGTTGCAACAGAGCAGTTGCCATGTGTTGCAGC

Homology of Contig U35_315 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None