barSeed - Barley Seed Development Database

Probe ABC00270

Source Contig ABC00270

barSeed

Links

Affymetrix Source Sequence (1788 bp)

>ABC00270 1788
TTGGTAGGGAATTGGTTGTTGGGGTTGGGGAAATGGTTGTTGTGGTTGCGAGGGGAATGG
TTGTTGGGGCTGAGGAAAAGGTTGTTGTGGTTGCTGTGGGAATGGTTGTTGTGGTTGCTG
GGGGAATGGTTGTTGTGGTTGCTGTGGGAATGGTTGTTGTGGTTGCTGGGGGAATGGTTG
TTGTGGTTGCTGTGGGAATGGTTGTTGTGGTTGCTGGGGAATTGGTTCTTGGGGCTGGGG
AAATGGTTGTTGTGGTTGCCTGGGGAATTGTTGTTGGGGCCGAGGAAGAGGTTGTTGTGG
TTGATGGGGGAATGGTTGTTGTGGTTGTAGGGGGGTTGGTATTTGATATTGGGGAAACAA
TTCCTCTGGTAGATAGGGGAAATATTGTTGGGGTGTGTGAAACGGTTGCTGCACTGGAAA
TGGTTTTTGCGGTAGATATGGGTTTTGTGGATATGGCTGCTGCAGATATGATTGTTGTGG
TGATTGCAACTCTTGGCTGCTAGGGTTTAGTTGCCTAGCGGTAGTGACGATGCTCATCAC
CATGGCAAGGAGGACAAAGGTGAGGAAGGTCTTCATGTTGGATTTGTGGTTACTATTGCT
TTCTTGGAATTGATGTTTCTGATCTTGGTGTGTGTGCCAATTGGTCTAAAGATGGTTTGT
AGTATTGTCATTGAAATCCTCAAGTTGACCTCTGATGAAGCACCTAAGCATTGCGGCCTG
TGTTGGATTGTTGTGGGTGACAGATTTGTTCTGGTTCACACGGATATATGGTGTTGGTAC
ATTATTGTATAAAAGTCACGCTCTGTAAAAAAGGCGGAGAGTTTAAGCACCATCAATTCC
ACATCCAGCAGTGATTGATACCCAGTTCAGTTCTGCAGCCCCTTCGACTTGTGTTAGTTG
TAGATGTTGAGAGTGAAGCCTTGTGCAGTGTTCTTTGGATCTTGTCTAAGCCATGTGCTA
CCTTTCTGTGGAGATCGACAATGTTGATGCCCAGTGTGGTCCGCACTGGTATTCAGGAAT
CAGGGCGACGCTTTTATCTTGTTTTATACTGATGATGGTCTTGTTGATTTTGCAGATGTG
AAGGATATTAAGTGCGTGATTAATTTTGATTTCCCGACAACTATCGAAGATTATATTCAC
AGGATAGGTCGAACTGGCCGTGCTGGTGCTACTGGAATGGCCTTCACGTTCTTCACCCAT
TCCAATTCAAAATATTCAAGGAATCTCGTTAAGATCTTGCGTGAAGCTGGACAGGTTGTG
AATCCAGCGCTAGAAGCTATGTCCAAGTCAGCTGGTTCCATGGGAGGAGGAAGTAATTTC
CGGTCAAGGGGCCGAGGTGGGTTTGGTGGTGGTGGGTATGGTGGTAACCGTTCTGGATCG
AATTCCATTCCAGTACGTAGAAGATACTAAGAAAGAAGATCCATTCTCATGCTGGAGAAG
ACAGAAAGATGAAGTTTTATCTGCATACATTTAGGCATTAAATTAAATACATTTTTTGGG
GGAATTTCTTTGAAATCCTGCAACTGGTAGAAGATCGAAACAAAGTTCTTAATATTTTTG
TACTGGGGCTCATATGAAAAGGAACTCATGTATCAGCGACTATAGATTACGATAGTCCAA
TCGAAACAGTGAACTAAGCATGTATTTTGTGTCTAATTGTCGGAGATGCCCTTTGTGTTG
CTTCTACATTAGTCGTCCCTGTGTTTGCTTCTGTATCTCTCTGTATCTGAAGGGCTCTCC
CATATCCAACCGAAGTCGAGGTTCNNANNANAAAAAAAAAAAAAAAAA

Probe Sequence's BLAST hits in Barley MLOC transcripts

Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Agilent Probes on MLOCs	Affymetrix Probes on MLOCs
MLOC_58279.2	3860	0.0	1 - 1100	100	1100 / 1100	CUST_36075_PI390587928 CUST_36073_PI390587928	ABC00270 ABC00658
MLOC_58279.1	2494	0.0	1 - 661	100	661 / 661	None	ABC00270 ABC00658
MLOC_58279.3	2350	0.0	1 - 660	100	660 / 660	None	ABC00270 ABC00658
MLOC_29227.1	492	6e-173	20 - 491	90	438 / 488	None	ABC00270 ABC53003
MLOC_71443.1	725	4e-165	60 - 683	84	529 / 629	None	ABC00270 ABC49398 ABC53003
MLOC_23452.1	436	1e-155	15 - 436	91	384 / 422	None	ABC00270 ABC49398 ABC53003
MLOC_46440.1	875	2e-132	613 - 875	99	261 / 263	None	ABC00270 ABC49398 ABC53003
MLOC_20043.1	597	8e-132	10 - 474	85	400 / 468	None	ABC00270 ABC49398 ABC53003
MLOC_32170.1	243	1e-124	1 - 243	100	243 / 243	None	ABC00270 ABC53003