barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_8320_PI390587928

Source Contig U35_20259

barSeed

Links

Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_8320_PI390587928	Hv_44K_v2	ACCGGAGACCCTTTGATTGTAAAAAGAGGCTCCTTAAAAATTGTTTGGTGTTACGATTTT	1936	GeneList: None MasterList: None

Probe Values

This probe has no recorded values for this experiment

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	AK373317	3230	7e-23	3116 - 3176	98	60 / 61	plus	ABC11577 ABC12905 ABC39250
Harvest21	ABC12905	875	3e-25	1 - 60	100	60 / 60	minus	ABC12905
Harvest35	U35_20259	1996	3e-25	1937 - 1996	100	60 / 60	plus

Contig Sequence (1996 bp)

>U35_20259 1996 Hv_44K_v2
TACATATTAAGATTTATATTCTACGGCGATGTACCTTTTAAAGGAAAATTACATCGATAA
GGAAAATAATAAATGGAATGATTCGCACGTGAAAGTCATAGTGAAGATGATATCCTACTA
AAATGTTTTCTTGCTAATGAAACGGGGGACAAAATATTTCTCACTATATTCATTTGTACT
TATAGTTCCTGAAATATGTTTTTATTTATTTTCCTATGTTATTGCTCGGGTCCAAGCCGC
TGCACACATGGAGGGTGTGTTAAACATTGCTTGTGGTTCTTTAAAGTCCAATTTCTTACA
TTCCTATGTTGTATATATTTATGTCCTATAGTTTCTATATAGATTATTGAAATTAGGTTA
AATCCCATGATCATAGAATTCCCCTTGCGCGTGCAAATGCAATCTATAAGTTTAGACATG
CATTGCACCTTGTATGCTTTTGCTATATTGAGAAATACGTAAGCATATTAACAAGTACTG
AGATAATTAGGTTGTGTCTTTACATGTCCGGCGTTAAACTATTAACATTTCTTGAAACTC
ATTTAAATTAGAGTTGATCTGTACTAATATTGTTTTGAAGCCTTTGGAATAACTTTTCAA
TGTATATGAATTCTGACATCTGGTTGTAATATTAGTCGAGACGTGCGTTGCACGTGCACG
TGCAAAATATTCAGGTATACTGTAAACATCCGTAGCTATACACCTATACCTTAGTGGCAC
ATTTTACTGTGGTAGTATGTTTATACGTAAAAGAATTAAAATCTGATATACCGAGACTAT
CATAATTCATGCATGTTTGTGCCTTCCAAAGATACAAATGTTGGATGCAATAAGAAAAGG
GTTCTAACTGTTCCAAACATGAAAGTAGGCATAATAATACTTGACAGTATATCCAGACCT
TCATTTATGTGCTTAGTGTTATGTGACGTGTTCCAAATCTAGGGAGTGTACTCCTGCATC
ACCTTCATTAGTATACATTTCTTATTTCAAGTTGCTATTGACAGATGGACAGTCGTAATC
CACATGCATCTCCGTCAGGAACCGGAAAACGTTCCCCGGTTAAGGACCCGACGAACACAC
CAGCTCATTTTCAATTGCTTAGCCAAGGTTCGGGGATGTGATCCAGGTTTCCAGAATGTG
GTCCATCTGGGTTAATCGTTGTGATGGTAGCTTTCAACGATGGTTTAGTCCGGTCGATCT
TATGAATGTATGAGGGCAAAAAATTCCGCTTCCAGTGTAAACAAGAAATTATACATAGTT
GATGCCCAGCCAAGAGCAAATGGGGCAATGGGTGGTGGCTGAGAGTCATCTTCTAATTAT
GCAAAATCCGAGGAATACAAAACATCCACACAATGAGAGATAGTGTTTCTCGCCTTAGGG
ATTATGTGGATGCCCATGGGTCAATATCATCAAATGGTTCCTCTTTAGCTCTATCCCTTG
TCGGAGACTGGGCAAGCATTTGATTTTTTTTCACACTTTAATGTATGCATGTTCACCGAG
AAGCAAACAAAAGAATAATACCAATATTTTCTCTTTCAGATAAATAGGGGATCAACCTGG
GGTGGAGGTAGTCTTAATAGCATGATAATTTTCTTCGATGTTAGGGGGTGGCTAAATCAT
ATCCAAAACACCTGATTGGTGCTTCATGGATTGTTGTACAAATTGCCCAGGAATACATTA
TTACTAAAACAAGTAAGAATGGCCTCATGTTGCCTTTGAATCTGATTGGCATATATTAGT
GGAGATATGGAACTCAAGAAAACATAACAGATTGGAGATTATGGGCCTCCTGTCAGAAAT
TGAGTCCAGCCAAGCCTTTTGTTCTTCTGTTGTGTATTTTCTTCTTAGAGAGGTTAGTTT
TGTATGCACACTTGTGTAAAAAGCTGCCCCTAAAGGTTAGTGACCGGAGGCTATGTCGTA
AATTTTAATGCAAGTGACCGGAGACCCTTTGATTGTAAAAAGAGGCTCCTTAAAAATTGT
TTGGTGTTACGATTTT

Homology of Contig U35_20259 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None