barSeed - Barley Seed Development Database

Probe CUST_17099_PI390587928

Source Contig U35_13211

barSeed

Links

Probe Details

Probe ID	Chip	Probe Sequence (60 bp)	Probe location	Differentially Expressed
CUST_17099_PI390587928	Hv_44K_v2	TCGATTGAAGGAGCTCCCGCGGTTCTATTCCTTGTCGGAGAAGACGCTGGGAAGGTGAGT	80	GeneList: None MasterList: None

Probe Values

This probe has no recorded values for this experiment

Probe Sequence's BLAST hits in Barley Unigene Datasets

Dataset	Hit	Hit Length	E-value	Position on Hit	% Identity	Match	Direction	Probes on Sequence
MLOC	MLOC_75747.2	978	2e-24	107 - 166	100	60 / 60	plus	None
MLOC	MLOC_75747.1	2150	2e-24	163 - 222	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.2	3468	2e-24	403 - 462	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.1	2879	2e-24	403 - 462	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.3	1916	2e-24	403 - 462	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.15	3604	2e-24	165 - 224	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.6	3422	2e-24	336 - 395	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.5	3001	2e-24	336 - 395	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.7	3494	2e-24	336 - 395	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.8	3140	2e-24	336 - 395	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.17	2803	2e-24	163 - 222	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.11	2649	2e-24	171 - 230	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.4	3129	2e-24	403 - 462	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.12	3110	2e-24	170 - 229	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.13	1518	2e-24	170 - 229	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.16	3575	2e-24	165 - 224	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.14	3427	2e-24	170 - 229	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.9	2461	2e-24	211 - 270	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
MLOC	MLOC_75748.10	2644	2e-24	211 - 270	100	60 / 60	plus	ABC14726 ABC47837
JLOC1	JLOC1_50526.16	2591	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.15	1636	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.14	2399	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.13	3125	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.12	2097	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.11	3423	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.10	3066	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.9	2590	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.8	3110	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.7	3075	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.6	3414	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.5	2808	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.4	2817	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.3	3400	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.2	1627	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50526.1	2460	8e-25	261 - 320	100	60 / 60	plus
JLOC1	JLOC1_50527.1	3700	8e-25	3381 - 3440	100	60 / 60	minus
Harvest21	ABC21711	605	3e-25	81 - 140	100	60 / 60	plus
Harvest35	U35_13211	605	3e-25	81 - 140	100	60 / 60	plus

Contig Sequence (605 bp)

>U35_13211 605 Hv_44K_v2
TGGACTCCCCCGGGCCTGGCAGGTAAATCCCCAATGCGAGACCGCACGAGAAACTCCCAT
GGCCGCTCGCCGCACCACCATCGATTGAAGGAGCTCCCGCGGTTCTATTCCTTGTCGGAG
AAGACGCTGGGAAGGTGAGTGCCGGGTGCGACGCCGTGGAGGGGCCGTCCGCGAGTCCGA
GCACTCCTGGCCAGAGGAGGAGGGCACACCACGTACGCGTGCATCGGGCAGAAGACCGGC
GTCGCCGGGCTAGGGCCTGCGCCTCAGGCTGCTAGCGTTCCGACGGCCTGGTCGGGAGGA
TCGAGGTCGCGCCGCACAGGAGTGCTGGGCTGCTGGCTGTCGGTCGACGTCGTCCGTGTC
GAGACGGCTGCGTCGTCAGGCCGAGTTGGAGGCTGCGCCGCGCGTGCCCGGCACCAACGT
TCGTGGAATGGCCGCGCCTGGTGCTTGACGCGCGTGCGCCGGAGGGCACAGTCGCTGGCG
GTGCTCTGGCCATCGGATACCGATGGGAGCCACGGGCTCGACCGACGCCGTGCTTCACAA
CGAGGCCCGAAGTCAACGGCTGCGCCGAGGACGTCGTCTCCGGCGCGCTGCAGAGGGCCA
CACCA

Homology of Contig U35_13211 to Model Species (E-value threshold 1e-50)

Pseudo-peptide dataset	Hit	Hit length	E-value	Description
Rice v7	None
Brachypodium v1_2	None
Arabidopsis v10	None