Map Locations of contig_99144 (10535 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_99144

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_81957 2 1346 bp MLOC_81957.1 Available Available LOC_Os01g14650.1, FRAME:-1, EVALUE:3e-133, 13101.m01611 protein expansin precursor, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_81957






Contig Sequence (10535 bp)

>contig_99144 10535 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GAGGTGTTGGATTTCTTATGGCATTGACACCAATGCACTTTTGTTGTATATAAATGACAT
TTTCTCACTTCTCTCTGTCTCTTTTCTGACACAAGTACCTTTCCGTTGTGTAGAAAGGGT
GTTTTCTCACTTCTCTTAATCTTTTTGCTTGCCTTTTGGCATGATTGCTTGCCTGGATAG
AGTTATTTTTCAAACTCAAAAATAATTTATCAAACTAATTAGAGAGAAAAATTGGGGCTG
CGCAGCTATCATCATGGGTAGCAAATTATTTCTAGTATTATTTTTGCATGATTCTAGGGT
ATCCTACATATTTTATGCTCACAATGCCATAAGCTTATAGGCAGAAACATATACTTTGTA
CAAAAAGCGCATTCGTGCGTGAGGATGCAGTGCTTGCCGGCTAGTCAAATACACTGATCA
ACGGAACAACACACACAAATTAAACACACAACACATAAACATGAAACATCGTTCGTGCAG
CGAGTGTGGTCTTCTCGATCGATCGTGTGGTTAATTTGGGACCGGTAAAGAGGGATTACA
CGAATGCCGTTTAAATTTGGTTTCATGCAAGGATGCACAGGGATCGGTCAGTACAACTGA
GCCCCAGACGTGTACGTGCCGCCGAACCACCACCCGGACGGCGCGACGTTGTTGGCCGTG
ACGAGGCGGCCGTCGTCGGATTTGAGGCGGAACGAGAGGCTCTGCCCGTCGAGGTTGGCG
TTGCTCTGCCAGTTTGCGCCCCAGTTCCGGCTCATCTCCATCCAATTGGTGCGGGAGCCC
TTGATCCACATCTGCGCCACGCCACCGCTGCCGCCCACGTTGGTCACCAGCACCAGCTCG
AAGTAGCTGTGCCCGTTGATGGTGAACCTGATCCCGCCGCTCCTCTGGCAGCGCACCCTC
CTGTAGTTGACGGGGACGATGCCGGCCTTGTACACGGCGATGGTCTCCCACGCCGGCTGG
GCCATGTCGAAGTGCTGCCGCGGCGGGTTACACCAGCCACCATTGTCGCTGGCGAGCGCG
TAGTTGGGCGGGCAGAAGTTGGTGGCCGTGACGGTGATGGAGGTCCCCGGCTTGCACATC
CGCGACTTGCGCGTGTCGCACGCGATGGTGAAGCACGCCCCGCACGACGCGCCGTTGTTG
AAGAGGGCGGTGCTCAGCGCCGTCGTCTGCGTGCCGTACCCCGCGCCGTACAGGTTGCCG
TACCCGCAGGCGCCGCCTGATGAGATCAGCGTAAGCCATGGAGCTAACTAAATTTGGCGA
ACAAGATGTCGAGAGAAGAGCCGAATTGACTCACCCATCGTGCCGGACGCGTCGCCGCCG
CCGTAGAACGTCGCGTGGGCGGGCGTCCATTGAGCCGCCGATGCTGCTCTGAGCAGCAAT
GCGCAGAGCGCCGGGAGCACGAGCATCTTGATGACCGCCATGACCGCGTTCGATCCCGCC
GAGCAAGATGGTACTAATGCAAGATCGTACTCTGCTCGGAATGTGTCTTGCTTAACTGTG
CGTCTTGTGTTCTGCAGAAGCATGTGCCGGCACGCCTATATATACTGCCTTTGGTGCAAA
CAACTGCAGTTGTAACTACGGTACGAGCATTCATCATTCGGTCGCTACCGACCGGCTGAC
GGGGCCACGAGAGGGATATTGCCCTCTCATGTTGCAAGGGAAGATTTGCGGTGTGAAAGC
AAGCGTGCTTGCCGCGTCGGTGTTTTCTTTGAGAAGCGAGTATCTCGGCTGCGTGCATGG
TAGGCTGCTCTTGACTTTTCGCGCAGTTGCACGTTGAGTTCATGATTGGATTGGATTGGA
TTGAACGCTAATATCTCGCGGAGCAAAATTTTGTGCTGCTTATTACTAGTATATGAGATT
CCGGTTAACCGGTGTTCATGTGGCATATGCGTTCTCCCGGCTGCTTATGAGCGGATGAAG
TCACCTGTGACTATGAGGTGATGAGCATGTCATAACTGGCCCCCGCCGTCCTTTGAGTTT
TCAGCACCAACGGTGGAGTTACTCTTGTGGTTTGATCACTGCAAAATGCATGGTCAAGAC
AGTGTTTTTTTAACGCGGTACAAATGCAAATGCTCACATATACACTTTAAGACGCCACAT
TGGCTTCACTGCCACAGCCATACCATGTCGTTCTAGCTAAACTGAACCAAGTTCACTTTT
TGAAAATTTTATCGTTAAAAATCACTAATACTATGAAAATTATTGTTTTCTGTCAAAATG
AGAATATTTGTATACATGCACGTTGATAGTAAGAGACATGCGACAAATCAGACGGTTCGA
GGATAGGGGGACCAGACAGTGAAGACGGATGCGAGAGGCGACCATACAAAGCTAGTCCCA
TATGTCTAGTTACAGTTTGAAAGAATTTTGCGAAAATGAACAAATTTGAACACTTTCCAC
TGGACCAGTTACAGTAAGAATTGGTGGTGATCGGACCAATCGTCCCCCCCTCCTGGTCGC
TCCCGCCAGTGGCGCAGAGGGGAAACCCTAGCCACTGGCCCCCGAGCCCTCCCTCTCCAC
CTCTCCCCTCGCCGCCGCCGGCTCGCGCGGAAGGGCGAAGCCCTTTCTGCGTTGGGGGTG
GTGGGGCATGTCTTCCCCTGCTCCAACGATGCTCGCACGGGCCGACGAGATTGACTGGCG
GCGCAACACTAGCAGTGGGTGCGCTGGTGCGGTGGCGGGCGGCGAGGACCGCGCGGAGGG
CGTGTGCTGGTGGCCTGTGGGTGTGCGGCATGTGGCATGCCTGTGCAGGGTGCACCGGAT
CTGCAGCGGCGGCCACTGTCGGGAGGCACACTGGCTCCCCCGCGGTGGGTGACCGATGGT
GATGCAGAAGGACGGTGTGCCTGGCCGCGTGGGTGGCGGGCCGGCGACGGGCATGGAGCC
GGCTCCGAGGGTCTTCTCGTTGGCCCCTTGAGAAGATCTGGAGCGGTGGCCTCCTCCCTT
GTTCCTCTTCCCGCTTTGCCGGTTTGCGTTACCGACATCTCTATGTCTGGCTCATGCGAC
CGATGGGGATGGAAGGGTTGGTGGGTTTGGACCGGGAGAAACCATTGGCTGGATGCGTTG
GCCACGATGCCGATGGCTCTCTTGACTCGTTCTCCTCTGCTCGCAACATCGATGTCCTTC
TCTCACCGTCTACCTCTGCAACCTGGGTGAAGGCCTAAACTCTCCGGTTGGGTGGTGATG
ACGCTCCGACATCGTTGTCCTTCTTGAAGGCGCCACCTTTGGTCGGCGGAGGGGTGGTCG
AGGCTTCGGTGCAGGAGGTGGGTTGTCCTTCTTCAGTGATATTCGTACCCGGTTGCTTAC
AGTTGAATATAATCCGACTACGGCGGTGGCGATGTATGGGATGTGGCGTTGCGAGCAGAG
GGTGGTCGTGCATGTGTCTTCTCCCCGTCATCCAGTTGACACCGGCCTTCCGCTTAGGGT
GATCGGCTTTACCTACCAACGTCGTGGTGTCATACAATCTGGGGCAAGAGGGTAGGGGGC
CTTCTTCGGAGGTAGAGACGGCTGGTGGATCGACTATGATTGGCCTCGATGAAGCTGATG
GAGCATGGCCTCCTCTAGCTGCGGCTCACTAACCTGTCTTAGTCGTGTCATGTGCAGGAT
TGTGTTTGCGGAGGGCCTTGGTGCTCAGGCTTGCACTTGTGGCTGCCGATGCTCGTTAGC
GACTCTTTCGGTGTCTTGTATCTTTACGTTCTTACTCTTTTTTTATATGTCCCGTTGTAT
GTTTGGATGGTTTCTTTATAATATAAAGGGGAACCTTGTATTGTCGAAAAATGAACAAAT
TTCATGTATATTTAACATATCGGACGATGTTGCTTCATACTTTGGATAACTTTGACATAA
AACCCGATCCTTCTCATCTAAACCTAAGAAAATTCATTATATTTAGACAGTACGGCCAGC
CCCACTGTAGCCACGCGCCAACGGTATGACAGAGTGGTTGAGGCCCTGCAGCCATAGTGC
CGCCTTGTCCGATCAAAGTCGGCCTAGGTTGGTGGTATGGCCGCCTTCAGTGTAGCCACA
CACGCTTCGATCAGTGATGCCAGGGGCACTATTACCACTCCTCGCCGTCGTGGTGAAGTC
TTGCCGTACAGAGTTGATGGGATGGACGCTGACTCGCCGGTTGGCGGGTCGCCCAAAGCT
GGCCCATGGTGTGCCAGCCGTCAAGCCGGACCGTGTCTTGGGAGCCGGCCCAGGGTGAAC
TAGACCAGGGGCCGTAGGCGCGAGGCAGCACAAGTGAGCCGGCCTTGATGGGCGTAGCCA
GCCCCGTTGTTTTGAAAAGAGGACAAGTGTACTTGAGCCTACCTGGGGTTATCCCCCCAA
CATGGGAGAAAGGTGGATGGGTGCAGTTGTGTCGTCGGCTGGGTTAAATTATAGGTGAAG
GGCAGACCAGACGGCTAGCTCCTTAATGGTGGGCGGCAAACTGACGAACAAGTGACGTCG
GGGTAGGTTCCTCGGCAATCGCCTACATTTAATGTAGACAGGCATACGGACTGATGTCGT
TTGAAGGAGGAGAGACGTGGCTTGTGCATCGGCCGGGGAGCCGCTCGGCGGCGCTCTCGG
CCGATGCCTTTGCTTCGGATTTAGTGATAAATCGCGCTGAGCCGGCATGAATTCGACGTT
AACACCGTAAACGACACTGACGAGTATCGGGAAGGAAAGCACGCGGGCGAGGAAGTCTAC
TTTTTGATGGGCTAGGTTAGTGTGACAATGGCATGACAGCGTTCGAGACTCCGTAAACTC
CTTATCTTTAATGTACCTTGGGTTTACGAAAACAAATGCGTTTGAACGGATTGATGGATC
GATACCGGACGATGGGAAAATATTTTTGGACCCATGCCATTGAGTCCCTGATACAACAAA
CCCAGCAACGAAAATACGGCTGATTACTACGGCTACTGCGGAAGACAGTATTTTACTCTA
GCTGACTTTCTACATACCGATCGATCCTCTCCGTTTTTGCGATCGCACGGCTCAATGGCA
ACTTGCACCCAAAGTCAAAACGTGATACTACACGGTGAGCTTCCATGCCAAAGTGCGTTG
TATTCTCGCGTAGTGCAGTGTAGTAATAGTAGTACGGTGCAAGAGTGCCCGGAAAAGAAG
AGAAAAACAAGTGCAGTGCGAGCGGGTTGACACTCGACGGTTGACAAATTCTGTGCCGAC
GATCGAGGACAGAACATGCTCCGTGCCGTAGAATAAGTTGCCATGCATGATTTCAGGGCC
GTACCTGGTAGTACCATCCGGAACCGTCGCGGTTCACGCAATTCTTTATGCACGACACGC
TATGCCTATGTTTCTCAGTTAGGTACGTACAGGTATAGTAGCACATGCTCAAGCGGAAAA
CCCGCCCGGCTAACGATTACGAAGTCCTGAGACACCGAATAATTCTGTAGGTATACGTAC
GACTTGGATCAAGCAGCTCATCCCTTACATAAATCAAGGTCAATCATGAGAGATTTCATA
TGCACGTTATATCGTAGCTGATGCTATTTGACAACCACCATTGGTTGAAAACTTGGGATG
ATTGCCAATGCCGCGGTGAGATAGCATTTACAATGCCCGCATGTAATGCCATATAAATAT
CTAGTATGTTAACTTATGATTTTACTTGCCAGTATTAATGTGATGATGTAAATTTAAATT
ATGCACGTAATTTACTTTATAGTTTGATGAGAAGTTTGATAAGTAAATTAAATTGGAATT
TTCTATTTCTAAATAGCGACAGGATACTAGCTATTTTTTGTAGGCATGCAAGTATGGCAC
ATGAGCAACTAATGCATGTAAGTCATAAATTACATTGTTTTTCATTACTTTATGCATGCA
AGCATCACATCATTAATTAATGCATGTTACTCTTAAGTTATTTTTTGCATTAGATTTTGT
ATTGGCAATATATATGTTGATCGCATTTACCATACATATATAGTTCACATTCACATTTTT
GTTAAAAATGCATTTTTTTCTCTTTTCACACTCTTTATATTTCGTTTTCATTTATAAGCT
TACATTCACTTTCCAGAAATTATAGATGTTTTTAGCAACTTTCATGATTCTTTTAACAAG
TTTTCCGCAACAACGCGCCGGGGCATCATCTAGTTGTTTTAGAAGGTATATAAATTAAGA
TGATTTGATTATCATACAGGAAAAGTTGGATAAGGGGGTGGTCGGAAGAAATGTGAAAGG
TGGAACATTACATTATTTTTAATTAGTATAAGTGATAGACCATTGACCTAGTTTCCAAAT
TAATTGGGCGCGAAAAATCATCATCGATGGCCTAATTTTCAAATTGATTTCATGCTCGGT
TTTCAAATTACTTTTGAATTAATGGTTGCGTGCGAAAGACGACCTACCCACTCCCCTTTA
ATAATATAGATTAAAATGATTTGCCTATCAACTTGAAGGGTTTTTTCGGCTACATGCAAA
AGTGATCTAGGTCTCGCGGTCGTCGCTAGTCGCCACCTTGACGGCATGCGTCGTCGATGT
TCAGTCTCACCTCTCCGCATTGCGGCAATTAGGTTGTTGTTATCAACCGACTTGCTAAGT
CAGGTTGTGTTCTTTCTTGTATGACCACTCCGTGCGCCTTGCTTTATGGACGATGTGTCG
TCTGGTCTCTAGTCGACTTGTTCCGTCAGGTCGCATGTCAATTTATGCGTCATGGATCGT
CAAGACCGTGTGCGTTGGAGTAATCCCATGGATGTGGTCGGCTTTGGTCTCACTGAGTAC
ATGCAAGCTTCAGTTGTTGTCCAGGGGCGGATTTGGTATGTACAAGCTTTCGTCGGGATC
AATGAGTTTGTTAAGTTAGAACATCGGGGAGGGGGAACTTTCGGACAGTTCATGAGCTAG
CGACGTTAATATAGTCGCATTCGCCCATGATGCTTTTCTTGTGTGAAACTAGGCCGAAAG
AGGAGATGATGAGAAGATTGATGGGGCGGCTGGGCCCCAAGGTCTTTTCTGTTGATACCA
ATGGAGTAAGCAGAGGTCTCGCTTTGTCTTGACATGAGTTGGGCTGTTTTTATCTGTGAT
AAGGATGATAAAGATATGTTGATGCCTTAGTGCATGTTCATGCCCGAACAATAAAGGTTA
ACATGTGTGTATGGAGAACCAAGGCCCGAGAATCGATATCTCATGTGGGAAAAGTTGCGG
AGGTAGCGTATTTGTTCACTATACAAGGCCAATATAAATACAAAATATTTCGAGAGCAAA
GTTGTTTGGAGGGCACATAAGAATAGCATTCGTAAACTCAACGGCACCAATGGATTTGCA
CATTCAGATCCTATTGCTGTGGGCAGGGTGGCAAATACTTATTTTCAAGATATTTTTATA
GTTGACCTCACTATGAATGCTTCAGTGACACTCAAACTTTTTAATTCCTTAGTCTATGAT
GTGAATAATGATTGCCTTTGTGCTCCGTTTACTAAGAAAGACATTTCACATGCTTTATTT
CAGATTGGCCAATTAAAGGCGCCAAGGCCGAATGAATTTCCGTCTAGATTCTTTAACGAG
AATTGGCTTTTTATCTAAGAACCTATTGTTTCTGTAGTCAAGAACTTTTTTCCACAAGTA
ACATTCCCGAAGGGGTTAACTCGACCACCATTGTCTTTATTCCGAAGATTTCAAATCATG
TTTAAATTACTCATTATATGCCTATTAATCTTTATAAATGTAATTTACAAGGTCATCTCC
AAATGCCTTATGAATAGACTGCGACCTTTGTTGGAAGATATCATCTCTCTGAAATAGAGT
GCTTTCATTCCGGTGAGGATGATCACAGATAATACCTTGGTTGCCCTTGAGTACTTGCAC
CATATCAAGTAAAAACATATCCAACTAAGACCTTTGTGCTTACAAATTGGATTTTTCAAA
AGCATATCTTAGGGTTGATTCGGTGTTCTTGAAGCAAATGTTGCAAAAGTTGGCTTTTGC
TCGCCGTTGGGTTGCTTGGATTATGGATGATGTCACATGGTGAGGTAGTCTATTAAATTA
AATGCGGCCCACTTGGATATTTTTGCAGCGTGATGTGGGCTTCGACAATGGGAACCCCTC
TCATCCTTTTAGTTCCTATTCGTTGTTGATGGCTTATCTACAGTTCTAAAGCATACGATC
TCGACTAGTAATATTACTCCTTTGAGAAGCCGTCGAAGAGCTCTGGGCATATCTATGTTT
TGTTCATGGACAAACCAATGTTATTTTTAAAGTGTCACATGACCAATCAGTGAACGTTCA
ACTAGTTCTCGCATTATATGAGACAGCTACAAGACGATCCTTGAACCCTAATAAATGCTC
TGTTTTGTTTCATGAGTCTTGTCATGTGGTGATTCGTGAGCATTTGCCCGGTGCTGAATT
TCACAATCTTGGTGTCTGAGGAGAAATATATTGGTTTCCTAACACTAGATGGTCGCGTCA
CTATAAAAAAACTTCTCTCTTAATACATGTTTGTAACACTGGGTCATGTTTTCTGCTATG
CAAGTACATCCATTTATTGTCATACATGTGTTGTCGCAAAAGTGTTGTATGCCAACACTC
CATTTATTGTCATTGAAGTATCCACTTCCATGATGATAAATGGTGCGTCATGAAAGTGTT
TTTGTCAAGGATAACCGACATGTGGCAGCCACCATAGCAGGACGTCATTAAGCTATCGGT
AGCCAGTTTTGGATCTGATACTCGTTAACAGCCACAACAAATGATAATTTTCAACGTGTC
AAATCCTCATTCCCCGAGGGCACCGCATGTCAAATATTTGTTGCAAAAAAATTCACTCAT
CCAATGCAGGAGATGCTCCTATGGAACGTCGACACGTGACATGGCACTACATCGACACAT
TAAGTTAAAAAGGTCGACCCAGTTGACTCGGTCAAAAGTTAGTGTGCCCGCCCATTAAAA
GCATGTTAATCACATGTTTACACATAGCTCATTTACGATCCGGGTATGCACGACCCGCTA
TGGACTGTCCAAATTCGTCCCATTAGGTTCATGTGGGCCATTCAATATGATTCGAATTTG
TTGATACATTTAGCCCATGTGTGGCTCATGACGTATTTTGGGCCATATGAAGCCTTTTGT
ATATCTTGGCTCTTTTAACAGTCATAGTTATTTTAACCCACAAAGAACTGTAAATTTCTT
TGGACCCATTTATGGCCCATGATTCACTTAAGACGTCTCTAGCCCGTTTACCTTTCGGCC
TTTAAAGGGACCCTATATTCTTGGACTCAGTTCCAGCCCTCGATTACTTTCGGTCTATTA
CACGCATGTTCTCCTTCTAGGCCAAAATCAGCCCATGGTTGCATTTGACCTATTGGTGTC
CTGTTAATATTTTGGGTCGTTTCATGTCATCATGTATTTAATCCCACTAACGACCCATTA
TATCTGTAGATAGTATTAATCATGTCATGTCTTCTTGCCTATTAACGACTTGTTATGTAG
TACACTCATCAACGGACCATTCCATTGTTAGCCCGTCTATGGACCATATGGAGGTACGAG
TATGGACCATGAATAGTATAGCTTAAGTGTGGCCCATGGATTCTACGCCCCGTAGGAGGC
ACATGGTTACCATGGTGCATATGTGGACCCATGATTAGTGCACGCACTAGCGAACCGAAG
AAAAAGAATTGTAGTGACTATACACAAATAAATAAGAAAGACTACAAGGAAATGAATAGG
CAAGCAATTGAAGCTAGGATATTATGGCTATTACACATATTACATTCAGTTGGAAACAAA
ATTTTCCACTAGTGGAAATATAGACAACAACATAGCAACATATTACATACATTGGGTGTC
AAAGTTGGCCACAAGTGCAAATAAACGCGGCAACACAACAAGTCCAGAACTAAAACCACT
TAGAAGAGCTCAGGAAACGTTATCACATGGCTACCCACCATGTTGGCAATAAGCTTAAAA
CTCTTATTAGCTTTCTCTTGTTTATCCCTAAAATCCTCCAACACTTGTTTTTGCACCAGA
ATCTGTGGATCTAAATTCTATATTGACTTCCTGAGTGCTTTGGCTTCTTGTTGCAGCACA
ACCTATGAATTTTCATTGGGATCTAAGCGGCTAGGTAGAAATAGAGGAAACAACGTTGTG
TTCATCGGGAAAAAGGCGACTGGGTTGGAATGTGTCTTGTTCATCGAGAGCCAACCGGCT
GAGATAAAACAACCAATACGGAGTCATGTTCATCCAAAACAAACTATCTATGGCCGAATG
GGGTCATGTTCATCGGGAGGGGTGTGGCGTACCATAAAATGAACGGAACGGACTTCCTTT
CAGATGCCTACAACCAAAACGGGGGCATGTTCATCAGGAGGGATGTGGCCTACCGCAAAA
CGGATGAAACATACTTCTCTTTAATCACGTATGGTCGAAACGGGTCATGTTCATCGTGTT
GGGGTGTGGCATACAACAAACGGACTCCATGGGATAGTGTTCATCCAGTGTCGTGGGTAT
AAGTCTGATAGTAGAAGTACGGGGTACGAAAGTATATGGGCAGAGCCTTAGCTACCGTAA
TAACTTCGTATAGCATACATGATACGAAGTTATCG