morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_97932
Source Contig contig_97932
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_97932 (6500 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
Predicted Genes from contig_97932

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_81732	1	998 bp	None	Available	Available	None
MLOC_81731	2	3104 bp	MLOC_81731.1	Available	Available	LOC_Os03g40020.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13103.m04337 protein PPR repeat containing protein, expressed
CDS Structure of MLOC_81732

CDS Structure of MLOC_81731

Contig Sequence (6500 bp)

>contig_97932 6500 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTATCTATAATATTTGGAAATATAAACGGAAGTAAAAAGTTTGTGAAAAAAACAAGGTCT
AGCATTGGATTGCAAAGTGACGGTTGAAGCAATCAAGGAAGGAAGCGCATCATCGTATGA
TGCAGTAATACATGAAACAATCTATGTGGTTGGATGGTTAGAGGGACAGTGTTATCTTAA
GTCTATCATGGTTCAAGTTTTGGTGCTCGCATTATTTTTGGATTTGTTTTAGAATTTTTC
TACAGTACGCTTTCAGTGGGAGGAGACGTTTCTGTCTGTCAACAAGGAGTCGTCTCTAAT
GACTTTGTAAATCTCAAGATAATATGTCGGCTCAGTCTCTTAAAAATGCTCGTAGAAATA
GGGTATGAGTGTGTATGATATTGTCGCAGAACACCACATTGCGTATTTCGACCGTGGTAT
TTGCCGCCGCTGGATTGAGATCCAAAGGTAGAGATTAGATTGGTACACAGGATGACGAAG
GTTCAACTCCCCCCTCCCTTCCCCCTATCCTATCCCCTTCTTCACCTCCGGCCCGTCGCC
ACTCTGCCCCTCCCGTATTCCTCCTCCGTCCGCCATAGCCTTCTCGCCACGAGCTCCCAA
GCTCCCCTTGCGTCAGCTCCCCTCCTCCTCCCCCGCTTCCCACAAAGAGCAACTCGCCCC
TCGTGCGCACCATCTTTTCCCGTTGACAAACCGCCCCGCCGCTCCTTGTGCGCCCGCCAG
ATGCTCGTGATATTTCCGTAATGGCCTTCGCAATGCGCCTAGCCTCCTGCCCCGGCGCGT
CGCTGCAGGCGGCGACGGCCCGGCCGTCCAACCTCGCCTCCCCGGCGTCGCGGCCGCGGC
CGCGCTGGCGGTGGCCCCGTCTCGTGCCGTCCGCGGCCACCTCCGACCAGCAAGCGCTTC
TGTCCGCCCTGCGCGAGCAGGCGGACCCCGAGGCGGCGCTCCGGATGCTCAACTCGGCGC
TCGCACGGGACGACTTCGCGCCCGGCCGCGACGTGTACGAGGAGATCATCCGGAAGCTCG
GGACGGCCGGCGCCTTCGACCTGATGAAGGTGCTCGTCAGGGAGATGCGCCAGGAAGGGC
ACGAGGTTGGCCCGGGCGTGGTGCTGTCGTTTTTAGAGGGCTACGCGCGGCTGCACATGC
TCGATGATGCCTTCGACTTGGTTCTGAACCAGCTTGACATATTCGGCATTCAGGGAGACG
CAGTGGTGGTGGTGTACAATCACCTTCTCCGTGTTCTTATGGAGGGGAGCAAGATCAAGC
TCCTTGACTCCGTTTATACGGAGATGAGCAGTCGGGGCGTCAAGCCTGACCTGGTCACCT
ACAACACGGTGATCAACGCATTGTGTCGAGTTCATCAGGTTCGGACTGCCGTTTTGATGC
TGGAGGACATGTCTAGCAACGGCGTGGCGCCTGACGAGGTGACATTCACTGCGTTGATGC
AAGGTTTTGTCGAGGAGGGGAGCATTGAGGCGGCACTGAGGATGAAGGCACGGATGTCAG
AAATGGGATGTTCGCCAACGAGTGTAACAGTCAATGTTTTGATTAACGGGTACTGCAAGC
TGGGAAGAGTCGAAGATGCTCTCAGTTATGTACAGCAAGAGATTGCAGATGGTTTTGAAC
CTGACAAGGTCACGCTCACTACATTTGTTCATGGTCTGTGCCAAAACGGGCATGTTGATC
ATGCCCTCAAAGTCATGGATTTGATGCTCCAGGAGGGCAGCGATCCAGATGTTTTCACCT
ACACTACTGTTGTGAACTGCTTGTGTCAAAATGGAGAACTTGACGAGGCTATGGCAATCA
TAAATCAGATGGTGGATAGCGGTTGTTTGCCTGACATTACCACCTTCAACACTCTCATCG
TTGCTTTATGCACAGAGAATCATCTTGAGGAAGCCTTGAACCTTGCACGTGATCTAACAG
TGAAGGGACTCTCTCCAAATGTTCATACTTTCAACATTTTGATAAATGCCCTTTGCAAGG
TTGGAGATCCTCATCTTGCTGTTCGATTGTTTGAAGAGATGAAAAGCAGTGGCTGCACCC
CTGATGAAATTACATACAATATATTGATTGATAACCTGTGCTCATCTGGGAAGCTAGCCA
AAGCTTTGGATTTGTTGAAGGAGATGGAAATTAGTGGTTGTCCTCTGAGCACAGTGACAT
ATAACACTATAATTGATGGGTTATGCAAGAAACTGAGAATAGAAGAAGCAGAAGAGGTTT
TTGATCAAATGGATGTAACAGGTATTGAAAGGAATGCGGTCACATTCAATACACTTGTTG
ATGGATTGTGCATGGCCGAAAGGATTGATGATGCAGCACAACTTATTGAACAAATGATAA
GTGAAGGGTTGCAACCTAATAATATCACTTACAATTCTATTCTAACTCATTACTGCAAGC
AAGGAAACATAGGTAAAGCTGCTGATGTTTTACAAACTATGACCGCAAATGGATTTGAAG
TTGATACAGTTACATATGCAACACTCATTAATGGCCTGTGCAAGGCTCGTCGGACTCAGG
CTGCTTTGAAGCTTCTTAGAGGTATGCGGATGAAAGGGATGAGGCCAACTCCAAAAGCCT
TCAATCCTGTGATCCAGTCTCTGTTTAGAGGGAATAATAGCAGAGATGCTCTGAATCTGT
ATAGGGAGATGACAGAAGTTGGCGAGCCTCCTGATGCTTTGACATATAAAATTGTTTTCC
GTGGTCTCTGTCGTGGTGGTGGCCCTATTAAAGAAGCTTTTGATTTCCTGGTAGAGATGG
CAGATAAGGGTTTCATACCAGAGTTTTCATCATTCCGCATGCTAGCTGATGGTCTACTGA
ACCTGGGTATGGATGATTACCTCATAAGTGCTATTGAACTAATTGCAGAGAAGGCCAACT
TCAGAGAGTCCGATGTTTCTGCAATAAGGGGTTATCTCAGGATTCGTAAGTTTTATGATG
CATTAGCAACTTTTGGCCGTCTCCTGGATATCAATAACCCTCGATGGACTTATCGATGAA
ACATGAGAAAATAGTATCTGGGAAAGTACTGGGTACATGAATTTTTTTGCTGGTTAGTTC
ATCAGGATAGATCTTGTTTAATTATGAATAGATGACTATGCTTGTTACTTGGTGGGGATG
AACTCAGCATGTAGTAGATGCTTATCTTGCTATTGAAACTCGTGAGAATTGTTTATCACC
ATTTCCACTGTGAACACTGTTTTTTGAGTTATATATTTTAGGGGTACTAATGTCAGATTA
TGTTGCTGCCATTTCAACTAAGTCTTCATTTATCAGTCTATTATGTCTTCACTTAATCAT
GTTTTCATATTAATTACAGCTAGAAATGTTAGCAGCAACCTATATTCTAACTATAAAAGT
ATACAATACCGCATCTCTTTCCATGAAGCGCCTTGAGAACACACACGCGTAGGTGCTTCA
GATTTAGCTTGTGAATGTATCATGACCGAAGATGGTTTTATGCGGCCAAAATGAGGGGAC
AAGTTTAAGATTCCAAGTTGAAGAATGGTGTACATGTGAACATATATTGGTAAGGATCTA
CACATTGATACCTATATATTCGATCATTGCATAATTTTTTTATTACCATATGAAATCTGG
TAACCATCAGTTGTACATGAATAATGTGGATGCTTTAGAGACATCCTCAAGGAACAAGCG
CCATGGATTCCTAACAAACAGCTCACTGACTCACTGACTCAGCTTGCTGTATAGAATGAG
CAAGCAGTAAAAAAGAAGGAAACTGAGAATTTTTCATTTTGCCATTTTCATCGTCATTTT
CGAAGATATGCCACCATGTTACTGGAAATTGTTTGCAGTATGTAATGTCTTTAGTGCCAT
TTGGCAAATCCAATAAAAGGACAAGCTAGCGAGCACCCCAAAGCATGTTCGAAACATCTT
TTTAATCCTTCCTGAGCTAGATAATTCATACGGATAGAATTGGAAAGGTAGGTACGTATT
GCCTGTTGGGGATCACAGCACCCTGACCTCGCCCTCTTTGATCGGGTGATGAGAGGAACT
CTGCACCTACTCGCTAGCGATGTGATTTGGAACATGGTGTGGGGCAATTTGGCTCTGCAA
CCAATCACCCCGCAGTGCCCAAGCCACAAAAGTAGGCACCCCCTTAGAGGCAACAGTCGA
GGCGGTTGTCGCTATTGAGCAGGCATAGCTCATCCTCCGTGAGAATCAGCGCAGAGTGTT
GTGTATCCTATTCCTACCATGTAAGTGTGGAGATGTAGAGGCAACACCCGTTCGAGGCCA
TGAAAAGGGCCACTAGGTGGTAGTGACACCAAGTTATATGTGCCTAGAACTTCTTGCTGA
TATGTTCTATGGTGCCAAATCTGATATTTGGTTACTAGGTAATAGTCATTCAAATGTAGC
AAACTTTACAGACAAACTGAAAGATGTAAGTCTATGATTGCAATGTTTAAATCACTATGT
TTGAGGATGTTGTATGTATGAAATGACTGCTCCCAAAGCTGCATTTAAAGCTTTTGTAAG
TTCTGAGATTGCTTGTATTCTTATCTAATCAGTTTGAAATTTAAGCAAGTTCAGTGCTGA
ACTGAAAAAATAGTCTGTACATATTCTTATTGTCCCCAGTTGCTGCTGGTATTGTCTTTT
TTAGCTAACTAGCTTGCTGAATTAGGGGCCTCCCCTACAGTTTCCCAGTAAAAAGAAAAG
CTAGCTTACTGAATTTCGTAGTTTCTTACCTGCAATTCTGACTATTTATCATTTATTCAT
GTTTATGTAACTCAATTGACCTATTTAAGTGGACGTTTATATCAGCGAAATCTGGCTGAT
ACATTTGACTGATCCTCTCACCTTATGACTGGGCAACCTTCAACAGATTTGATCGATCAT
GATTTCATCCTTTCCATGGTAGGATATGCTATACTTATCAGTAAGATCACCAAGTCAAAT
GTACCACCGTTGCCAACACGATACTCTGGTGGATTGTAAGTTTCCGGGAATTATGCTTTG
GTTGTTTCCTTAATTTCACTTGTAACTTGAGTGGAGCTTGTTTCTCGAAGCTCATTCGCT
CATCTAGTAGGGACTTGTTAAGAGCATGCTACGGAAAAGTCCAGATCACTAATTTCTCGA
AAATCCTCTAATACGCATGTTGGATTCACTTATTAAATATAGGTTTTGCTCAAGTAAAAA
TCTTGTACTTGAAAGTAACATTCTTTTGTGCAGGCAGCTGGCCTACTCAACCATCCGCAC
TTTCAACCATCTGTCATGCAAATCCATTTGAAATCTTCTTCTGTTTGCAGTCTATTTCCT
GTTGATCAGTTTCGGAGTGACGAGGTTAAGAAATTTATGATACCCGTCGGGTCCATGTGC
AAAGGCAAGGGCCGGAGGAGCTCTTTGGGTAACGAAGGATTGTGACCTTGAGCAAACCTT
TGTATTGGAAGGAATTTTGTCACCTCTGTTCGCAGCATACAGAATTACTCCATCCAGTCC
TTTTTACTCCACATATAAGATCTGTGTCAAGTCAAATTTTACAAAGTTTGACCAAATTTA
TGTTAAAAAGTATCAACATCTAAAATACCAAATATATATAATGCGAAACTACATTTCATA
ATGAATCTAATGATATTGATTTGGTATTGTGAATAATGATACCTTTTTCTATAAATTTGG
TCAAATTGAGGTGCCTTTTCTTTTGAAGAAACAAATTAGAGATAATGTGACTTCATACAA
ACTTACATGCAGACTAAAAAGGACCGGAGGAAGATACTAAAACTAAAATTATAAATTTTT
AGTTGGGGTCACATCTCTGCATTTGTTATATGTTTTTTCTTACAAGTGTGGTAAACTAGT
AGTGCATTTGTTTAGCTGTGTTAGACCTGATATGTGACTAAAGGTATATTTGTTTAGTTC
TGTAACAACAATTGTTTGATGGTCTGTCTATATTAGTGGTCTTGTGGCCTCATGGTTCGG
GGGTAGTCCGCTTGCATCATGGGGTTGTGTCTTGATTGTCTTTCATGACCAACTTTGTAA
TGTTTTTTCGTCCTGGTTTTCCACATATTAACCGAACAACTCTCTTCCTCTTAATTAATG
AATAAGGTAAATTTTACCTCCGTTTCAAAACAATAATAGTGTAACAACATTTTTCAGTTA
GAGCATGGTAATGTACTATGCCTCATGCATCCAGTTTAGTTCTGTTGTAGGAGGCCTTTG
GAGTTTGTAGTTGAGTTGTTATTGTGTTGACCGGAGGACTCTCGTGAGTCTTCATGACAC
TTGGCGTCCTTGTGGTTAAGGTTTTAATACCTATTTCATTAACATGACTGTCATCAATAG
ACAATCCCGTCACACTCTGAGTAGTTGTATAGTCCTCCAAGCATTTCTTTTATTTCTATA
TCATAGGATAAGAGAGCAAACTAGTTGCTATTCAAACAAGTCGATAGACCTTATCCTCCT
ACATGATCCACTGTGGAGTTAGCACACTAATGCCCATTCTCCTATGTTTCAAAATTGGGG
ACTGCTACGCATCTACCGGT