Map Locations of contig_84484 (9986 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_84484

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_79332 10 2713 bp AK375202 Available Available None
MLOC_79333 1 493 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_79332






CDS Structure of MLOC_79333






Contig Sequence (9986 bp)

>contig_84484 9986 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGGTGACGTCGAGGGCAGAGTGGCTACACAAGGTAGAAGCCTCAATATTTGCTCTAAAGA
CGGACCGGTGGAAGATGGCGGCGATAGCACACGAGTGCGTCAGATCGGTTTTGTCCCCTA
GACCCGGTATGTGGCAGATGGCTTGACCGGATCTGCTGGGGCTTCCGACTTTTGATGTTA
AGCTTAGGTAAGTGATATGGGTATGTGGCCCAGCTAGCACCCCTTCATCATATGGATAGG
AGTAGCGACAGATGTTGCGAAGATGGCAGATTCAGACATATTGTTGTAATACTTTGTAAG
GTCCTCGAGAATAATCAATAAAATGGCCGCATGTATCTCCCTGATGCAGAGGCCGGGGGT
CATCCTCCTTTTCTAAAAAAAAATCTTCGATGCACCAATTCATTAAAATATATTTGACAT
AGGCACATGCGCTGGAGAAGCTGATTGTTTCCAAGCCCAGAATCACACATGAGACTGCCA
ATAAATGGCTTCCACCCCAGTTGGATCATGCCTGAGCAGGCGCAAGGGCTGCGACGGGAG
GTCCTATTGGACGCTCTTTGCATCCAGCAGCGCGCGGACGCACGGGGGAATCGCGACTGG
CCGTCCCACTAATAAAAAAATGTCCAAAACATTTAGATAAAGATTTCAGAACATTTTTTA
AAATTTTAGAACATTTTTTTGAAAAATCCAAAATATTTAGATAAAAATTCCTGAACATTT
TTTCAAATTTTCGAACAGTTTTTCAGATTCCCGAACATTTTTTCAAAATTCCGGAACAAT
TTTTCAAATTCCAGAATATTTTTTTGAAAATCAAGAATATTTTTTCAAATTCCAGAATAT
TCTTTGAAAATTCAGATCGATTTTATAAAAAGCAAGAACATTTTTCAAATTTGAAGAACA
TTTTTTGAAAATCAAGAACATTTTTTAAAACAGAAACTGAAAGGAAAATGAAAAAAGAAA
AAAAACGATTCAGAGAACCTTCTAAAAGTTTTCCAAAACTAAAAGAACCGGTTGGAACCT
CTAGAAGGTTTCCATAACTAGAACGCTCGGACAGTTATATGGGCCAGCCCGTTGCGTCGC
TCCTCGGACGCTCGCCTGTGCGAAGCGCCGACTGCTTGACGCAACGAGCGGCAAATAGGA
TATTCCGGCTGCGACAATGATATTTTACAGGAATATTACTAATATGTGGGTGCAGTGGCG
AAGCTTCATGGGCCAACCTGGGTGGCGGCCTCCGAGCTCAAATAAAAACTTGTGTATATA
TCTATGTATTATACCAATTTTTCCACTAAAAATCAACATATAGAGGTTTTGTTTTGCCCT
GCAGGGATATTACTAATGGGAAAATCTAAGTTACGACGCCGCACAGCGGCCTTCGCGTGC
GGCGCGATCGTGCGCGTCGTATTCTATCACAGTAATGCTACAGTGCGTCGCATAGTGCAA
CACTATTTCGCTACAGGAGAGCTATTGTCATGAGGGCTTATACTACACGGAGTTGTTTGC
TTTTGCATGATACAGTGACGTGAGGTGATGCTGTCTGGCATGCGCATTGCTTGTCCTGGT
GCTTTTTTTTACTACCACATCCTACTCTTTCTCTCTCTCACACATACATCTGAAATGAGT
AATGCATGCATGCTTGGTTTACTTTTCTTCACTACATAGAATACTCGTGGTAATGAGGTG
GCGGCGGTGCATGAACGTTATAAAATAACTGGCCACTAGTTATAATTTAAGTGGCAAGCG
TTGCAAAANNNNNNNNCAACTATAGTGTTTATAACAACTGACAAGCTTATATGAGATTTG
AGTAGAATTTAACTGACCAACACAACAAAACACTACCACAACTACGTTTCAAAACAATCA
AATGTCCTTTTATTACGACACAACATAACAATCGAGGATAGAATTCAACAGATAAATACA
GTAAAGACTGTGACAACTATTTTTTTAAATGACTAACAAGTTGTATGAGATGATATGATA
ACGAGATAGGATTAAAATGACAAGCACAAAAAATATATGTGGCAACTGTGATTCTATAAA
CACCTACAAGCTTTATGAGACCACATGACAACTTAGTAGAATAAAAATGACAAGCACATA
AAAAAAATTGGGGACTGCATTTATAAGCATCGACAATCTTTACATGAAACGACATCACAA
AATATGGCAATTAAGTTATTTTTATTGGGCAAGTAAGTGGTTAATAATATAGCAAGTGAG
TGGAACAATGTGGCAATTACGGAAGGAAAAAAAAGTTTGTCGAAACATGTCGGCATGGGA
TCTAGTTTTGAAGATCTTGTCGCAACAAAGCCAATGGTGAAAACAGATCATCGATTGAAT
TAACGATTTTAAAGATAAAACTTTTTAAATTTCAAACATTAGAGAGACTTTCAGCCTTTT
TAACAATGCACGATAACGACATGCATGCATAGCCGCCGCACGACAACGCCCGGATGCGGC
GCCGCTTTATAATGGGGTCCATTACTAATATATGGATGCAGTCAATAGTGGATCCAGCTC
AACATGACATGGTGGTCCAATAATGTAATTCTTCATAGAAATATACCATTTTTAATTATT
TTTTTATGATATATATAGCCTATATGAAAATCTCATGGACCATCCTGTCCACCTCCTAGA
TCTGGCAATAGGTGCAGCGGCGGAGCTTTATGGGGCCAACCTGGGCGGTGGCCCCAGCTT
AAGAAAAACTTGTGTATATATCTATGTATTAGACCTATTTTTTTTCCACTAAAAATCAAT
ATATAGCGAATTTTGTTTTTGCCGCCACTTTGTTGGTGCATCGGTAGTTGTTGTCAAAAA
TATCCAGGATCCATCTTGCTTAGAAGCTCTGGCGTGTCGGAAGGCTTGACACTAGCCAAA
TATCTGGATCTCGGGAAGGTAGAGATTGCTTCTGACTGCTTGTGAGATTTCAGGGTGCTT
ATGAAGCACTCATCAGAGAGATCAACAAGCGGAAATCGTCGTTTGATAACTGTCCTTTTA
TTCATGAGCGCGCATAGCCTTGCAAAGCAAAACATCGTTTTTGGGTATAGGACGCCATAT
TTGGCTTGATCATCCCCATGGCCCTATTTCTGCACCAGTAAACATTCTTACTTCCGAGTA
ACAAAGCTACGTGTGTTTGCCTAAAAAAAAAGGCTACGATCACGCCCGACACTCCGGCGA
GGCGTTTTCGAGGGTGAACTCGAGAGGCGTTTTCGAGGCGTAGGTGAATGTTATCGGCTT
GCCGTTGAAGATCGGCCAGCCGCTGTTGATGAGGCACTGCCCTTGCTCCCGGTTCAGCAG
GCGGAGCTTGGTCGTGTCCGAGATCACCGCTTTCACCTCACCGAGGTTGCAGAACATCAC
CACGCCCCTCTGCGGGCACTTGCACGCGTTCTCCACCGTCACGCTGTGCTCCGGCACATT
CAGGACCAGCCGCCCCGTCAACGCCGATGAGACGCGGATGTCCTCCAGGCTGCACGGCCC
AGGGTCGCCACCAGCATGGCCTGTGGACACATCAACGGTACGCAAGATCCAAGGATCGAT
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AAGAGCAGCAAGGAAGAGCAGGATCAGGATGCAGGCCTTGAAGGCCATGGCTGAAGCTAA
GAACAAGCAAGGTAGTTCAGGAGAAGCTTTGATGTGATGAAGATGGAATGATTACCGTAG
CTTGGCCAGCTATATAGAAAGCTCCCGGCTCATACATACAGAGATCCCGAGATGATTTGC
AATATCCTAACAGTATTATTTCTTATCTTAACAAAATTAAGGCTGTGAGATTATTCAGTA
AGTAAATTATCTCATACTGCATCCGCGTATTAATCCCTTCTATCTTTAGGAACTAAATAG
TGGAGATACGTACACAAGTTTCTACGTCAACAAAAATGGTCCCCGTCCAAAGAATATGAC
ACACTACGTAATTAACATGATCCCCCGTTCAATGCTTGCTGATATTTTTCATAATTAATA
TTGACCCTTAAATCCAAAGAATGATACTATACTCTCGATAATAAGCATGCTCATCCCGTC
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ACCTGGCTAATTGGTTACATGCAATTGTGGATGGGCGATAGGTAACTCTGATGGTTTTCG
GGCATTAATGGTTGTGTGCTAAACAAACAAAACCATTACAGACTCCCTTTAATAATAAGA
CATACTCCCTCCGTTCCTAAATATAATTCTTTTAAGATATTTCACTAGGAGTCTACCAAC
AGAGCAAAATGAGTGAATCTACANNNNNNNNNNNNNNTATATACATCCGTACGTAGTCCA
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ATACGTGTATATTTTTTCATTATTCTTTGCAACCAAAAAATTTTATTTTTATTTTTTTAA
ATAACAAGCTCCATGGAGCTCGTCCTCTAAAATGCCCTACTATGAGATTATCAAAAAGGA
AAATTAGAATATATGAGAATAATACCCGCACCACATTTTCTTCATATGAATGATAGCAAA
CCTATAGGTAATAGAGGGTGGATGCATGTTATATTGCATTCTGACATACAAGTTCAATTA
TCTTTTGCTGAAAAATAAAAATAGTTTAACCACACAACACTTCTAAATAGCTTGATGTCA
AGTGAACTTGTATTTCACCGCATGCACTTGATGTCAATAGCTTGCATTTGCATTTAGAAG
GGTTCACTTACAAGTTCAATTATTTAAGTGAACATGCAGTGCAAATGTTATATTGGATTG
TGACATACAAATTCAATTATTTTTTGCTCAACTACAAGTTCAATTATTTTTTGATGATGT
GAAGGACTTGCATGCTGTGAAAAGTGGAAAGTGAAAGGGTTGCATGCACTTGATGATGTC
AATAGCTTGCATTTGCCTTTAGAAGGGATCACTTAGATATATACTCCCTCCAATCTTAAA
TATAAGTCTTTTTAAAGGTTCCACTAAAGGACTACAGACGGATGTATATAGACATATTTT
AGAGTGTAGATTCGCTCATTTTGCTCCGTATGTAGTCTCCTAGTAAAATCTCTAAAAAGA
CTTGTATTTAGGAACGGAGGGAGCAGGATTGATTGAATAACGACACAACGCTTCTAAATA
GCTATTCAACCAAATTGTACATATATGATGAATACAATGATTACAGAAATCCAGCTAAAG
AAAGCAGACAGTACGAAATGCATCACACGTGATGAACAGCCATCGAACACAGAAAAATAA
GATCCAAAACAGATTGAGACAAAATGATGGATATTAAACAGCTTCAGAACCAAATACCTT
CTGAACAAACGGTTAAGATCTTCCAAATCATGGGTTAACCAATCTAACTTGTAGATGAAT
ATTCACAGCCAAAACCAACAACACTGCTGAATTACTGAAATCATCACTAGGCTTCTGCTC
TTTGAGCTGATCCAGTCAATGGCAGATCAACCGAACAAAGTCAACTAAGGATTATACAGC
TTCTGGATGCTAAGGTGCAAGCAACAGCAAACAGAAGCAGATGCACTCTCTTTCCATGAT
CTGTACAACAACTATTCTGTACATCAGTGATCAGTCACTACTACAACAAGTCAAGTTGGT
CACTGTCCATGTCCTCCTTCGCAAGCTTCTCAATCAACAGCTCCATTGTCCTGATGTACT
TGGGCATGTAATGTTCCCCTACCATAGACCTCCCCAGACGAATCTTGCTGTAGAGATGTC
GAGGTGTCTCGTACAGGGTGACAACCTCCTCCCGCCTACCTTGCTCACTGGTGTTGGGTT
CCTCTCCAGCTGGCAATGCAACCATGTGCAGTATTCTTCCTGGAGGGTATAGCTGGAGGG
AATCTTCAGAAGGGCTTGACGGTGACAGCTCCATTTGCTTGACCAGGCCTTCACTTGAAC
CTTTCAGAGGTGATTTCAGAGGTGATTTGATATCCTCTTTGTCGGTATCTTCATTATCCG
ACGTATGAAGGTTTAACTCCCCAAAATAAATTGAGACTAACCCTGCATCAGCCGCTTCAG
TGTCGTTTTTTTCAGTTTTCACATCAATATCAGTTTGATTTGTCATGTCCCGAGTACGTT
TTGCAGGGTCAATAGATTGCTTCTGCGCAGAAGAGCATGACCAGCAAACAAGAGAAGAGC
GTTTCTTCACCCCACAATGGGCATCTTCTGAAGATGTGGCCTCAGCCTGGCAAATTCAAG
TCATATTATGGCAAATAATACAGTAAGTAACAGCAACGTCCACCTGTTTCAAGAACTAGT
TCTTGCAGCAATATGTTTATTATATACCTCAGAAGCGGGAGACTGCAGCATATCGACATC
TACAACCTTAGATTTTGGATCAGATATGAAGGGTACATGAGATCGCACGAAGCTCACAGA
GCGATTGACGAAACCTAAGAATCTAGTCTGTTGAATTTGTTCACGAAGTTCATGCACCCA
TGATGATGCCATCACCTGCCATATTTGACTCCAACAATAAATATATGATATGTTTGACTA
GGCAAAAAAGTTTACAGGAATATTTACTTCATGCTTTCCCACTTTGACTATCGTGCTGAG
AGGTACCTCTGTATGGAGTTTGGCAGTCGAAACTCTACCAAGAGATGGAACTACATCATT
CCTATTGACAATGGTAGTAATGAAGTCTTTACCCGACTCAGCCAAGTCCCATGTCATGCA
AGCAGCTGGAAAGTAGCAGTAGAAGTGTTAATATCTCACACCTACTATGTGTGGAGATCA
CAAGTTTGCAGCATCAACAAAGAACAATGAGTTCCTTGCAGATGTTGAAAGCTCATACTT
CAATCCAGAGTTAATTTTCTTTTGGTTATCTACTCATAGTCCTTAGATATATAAATCAAA
GGCTATCCTAAAACAACGATTGTCATCATCATTAAGCATACATGTGAAATCATTGTTCTT
TTTTGCCACCGTTTGGTTATCACTACATGATTAACGCCAGATAGTTTCTTTTCTCTAAAA
ATGAATTGCAGGCCATATCCCTACAAACGCTAAAATATGAACATAAGACACCTACCATTA
GAAGTTACTATATTTGTGTAAGGAGCCGATAAAGCTTTTTAGTGAGGGAAAATTAATAAA
TGGAAATGAAATGTTTTACTATTAACATATATAGTAGTATTTGATAGCAAAACTTTTATA
CCCTTGGGGTTACAAGGCATACCTGGTCCAAATGCAATACATGTAGATGATAATAACCTG
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ATTATCTGGAATAACAAGATTGAGTTAGCAAATATAACTATAAAAAGGTCTAGAAGTCGA
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TGCACTGCCGACCTGTAAACTAAAATAGGCTTTAAATATACTAAAATAATTTTGTAAGTA
TACGTCGGGAGAAAAAACGATTCAGGTTTACTAGGTATCCAAAGCATGTTATCATATTCA
TTAGCTCAAGTTATTACATTGCCGAGTGTTTTTTCCAGTACTGACTAGGTACTTGTGTAG
AGTTTATGAGCCAGAAATGCACTGCTTATCTAAGGAAATTTGTGCCTGTCTAAAATCTTA
AGAAGTCGATAAGAGAATCTTAATTGTCCGAATACGTCACTGTTTTTAAATAAGATGCAC
GCCCAGAATTTCCTACCTCAACAGGATATTTGGTTGCTACAAGTTGCAGTTCATATATTC
CGAAAGGTGTGTCAAGGTCAATCTAGAAGGAGAGAAGCCTTGTTTGGCAGTGCATCCCTG
TCCTAAGTAGAGATATCAGGAAATCTATAATCTGCATCATATTGTAATGGCCAAATCGTT
GATGATTACCACTGTTTTTGTGTGGGTTTTTTTAGAATAAAAATACGGCCTAATGGCAAT
CATCTTTCAAGAGCATGTTCTTTTGGCAATACATAATGCTTAATTTTCTGTAAGCAGAAA
AAATAAAGAGCATCTCTAGAGTCAGAAAACTGAAATATATTACCGTAATTCTGTGGTCCG
GGAATTTCTCTACTGCCTTACTGAGGCAAGGAATGGCCTGATTTGCAATCCAGCGAGCCG
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TAATAGCCCCCCGAATGAAAAGGAGAAAGCATTTGGAGCTTCTATCACGGACAACTGTGA
AAGCAGGCTTCAGAAACTGCACAATAGCAGATAATTTCAACCAAGTTGTCCTGATTTATG
AACTGTACTAAATGGGACAGAACAATTATCGCTTCAACAAGTATGTAATAAAATCGCATC
AGAGTACATAATGTGAACAATGGAGTGTTGGTTGGTACTTACGCACCCTCGCCTTAGATT
TCTTAATAAGAACATCACTCTGATCAAACCCACCAAATTCCAAAAACACTTTGTATGGCT
TCTTTGAGAAATACATGCATAACTTCATATATCCGAGTAATGAAATCAGCTCCTCTCTTG
CCCCAGGCCCTCCCAGTCGTACAGAATCACTCCCAGCATACTCATGCTGCAGATTACCCT
GATAAAGTAAAACAGTACGTCATATGGATGTTAACATATGTACTACTTCAGCAACATGAG
CTGCTAAAAAGGGAAGACCGACACAGAAATAGTGCGTTGTTCTGATTCTTCCAAGTGTAA
AATATCTCAAGCAGATAAAAGTGCCTAGCATATATTTATTTAAAGTAGGTATTCAGCTTA
AACTCTAAAAACTGCTTTTCTTTAGATCTCTGGAGCTTAAAATAATTATAGTAGCTATCA
GAGTTAGTGCTCTATTCCGTGCAGTATAAGCAAATATATTATTTAGACGGTGGATTTCGA
TTTAAGAGGAAAGCTAAACCTTAGTAGCCCCAATGTAATGAAAACTAAAAATAGGGAAAT
CAGTTTTATCTGCTCTCCTCCTCCAAAAAAAAGAAGAAAGGATTGCATGCTTCAAGTGAA
CCAAATAGGAAAATCGAAGAAGCACTACCAAATATCGAGATCCAAAAGTGACCAAAAATA
GGGGAGAAACAACAAATCATTAATTCTTCATAGGAGAAGAACACTTGGACCTTCTGCAAC
ATAATCAGCTTCAGCGAATTAGACTGTTTATACAGTTTTTTCCAAATCCTGAACCAACTG
GCTCACGTCGGTTTCTCCATGGTCTGTTCCTTCCCTAGATGCTTCACACCAGCAACGAAA
GATGCATACATTTACTAGCAGCTACTTTTTTTCCTAGATGATTCACAACTAGCAAAGCAT
CAATCCAACGAAAGATGCATATATTTACCTGTCCTCACGCTTACACGTGCTTATGTAATT
CCCTTTTGTAATCACTCAAACGATGGATTGCAAATCTTGGGGAACCCCCCCCCCCCTCCC
CCGCGGTGATTTTTCAAAAAATCAATCCAACAAAGAAATAGGCATACCATTTTTTATTTA
TTTAGAAAAGGAGGTTAAGACCCCTGGCCTCCGCATCAATCGATGCATATAGTTATCTTT
ATTACTTATTCAACAAAGGTCTGACAAGAACATACATCAAGCCACCCGAAGCCCCCACTC
ACACCTACAAAACGCGATAATGTGGA