Map Locations of contig_80398 (6172 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location No map location




Predicted Genes from contig_80398

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_78466 1 433 bp None Available Available None
MLOC_78467 4 2451 bp None Available Available None
MLOC_78465 2 1105 bp None Available Available None





CDS Structure of MLOC_78466






CDS Structure of MLOC_78467






CDS Structure of MLOC_78465






Contig Sequence (6172 bp)

>contig_80398 6172 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTAATAAATGAGGTTATATATGATACTAGTTTATGATACTATGCATTGTGAAGGTAGTAT
CATACAATAGTATCATATCCATGATACTACTATATGATACTCCCCACTATGACCAGCCTA
ATTAGTCACTATGTCACATACATGCGGGACCCACTGGTTAGATATTACTTGGACCACCCC
CTTTGACACGTGACATATTCCCGACGCAAGGCTGACCTAGTACTATTTCCTGGAATGAAA
ATAAATTATAAATGCTTTATTATTTTCAGAAAAGTGTTTAAAACTTATAAAATTCATATA
ATAATATATAACTCAGATTGAAATAATTTATATATGAAAAATGAACCGAAAAATGCAAGG
AATATGTTTATGGCATTTTCATGCATGATAGAACAACTTATTTCTTGTGTTTAGGAGAAA
TCATATAAATGACATTTAAATAACCACATATGAAGTTTGAATTTGAATCTTTGGTTCAAA
CAAACTTCATTTAACATGCATTAGATAAATCAACAACATGTTTCCACATCATTTTCATGC
ATCAAAGTGTTGCATTTCCGTGAATTAAATGTTGTTCCTTCTTTGTTTGCTGGTGTTGTT
CCCTCTCGGTAGTTATTATTCCGATGTTGAGATTGATGTTGCTGATGAAGAACAGTTAAT
CTTCAGAAGTGCCAGGCAAGCAACCCTCTTAAGCATACTGATATAAACTCACTCTCTCGC
TCCTCATCTCTTTTACTGCATTAGGAGAATAACAATTCAACTATTACATGTTCTCGATAG
TTGAACCCATTCGCATGAAATGTAATTGTCACAATAAATAGTCGAAAGAACTTAGCATGA
GTAGCAACTACTTGAGCCTTGTTACGCTTACTCATCAATGCTTCCTTACTATGCGTGATA
TGCTTATAGTTTTGTCAGGTCTGATTCATCTAGGCGATGAATAAGAATGGATGTGTTCAT
GTCCTATTGCGTGAGAGATAAGTGTGTGAATCCGATTTGATAAAGGTAACGATGAGAGGC
CATGTAGGTGTATATGGTGGGCTGTCTCATTGGGGTCGTCCTTAAGAACTGAGTTATGTG
TATATTACCCAAAATGAGATACTACCACACATTAGGATACTTAATTGACCCTCTCGGCTT
ATTAATTGCTTTGATCTCTATCCACCAGTTACAACTAGTTTCTGGTGTTCGTAGGAAAAG
TGTTGGCGGTCGTGTCTAGTGCTGCCCAACGGGGTTGGCTTCAGTACGGTAGATGCATAA
TGGCATAGTGTACCAAGTGGCACCCAATGGTGGGCTTGTGGAACCTTGCATACATTTTTG
GGCCCTTATAGAAAACTTCGTCCGGACTTCCTTGCGGGTTCAATCTCCGATAGGCGATTA
ACATGGACTAGAGTCTTGTGTGGTTAACGACTGTGGACGGCACCCATGCAAGGCTTTCGA
TTGAAGGTTGACGATTACATGATGTGCATGTGGTGGTAAGTGGTGAGATTGTGTGTGTGA
AGAAGTATACCCCTACAAGGTTAACTAATTTATTCGAATAGCCATGTCCGCATATATGGA
CTACTTGGAAAGCCTATATGGTTCAGAGATAACTTGAATTGGATACTCTAAGATGCGCAA
GACAAGTGTGAGTGCTATGGATGTCCTTCTCCTTGGGAGACGGGAGAGGATCTGTAGTTA
TCTATTGATATGGTGAATATGTAGACTTGAGTGCGCTCTCTCACCCCAATGGAAGTACTT
GTAGTCCTAGTACAGGTTAGCGAGGATTCAAAGCTGTCTTGCTGTAGTAAACCCCACAAT
CCCCTTGTTGGTGATGATGCATATGTAGATAGTTCTCATGTAAATCTTGCTCAGTACCTT
TGTACTCATGGTTGCTTTATTTTGTTTTTGTAGAGGAGACCCCAGTCTCAGTAGTGGTTC
CTACGATGGGTTTGATGTTGACCGGATTAGCTTGAGAATCCTAGATAGAGGTCTAGCTCC
TTCGATATATGGTCATTGTAGATTTTGACGCTCCTCTAGCCACTTTTAGTAGATCTATGT
ATCCTGACATCACTACAGGAATCATGTAATTTGCCGTCTGTAGTGTTTTTGCCTGTCAGG
TTTTCGTCGGGACAGACGACAAAGAGCATTTTTATCGTCAACTGCTGACGGTAAAGAATG
ACTGGCGGTGAAAACACACTTTGCCGTATTCCTTTTTATTATAGACGGCAACATATATCT
TTGTCGTCTGCATTTTTCACTATAGACGGCAAAATTGTTCTTTGCCGTCTGTAATGAAAA
ATACAGACGGCAAAGACATATTTTGCCGTCTGTAATAAAAGGCAGGCAGCAAAGTGTGTT
TTTTGCCGTCTTTGATAAAAACGCAGTCGGCAAAAAAAGAAGCACACCACGCGGATCGAT
CAGGTGGATCGTTGACGTGGCGCAATCCCAATCATTCATTTGATGTTGGACGGGTCTAAG
CGGGCTGAAGTTTTGTCGTCTTCCCTTGCCAAGCTAAGGACAAATTGCAGTGTCCTCACC
ATGCTCTCCCGCATCTCTCGGCTCGTCCGCCTCCTCACTCGTGTGATCCAATCCCCATCC
ACCCACCGTCGCCACAAGGCTCCGCCGGCCACCCACCCTTTCCCCCTCCCCTCCCCCTCC
CCCTCCCCTCGCCTTCCTCCCTACCCAGGCCGCAGATCCAATAGTCCATGTTCTTTTCCC
TTCCTCCTTCCTTCTCTGTTAGGGTTAGGGTTTGCGGTCGGAGGGCCCGGCCGGCCGGTG
ATGGACGCCGGCGACGGAGGTCTCCTCTCCACGGATCAGTGATGGAGTGCGTGCTTATTT
TGCTCTCAATGGATCAAGGTGCCTTCTCACTCCCATCCCTCCTCTCCCTAGGATTCGATT
CGTTATCCTCACGCCCTGTTCCTCTTTTCATGTTCGTGCTGCAAGCATATCCACTGGATC
CATGCGGTGTTGGAGGAGATGATGCGGTTCGTGTACTCCCTTCTGTGTGTATGTGTAGTT
GGTAAGCCACCCTGGCTCTCCCCTCTCTTCCCATTTGCTCTATCTCTCTCTGACCCGTGT
CTCATCTTGTCTTTGTAGGTGCAATAGCTAGAGTGGCCAGAGGAGGTGGAGGAGCTGGCC
AGCACCCATCGCCTGGACATAAGGTCAGCTTCCCCTCTCCCCCATGGCCCCATCGACCCC
CATCACACATCTGAATATATTCACCTGCCTGCACTTCCATGACTAAAAGTCTAAAACTGA
ACCAAATTGTGCGTGCGTAAGTCAAGTCAAGTCAACACATGGTTGTATTATAACCAATGA
TTTAGGGCTACTGCCATAGGTTCGCTTTCCTAATTGCAGACGTACATGAATAAACAGCTC
CATCACTATGATATGGTAATAGTTTGAGTGNNNNGACAAATATTTTATCATGGTTAAATT
TGATGTTCCTGGCATAACAGATCCGCTCATCTACTTGACGTCATCGGTTACATCAACAGA
AAAATTGTTACTCCGATATGGATACATCATGTGTCATATACCAGTAAAAAATGTATCTCT
AAGTAAGTATATTTGTCCAAAGTATACATGTGAAGTTATCATGCAGTTGATGCAAAATGG
GAAAAAAATAAAGCACTCCATTTTTTATGCAAATGGGAAAATAATTATATCCATTTGAGC
TCAAGGGCTCTGGATTTTTCACTTACATGCTTGACTACTTTTTGTTGTCACTATCTAGCG
ACGAATGAGATAAATAAAAACATTGCTACCTTACTTACCTATTGACTTGCTTGCTTTGTG
CCACAACATTTCAGTNNNNCCTACTGAGTTATATTTGACTTGCTGCTAGTAGTAACCAGG
AGTATTTGTATTATTCAATACTAGTATTCAGTGTGAAGAAATTCTACTCAGTGTTGGCCT
ACTACTATGGTTTGCCGGTAATTAAAGATCTATCTAGGTACTTTCTGCGTGGGTCATGCA
TGCTGTGTACTTTCTTTATTAGTATTACCAAATGCCATTATTCATAACAGCCCCCTCGTA
GGCAACTTATGCCTTTTTTGTCTAGCTCTTTGGTGCAGTTTTATGTTTTTTAACGGCTTG
AAATAACATGGTTTAGCTTGTATTTCGTGTGGTTAATTACATTTATCTGGGAGAATAAGG
TCCATGGAAAAAACTGGGGGTTTACAACATCTTGAGTCTCTATATTCGTTTACATACATT
TTGAGTTAAATCTGAGAGTTCTTGCATGGGACACAGTTTCCGGCATTTTATTTACCTTTC
CTTCTTCCCCTCCATTATTTATTTATGTGGAATCTATTCTATGTTAAGATGTAGCATCTT
TAGATTGCATATGAGCCAGTTAGGTTTTTTGACTGCACACAAATCCGCTGCCACCTCCTC
TCTGCTTCCTCGGCTGCAGCGTCGCCGCTCCTCCTGTGTCTGGGCTGGACGGTAGCTGCC
GGCCGGAGGGTTGCGCACTTCTTCGGCACACACACACAATGGTCGACTGGCTTCGCCAAG
GTACGTTCATGTGCGCTGGCACAGGCCGAGCTTGCATGGAATGACGACCCGCCGCACGCC
CTGTATTGATCAGGTCGGTGTACTGGTAGTTTCATGTTTATCCATTATCCTTTGTGTGAA
TCTCAAAGGATATTTGTGTTCTACTGAAAAACAGTCAGATGTTAAGCTCTGAAACTTTGA
AACTTTGAGAGGGGTGTTTATATTTACCTAATCAGAATTTTGCAATGGTAGCCTGCTAGA
TCACTTGCTAAAATAGTTATGTGCAATCTAAACTTTGAGAGGGGTGTCTATATTTTAGTT
AATCAACATTTTCTATGTTTAGTTCATACAAGTCTATTGTGGTGTGGGTGACTCATGATT
TATGAATGCAAATCAGTAACCACAATTTTGTTTTATTGTCTTCTCATTCCGATAGTGTAT
TTACCAGTCTTGAATGATCATTAACCTGTTTTTTGTCATCTGGTGTTTATCTAATTTACT
GATACAAAAATGAGTAATTGTGATGAATCTCTTACCCTAATTATTGTTTCTTCTGACTAG
CTACCAGTGGAGCCGGATGTGGTCGCCTACTTTGTCGCACAACTCCTTTGACCATCACGT
ACAACCCAACCTGGGTGCTGCAGGTTGGTCTCTCTCTCTCTCAGATTTTCAAGGTCAATT
CTCTTCACAACATTTACCTCTCATGGTAGTTCCTTCTCTATTTAATAGTTATCTATCTAC
TCCCTCCGCCCGGAATTACTTGAGGCCCAAACACATAGTGCTAGGTACATTTGTTTGAGC
ATCAAGTAATTCCGGAAGGAGGTGTAGTACTTGTGTTATCTAGCATCTACTGGTGTTGTC
AGTTTGGTACTTTGCTTATTTCTGGGATGTGGACTGTCGTAATTCTGAACCATCGTTACT
AGTTACTTGTGGAATCGTAAACCGTTCATCTTCCGATAAGAAAAAAATGCTTGCACTCTT
CACAGGAGAAGATAACTCTCTAACTCTAGAACAGGAGATTTCTCACTTTTTAGGCATCAC
CTTTGTTTGTTTATTGTTGTTGACTGGAGAGGCTTGACTCGGTTCTTTGTACAGGAGAGG
AGATCAGATGTATGGAAACAAAAGAAAAGGCTGCAAGTCATGGTTGTTTATACGAGAGGA
GATGGTGGACCTGCAGACACCTTTGATTTCGTTAAATCCTGTGGAGGGAAGGGGAGATTA
TGGATGGATGGAGCTTGGTTGAAATTGGGTTGCTGTTGCATTGGCATTTAAGACTCAAGA
GAATGTTCCTTCCCAAAGAAGAGGTCGGGCGTTCTCGTTGGCGACTCTAGCGGTTGAATT
CATCAGCTTATCTAGATTAGCTAGTGTTGGTGTTGCTATTTATGGATTTGTGGTGAAGAG
GAACAACCATCCTGGTTGCTGCCTGCACGTGTTTCAAGTTTTGTTGTTGATTAACTTGGT
AGTCATTGCTTCAATGATATCTTTATCAAGTTAATTTATGAACATACATGTATTTCTTCC
AAATCTTCATATGTGAAAATTTTCATGTCTGTTGCTACTTATTATTTTGATAATTTTGAT
CTATATCTGATATACACTAGCAAAAGTGCCCGTGGGAGAAAAAAAACATCACACATTTTT
AATCTTTTTATAATCATTTTNNNNNATTAAAATAATAAGCTAACTAACTAAT