| Morex x Barke POPSEQ 2013 | Oregon Wolfe POPSEQ 2013 | Morex Genome Release 2012 |
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No map location | No map location |
Predicted Genes from contig_77635
| Gene ID | # CDS Predicted | Max CDS Length | Probes in Cluster | FPKM by Treatment | FPKM by Replicate | Top Rice Hit |
|---|
| MLOC_77860 |
6 |
1693 bp |
MLOC_77860.1 |
Available |
Available |
LOC_Os01g43070.1, FRAME:+3, EVALUE:4e-132, 13101.m04440 protein psbP-related thylakoid lumenal protein 4, chloroplast precursor, putative, expressed |
CDS Structure of MLOC_77860
Contig Sequence (13002 bp)
>contig_77635 13002 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
GGGGCGGGCGCGGGCGCCGGCGGCGCGCGGAGGCCGTGATCTGGCCGGAGCAGCATGGCA
AGCGACCGCGTGGAGGACAGCGACGACCGACGAGGTGTGGAACAGTAGTGAGCGGAGGTG
TGCGGTCTGCAGCCACTGGATGGGGCGGAGAAGGGAGGTGGGGCGGGGTTAACGCCAGCG
AGTCACTGCGTCTCCGTGGACCGTCGAGTAGGCGGGTAAACTCCCGTGCCGCGCTATCAT
CAGGATAACGTCTCCTCCCTGCCGAGGCGCTCCGTCCTCTCCTCTTTCCCGGCCACCGGC
GACGACAGGGCGGCCATGGCGGCGGCGCTGCTCTCCCCGGCTTCCCCCCTCCCTCGCTCC
TCCTCCTCCGCGCTCCACCCCAGGTACCTACGCCGCTACGCGTCATTCCATCCACACACA
TGTACAGCCACTGTTCCGCGCCCGGCATATATAGTTCTTGTTCTGCCTGCGTGCTGATTC
TTGGGAGCTCTGCAGGAGCAAGGGCGCGGCGGGTGGTGCAGCAGGGTGCGCTCCGCCGTC
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GTTTGAATGGGAGGCGAAGCTGACAAACTCTTTGCAGCTGATGCACGGCAACGCATCGTA
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GCAGATCGGGCCACCAAGTTCACGCTTTCTACCTTCGAAAGACAAGACCACTTGGGCTGC
AAAAGATGTCGCTGATTGCGTTTTGTCTGACAAATCTTCCTTGGTAATTGTTTCTTACTT
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TCTTTGTTGTCTCAGGCACCAGAACCAAATCTGTTTCGGCACAGTGTAGCATGTACTGCT
GAGCGAGACGGTATTGTTTCATCTTTGCTTTCTTTAGAGTGAAATGCGTCACTAGTCGAT
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CCAGTTTGACTTCAGGGTCTAGTGGCGCATTTCACTCCTTTCTTTAGTCCCTTATATTTA
CAGGATGCTTTGTTCACTCCCCTTTTTTTCACTAGGCTTTTTGTACTCGTTAAATGCCTC
CACTCTCAGCAAGCAGTGGGAATCTGTAAGTTCTATAATGTTTTTGATAGTTTCTATTTA
TATTATTACAAAAAGAACTATGTGTGGGTTCCTTTTATTATTTTCATTACATAGAAACAT
GTATTTTTCTTTGATCATATTTTACTTGATTTCATCTTCTTACTAACGATTAAACCTATG
TTCTGACGCAGATGGGACCTTTGCTACAAAAGGCCGTGGCATCCTTTCACCTCCTCCCCC
CAACAGAGAAATATGTTCCTCCTTACCAGGATCCGTGGAGGTTTTGGTGATGTGACCTTG
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GCTTCGGTAGCACTTTCAGGTCTACGGAAGTAAGAAACGAAATCTAGATACTTTAGTTTT
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TGTCGAAACCAATACTACTTCATTCCAAACAGAAAAATGAATAACAACCAATAGTTGGTG
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GGTATATATCTAGAACTAAAATAGGTCTAGATACTCCAGTTATGCGACAAGTAATTCAGG
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TTCTTTTTCAAACTAGCACATGTTAGGGAATCTTGTCATGCACTATCACATCAAATGTCC
CTCCCCCGTTTGTGGCCTCGATCTCTCCCGTGCCCAAACCTTGTTGGTGGCACAACTTGT
CTCCAGCCCTTCAACTCCATCGTGCATGAGTCGCTAGCAGGTGACTGGTATCCACTTGTG
ATGGGTGTCTTTGGAGATGTTGGGAGGGAAGAGTAGGGCAACAACATGATATTTTCCATG
TCTCTTTTCTCAGTGATAAAACCGTATACGATGATGATGCACATGGGGAGCGAGGTGTTC
ATAGAGGTCAATGCTGGAGAAGTTTGTAACGAAGACAATAGGATTTAAACTGAGTGGTAG
AAAGACAGGCATTGCACTGATGCGTGCTTGTCAGATCGTCATAGGTTGCTAGCAAAAGTT
CACCCTATAATGAACCTTTCACCCCGAAATTCAATATAGGATGATCTTATTTGCTAGCAA
ACTATCACTATCTAGGAGGCACACACTAGAATCAACGCCTATTTTCCTAGCACTCGGTTC
AAGACCTATTGTCTTTGCTATTTCTCTAGCCTTGACCTCTATGTACACCATATCCCCGTG
TCCATCATCACCGTGTCCGGATCTTTCACTGAGGTAAGAGACACAGAGAGTACCATATTG
TTGTTGCCTACCACCCTAACCTTGCACAACTCTTCCATCCCAACATCCCCAGTGACACCT
CTCAAAAGTGGATTATAGTCATCTGCCGGCAATTCAAGCATGATTGAGTTGAGGTGTTCA
CCATTGGCAGCCAGTTCACATCCACGCTCGAAGAAGTGATATCTCCAATAGCAGAAGGCC
GCGATGCCGAGTACACCTTCCTTTGCCCAACTCATATTTCCTATGCAAGCTTGCCCGATC
TACATTTAGACATCAGAATAAAAAAAGATAGATTAGTGTGCAAGAGATTCAAGAGTTTGC
CCGAGTCGAAGAAGATGAAAAGTTCCTACCTTTTTTGCCCTCACTCTTTCTTTCTTCGCT
CCCACATGATTTTTGAGTGTATCGCCAGTGACTCGCTAGACTGCTTGGTCCGATTTATAT
ACACATGCACCATCCCTATGAGCCACATCCTAATGGCTCATATTAGCCGAGTCCGGTTTG
TTGAACCGATGACACCAAGCTCTCGCTCATTTTTTGGAATCTATTGCATGGTTCCAACCA
CTAGTTCTGCAACACAACATGTACTATTTTTTGATCGATTCACACATGAATAATAAATAG
CTACTTGCTAATTATCTCCGGTTTGTATACACATGTGTCATCCTTGTGTGCCACATCCTA
ATGTCCCAGATTAATCGAGCCTGGTTTGTTCAATGGCTCCCACTTGCTTTTCTTCTTTTT
TGGATTAAACGATTGCATGGCTCCAATCACTCCTTTTGTAGCACATGGTGGACTAATGTT
TCATTGATTCATACTTTCATTGATTCATTGATTAATTATAATCTTAATGGATTACAAATT
TCAGTACTAGACAAAGACTCAAGTACACACTAGAATCTGAACAAACGGCACCTCAAGTTC
AATAGATAATTTTGTACATCAAAAGTCGCACATCCGTGCTAAAAATAAACTAATATTATT
CTACTGATTTTTTAACCCATGAAACGATGGCAATGCAATACAAGCAGTACTTATTATGCC
TCACACGCAAGTGAGCTAAATCAAAATCTTGACACGCTTGGTGGAGGGCACTTGTCATTG
TCATCTTCTAAGCTCACCCCTGACTCGTGACCCCCATCTAAGGATCTACATTAGCTATGA
AGAAGCCAGCTAGATGAACTTGCAGAAATCATGAAAATTTCAACAACTACAACAATGAAA
TTTTTTGTGGCCCCGTCTTTTGTAGGTTTCCCCCCTTGTGTTTCGGAGATTGTTGTCAGA
AACAGAATGAGACTGGTTTGTTTGCTAGTGAACGCAAAGTGAAATAGTGCCTTACATATT
GGGAAAAATGTTACATTCTATCGAGAAAGTTTGATATACACTTTACCGAGAGTTATGTAT
GCTATAGAGAAGATGCATATGTTTCGAGGAATGCTATTCCTAGAAGATTACATGTCAAGT
TCGACCCCTATAATATTGCTTAAGTGAAGCAATTGGTACTCGAGGTGTCCGAGAAGAAAT
GACCGTTGTCGAGAAGATTGAAGACGAAGCGGCTACGTAACATTTGCTTCGTTGTTCGTT
TTTATTTTATTTGAGTCATAGGTCCACCATACTATTAAGGGGTATAAGTATTCCGAGAAT
TTTGTCTGTTCTGATGCTTAGTTCAAATGGATGAGAGTTGAGAGAAATATCTTTATGTTT
CAAAACATTACTTGCCAGCCAGAGACATTGATCTTCTGGGTTGAGAGAGATATGCTCCAA
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GTTAAAAAGGTGTCAGTTGGCAATTGGCTACCGCGTGTCCTAAATGATCATTTCCCTTCT
GGGAAGTTAAAAGGTATAAATAGCCACCCCGCACAAACGTGATTCGTTGAACTCTTCGCT
TGAGATTCTGACATTATTTTTCAAGCACCATTAAGAACAAATCAAGAGCAAAAACTTTGA
TAGTAGTTGAGCATCACAGTAGATCTAAGTCATGAAATTTTGTACATATTACTCTTGAGA
GCTACTAACTCTCTAGACGGTTAGGTGTCGACTTGAGTGGAAAATAGTAATTGTCTTTAC
GAAGTCAAAGTCTAAGAAACCAAAGTCGTTATGGTTTGCGAAGCAAGTTGGCTGAAGGTT
TGGAGATCATCGTGAATAACCTACCATGAGTAAAATCAATTAAAGTCCGATCAGCTTCAT
GTTGAGGAGAATAGGACAAAGTGAGGTTTGCTCATGTGTTCGATCACAAATCCCTCCAAC
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GCACAATTGGTTATTTCTTAGTCTGTTTTATCTTTAGTAATTCTTTCTCAGCTGAGTTGT
GTTTCCTGGGTTGTTCTTCGATACAATTTTCTATCATCACCATACAAGTATTTCTATTAA
TTTTGTGACTATGTTGTGTAGTATATCTATGTTTTTCGTCCTTAAGGTCGTGTTTTTATA
TGTTCATCTGCTATTTATCTAGTGATATATCACCATTAACCTTAGTCTATGACTGATGTA
CATTTCTCAGTAGTTTGTTTGCAATTGTACCGCGTTGAGTATTTTGTGGTTCATATATCT
TGTCATCCATGCTAATAGTTTTGTTTTCATTCATTGTTCCCATTATTATTCTCAGAGCTT
TGTGCCACTACACCCATAGAATCATCATTACTTTCATTCAGAGTTGTGTTTGATCCTTTG
CGGCTCATCTAGTTTATTTTCTAGTGTACCTTTATGTATTAGTTTTTGTTCCTGTTTAGA
TTGTTTCTCCGTTATGTTGTGTCGAGAGATTTCAAGTTTTGGAAGAAATTTTAAATCTCC
CAATCACCCCCTTTGGTCGATATACTCTATCCTACAACATGGTTTTGATCGCAGGAAAAA
GGAAGGTGTCTATCAGGCTAGCTGGTTCTGGTAGCTTAAGAAACCTCTGCTCCATTTCAT
CCCCTCCAAATGGCTTGCAACTATTGTATGCAGATAAGCTGATGGAATTTTTTTATGATT
GCTGGATTTTTTCTTCCATATTTTCTTGCCAATTACTTGTTGCTTTCTTGGTTGTTCCCT
TGATTGATATAATTAGGAGTACACTTCGTGCATGCAAGCAGAGTTTTTCTTATTTTTTCT
CATTTATTATGTTGTCAAGGGAGTAAAGAGTTCAAAAACCCTGCAAAAAAGAAGAAGTAG
AAGAAGACGAACTAAAAACGAGTAGGAGACAATAGCTTTGCCTCTTCACCTTAATTAAGA
AGAGTTCACAAGTTACTAAAGTGGCCAACAAAACTACTCTCGTGACATGAAATATCTCAA
TTGCCTAACTCCGGCAAACCCCAAAGATTGGCCCTGACATTTACCTTAGTAGCGACTGTG
GTTGGAATGAGGAATCTGCTCTAAAAACTCTACCATTTTTGTCATTCAAAATTCCCCATG
AGACTAGCATAAGGAGAAATGTGATGCCCTTTGCTACATTGTCGTTGATGATGAAGTTAG
TCCAAGCGTCGAGGTCGAGGTGCATCATCTCACATCACACCCATCATTTACCTCTTTCTG
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AGCAATTGGCATAATCCACAATTTGGCCATCTTCTTCTTTAAAATCGATGACGAGCCATG
TAAAAAATCACACTTTAGAGGCGTCCAATTGCTCTAGACTGTGAGTTTAATTTGTGATGA
AGATGAAGTGCCAACTTTGACCAGAGTAGACCGAAGAAGTCGAGTATTTTTCCGACAGTA
AAGCCGAGTATTTTCTACGCTTTGTGAGTTGATCAACTTGGATTCACTCTTAGTACTTAG
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TTTAAACCTGTAAATCTATTCTATCTCTAAAACTGTTGTATCTCTCTCTCTCTATCTATC
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TAAGCCAAGGCAACTCCTATATAAATATCAATGTGTCCCAAGCAAAGGGTTTAACGCTTT
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AGCTACCTCTCGCGGCCGAGAAGATGTCGGGCGCCGCCATGACTCCCAGCACCATGAGCG
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TATCCTTGCCCAAGTCGTCATGTTATAGATGCCGTCAGAGGTGTGGCAAGAAATCCATGC
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GCAAAAAGGTACTATGACCATGGCTGAGTATCTTGGAAAAATTAAAACTCTCATAGATGA
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TGGAATATAATCCGATCGTGTCAGCACTCGCAGCTAGGGTAGAGCCTGTCACGGTTCAGG
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TCTGTCAGTCCTCCGCCAACTCTGCCTACCGCGGCCGTGGTCGTGGGCGTAGGCAACGTG
GCGGTGGTCATGGACGCTCTACTGATGGCGGTTGCTCTACTCGAGGCAGCTATGATGGAT
CCTCCAGCAACACCAGCGGCGGTGGCGGCTTCAACAACAACAATCGCCGTCACGCCTCTT
CTTATCGTGGCCGGCCTCACTGTCAACTGTGCAAGAAATGCGACCATGAAGTGATGGACT
CCTGGCATCGCTATGATGAGGACTATGTCCCTTATGCTGGTCATGTTGCTGCTGCTATGC
GTGATCAAGGAGGCGATGGTGTTTGGTACGTTGACTCTAGCGCCACCGATCATGTAAACA
GTGAGCTTGAGTAACTTGCTCTCCGAGAGAAGTACCTCGGCAATGATCAGATTCATACCG
CAAGTGGTGGAGGTACGGCTATTTCTCATATTGGTCAAGTTTCCATTAATTCCCCTACTC
TTAAATGTGATCTTCTTCTCAAAGATGTTCTTCATGTTCCTCAAGCTGACAAGAATCTTG
CCTCTATGTCTCGTTTAGCCACTGATAACAATGTCTTCTTTGAAACTCACCCTCGTTACT
TTTTCATCAAGGACCGGGCAACGAGGGAACCCCTGCACCACGGTAGATGCATCAGAGGGC
TCTACCCAATCACATCTGGCGTTCTTAGATCCAAGCATCGTCGGGTCTACTCTGTCATCA
AGCCATCTTTGGCATGGTGGCATCAACGTCTAGGACATCCTTCATCGGTTATTGTCAAAC
AAGTAGTCAATAAAGGCAATCTTCCATTGTCTCATAGTCCTCTTAGTGAGTCTGATGTGA
GGCTTGTCAATGTGCCAAGAGTCACCAACTTCCTTATCCAAAGTCAAGTAGTGTGTCTCA
TGCTCCTTTAGAGCTTATTTTTAGTCATGTATGGGGTCATGCCCGAGATTCCTTTGGCAG
AAAGAAATACTATGTTAGCTTCATTGATGATTATAACAAGTTTACATGGATTTATTTGCT
TAAATTCAAATCTGCAGTATTCTACTTGTTGAGAGACACTTTGATAGAAAAATTCTCTCG
GTCCAAAGTGACTGGGGAGGTGAATATGAAAAACCACATTCTTTCTTCTGTAGCATTGGC
ATTGAACATCATGTATCTTGTCCCCATGCACATCAAGAGAATGATTCTGCTGAGTGTAAA
CATCGTCACATTGCAGAAGTTGGGCTTTCACTTTTAGCTCATGCCTCCATGCCTCTCAAG
TATTGGGATGAAGCCTTCATTACTGCTACATACCTTATCAACCGTCTTCCAAGTAAAGTC
ATTGTCAATTCTACTCCCCTAGAGCATCTCTATAATCAAAAACCAGATTATGCATCCCTC
AAAAATTTTGGGGTGCGCATGTCATCCCAACTTACGCCCCTACAACTCCCACAAACTCGA
GTTCTGCTCCACTCAATGTGTTTTTCTCGGCTATAGTAATCTTCAAAAGGGGTACAAATG
TTTATAAATTGCCACCGGACACATCTATATTTCTTGAGATGTTGTTTTTGATGAAACTCT
CTTTCCGTTTGCAAAACTTCATCCAAATGCAGGGGCCATTCTTCGTGCTGAAATAGCACT
TCTTCCGGACTCTGTCCTTCCTTCTGATCACAGGGTCGAATTAACCAATCTCGGTCATGT
GGGAAAATCCACTGAAACCACTAACCTTGTTGGTACATGTGCAATTCCAGGTCGTCATTT
TATGTGTGCAGAACCAGATAAAAGTGATGATTCGGCTGATGATGAGAGATCATGTGCAGA
AACTGACACACGAGGCCTGACAGCTGACTCCGTCGGTTCAGGCGAGGGGGAGGAAATGAT
GGCCAGCCAAGGAGCATTGCCTGAACCCATTACAGTTGCTGTGATGCATATGCCTGCACG
CGGCACGGTGGAAAATTCGGGTGGATCTCTGCAAGAGTGTGTTGCCCACAGTTAGACGAA
ATCTGCTACAGTTTCAGCAGATTCTGAAGACTCTGCTACACCAGGTCCTTCAGTTATTAT
TCCTACAGAAGTTCCTCCACAGGATGATCTCATAGGTCAAGATCAAGCCCTTCCACGCAG
GCATACCAGGTCTTAGTCAGGTGTTGTCAAGGAAAAGAAATATACTGATGGCACCATAAG
GTATGATAGAAATAAGCGTGCTTTTCTTGCCACTACTTGTGAACCAAGAAGTTTGCATGG
TGCTCTTGCTAACAAAGACTGGAAAGCAGCCATGGACAGTGAATATGATGCACTCATAGA
GAATAAGACCTGGCATTTAGTACCACCTACACATGGCAACAATGTTATTGACTGTAAATG
GGTTTACAAAATAAAGAATAAGGCTGATGGAAGTATAGATAGATACAAGGCTAGATTGGT
TGCTAAAGGATTCAAACAGAGATTTGGAATTGATTATGAAGACACTTTCAGTCCTGTTGT
TAAGCCAGCTACAATTCGACTTGTACTATCGATTGCTATCTCCAAAGGATGGAGTCTACG
ACAGCTAGATGTTCAGAACGCGTTCCTTCATGGTGTTCTTGAGGAAGTAGTGTTCATGAG
GCAACCACCTGGATATGAAGATCCTAGCACACCACACTATGTTTGCAAATTGGATAAAGC
ATTGTATGGTTTGAAACAGGCCCCAAGAGCTTGGTACTCCACATTGAGCATACAGTTACA
AAAACTTGGGTTTACTCCATCCAAGGGAGATACCTCATTATTCTTTTATAGTAAAGGAAG
TATCACTATGTTTGTTCTTGTCTATGTTAATGATATAATTATTGCTAGTTCCAGTTCAGA
TGCCACTACTTGTCTACTCAAGGATTTGAAGTATGAGTTTGCTCTCAAAGATTTGGGTGA
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AGATGCAACAAATTACAGAAGTGTAGTAGGTGCCTTACAATATTTGACACTTACCCGTCT
TGACATCTCTTATTCAGTAAACAAGGTATGTCAATATCTCCATGCACCTACTACTGCTCA
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CACGCCACAGTTTCACGGTCAATCACCGAAGCTGAATACAAAGCTTTGGCTAATGCCACA
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CTCACTATGAGGAGGTTGGATGAGTTCAAGTACAATCTTAACATTGGCAAAGTTTCCTAG
AGGTTCAGATTGAGGAGGAGTGTTAGAATATGTTGTATAGAG
