Map Locations of contig_67561 (11352 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_67561

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_75294 3 3969 bp MLOC_75294.1 Available Available LOC_Os02g50330.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13102.m05711 protein RNA-dependent RNA polymerase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_75294






Contig Sequence (11352 bp)

>contig_67561 11352 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATAAAAAGCTCTAGCAGACGAACTACACNNNNNNGTGCTATGCTTAGGATTGGGCCTTC
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CCAGGGAACCATGACCATCTTCCGATCAACAAGCTAGCCAACTAGAGGCTCACCAGGNNN
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NNNNNNNNNACAATTATCATGAACAAGGAGATATAATAATAACCAATTTATTATTGGCTC
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CGCCTGGATGCATGGCGGCAGGGGCCACCTGCCCATAGCTGTCGCCTGGTTGTATGGCGG
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CCTCCGCCTCCGCCTCCGCGACAGAACCATCGGGCAATCATCAACTCCTCCCCCATCTCC
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CTGCTGCGGCGACGGCGACGGCGACGGACATAGCCACGCCTGCTGCTGCTGGCGTCGGCC
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CTGGCTTGTTCTTTCGCGGCGCGCGAGGTAGATCGTAGTTTTCTCCGTGTAAATTAGATC
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CCCCAAACACCACGTTCAGTTCCGCCCCTGCTTGCCAATAATAGAGGGCGTTGCTTGAGG
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GCCCGCTGTTAACCACTGTAAATGTTCTCATATGATAGATTTGTAGAAAAACTAGTGGCT
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TTCATTAATCTTAGGTATCCTTAATAGCAGTGTACAGACGTTTGTCTAAAAAAAATAGTG
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TCATATGTTTTTAAGAAGGAGTTTTGTGCAAAAATGAGTCCATGTGTCACTAAAAGCAGG
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CGCCGTGTGTAAGTTATAAGACCCCTGGTATATTTACCTCTTTAAAAAAAGAAAATAACC
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GTTTATTTATTTATTATAGTACTAGTGTTTGACATTGCATACATTCCTTACTTCTTCATT
AGTTTTAAGACTGAACTAAGAGAAGTCCGATACATCAATTTACCTGAATTTCTTCCTAAA
GAGAAGACCTGCCATTTGTGTACAGATCTGTCTATACTTTCCAATGACTTGACTGGTATT
TTACCATGATTATGCACTGCTGTAGTTTCCATATGCACCATCACCATGGGTGGCAAGACT
CTTCAGGTGTCAGGATTTCCTGCAACTGTCAATGTTCACCATGTCAAGGATTTGTTGGAA
CAAATTGTTGGTCTGGGTAAAGTCTGTGCGGTCAAGCTCCGGCCTCCAAAGAACATCTCT
GCAAACTCAAGATCTTTTGCCATTGTTCAGTTCGAGACCGAGGCACATGCTTCGCTGGTG
GTGAATGCGGCTCGAGGGAATGCACTTAGGAGTGGAAGTAATTATCTGAAGGTTCGGCCT
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GTTTCTGTTGAGTTTGGATTTGCTATGAAGAAGATTGACTTTTGCCTGACCTACAACTTG
AAGAAATACAAACTTGAACTTTCATATGAGAGCATATGGGAGATCCAGCTTTATCATCCA
CCTGGATCACAAAAAAAGTTCCTTTTGATTCAGGTATGTTAAACTGTACAATACTTGTTT
ATGTGTGTTAAACATGCTTTTCATTATTTCATTTTACATTTACCTGCAAATTCACTTGAT
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GTTATAAGTATACCATGATATTTCTCTATATTACTAATAATCAATCTATACGAAGTTATG
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GTTTCTGTTTATTTAAAGCTTTGGCACTCTAGATTTTTTATAGCCTCAGTTTGAGTTTTT
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GCTCTATGTACGATGATCCATTATTCAACTATTTTAGGGATGATACTGATGATCAGTGGA
CCAGAACTACTGATTTTACTCCATTAGCCAGCATTGGGCAATCATATATTCTTTGTCTGG
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CAAACGGTACGAAGTATGTATTCTCTGATGGGATTGGAACCATTTCAGCTGATTTTGCAG
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ATGGAGGTTATAAAGGTGTTGTCGCTATTGATCCAAGATCACACTGGAAACTTTCTTTAA
GAAGTAGCATGTCAAAGTTTCCATCAGAAAACATCACACTGGATGTCCTTGCATACAGCA
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GAGATAACATATTTGAACTGAAGCAACAAGCAGCTGTGATGCAGTTAAACAGATTGGTAA
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TCCTACAAACCTTTAGAGCTTCCAAGTTGCTAGAACTGAAAACGAAGTCAAGGATATTCA
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GGCAAGTATTTACAATTGCATCGTGTTCTTCTATGTTTTCAAAGAAGTCTTTTAGTGAAA
TCTCATGTCTGTAAATATGTTCGTATTGGTACTCCCTCCGAATCCAAAATAAGTGTTTCA
GCTTTGAACTAAGGTGCTAGAAACCAACAGGTGGAAGATAAAACAGTCTTGTACATTTTA
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TACTCTTGTTTTCTTTGCCCTTCGTTATTGAAATCGATGTCAAAATTTGTTCATGCAGGC
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GGCTGTACATCCATTGCTATGAACTGTCACTTAGCCGTACTTCTGATTGTGAGTTTCTTT
TTGAGTCTTCTTCTTGCGTTTCTGAAGAGTTGACTACCTGAACCTATTTCCTAAGTCCTG
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ACAAATCTGACACCCTGCTTTGAAACTATTATAATATTATGCAGGAAGTACATGAGTATT
TCGCAAATTACATAGTTAATGAGAGTCTGGGAATCATTGCCAACGCGCACGTGGTCTTTG
CGGATAAGGAAAGCTTGAAGGCTGAAAGTACACAATGCATTAAGCTGGCAGAGCTCTTCT
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TGCTTCACATCAAGCAGAGGAAGTCACTTCGGAGGAGGTTGCTCGATCTCCAGAATGGCA
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GAATGCAGTCGTTAAATATATTTCTGTGGTTTGATCTGTAATCGTACCTGTTTTTCCCTT
TTTTTTTGGTGATATGCCAACTGCATGTTCATATTATTCCTGTTTTTGACGAGTGCTTGC
TTCACTGAAATGTATGGAAGACCCAAAATTCAGAGATTGTGAGACTGCTGATAACTAGTG
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TTGTTGGCATGGCCGCTGGGGACTGTCCCTGATAGCGGCTAATTCGGCCATTTAATTTTC
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AGGAAGCGGTCTCGTTGAGAAATGCAATGCCATGAGAAAGACATCTCTACGCTAGGGCTA
TATGACATGCTATCATGTAATGAATGAAATCCTATTATCGTCATAAAAAGAAAAGATAAA
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GCCAGCATACAAAATAATCTCCATCGTCGGCCATAGTTTAGAATTCATGCCAGCACACAT
GCCGACATACAAAGAAATCACATCTCGGCATAGTTCATGCATTTCGTCCGAATATAAGAT
GATCACAACATATCATTTTGCCTCTTATTGAACCAAGCTCTTTTTTGTGGGGACATCTTG
CTCAAGTCCACCGTCATGATCTCCACTTCTTTTTAGATTAGTGTGAGCATCATTTCGTTT
GCTCTTGTCCGGATATTGGTCTCATCGATCTTGAGCTTCTTATTTTGTATGTCAAAGAAG
GCCTTCATTTGCGCCTCTTTCTGGTGCTTCCTCTCTCCCCTCTTCTCAATTGCCAACCCC
TTCAAAGTTTCTTGCAAGGCGATTGTCAAAGCATCACGTTTTTCGGCCACCCTGGAATTG
GTCTTCCCCCTCAGCCGATGAAGGCTCCACCGATGAAGGCTCCACACCTTTCTTTTGGGC
GGCACATTGCTCCTTAAACCTTTGGCACTCGAAAATCATCGTCCAACAATGGCTCAAAGT
GGCTTGCTCCCATTTTGGGCCTTGAAGATTCCGAAATTTGAAAAGCCTACAAATGAAGAT
GAAAGCAAGAAGATACATTAATATGCACATGAGAACGACAATTTCTCATATGAACGAGGG
AAGAAATTGTATACAATGTCTTTGATGCGAAGATCACTCACGGGCGGGCCGATGATATTC
TCAAGGGAGGCACAAAACTTGTTGCACTCTAGTTGGATGGAGGCCCACCTCTCTTGGATT
GAAACGTTCGTGCGTGCACTCTCAAATTTGTAGGGCTAAAATTTGCGACGTTCATGGAAG
TATGCATGTAGCCTCTTCTAAAATGTTGTTCCATTTGGCTCGGCACCGGCTTGGGGAATT
CAAAGATGTATGATCGGTATATTTTCTTATTTCTATGATTTTTTTTAAGTTTTCATGGAC
GATTTATCTGTCTATGGGACTTCTTTTGATGATTGCTTGCACAACCTTGATAAAAATCAC
AGAGATGAAGAAATTAGTCTTGTCGTGGACCAACAGAAGTACCAATTAATGGTGAATGAA
GGTATAGTTCTCGTTATAATTATTTTGAAAGATGTATTGAAGTAGATAGGGATAAAGTAG
ATGCTATTGAGAAAATGCCATATCCTAAAGGTATCCAAAGTATAAGAAGTTTTCTCGGTC
ATGTTGGGTTCTGTAGAAGGTATATATATATTGATGACTTATCATGAAGACCTCGGGTAT
TTAAGAAAGACAGTCATCAGAATATACAAGCCAAGTTCTATAGTAAAAAATTCCCACTAG
CATATGAAAGTGACAAAACATGAGACTCTCTATATGAAATACATAATGCTCCTTTGAAGT
ATAAGTGTGGAAAAAGAGGTAGTAGCACCTCCCCTCCTCTCTTTTCTCTCATTTTCTTTC
TTTCTTTCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTCCTTTATTTTATTTCTTCTTCCTTTTTCTTCT
TTTATTTTTCATCCGGAGTCTCATCCTGACTTGTGGGGGAATAATTGTCTCCATCACCAT
TTCCTCACTGAGATAGTGCCCTAAATAATGAATATTGTCGCACTTCTATTTACTTACAAC
TCGATATGAAAAACTACTAAACGATATGACTCTATACGAATGTCTCTGGTAGTGTACGAG
GATGTGCAATGATCTAACGCAACATGTATGATAATGATGAACGGTGGCTGTGCCACAAAT
ACTATGTCAGCT