Map Locations of contig_6750 (8681 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_6750

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_75265 2 1722 bp MLOC_75265.1 Available Available LOC_Os11g11410.1, FRAME:+3, EVALUE:4e-104, 13111.m01211 protein OsIAA27 - Auxin-responsive Aux/IAA gene family member, expressed
MLOC_75366 9 2602 bp MLOC_75366.3 Available Available None
MLOC_75266 1 942 bp MLOC_75266.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_75265






CDS Structure of MLOC_75366






CDS Structure of MLOC_75266






Contig Sequence (8681 bp)

>contig_6750 8681 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGTTTCCTCCTTCTCAAAAAAAAAAATGTTTGGCTAGACGAGTGGGTAGGGGCCTGATGC
AGCGTGAAGTGCACACGTATGTTTGTGCATGTTTGTGCCTTCTAGGTAGCTTAGGATTAT
CATCCTATCTATCATGGCTCAACTTGCATGCATCATTTTGACACGACCGTCTCGCCAAGT
GATTGCATGCATGTTCGACGCTCCTTTAACTGCGTCGTCGCGTCAATCCATAGTTCTACA
TAACATAGGGCACCACACGAATGTGCGTGCGTACGTGCATGCATCATTGGTTCATGGAGT
GAATGAGGTCGACTAGCTACTAGAGATCGACCTAAATCCTCTTTCTCTCCATTTTCCTCG
TATGTGCTCCGATCCACGGCTAGCTATAGCAGCATGGCTTTCTGAATGCTCAACTATATA
TAAAACTGAAATGTCAAATATTATTTGAATAAACCACGATAGAGAAAAATAATCATCATT
TGTCATATGAAGATCACCTTCAGTGTCCCAGTTGCAAGTCATATCATAATGCATGAGCAT
CAAAGTAACATGACGATAAGCAACCTAAATAAGACATGCAAGCCGAATAAAATATTTTCC
TAGGGTTGGCGCCGTGAGTTCCCCTGGCACCTGTTTGCTGTTGCGGTAGCAGAAGGATGG
AGGAACCCCCAATCGAATTTCCCGGTCCGCATCTTGTAGGGTCTCGGAGTTTGTCGTCAC
CGGTGAAGTTGGGGTAACGGCGGCGATGCAGATAATGGTTCCTAGACTTTCCCTATATCA
ATGTTCTCCTTCGGAGTGACGTCAACGATCACAAGATGGAGGCGATTGTCAGGCATTGTC
TTGCGAGATTAGCTTTTGTTCACGACGGCGACAACCTGCAAAGGGGATGACATTGCACTT
GTTTTCATTCCGCAATTCCATTTTTGTCCGATGAAGCTCAACCAGATACGGATCCGTCAG
GGAACTTGTTGTAAGGTTTGTGCCCCTCTTCTCTGTTTGATAGGAGTTGGGATTATCTTC
TGACCCTCTTTGATGCAGACTTCTCCATTACGACGATATATTCAGCTTGCGGTTGCCAGT
ATTTTCTAATTTACACCGACAACTTCCTGGCCACTTCTTCTACATACTTCTAAGTTTGGA
CAAGGTTGCTCCGATGAGATGGTGATCCAAAGGCGGCAACGAGTATTGCTCATGCGGCGT
CGCACGTCGCTAATGGATGCATAAGGAAGATAATGCTGATATCTTTGAAAACTGCCTGTA
ATCTCTTGTTCTTCTTGCAAGAAAGTTTTTATAAGAGTGGATCTTATTTAATAGCCTTCA
GCCTTTCCGAAGAAAAAAAAAAAGCATGATAAGCGGTGACTATCCTTGTTTCAGATGGCA
CAGCTAGCGCGTATGCCTCCTAGCTATATGATTTGCAGCAGTTTCGACCTCCATATATCC
TCTAGATCTTCATTATTCGTGCCACGATTCTTTTCACAAGATAAAGTGTAATTTAGGCAG
ATACCGTCGGCCGTGTTTGGAGGCAAAAGATCTCATTCCAATCAAATCGCATCGCAAGAA
TTAAGTAGCTAAAGGAACACGTGCAATAATCACTTCACCGTATCCAAACCAAGGATCACA
AAGGACAACTGATTTTGGCGAGAACCTAGAACAATATTTTCCTATAAGATCGCAATCAGA
TTACCGCAGGATTATGCATGACAAGACAAAGTTAATTGCGTGGATGCATGCATGCATGTA
TTGGTTCGAACATCAAGAAGCATCGACCAACTTGTTACTAAATATGTATTTTTCCTTTGA
AGATAGCAATTTTTTTTTGTTTTTTTGAAGGATATGTTCTTGGTAGGTGGTGATTCGAAC
TTGATGCGGCGAGCTAGTGCGTGTCCGTGTATGTATGAAGTATGCATGTGTGTGTGTACG
TGTTCCTTTTGTAATTTCCCGGTGCATGCAAAGTAGGGTTGCAAAGCAATAATTAAAGGG
AGCGGACAGCAAGTACTGCACCGTGCATGGTGGAGGAGATGATGGTCTCATCCCCACCAT
GCACCAGCTAGCCAGCCGCACATCCATGCCAAACAAGAAAAATACAAGGTTAGATCTTTC
ATAGGACATGCATGCATGTATGCAAAGGCAAACTGGAACGGGCCGTGCATTTCAAATATA
TGCATTTTTCTTTAGAAAATACTTTCCTTCGTTTTTATTTACTCCGTATATTAGAGTTGA
CTGATCAAAGTTCGTAAAGTTTGACCAAATATATTGAAAGAACATAAATATTTAGCATAA
GAAATCCATATCATGTGAAAGTACATTTAATAATGAATCCAACGGTACTTATTTGTTATT
ATATATTAATACTTTTGTCTATAAATTTCATCAAAGTTTATAAAAATTGACTTCGACCAA
AATTAATATGCCGAGTAAATAAAAACAGAGGGAGTATATAAAAAATACATCAAAATTCAA
CATGTTGTATCTATAGTATTGTAGGTTCACAACGTTGTTGCTTTGTTGTTTGAACATTGG
GTATGGAAAATGCATACACACGAGTTCTATGCAACAAGTGTGCAAATTATATTGTTTCTG
AAATTCTCAATGACCCGTGAGAGTCAAAGAGGGGGTTTGAAATTATATTATTTCTCAAAT
TGCACTATTATATGCTTGTTTTTTGCATATTCTGAAATGATGTAGTTTATGCATAATTTT
AGTACACTTTTTTTGACAAAATTTGTTTTATGTTTTTTTATTTTCTATCCTTTTAGGGCA
ACAAAGATTTTTTTTAAATGGTTACAAAAAGTATATTTTCAAATTACTCGATTCTACTTT
ACGCACTAAGCTTGTTGCACAAAGTCCGCTCTCCCAAGAAGTGCATGTGCTGGCTATACA
TCTAGGTACACAAAACAACATCATGAAACTACTACTACACTGCTAGCATGGGTACACAGA
TATGGCATTGATCATATCTCTTGCACATGATACTCCCATCTTTTTACAAAATCTTGTATG
AAATCATTGCCCACGCCCCTTCTCCCTAGCCATAGCTTGCACCTCTATATATCTACCTAC
ATATATGTACACCACCGATCTATCCATACCATATCAACCACTACCACTGCACCATCGTCT
CTTATATTCTGCCGACATATTAATTCTCTTCTACACCCATAGCACCATCTTTCTGCTCAC
CAACTCACTCATTCAGCTCACCCCTCCTCTTCTCATATCTGTTGCTTCCATCTCATCAAC
CTCATTTGCTTCTAGCTACCATCTGTCCATCGTCATCGGTTCGTTTGCTCCACCGCCATG
ATGAATCTCATATCCTTTGAGACGCCTCCTCCTCTTGGAAGGCAGCAGAGCACCGCTGCT
ACTGCAGTCACCGGCATGAAGGTGGCAACGGAAGCGAGCTCTAGTGGCGCATGCTTCCAC
GGTAGCAACCTAGACCTCAGCCTCGGCATCTCCTTGTCTCCCGGAGGTAACTGCAGCGCC
GCTATCTGCGGTGACTCCGTCATGGCAAGCTACAAAGGTCGTCCAGGTGACGGCAATGTC
GGTCGGGTGCAGGGCAGTGGCTTGGTCGTCGCTAGTACTGCCACTGCGAACACGCTTAGC
ACAGGGCGTGATGGTAATTGCCATGGCATTGTGCCTAGCAGCAGCTGGACGGCCGCGTTC
ATGCCGAGCCCGACCGGCTTTATGCACCCCTGGAGCCTCGCCGCCCGGCAGCAGAAGGCG
GCCGCCGAGCAGGACCGGAGCATTGCGCCGACGTCAGTGGCTACAACATATGTGACAAGG
TGAGCCAAATTGTGCGTTGACAGTTAATTAAGCAACGCACATATGCTTCTGCATGCATGC
ATGCATATTGCCTACCCAGTTAACCAGTTTTAGCAGCCACTCCTACTCATGCGTGTTTTC
ACCATCTCACTGCACCCAACTGCTCTAGTTCTTTTTCGGGTGAACTGCTCTAGCTAGCTA
AAAATGTTTCAGCTATCAAAATATGGATTTCCTGTCGTGTAATGAGTTTATAATGCAAAC
TAAGTTTGAGGAACCATGAATTAAACAAATAAGTGATATATGATGGAAAAAGTATGGGAT
TAAGGCCCCCTACGTGTACGCACAAATGATTGCAATCATGAAGATGTTGAACCCCTACCA
CTCCACTAGAGGTCATCGATTAGTATTTTTCAGCTCCTCGTGTGCTTAGAACTGCGTCTA
GAAATGATTGCGAATAGATTCCTGTATACGTACATGTTATGTACACAAAAGGAGTCCTTC
AAATAAACCTAGGATTTCTAGTATAGGGAAATCATGTATGCATGCATGACCTCCTAATGT
ACGTACGTGGATTAATTCTAAAGGCTTTTGCCGACCGGCCATGGTGAACATGGCCGGATA
GAATAGATGCCGTTAGAGAAGATCTCCTCTGCTCTGCAAGGAATTAAGCGGGAATATTCA
GCGCAGGCCGGCCCAGGCAGGGGAGCAGAGATGATGAGTGCATGCAGCGCAGTGCAGAAA
AGAGAGAAAGAAAGAGGAAAACTAGTGCAGTCTTTTCCATAAAACGACTTTCGTGTGTCC
GTCCGTGGATGTGTTGCTCCCAATAATTGGGCGGCTGGACGTGCTAAACTGCTACCATGT
GGCCGGATGATGCATATTGCTCCTTTTCTTGAAAATATATAAATGGTCTGTGGCTTGAGG
AGATCGATACAGAGGCAGACAACAAAACATTTGGGGGTTTAAAGAGAGAAAACTTTAGCT
TTGGTTAGAGCACAAGATGGTCTTTTCATAACAAAGGGGATCAGACAGTTCAACCTTATA
AAATAAGATAATTAACCATGGTGCAAGTACTTAACTTGCATTGCATGCATGCATTGTGTT
ACAATCCCCTTATACACTCAGCTCAGAGTTGCACACACTTGCACCTGATCTACACACCGT
ATTATTCATGGGCGCCTAATGTTTGCATTTAACTCTTTGTCACCATCAGCGATGCTAGTG
TAGTCTCACTGCCTTCTGCGGCCGTGGGCTGGCCGCCGGTTCACACCTCCCGGCGGCACC
TCGTCACCGCCGTGCCAAAACCCGACGCCGATGTGAAGCAGCCGGACGGCCCAAAGGACG
GGAGGATTCCCGCCGCGGCCTCGCCCGGCGCCGATGATGATAAGGAGGTGGCGGGGGCGC
CGAGGAGCTGTACTGTCGCCGTAGAACCGCAGCGGCTGCCCGCAAACATGTTCGCCAAGG
TGCAAATGGATGGCTGCCTCATCGTCAGGAAGATCAACCTGAGAGCCCACCGCAGCTACG
ACTCCCTCTCGCGGGCGCTCACCAAGATGACAAGAAACTTCTTCTGCCGTAAGTACCGCT
CTTAATTATTATTTTTGATTTTGCTAAAACATATATAGATCTGCCTTATATATTGCACGC
CTATTATTTTTCCAACAATATTCTGCTCTCAAATTATAAGGATCTATGTAGGACACATCT
ATATGTACAATAGTCAATGCAGATCTAAGTAACTCAATCAAACAAAAATTAAACGACAAC
ATGAATCTCCGCCTAAAATTAAAGAAATATAGGGCTTATATGTGCTTTAGCAAAACCAAA
ATTTATAGTTAGTCACATAAGCCTTCTTCCCCTTGATCTCCGCGGCAAGATCGTGGATTC
GACTTCTATCGAATACTTTTGCGTGTTCGCAAAAAAAAAAGATGATGGATTCGACCCCGG
TGTGCCCGCCTCTTCGGCAATCGGTGGTGGGAATGAAAATCCTGATGCCATGGCTCCAGC
TAGTGGATAAGTAGGATTTTAATCCTCGGAGTAGCGGCACTCGAACAGATGACGATGCTT
CTTTTTTAAGTCAGTCTTCTGAGTTCTGGTCCTCCTCAAGTTCGTCCATTGGGACGGATT
AGATGGAGCTCTGATGTAGATTCCTGCTAGCTACTCGAGGCAACGAGGTTATGGCTCCAG
TATGTGAGCAACTATAAGGTCTATCTAGCTCCAGTATGTGAGCAACGATATATGTGTGTC
GGTGGATTCTTCAATCGGCCGGGTGGTCATTTGGTAGTCAATGGACATCGATGTAATTTT
TATTATGTTTGTGGGGCTTCGTACTTCTCATGAATCTTTATACTAGGGTCCTTTTGAGTG
TGGTGTTTTGGAGCTCGGGTTTCATGGAGCCCTATTTTTGAAAACCTCAAAATTCATCAA
AATTTGTATTTTTACATTTCAAAAAAATCTGAAAAAATTAGGGATATACATGGAGGCATA
ACACACATGCGTGCAAATTTTTAGAAGAAAGTACGTTAAAACGAGGTCTGTGCAAAAAAA
ATAAATTTATGGCTTTTTAACACATGTTACTATTCATTTCAAAAGTTCATGAATTTGTTC
TTTTTGCGCAAATCACATGTTAAGGTATTTCATCCTGAATTTTTGCACACATATACATTT
CATCCTTGTGTACTTGCATAATTGTTTTTCAGATTTTTCTGAAACAGAAAATTTGAATTT
TAAAATTTTAAAAATAAAGGGTGACATGGAGCCCGAGCTCCAATAGTCATTTTCGGGTCC
TTTTGTACTTCTATAATTTCCTACTATATAGGGCCTCGGTTTAAAGAAAACGATGGTTGG
TTCCTCACGTCAAATAAAACCCAATTTTTGTGATAAAGCGAGGCACCATTCTGATTTTTG
TTCCTTTGAGGGTGGTAACATATTGGGTATGTTGTGACTACGACAAGAGCTCAACAAACC
TATAACAAGCTCTCATGAAACCCATTTTTAGAGGTCCCATTGAACCGTATTTTGTAGGGT
CTCAATAAACCCAAATGAGATGTTAGCATTGGCATGTTTTTTTGACATAAAAGCATTTGA
CCATGTGGTTCACTTCGCTTGTGGCCAACTGGGAGCTTTGTCCTCCTCGGGCGATTCAAC
TTAACTAGGTCATCGCTCACCTACCATGTGAATATTGTAGGCTTCGTGGGACACTGTGCC
AATGTACTCTTCGAGTCGGAATTCTTTATGAAATTAACTCAACTTCTATTTAGATGGAAT
TACTGCAAAAATATGGAAATTAACTTGACTTTAGCGGCAACACTTAATTAGTTTTACCAC
CTAAAAGCCAATTTTAAACTTTGCTAAATAATTTTTTTAAATGTATTTCTCATTAGAAAC
ACATGGCATGTTAGAATTTTGCAGTCTTGTCTGTCTTTTCCTACGGGCGCGCTGTCTTTT
CATGTTTTGACGTATCCATTATATTTAATTTTTAAACTGTATTGCGTAAATCCAGCTGCA
GATTATCAGAATTCAGATTCTGGGGAGGGAGATTGTGCAAATAGTGACAATTTCATATTT
CTATATGAAGACTTTGAAGGCGACCGAATGCTTGTTGGAGATGTCCCATGGGAGTAAGTA
TTGTTTTTTCATACATCCTCCTACACCATGAGTTAACATCATAAGAATATTTTGTTAATT
ATTGATTTCGGGATACTTATAGTTTTCATTGATATTCTCATAAGTACATCTCCGTATCAT
AGACACCCTAGTAGTGCACTATCAAAATAAACAGTAGGCATAGCTGACTATCTATTATTA
TTGCTTCTAATGTGGTGAATTTTATACATAAATCATCGCCGAAATATGAAGTGCATTTGT
GACGTAAAATTTTCAAAAATATGTAACAACTTAAGAAAGTTGCTAAAACAGCTAAAGTAA
TTCTGCATTTGACGCTTCTTTCAGGTTGTTTCTTGCATCGGCTAAAAAATTATGCATTGC
TCGCCATCCAACTGCAAGAGATACCAAAGGTACATTTAAAAGAAGTCATTTCCTCTATAT
TTAAATGTTCAGTGTGAGAATGCTCATGAGATTATTGTTGCTACTCATCAATTTTAGGTC
ATGACGAAGCAATAAAATTAGATGCAAGTGTGAAGCTATCTACGAATAACTGAAGCCCCC
CTCCCCGCCGGAAGCAACTCTATTTGAGGCCCTCTCTAGATAATGAAAAAAGAAGAACTC
TCCCACTTCTTCGTGTGAAGAATAGACACGTTAAAATTGATCAATGGCATATACGTACAC
ATTATATATGCACATCTCTCGGTGTGAGGTGTAGGAGACGTGTATTGATATTATGGTATG
CCTATGCTAGTTAGATGTGAACAGTTTGTTGTGGTGTATCCGTGTCAGTACATCTATGAT
GGTTGTGCATATAGTTTTGGAACCCTACGCAAGAATTAATGTTGGAATGCAAGTGATGAA
TAATGTTTACCGAAAAAGGCTTTCGTCCCGCTTAATTGATAAAGCAAACCACCACAACCA
CAAAGTTCGAACAAGAACAGATCCAAACACACACAACACAAGTATGGGAGGGTTCTGGTG
AGGGAACAACTCAACAAGCCCTAACAAAAAGACAAAGGCGGACATGCCGCAAAGAGAAGG
AGCTAATGCATCTCAGGTGGTGGAGGAGGAAGTGGCGGTGCCAAGCGAAGGGCCATCTTT
TGGAGATCACAGTGAATGAGTTGATGGGGTCCTGGTCCTAGGTACGACTAAGCAGCCGCC
AGAGCTGCAAGTAACCACACATTTTGAACATGGCGCCAGTCGTGCGGCAAAGGGGAACAC
GCTGAATCACAAGCTTATTACGAACCGTGCACACCGTCCAAGCAAGGACCCAATAACCAG
CCACCTAGGGTGGAGTCCCGCGCGCGCGGGGGGGGGGGGGG