Map Locations of contig_66557 (11260 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_66557

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_74807 6 2993 bp MLOC_74807.4 Available Available LOC_Os12g41380.1, FRAME:+1, EVALUE:2e-156, 13112.m04317 protein ulp1 protease family protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_74807






Contig Sequence (11260 bp)

>contig_66557 11260 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CTAATCGCACGACGACAAAGGAATAAGGGAAGAATCTTCTGGAGCATCGGTCTCACGCTG
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TATTAGGCTTGCATTGCATGTAATAATATGAATTTGACTTTTTTAATTTAAGATATTCAA
ATATAGAATACGTTATTAAAACCGTGACCGATCAATATCCTCGAACACGTTCAAACGTGT
CCGTAGCTTTTAAGGACCGAATTTGCAAGGTCTGACTATAAATGTTTTCAAAAGCCAAGT
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GTCGGATTCCGGGGAACCGGCCCCGCTCAGGCCTTGTTTGATACTAGGGTTTTTGAGAAG
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TCTTCCCGTCGAAGTTTCTATTTATTTATTTATGCTTAATTAAGTTGTGGGGTAATACTA
ATAGCCGCGGCAACCTCCCCCCACATTCCCCCCTCCCCCAAAACCCAAACCCCAAATTTC
CCTCTCCCCCACAACGTCCCAATCTGCATTTCCTCCCCGCCGATCGCCGCCGCGGACGAC
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GTTCAGCTCCGGCTCCGACGGCGGCCCCGACGTCTGCTTCCTCTCCCCTCCCCCGGCGCC
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GCGGCGCCGGGGGATCGACACGGACAGCGCCGAGGTTCGATCGCGCGCTCGTGCCTGAAT
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GTCGAGTGAGGGATTGACAAATCATGGGTACATGGGAGATGAAATGCAATGTATGCAGCT
TGGTTGGGACATTTGATGAAAATATGACGGCTGTTGAATCTGTTCCACCTAATTTGCTTA
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CAGATATAGATGATTCGGGGGCGGAAGTTGCTCGGAAATACCAGAGGAAGTCATCTCCCA
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GCATACACGCAGAAGTTTCAAGCAACCTGGACGATTGAGACCTATACCAGAGGATAAGAT
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TCATACAAATAGGTATGTGCCAGATTCTCAGAAAATCAGGGCAACAACCTTTATGCATTT
CTACCAGGAATGAAACATGCCATCCTGTGTTAGTCTTCTTAGCACACCACATGATTGTCC
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TGTGTTTGGCAATTATAAGAGACTCCATTTACAGCTCTTTTGTGATTAATTTCAAATACC
AGTGGATCTTTTAGCTGCATTTTTTAATAGGAGGTCACTGTTTTGTAAGAAAGTATTTTG
ATGGAATTATGTATATGGCTCCTTGGTTCTGTTGTGTTCTGGAATTGTGCAGACTTGGTA
GTCGCAATGGAGTTCTGAAGACAGGAATCTTGATTGCTTTAAGCCTTTAACAAATGATAA
TATTAGTATGTTATATCACCTTAATTGATTCAGATTTCAAGCATATGCTATTTTGCTTTC
TGCAAGGCCATGATAGTGTGTCATTCTTTTAGGGAGACAATCTTTTCTTTTTTGTTGTTT
AGGTGCACCGTGCGCTGATACATGAGCAGTACTAATATCAGTACCCCGCTTTGTTAGGAC
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ATTCTGTTGTCGTAAGCATTGCATATAACATATGTCATACTGTCTCTCAAAGGACTTCTA
TACAATACATCTCAGTGTACCATTACATTTAATCAAAGTATTAAGCTGAGATTCCTTTTC
TATTCTTCGACACAGGAGGAATGTACAGCTTGGAGATTCATCTGTTCTATATTCTCGAAA
GGTGGGTACGCTGGCAAAGTGACAATCATCTAGATCAATGAAGTTTTCTTACCTTTTGCC
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TGCATGCAGTGTGAGTGCATTTGAGCTGTTTACGATTCATGACATTTCACTTGTTACATG
ATGCTGGCTTCTGCAAAAACCAGCCTCCTTCATTTATGTACACTGCTACACTTCCATTAA
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GTGGGCTGCCAGAGGAATGGTAAGTAAGGAGCTTCTCCACCACCGTGTTTTCTGTCATGC
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AAAAATTTACTATCCATCAAGGTGAACACTGCATTGTTTTGAAGACGATCAGTTCATGTC
GGTGAGATTTTCTTTAGTTCCGTCATTAACATGAAACATTTGAACAGAGATGATCCAGAA
GCTGTAGAGCTCGCCAGTTCGGATATCAAATGTCTTGATCCTGGAGTATATTTGTCGTCC
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GTATCTTTCTATGATCTTCTCCTTTTAGAGACTGCTTGAGCACGTCATGTGTCTTTGAAT
AATACTCCCTCCGTTCACTATTATAAGATGTTCTAACATCTTTGTAAATCGGATGTATAT
CCTTTTAGGTTGGTTGTTCACTCAATTTCAGTCCGAATCTAGTATATACTGAATTATCCA
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GTACCTAAATACTTGTGGGGACAACTAAGTTCGTTCTCCCCAACTACAAGTATTTAGGCA
CAGAGGGAGTATATGATTTGAGAACATATAGCTGTTAATGCACTTAGTTGTACTGGCCGT
TGGCATTGAAATATCCGTAACATCATCAAGCTATCTATTTGAGCTGTTGAGCTTGATGAA
TTAGTAAAAATAGCATCATGTGAATTTTCAGTCATCCACTTACACAGAGATGGTAGAATT
GTTTAAAGTTGGGAATTGTGAATTCTGTTCATAACAACTTTACCTCTAAATGGATGTTTC
TGTTGAACTCTTTGTATGATATTCTTCTGGCAGATATATCAAAAGAGACAAATTTCACCG
TGAAGCTGCCAGAAACAATTTCTACATGTTTAACACATATTTTTACAGCAAGCTTCAAGA
AGCGTTATCTGGAAAGGTAAGATTGTTTTTTCTATTGAATAACTCGAATACTGCCACAAA
AATATATGTTAATTTTTTCCAAATTCTATTATTCATGGTACATGAGAGTACTTTGGAGAT
AAGCTTTTGTTGTTTGCTTGGTATAATGTGATAAAGAGTAGCCTAGTATGTACTCCCTCT
GTACCGAAATATATGTCGCTGGAGTAGCTAAAGTTAGTTACTCCAGCGACATATATATCG
GTACAGAGGGAGTACTATACTGTGTTGTAGTTGTCCTTTCTTAGTATCTTGAGTTGTTGA
CTCTTATATATCTAATAGTATTCTTATGATTTATCTTTCTTTTTTATGTAGTGTTCTACT
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ATGCTTTTATTGCTTCCATGCTAAGATGCGATAGTAACAGGCATATGTCCAGAGTACCCT
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AATGTACTGTTGTATGATATCTTTCTTGTTTGTGAAGTGGTATCTTCATGTATTAATTTT
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GTGTTAATATATTTCGGAGAGGATACATTGTATTGCCAATCCATGGAGCGTAAGTTAGTT
GCTTACTGGAATAGGAGTTCTAACATGTTTCCTTGAAATATTCGCATACCGGCTGAAGGC
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TTACTTTATCGAAATACACTCTTGAATAAGTTTTATAACTTCATGCTCCATCTGGATCTG
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GTTGTGGCCTATAAGGTTAATAACATTTTACATACCTCTTTTAGTATTTCTGCTAAATGC
TTTTTTTGCCTTTGTTAATTATTAGGGCGCACTGGAGCCTGGTGATTATCTGCATTCCTG
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CTGATGAGATATATCGTACCGTTAGGAGGTAAGTGACACGACGACTGTTATCTAACTTTG
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GTTTCTTCTTGCTTGACTTATCACGTAACTGTCCAGGTCACTGAATCTATAGGTTTTTTG
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GAGGCTTCTAAGTTAAGAAACGAGATACGGAAACTACTGCTGAAAGAGTTTGGAAGTGCG
AGGGTTGATGATGTTATGTCTGAGGCAGCTACAGGTGATGGCTCTGGTGATGACTGTTTC
ATGAAGGAGGTAGAATCAGAGGCACCTACAGCTGATGGCTCTTATGAAGATTGTATGATG
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GTTAAGCCAGAGGCAGCAACATCTGATGGCTCTGATGAAATCGTATGGAAAGGAAAATCA
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TGCATGATCGATCAATCTCCCCCTGTCTCTTCTTGCCCATGGTGGTAAAGTTTTGGTAGT
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TCTTAGTCATCGTGTCACTACAAGTCTCTTTTTATTTGTTACTCCCCCGTTCCTAAATAT
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TGTTAGTGCCTCACATGGCAACTCCACAAGTGCATAATGCGAGTTCTCCTAGGTAATATC
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TAGATCGGCGGCCCGTTCCGCGTGCCGAGGAAGGCCGCCATGCGTGCATGCCGCTCATGC
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CCCTCTGACACATGTAAATTTCTAAGTCGTCGCATACCAATTCCATAAACATATTTCTGA
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CCTCATAAATAATGGTAGGTGATTCTATCGAATCAATTATTTATTTGATTCATTATACAA
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TATCAGACGGCTCTTACATCGTTGATTCTTCTCTAATCCAAAGTCCATACATGTTTAAAC
AATTCTCCGACCTATCAATCAAACGCACAAATTTACCCATCCCGAGTAAATCTTGCCTAC
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AACTACCTCAAAACGCCCGGGCGAGTAAATCTCGCCTGCTCCCCCGTCCCATACACCCCA
GCCCGTCTCGCATCTCACGAGCACGCTCATCATAGAACTCCACCGCAACGACTTCCTCCG
CATCAACCTGCTCAACAGCAAGAAATTGGCGTCTCGGCTACAACTGCTTCATGTCCCCTG
TGTGCTCCGTCAATCTCTGCTTTCACAGCCGACCGAGTAACCCCAATCCCGGCGCTTGTC
CTCGCCTGACCCTGCCCCGTGAGGCCATGACCATCTCTCCCACCGTGCTGGTGCGCCTTT
TTGGCCCGACAAAGAAACCGCTCGTGCATCCGAGTATTCACTCATTGAGGCTAGAGTCCA
GTTTTTCTCATCACTTCTTTTTGATTTGCCTTAATTTGGGATTTTATTGAGTATCACTTT
GTCATGCAGCGTGAATGACATGGAATCAAGCTGGTAATGTGTACACTCGACAACAGGTCA
AGAACGCAGGCCTTGCTGCTCATTGTCCTATATCTCTGTGCAGCCCGACGGCCCGGTTTG
CTCCTTATATCATATAATCTCGTGCAGCTTGCCGACGCCAGCTTCCAAAGCTTTGCGGTA
GAAGAGGTCATCTTCGGGCCTGGAATGGACACGGCGGTTCGAACGTAGTGACATAGTGGG
AAGGTCTGGGTCACTAACATAAACGACGGTGACATAGCAGGTAGGAAGGAGTACGTGCAT
GCTTCCTTAGGCCTTGTACAATGCAAGGTGCTTAGGGGAGGTGCTTAGAAAAATAAACCA
GGTTTTTCTTAAGCACCGATGCTTATTTTTACAGGGTAGACGCTTAATTAGACGCCTCTC
ATGTAGAAATAGCCATTGGTGCTTTAGAAAAACTTGTTTTATTTTTTTAAGCACCTACCT
AAGAGCATCTCCAACAGGCGTCCCAAAACTGCTCCGTGCGCTAAAAGATTCTTTTTTTGG
GCGCCGGACTACTCCAGCAGAAGCTGCAAAACGCTGCGCGCGTTAGAAACTTCTGGACGC
GCGTTTAAAAACGCTATCGCCCGCAGCATATTTGGTGCGTCGGCTTACGCGCGCACCAAA
CTCTGAGCGGCTGCAGATGGGACCGCTGGATCGGACTGGATTGGGCGCCGCACTAGCGCG
CGTCTGTTGGAGATGCTCCGGTCCTGACGCTTCAAAACTGCTACAGTAACGCGCTAAAAA
ATTTATTGGACGCGAATTTTTTACGCTGTCGTTGGAGATGCTCTAAGTATCTAGCATTGT
ACAAGGTCTTACATGGCATCTTTGCTTCATCAGTTCTATGGCAGGACGGCATGCGGCAGT
ACGGGGGTATACCAACGTCACCGTCCTTCAATTGTTTGCTTCCTTCCTTATATACTCATG
CATAATGCGTGATCGATGTTGCTTCAAGCAGTTTTTGTGATGGCTTCGGTGCCGGCGAGA
TATGTATGGTGGTGACCGGGGCATGCACTAAGGGTGTGTTTGGCAGCTGTTCTCACCCTA
GCATAGTTGTTCCCTGTTGATGCATGCTAAGTATAGACAT