Map Locations of contig_65180 (12204 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_65180

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_74115 1 1620 bp MLOC_74115.1 Available Available None
MLOC_74116 1 1710 bp MLOC_74116.1 Available Available LOC_Os11g32650.1, FRAME:-1, EVALUE:0.0, 13111.m03183 protein chalcone synthase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_74115






CDS Structure of MLOC_74116






Contig Sequence (12204 bp)

>contig_65180 12204 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CATTAATAGCCAAAATAGGTGCGTCATTAGCAAGCCTTTTTCTAATAGTGTCTTGTCTTT
TGATCTGGGTGATCTAATTTTCCATGGCTAATATCTTGTCTAGCATGGCCGGTGATGTTA
TGCTTTTTCCTATAAACTGGTGACCCCAGTAAAATGTTGCATTTGGCTTTAACACAAAAA
AACAGGGCTTGATGTCATGTTTGTCTAAAATTTATAGTTAACAATAATCTGGAGTAGCTT
AGTGATCCATTGCTGCGGGAATTGCCTCCCCATCCGGTCAGAAGTGAAATTGCCTAACTA
GCGCTATGTCTGAAAACTCAATGTTTGGGTGGCCCCGACAGTGATGGTTTGGTGGTTGGC
GGTGCATTCGCCTCTCTGTTGGGCACGCACATGACTATAACCAAAATATAATCAATCTAT
GGTATGTTAATCAATTGGTTAATACAAAAAAATCGCATGGCAAAAATAGGGATAAAAATG
CAAGAATGATTATAGTAAATAAAAAGGGTATATATAATCAAAAGGAAAGGAAGACACGGG
TTAAATCTGTTCACTTTATGCTCTAAGTTTGTCAAAATTTATTTCTTGTTCTGTGTTGAT
TAGCTCTGTCAATGAGAGTGGTTAATTTAATTTATTGAGTCTGTACCATGGCTTGTACAA
TCTGTTCAAACTAGCATAGGGCAAAATATGTTATCTTGTCTTACTAGCATTCTTATTGTC
TAGTCTGATCTGAGTTTCAATATCTAATCCGTCACACAAATAATCTGTTTATTATGTCTC
GTGCATTCTGCGAGGATACATACTTATCACATCCAAGGTGGTGAAATTCTCGCAAGAACA
GGAGACGTTGAAGAGACACATTGGTTAAATACTTATTGTAAAATTTGACCAATGTGACTT
AAAAATTTGTGCAAAGCGGCTAGGAGGAGCTGGACGTGGTGCTAAAAGCAAGCGGTAGTG
AGGCCGCAATGATTTGGGATTACGTAACTGTTCCAGGTGACCGAGGAACACGACATTCAC
GGTGGGTGGTGCTATATGCTTACCGCGATAGCAACAACATGAGAGAAACGACACCGAAAC
AGCTTGTCATTAGCAGTCGGCAAACAATTGAGTAGAGTGGGTCATGAGAACACACTCAAA
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TGACATTTGATAGCAATAACTTCACATCAAAAATTGTTGATCTGTGGTAACGCACGAGCA
TTCAGCTAGTAAGTGCTAAAGTGCAGAGCTGCTTCAGTGAGCAAAAAAACTACTAGCAAG
TAAGTGGAGTGTTACTGGGCTTATATGGGTATGTCAAGTGTTACACATGGCTTAGGGACA
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AGATATGAAAAATCACCATTTGTTTTCCAACCACATAAGGTTCAAATTGAACAGCCAATC
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AACTCGGCAGTGTAGTATAGAAGAAGCTGTACGCATGCAGTAGGTTTTTCCATGACGAAG
ATAAACGGTCGAGAAGGAGAGCGATCACGCGGTGGCGCCGGCGCTGATGGGGACGCTGTG
GAGGACGACGGTCTCCACCGTGAGGCCGGGGCCGAAGCCGAAGAGAACGCCCCAGTCCAT
TCCCTCGCCGGTTGTGGCGTGGCCATCCTCGGCAGAGCGCTTGCGCATCTCGTCCATGAT
GAAAAGGACACATGCACTGGACATGTTGCCGTACTCGGAGAGGACATGCCTGGTTGCGCG
CATCCGCTCCTTGTTCAGGTTTACCTTGGCCTCGACCATGTCGAGGATCGCCGGGCCGCC
TGGGTGCGCTATCCAGAAGACGGAGTTCCAGTCGTCGATGCCCAGCGGCTTGAAGGCCTC
CTCTAGGGCACGCTCGATGTTCTTGGAGATGAGCCCCGGCACGTCCTTGAGGAGGTGGAA
GGTGAGTCCGACCTCCCGGAGGTGGCCGTCGATGGCGCCCTCCGAGTCCGGCAGGATCGT
CTGGCTCGCGGACACCAGCTGGAACAGGGGACGCTCCACGGACAAGTCGGGGTCGGCGCC
GATGATCACCGCGGCCGCGCCGTCGCCGAAGAGCGCCTGGCCCACCAGCGAGTCGAGGTG
GGACTCGTGCGGGCCACGGAAGGTGACCGCGGTGATCTCGGAGCAGACGACGAGCACGCG
CGCGCCGCGGTTGTTCTCGGCGAGGTCCTTGGCGAGGCGGAGCACGGTGCCGCCGGCGAA
GCAGCCCTGCTGGTACATCATGAGGCGCTTGACGGAGGGGCGCAGGCCGAGCATCTTGGT
GAGCTGGTAGTCGGCCCCCGGCATGTCGACGCCGGAGGTGGTGCAGAAGACGAGGTGGGT
GATCTTGGACCGCGGCTGGCCCCACTCCTTGATGGCCTTCTGCGCCGCCGCCTTGCCGAG
CTTGGGGACCTCGACGACGACGATGTCCTGGCGCGCGTCCAGGGACGGCGCCATGTAGGC
GCACATGTTGGGGTTCTCCTCAAGGATCTCCTCCGTTAGGTGCATATACCTCTTCCTGAT
CTGCGACTTGTCACCTGCAAATCAACCCGGCAGAGTTAGCTCGCGTGTCCAATGACGGGA
AAAAGGCAAACAATGACGGGACGAGAGACAAGGATTCATGGGTTAATTAGGTGTGCAGCC
CATGTCTATATTTGGGTTTCTTTCTCCTTTTAAGTATAGGATAGGAGGTTCATTTTCTGT
TTTATGGAACTATTGTTAGTAGGAGATTAGCTCACAAGTCGACTCATGGATTCGCTCATG
TTTCTACTATTTGCTACATGCTCTGTCGAGTGGCCCACTAGTTCTAGGTGCAGTGTTAGG
TCATAGTCGCGTCAGGTAGTGACATTAATTCTCTTGTCTTAAAGAAATTATTAGTAATTT
GTGGGTTCATTCAAACATGTCTATTCTTTGTAGTAAAACTGATAATTTTTCAAGAAATCG
ATGAATACTAAGGTGGTGTTTCTTTAGAGGGACTAGACTAAAAAAATCTCTTTTAGTCCC
TAGGTAAAGAAATATGAGGGACTTTTTCTTAAGAGACTAGAAAAAGACTCTACTGAAGGG
ACTTTTTTCTTTAGTCCCTGAGACTAAAAAATTCTAATCCCTTGAAAAGAAACACCGTCT
AATACTACTTATATCTTTTGCAAATCATTTTTCTTCTGAAAATCAGTTTTTTCTACTGTT
AAAAGCTTTAAATGCTTCAACTGAAGAAATGAAAAAAATGAAATATGGGAACATATTATT
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TCTATAAAAAATATGCAGGAGTATATGTATTTACCTTTTTGCGGGTATATATGTATTTAC
CTACCTTGCAGCTACAACCGAATAACAGTTAAATTGACACAGCAGGTTCGGCGTGTGCGG
CCGTTACCCAGTTTTGATGGCCATGCTTATTGTGTGTGTTTCATGTATATATATATGAAG
TAATACTAAGTGTGTTCAATTAATATGAATCTGAAGGAGTACATATGGCTAGCAAAAATA
TCTTGGCTTATTGCAAGTGATCGGTCTGGCTCCAAGCTAGCTCGTATACCTATTCTTTTT
AACAACCAACAAAGTTCACTGGAACTATATAATAAGGAGTAAAATATTGACATCCATGCA
GACACACGTACTCCTATATTATTATATAGGTAGCTCCCTTGTGGGAAACAAGCCTGCAGG
AGCACATAGCCCGAACACAGGGAGAGACGGTGAACATATACTTACACATCCTCTTGAACT
TCTCCTTGAGGTCAGCCATGTGGTCGCTCTTGGTGATCTTGAAGTAGTAGTCGGGGTAGT
CGGCCTGGTACACGCAGTTGGCCGGCGTCGCCGTGCCGATGGCGAGCACGGTGGCCGGGC
CCTCCGCCCGCTGCGCGTTCCTCACCTCCTCCACCGTCATCGTCGCCGCCATCGATCGAT
CTCCTACGTACGTACCAGCGGCCGACGAGCTAGCTAGCCAGTCCTTGTCTCACCAGTGAC
CGGCCGGCCGGGTAGAGCTGCTGCGAGATGAAGGCTCCGTGTGACGTCTGTGCTGCGAGA
CAAATGTGAGATGCTGCGTGTGTACTGGTGTGGTGTGGTGCCATGAGTATGAGGACGGGA
TATATAGGCGGGAAAGGTGGGTAAGGAAGCGAAAGCTGGCCGTTGGGAGGAGCGGGTTAG
GTCCATTGGACGGGAGGATGGATGGCCACGACTGCGGGGTGGGGAGATGGGGGCGCGAGC
GACACGTCTACCTACCATTACCATTGCTACCAACCAATCCGCCCCCAAGTGGGAGTTAGT
TGGGTTGCTTGGCCTTGGGCCTTCCTAGTTGCACGTGCTCGTGTGTGTAGGTTCCGGAAT
TGCTCAGCCCATTGTATGTACAACTCACCTAATCTTTAATTCTAATCACGGTTTTGGACA
ACAGAATCTATGCAAGATTGTAACCATGAAGATGCAGGATTTGGTAGGGAGAGACATGCA
TGCAATATGTGGATTCCATGCATGGTTATCTTCTCCGACATCCTCCATCTCCCCCCATCA
CGGTTTTAAACAACATAATCTCTACTAGATTGTAACCATTAAGATATAGGATCTGGTAGG
GAGAAATGCATGCAATATGTGGATTCCGTGGTTATCTTCTCCGAAATCCCCCCCCCCCAC
CCCCCCACACACACACAAACACAGGTAGTCGAAGAATCGTCGTAGATGATGTGAAGGTTG
GAATGAAATCCATCAAAGTTTGTGGCGGCACACCTTTCGTCATGATGTTTGCAAACTATA
TCGAGGTAGGCAAGTGAACGACGCGGAGCTGTCCAAGAGAGACGTTTTCGCCTAGGAGGT
AAATGTCTAACTCAATGTGTTTGGTACGCTAATGATGAAAGGGATTGGTGGAGAGGTACA
CGTCAGATATATTCTCGCTCAAGACAAAGGTGGCCTTGTCGATGGAGCAATGGAGTTTGT
CGAGTAATTGCCAGATCCAGCAACATCCTACCATCATGTTAGCTACACAGCGGTACTCTA
CTTCCACGCTCGAGCATGACCTAGTGGATTGTAGTTTAGACAACCAGGAGATGAGACTTG
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CGGCGTTGAAGTATGTAGCATTGTCTGAGAGGCAAGGATTCATGAAGAACCAAGCCATGC
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GCATGCATAGGCAAGGAAATCTAGCCAACTACGTAAGCGATGTTTGCGTGCGTCAAGGTG
AGGATGAGGTGCTGGAGTGCTCCGACGATACTACATAAAAATATGGGGTCATGGAAGTAT
GTAATGGTAAATGCATAAATCTTAGGCTTGCACTCAGATATGGCTACACGGTTGTCTTCT
TGGCCTAACGCTCATGGGACAAGAGAAATACCATGGATATCCATTGTACATGGACACCCA
AGGAAATGAAGCGGGCCAAGGTCCTTGATGCGTGGTGTAGACGCCCATGGGCCTAGGTGT
CTACAAAGGGTGTGTAGAGCCTCGAGGCAGCCCGGATGGTTCGGTGCCCGATGGCCTTTA
TATAATCCCATTTGCATACCTAATTATCCAGCATTATTTGTCGCCGCCATATCATGTTTC
CGAGGCAATCTTTATTTTTTAGCCCTAACCCGTAACTCAGCCGGAGAAGAAAGCAATCTT
TATCATCACCAACCTCGACTCTCGAGCTCCAAGATGAGTTCTGAATAGTCCACCACCCAG
ACTACGGCTTCATGGCAGTAGCTAAAGTGGTAGTCTCTTCATCTTGATGTGTTTAGATGT
TCAATACAATAGTCATATGAGCTGCCCCACATGACTATGGTTTACCTGATGTATCCGCAA
TGTTGATGTTGATCATCTCATGAATTATTTTTTTATGTTCAGATTTGTTCGTGCCACCTT
TTTAATCTGCAGATATATATTTCTTCTCGTTTGCTTCTTTACACTCACTAGTACAGAAAT
GGTTACCGACAATCTAAATTGGTGGGCCGTCAATTTCAATCCATACCACCAGTATTACTT
CAAAATAGTGTTGGTGCAGGCATATGCGGTAATGCCACTTTTATAGGGTTAGTGGTGGCA
TGGGTACCTTTTAACATGCTACAAGTTTGTGGAGTGTACTTACGAGACACAAGTTAATGT
TGTTGTCTGACTTCTATACATGCTACAAGTACTGAAACTAGTAGTGGCTTGTTGATAGCC
GGCACGCCAACAATAACTTTTGCATATACATAAGTGTTGGCAGCCTCTCTCAATTTAACA
TCCCAAAATTTTAAATTTAAAAAATGTTAACTATTATGTAGGAAAAAAAATTGCTTGCTA
TTTGACTACAAGGCTTTGAAACTTTGGAGTTTGTTCGATTATTTTTTAAATTGAAAGGGA
ATAAAATGACTTTTACAAATGTTTCTTATGGCTCTTATCTTGAATTTTAAGAACATTCAA
ATGTATTTCAATTCAAATATGAGAGGGGATGACATGACTTACTCAAATAATAGATTGGGG
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ATGTATACACCTCTTTAGTTCCACATTGCTTGGCCTTAGACCTTCCGGTAGACTTCTAGA
CTATATATAGAGACCCATTTTTTGTTTTTACTGGTTTTGGAAAACTTCTAGAAGGTTTCC
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ATGTTTTGGATTTTTAAAAAATGTTCTCTATTTCAAAAAATATTTCTAAATTTTGAATTT
TTTCTTTTTAAATAAATTTTCTGGATTTTCAAAAAATGTTCCAAATTTTCAAGTATGTCT
TGGATTTTAAAAAATTGTACTTAAAATTCGAAAAATATTTCAAAATTGTTCTCGATTCAA
AATTTGTTATTGATTTAAAAATGTTTGAAAATTGTTTAAAATATTGTTCGCGCTTTCATA
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GCGCATTCAATTTTTTTCTCCGTTTTAAAAATGTTCAAAATTGTTTGTGCTTCCAAATTT
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TCGTTTTCAAAAATTCTTGTCAGGATTCAAAAAAAATCGTGCTTTAAAAAATTGCCTGCG
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AATTTTGATCGCGCTCTCAAATTTGTTTGAGTTTTTTCAAAATTATTCTCCTTTTCAAAA
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AAAAAAAGAAACGCAAAAAAAGGAAAAAAAAATTAATTATCAGATCTTTATGAGAGAAAA
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TATAAGCTACTCCCTCCATCCCATAATATAAGAATGTCTTTTACACTAGTATAGTGTCAA
AAACGTTCTTGTATTATGAGACGGAGGTGGTAGTATCTTTGAGATCCATATGTCTATTCT
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AACCTTCACACCACAATTTAGAAGAACTCCAGTAACGAGTTCAAGGGGATTGACNNNNCT
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TACGTGCTTCTCTTATTGGTTCGATAACCTTGGTTATCACTCAGGGAAATACTTTTCTAT
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GGAAAAGGTTCACTCTCTTTTGTTTTGCATTTTAACCTTGAAATAGAAGCCCTCTTTCGT
CTCGAGCTAGGCAAGGTGGTAATGTCCTCATTCATGGTGACCTTCAACTTCTTTAGGAGG
TCAGCTCTTACAAAGTACGGAATCCACTAAGGAAAATTAAAGGAAATATTTTTTTACCTT
TATTAGATAATAATATTAAGAAATGCTTACAAATCAAATATGTGCAATAGTTCGTAAAAC
ATGTCATCATAAATTTGAAATCCTCCGACAGCGTGAAGTAGAAGCAGTTGTTTGCTAATC
CATCATCAGTGCACAAACCCCTAGTGCCGAAACATTTGGGGCACTCCATGTCCTACATTG
ATCTTCACAAACCTTTATAGCATATTCAAACCTTAAACACATTGTACAAACAATTACACC
TTAAATATGGAGATAAGCGAAAGAACCATGAAAAAAACATAGTTCATTGCATAATTTAAG
CACATTGTATGAACAGTTCCACATTAAATCTGAATAAAAAGCAAAGAAACATAAAAAAGA
CATATCTCATTGCATAAGTTAAACACACTAGTACAACCATTAAACATAAACCATTGTGGT
AAACACTACTACAAACCATAGTTTGAACATCTCTACCACAAGGTGCACTACAATAGAACT
AGCCCTAGGGTTTGGAATTATAGTAGTAATCGAAGTCTCAGTTGGAGTAGCCCTTGGCAG
AGGACTTGTTCCTCATTGCACTTGCACGAGGGGTCAGCCTCATGGTCGTCAGTGGTAGAC
CGTCGCCACGTCTCTCCTCCTCGTCATCGTTAGAGGGCTCGGCAAGGAGTTGGGCCTTGT
TTATCTTGGCATGACCAACGTCCTTGAGGGCGATATGTGTGTCATCCTTGGATGCAAAGT
ACGATTGGTTTGACAAGAAGCAATGGATCATCCTCGACGAGCTTTGCCCTATAGACGTTA
GGATTGGATTATCCTGGTCAAGCTGGTTGTTGGGGACTTTAGTTCTCAACGTTATCAGCG
GTTATGCCCCTCAAGTAGGAAACAATGAGAAAACCAAGAGGGAGTTCTGGGAAGGCCTAA
AGGACATGGTTAGGAGTGTACCGATTGGTGAGAGGCTCTTCATAGGAGGAGATCTCAATG
GACACGTGGGCACATCTAACACAGGTTTTGAAGGGGTGAATTGGGGCTTTGGCTATGACA
TCAAGAATCAAGAAGGAGAAGATGGCTTAAGCTCTGCGCTGGCCTACAAGATGAACGAAG
CTAACACCCCCTTTAAGAAGAGAGAATCACATCTAGTGACTTTTAGTAGTGGGCAACGCT
CTAGCCAGATTGATTTCATCTTCTCAGGAAGGGAAGACATGTGTGTGTGCCTAGATTGTA
AGTTGATACCTAGAGCGAGTGTTGTTCCTCAGCATAATTTTGTGGTTGCTGACTTCACTT
TTGGATTCGTGTTCAGCGAGACAAGTGTGCCAAAGTCGCTAGAACAAAGTGGTGAAACCT
AAAGGGAGAGGTAGCTCAGGTGTTGAAGGAGAGGGTCATTAAGGAGGGCCCTTGTGAGGA
AGGAGGTGATGCAAACAATATGTGGATGAAGATGGTGACTTGCATTCGTAAGGTGGCCTC
AAAGGAGTTTGTAGTATATAGGGGAAGTAGAAATGGAACTAAAGATACCTGGTGGTGGGA
CGATGCTGTCGAGAAGGTATTTAAGGAGAAGATAGATTGTTTCAGACGCCTATACCTGGA
TACGATTGTGTACAACATAGGAAAGTACAAGATGGAAAAGAAGGCTGCAAAGCGAGCTGT
GAGTGAAGCTAGGGGCTGGGTGTATGAGGACCTCTACCAGCGGTTAGACACGAAGAAAGA
AGAAAGGGACCTCTATAGGATAGCCAAGATCCGAGAGAGGAAGACAAGGGATGTTGACCA
AATAAAATGCATCAAGGACGGAGCATATCAACCCCTGGTGAAGAACGGTGAGATTAAGTA
TAGATGGCAGGAGTACTTTGACAAGTTGTTCAATGGGAAGAATGAGGACTCTACCATTGA
ACTGGACGACTCCTTTGATGATACTAGCAGACGTTTTGTGCAGCGAATCCAGGAGTCGAA
TGTCAAGAAGGCTTTAAAAAGGATGAAGGGAGTCAATGCGATGAGCCCTCATTGTATCCT
CATTGAAGTGTGTAGAGGCCTTGAGGACATAACGATAGTACGGCTGACCAAGCTTTCCAA
CCTCTTTTTTCGGGCAAACAAGATGCCAGAAGAATGGAGCAGAGTATATTAGTACCAATC
TTTATGAAGAAGGGGATGTTCAGGCTTGTACTAATTACCGTGGGAATTAAGTTGATGAGT
CATACATTAAAGCTATGAGAGAGAGAGAGTCATTGAGCACCAATTAAGAAGAATGACAAG
CATGTCCAAAAATAAGTTCGGTTTCATGCCTCGAAGGTCGGACATGGAAGCTATTTTTTG
GTACGACAAATTATGGAGAGATGCAGGGAGCAAAAGAAGGACCTGCATATGGTTTTCATT
GACTTGGAGAAGGCCTATGATAAGATACCACAGAATGTCATGTGGTAGGCCTTGAAGAAA
CACGAAGTCCCGACAAAGTACCTTACCCTCATCAAGGACATGTACGATAATTTTGTGACA
AGTGTTCGAACAAGTGATGACGACACCGATGACTTCCCAATTAAAATAGGGCTGCAGCAG
CGGTAACCTTTTAGCCCTTGTATTTTCCCTTGATGATAGATGAGGCTACAAGGGTTATAC
AAGGAAATATCCTGTGGTGTATGCTCTTTGGTGACGATGTGATGCTAGTTGAAAGGGGGT
CAACATGAAGTTAGAGCTATGAAGACAAACCTTGGAATTGAAAAGTTTTAGACTTAGCAG
AACTAAAACCAAGTACACGAGGTG