Map Locations of contig_64049 (10531 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_64049

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_73620 3 2100 bp AK374878 Available Available None





CDS Structure of MLOC_73620






Contig Sequence (10531 bp)

>contig_64049 10531 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ACATGTATTTGAGTTTCTAGTCAATATAATTCTAGCATGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTATTGCATCTAGGGCATATCTCCAACATCAT
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AACCAGTCAACAATGCGTACTTCTTTCCTAGTTGGGTGGATATGCAAAATGACAAAGTAA
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CATGGAATTTCCCCGTAAAAGGAATATCCTTACACCAAGGGTCATGCCAAACTCTAGCTA
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ATGCTTTCATGGAATACGAAATATATATGACGACTAGAGGGGGCGAATAAGCTTTTCTTA
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TGAGGACACAAGTTATCACCCTGTTCTCGTTGAGATAAGTTCCTCACTATTCATCCAAAA
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ATACTTTATGCTTGCAGAACGACGCCTAATCGACTAGAGGATGCCAATTCTCCAAGAGTA
TTAAATGAAGACCGTGACTTGAACTGGTTCGTTGGTGATGCTCAATCACATGTTATTGAC
CCGAGTGGTTTTCATCATTTAGGATTGTTTAAAAAATCAGTGCGAGGAGGGAATGCTCTG
TGCAACTTAACATAATTATTTCACTCGAGCAACCATCGACTCTATATGCGTACATGGGGC
TATTTATAGCCGGTGCACTTGTCGCGTAAAAAGTCATAATTGTCATAGGAGTAAATGTTT
TTCTCGCTAATGCCATCAGTCTCCTCTCTTTGATAGTTTAGATGTTCAACATAATCGACA
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AATCCACCGTGCCATACATGCATTCAAATCCGCATCAAGCCCTTATACTATGAACCGGTT
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TCTGAGTAAACAATAAAATTTTAGGATCGAATTTGACATTTGGAGTGGAGTTTGAGGGCC
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CCCGTCCACCACGGCAATGGCCATGGACTTGGATGAGCCGCTTGCCGCGGAGAAGGGCGA
GGTGGCGCTGCAGCAGCTGCGGCGCGCCGACCCGTCCGTCTACCTCTCCCCGTCCGCCGA
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CCCCGTGCAGCCGCCGCCGCTCCCCAACCTCCTCGCCGGCCCCAACTTCGACGCCGAGCA
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CCGCCGCCTCGAGCACCAACCGCTTGCGCAGCCGTCGGCTGCTCCTCCGCCGTCCAAGCC
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GGAGGATGATGGTGGTGATGATGAAGATGATGACGATTTGGATGTAAGGAATTTGTACTC
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AACAGCTAGAGCTAGTTCAGGATATGCATTGCACACATATGTGATATGTTTATAGCTACT
GGGTAGACCAATGTGCTCCTTTTGACAGTTATAGTGTTAGATACCACAGTTTTATTGATG
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TTGTATTATGCGCTCATATATCTGTTGGAAGTGTGCTACAGCACAGTGCATCAATCATGT
GAAGATATGACAATGGTAGCCATATAGGATTTCAAAATTGCTTGAACAATGCTTCACAAC
TCTTTTCTAATTTGTAACACATAGCAAGTAAATTGATCTATGAAAAAGTTAAAAGGTGGA
TAATTGGGAATTTCGTATGCATGATCTTTATGCAGGTTCTAGAAGATCCATACTGCTAAT
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AATTATATTAGAAAATTAAATAATGAAAAAGGGTCCCATTTGTACATAATTTGTTGATGG
AAGGAAAAAAACTGGCCTATGAAAAATAGATTTAATGTACAGAAGCTTGCTGCCACTGTA
GAAATATGAAGTAGTAATGTACAACTACCTTTGTGGGGTTGCGGTGAAACAAGTTTGCAC
AGAAAATCATGATTTTGCATACCACCTAGCATAGAATTTAACCAATGAAAAAGTTATATT
TCATACAGAACAACTTTCCTGCCACCTTTACCAAGACAGGGAAAAGGTATATCCAATTGT
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ATGTCCCTGTTGGACAGTCATAAGCACCCCCATCTTTTGTAGTGCATACATTACAGTCCT
TTCCTATCCCACCTACATTTGCCCAACCTCTACAATCTGGACATGTTCTTTTAATACCGA
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TGAAACAAGTTTCCTCATGCTTCCAAATGTTTTAAAAAATCCATGCGCGTCTATGATTGA
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CATTTTGAAGCTTGAGAAATTAAAGAAAATGTAGAATTGAAATCTGAAGTTATTATTCAT
ATTATCTTCCTTAGGTTGTAGAATATTGTGATAATAGCATTTTGGTTGTCATGAATCTGG
TGTTGTGCTTTAAGTAGCTAAGAGCATCTTTTCAGGTACGATGATTTTTTTAAGGAAAGC
CGTAAGCAACAAGTCAAGAAGAGTAATGGTTCCACAAAGAAAGTCCACTTCAAGGATGAA
TTGCATGAAATGGAAGTGGATGACATTGAGAAGGATGATGTAAATGATGGTCCAGCGTTA
GAGGTACTCATTTCAGTTGAAATAAGTAATGCACGTTACTTGTTTATCAACATGCTTTCC
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GCTTCCAGCAGGCCCAGAAATAGTGCCCTGGAAGTGGATCTTGATTTTGAGCATAATGTA
AGACCTGCTCCAGTAATCACGGAGGAAGTCACAGCTTCTCTCGAGGAGATGATAAAGAAA
AGGATTGCGGAGGTAATATGTTTCTGGATATGTCACTACGTTCATAACTGGGTCAACACT
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GTTTTGTATCTGTGACTCTGCTAGTAATATTGAGATAGCTTCTCTTGTTTCCTGACAGGG
TCATTTTGATGATGTTGAAAAGCCTTCAACCTTGCTGTATAAAGCTCCAAGGGAGCAAAA
GGAGATGGTATGGTTTTGATTGGGTGCAATAACTAGAATTCTTTCATGATAACAGTACGA
TGATTGTGTGATTCACCGTTGTTGCTATATTTCAACAGGATGAAAACAAGAGCAAGAAGG
GTCTTGCTGAACATTATGAGGTCTGTACTGTCTTAATATGATCTTATATTAAATCCAAAC
GAGTTGGTAGATAGGATCAGTTTTAGTATAGTTCATCTACTAACTGATTATTTTGCTCTT
CCAGGATGAGTTTAAGTTAAAAACTGGCATTGCACCTGCCACGCTTGCTATTTCAGATGA
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TGACTCAGTTTTGTACTAATTTTAGTACAAAGTAGAGTCACTTTTGAGTCACTTATNNNG
GGACAGAGGGAGTATTTTTTACTAGAACCTGAGTGAAGTTGGATTTACCTATCATGATTA
TAGTTTTATTCTGCTTTCGTTGGTCTTAATTGTTGTGCAACATCTGATACAGCATTTGTG
TTGGATTGACAGATAGTGTCCGTTAAAGAGCAAATCTTGCATTGTCTTGTCAGTAAATGC
ATGCCAGATGTTATTATATCCATCTAAATTAGCAAGTTTTCATGTTCCCTGCTTCTCCTG
GTGACTATAGTGTCAATATATTCATCATCACTTTTTCGTGGCGCACAAGATGCTTGTCAT
ATTACGAAGTACAATTTTAATACCGATGCTCAGTGATGGTTTATTGTCATGCTATGGATT
GGAAGTTCGCTGCTGGAATTTTTGGTGGTAGAAACATACTTTATTTTGTAATGAATGCGA
AGAAATGGATTGCTTCAGTCACTATATGCGTTTCATTAAGCATGCATATTGCGTAGGTCA
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ATTTTGTGCTTCTGTTTCCTGCAATCTTTCCACCCGTGCTACATGCATATGTTCTCTTTG
TCTTTATGATGTTATCACACTATCACAGGCTGGCTGCATGATATTTTTGTGTTACCAAAG
CAATACTTACTGATCATGACTAAATTTCTATTTCAACTCAGGCAAATGATTTATTTAAGA
AGATATGCTTGAAGCTGGATGCACTCTCTCATTTCCACTTTGCCCCAAAGCCGGTATGTG
ATAGGTCTCTATTAGACAGCATTGTGTACCTAAAGTTTACAATTTTTGGTATGAAGCAAG
TGTTGTCTTTTCAGGTCATTGAGGATATGTCGATACAAGTTAACGTACCTGCTCTAGCAA
TGGAAGAGGTACCACAAACATTTTTCTTCTTCTCTCTTGAAGTTGCTCTATTTGAGTATT
TCATGCAACAGCTTGTCTGGTTTGCAGGTTGCACCTGTAGCTGTTTCAGATGCCGCAATG
CTTGCTCCCGAAGAAGTTTTTGAAGGTAAAGGTGATATTAAAGAAGACGCGGAGCTTACA
CAAGCTGAGCGCAAAAGAAGAAGAGCCAACAAGAAGAGGAGATACGCAGGTATTTTTCTA
TTAGGTCTTTAGTGTTTCACTCGCCTCAACACGTTTTGAAAAATCTGCCCAAGAAACGAT
GAATCCTGCTCTCTTCATCACCAGAGTAGTTCATGGCTGTATTCAGTTATATGTTGGAGG
ATTTGGAGTAGCGCAATCTCACACATGGACTGAATTGTGTTGGCAACATGACAAAACCTG
CCTACTTTGCCATGCAGAATCACACAAGGAGAGGCCAGCCAAGCTGCGGAAAGAAGAAAC
ATCAAATATATAGGAAGCTGCTGCTTACATGCTATGTATTGCAAACCTTTGGAGCTGGAG
GGAGGTCCGCCCCCAACAGTGCAGCTACTGCTTACATGCTATGTATTGCAAACCTTCCGT
AATCTGATGCCTGGCCTGCAATTTCAATGCTCTGATGTAGCCAGTTTTCGAGCTCTCATG
TAGTGTAAAAGCATTTCCTTTTAGAATTTTATAGGGGAGTGTGTGTTTTTCTTCTCGAGT
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AAACTGCAAAAGGCGTATACACTTTGACCAAATTCAAATATGGGCATAGCTGATACATGT
TGTGCCTCCATAGTTAAGGCCTTGTATCAATCAAATCCTATAGGATTTTGGGTTGTTTGA
TTGCATTATAAGAAAAGCAAAGGATTCTTTCAAAGATGTTTTAGTGAATGCTAGAAATCC
TTAGAAAAAATCCTATGAGTCAAACAGTCAACATATAAATTTTTTCTAAGGATTTTAATC
CTGCAAAATCCCTATGAAAATCCATCAAAGGAGCCCTAAAAATTTGACGTTCTTTTCATG
ACTTCTACAAGGGACGTGATGTTTCTCAAATGAGCACGGGCGAGTAGTAATTTAAAAAAA
ATGAAATAAGAAAACTCTGATTTTTTTTGGCAAACATTCAGAAATTTTCTTGATGCTTGC
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TGAATTACTTGCAAAATTCAGAATTGTTTTAGTGTCAAAAATTGACAGAAAATTCAGAAT
TGTTTTAGTGTCAAAAATTGACAGAAAATTCAGAATTGTTTAGTGTCAAACATTGATAAA
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ATTGCATCGATTAGTATTAGTAGCTTTGTATTTTTAAAAATTATAACTTTAATAATGATC
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CTTCAGCCCAGGCCCTCGTTCCTCCTGGTGAAGTATCGTAAGAGTTCTAACAGATTTCTT
AAAAAATGGGCTTTTATATGACCCATTATCCTTTAACTCCTTATATTTGCTCTCTAAAAA
AATCATTTCTAGTTGAACCCTTAAATTTAGCTCCTCAATTTTTTTTAAAACACAAATTAG
TTTTTTTGGAGACCATCGAGTTAAAGGCTTTCTATTTGATTACTTCATTGACGCCATCTT
GAGCACATATTTCACCGGTTTCTAGTTACAAGCATTGATCCAAAAAAATAAAAATGACAA
CTTCGTTGACTGCTCGTGCACGTTCAACCAATATATTCTTCATCTCCTTATTGCTTTGGC
TTGTCTAGCTTGCACACTTGGTTGTTCTATGCCTCGTTAAACTTGGACGCTTCGTCTTCA
ATCTCATGTGTAGCAATTAGTGCACCAACGCCAACATCTAATAGATCTTCGTTCGATCAA
TATATCAATGTATTCTTTTTCCTCAAACCAAAAATTGTATATTTTCTATGGAAAAAAATT
AACATACAATGGGAGCCAAATTTAGGTGAACCTAAGAACAATGAGCACAACCGCACTTAC
TTGTCCATTTTGTACTTGAAGAAAACTCATCTTGGACGACCTATCGTCTTTGAGACCCAG
CGCAACTCCAGCCGCTAGCAATCATCACACTTGATGATAGGCACAAGCACGCCGACGAGA
TGCTGGGCTAGGGGTGAGCCCAGCTGACAGACCAACGAGGAAGCATCGACGGTCAAACGA
TGATGAGCTCCGGATGGCCGCGCGGTTTGGTTTCCGATGAGCCCTGACCAAATAGTACAA
CGACTCAATGGCACAGGTGCCTCAAATCCGTTGACGGTCGTAGGTGCATTGAATCTGACG
ATACAACGACCGATTGAATCGATGTGGTACGATGAGCGGCTAGAATGACATGTAGTGGCC
GACGGAGGCAATGGCAACCACACTCGGGAGGAACCGGTCGACCGGGGAAGAAAGACGACC
ACTAGATGAGGGATTTCGTTTCTCGTTAGTACCGGCGGTTGAATAGAGATAAGGGATCGA
CTAGGTCCATTTTAGACCCTTAAAACTAAAATTTTACTACCCTAGCCATTTTTTTAGGAT
CGACTAAGAGCATCTTCAATAGAGGCGCTAAATAAACCGCGCACCCAAAAAACCCGGCCA
TTTAGCGCACGTGCGGCCTAACACAGCGCTCCAACAACCGCGTAACAATGTCACGCGCAG
TAAACACACGCGAGCGCGCTGGAAAAAACTACATCACGCGTGGCTTATTTGGTGTGCCCG
CTCCAGCACGTTTGAAAAACCAAACTCGCACGCGAACCACCAACCGCCACTAACCACTCT
GGCCCCGCTCGCCCTTGCCCCGCCCCGCTGAAAGTGCATGTAGTTTCCATGTATGGTTTT
AGTAATTGATGACAAACCTAATGGACTAATGTTTGCATTGAGTTATACATTTGAAGGAAT
GTTCTATTTGCAATACATGAATTATATTGGATGAATTGAAGTACGTTTGTTCCATGAATA
TGCAAGAAGGAGCTCGAATGAATTATAAATGAATGTCATATACATATCGTTGTGCATGCA
TCAAGGATGAGCTCAGTGATTGAATCAAATA