Map Locations of contig_6343 (4463 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_6343

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_73341 3 2252 bp AK250927.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_73341






Contig Sequence (4463 bp)

>contig_6343 4463 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CATCAACCTGTCAGTTAAGTCTGTATCTAAGCTCTGTGGTTGGGTCTTTCAGTTTCAGGA
TTTGTGTACTAACATAGTTTATCATTTGCCATAGCAAACAGCTGCATGTAAACATGCATT
CTGGTTTCCTTGCAACTTCTGGACTTGTAGAGACAGGCAGATGTTTGCCGTGATAGTTCT
GTTGTGCGGTTTGGTTAGGGGTTCCATCGTTGCCATGAATACCCTGTTAAAGGTTTGATG
GCTCACATGCTGAAAACCATCTGTGTGAACCTATCAGTTAGGTCTGCCTCTAAGATATAT
GGTTGGATCTTTCAGGATGTATTTGCCCACATAGTTTAAGTTTTTTTTTAATCATTTGCC
ATCACCTACAGGGGCATACAAACATGCATTCTAGTTTCCCTGTAGCTTCCAGACCTTTTA
GATACTGACATTTGTTTAGGGTTGTCAGGTTGTGATATCACTGTAAACTCGAAATTGGAT
ATGCTAATCTATCTACTTAGAACTACTACTAGTTGGAACCATCTTTTTGTGTTAACTTTC
TCTTGAATTAATGCTTTATAGACTGACATATTTTCCAACATTACTGCATAAGGCATATTT
GCTTAGTTTTTATTATACATTTCCATGGAGCAGCAAAATTATAGGTGCACTTTTTACATA
AAATGTGCAAACCACCAATTTGTATTAGCAATTTAGCTTATTATGTCTTGGTCTCAATTA
ACACTGTGCAGATCTCATTTCTCCCATCGCAGGTGAAAGTCTAGATGGCTCCTTTGGTCC
TTGGAATGTGAATTTCAGAAAAGAACAACTGTTGACCATTTAGTACTGCATGATGAACGG
ATCAACTGGTTCCCCAGGGAATCATGTGAATGGAAAGCAAGTGCAAAGTGTTGACCCTCC
TGGTCTTTCAAGTTTTAACAGTGGACCAAGACACCGTCCGTTGACTGTGTTGAGACGCTG
TCGCGGTGTATTATGTTTGGTGATTATGCCGGTGACTGCATGCATGATGATGGTTTACCT
AGCCCCTATGACTACCTTCGTTGTACGGTTGTTCAGTGTCCATTACAGCAGAAAGTGGAC
GTGCTTCCTTTTTGGGATGTGGTTAGCTATGTTTCCTTTTTTGTTTGAGAAAATTAACAG
GACCAGATTTGTTTTCTCTGGTGAAAAGGTGCCCCCAAAAGAGTGTGTCTTGCTGTTTGC
TAACCACAGAACTGAGGTAGACTGGATGTACCTGTGGGATCTTGCTTTGAGGAAAGGCCG
TTTGCAGTCTATCAAGTACATCCTGAAGAAAAGTTTGATGAAGTTGCCTATTTTCAACTG
GGCATTTCACATCATTGAGTTTATTCCAGTAGAGCGGAATTGGGAGGTTGACGAACCACT
AATCAGAAGAAGGCTGTCTGAATTGAAGAACCCCAAGGATCCCCTTTGGCTTGCAGTTTT
TCCAGAAGGCACTGACTATACGTAAGATTTCTTCCTGTAAATTTTATTTCTAAAGTTTTA
TATAATCCAGCCTGTATTATTTGGCCACACATTCTAGGGGACTGAACGTATCGTTGAATA
TTCATCTCTTGATATTCCATTGATTCAGTTTTTTCGTTGGACAAATGATTAAGGATCCAG
AGTTCACATTCTCTAAAACAAATTTGAGCATTGGACATACTTTTTTTTTATTCGTACAAT
AGCAGTTTGCATCTGAATATTTTTTTGTGCTGTACTTGTTTCTTTTTCTGGATATGGATG
CTGATTCGTGCTAATGTTTCAGTGAGAAGAAATGCATCAAAAGTCAAGAGTATGCGGCGG
AACATGGTTTGCCTATTCTGAAAAATGTCCTCCTCCCAAAGATAAAGGGTTTCAACTGCT
GCCTGCAAGAGCTGAGGAGTAACTTGGATGCTGGTAACCATCTGTCTCCCTCCCCTTGAT
ACTCTCCTTTGGAGTTTATCACTTCAGTTATTTGTTGTAGCATTTGCAAGGAATCGTTCC
CATTTTCTGAATGTTAGGATTTATGCATATATCAGACATTGCCCGTTTCGCTGGACTACT
TGTGTAGATTCAACGTATTATTAGTTAGACCGATCTGTCCCCTTTTGCTCAAAACCCTGT
CAGTACTAGTTTTGAAGCACCATTCCAAGTATGTTGAGCGCTCCAGGCATCATGGAAAGT
TGACTGCTGTCAATGTTGCCAAAACCACATAGTGCAATTGACTTGTATTGGCAGATCTCA
AACATAAGCCTGAAGAATTCTTGGTAGTGTGACTAACTTGAAATATGTGGAACATTATAT
TTGGATGTAGTCTTTTTTTTTGCGGGTATATTTGGATGTAGTTGACTATGAGCAGCTCTG
CAATATTTATAGGATTTGTTCTTATGGTCGCATGACTTGCACCGATGTGATCAATGCAGT
TTATGATATCACAGCATATTAACACCAAAAGGTTGACTGTTGTCAATGTTGCTAAAATTT
GATCAGTTTATGATATCACAGCATATTAACACCAAAAGGTTGACTGTTGTCAATGTTGCT
AAAATCACGTAGTGCAGTTGACTTGTACCAGCATTTCTGAACACAAGCCTGATGAATTCT
GGGCAGTGTCATTTGGCCTAAATACCTACTGACTTACAGCTTTGCAAACATTTTTTTCTC
AATGTAGTTGATTATGAACAGCTTTGCAACTTTTACTTTCAGTATTCCCTCTTACAGCCC
CACTGACTTACAGCTTTTCTTATCAATGCAGTTTACGACATCACGATCGCATACAAGCAT
CGCCTCCCAACGTTCATGGACAACGTGTACGGTGTGGACCCTTCCGAGGTCCACGTCCAC
ACCAAGATCATCCAGGTCTCCGACATACCCACCGCAGAGGACGAAGTATCTGACTGGCTG
ACCGAGAGGTTCAGGCTGAAGGATGAGCTCCTGTCTGACTTCTCGACACGAGGCCACTTC
CCCAACGAAGGCACCGAGGAGGAGCTGCCGACGCTCAAGTGCGTCGCGAACTTCGCGGCG
GTGATGGGCATGACGGGCGTGTTCATCTACCTGACCCTGTTCTCGTCCGTGTGGTTCAGG
GTCTTCGCCGCGTGCAGCGCCTCTTTCCTCACGTTTGCTACCCTCTACTCTGTGCACGCC
CCGCAGATCGTGTGTTTGCCGGAGGCTGGGGTGCATGCCAAGAAAGCTTGAGCTTGGCGT
TGTAAGCTGGCGCTGGAAGCTGTTCGCGTGTGTCAGCACGCAGTACAAAGATGTTTAGCA
TGTACACGCAGTTTGTGGCGTCATTCTTTTGTGTGCGTGTATGAGCAGTTGCATCTACGG
TTGGGTTACAAAGTGGATGGAGCCAAATCGCTCGCCATAAGGTAATCGAAACTTAAAAGA
CCAGTCATATAACTTGCTAAAGAATATGCTTCTTACAGCGATGAGTGATCAACGCTGAGT
TTGACCAATCTTTCCGGTTCCGCCGTTGTGAGGTAGGTACACAGCCCAACGGTGACATGA
ATCAGCGCTTCCAACCCTTGTTTTAAAAGGAGCCAATCGGTTTAACGGCGGCTTGATTTG
GCTTAGAGCATGGTTAATAGTATANNNNNNNNNTGGCTATAAGCAGTCTTATAGCTCATT
TTATAGCTAGCTTGTATAATAGTTTCAAGGTCAATATTCATTTCAAGGTATCATAAAAGA
GCTTTTTAAAAGGAGCCAATCGGTTTAACGGTAGCTATGATTTGGCTTACCGACGTTCTC
TAGTTTCCCTGTGGCAGCAAAAGAATCTAATTCTGTGTCGGTACACCCCCTAAACACAAG
AACGGTCTAGATTAGCCGATCCCTCTTCATAATTAGGGGCATCATCGGTATATTATTTTA
AAAAATCCTTCCGTTTGTCCTAATACGTATATGCGTATAATTATTTTTTTCCTTCGCGTG
ATGGATGGATGCTTTCCTTCGCGTGATGCTCTTCCTTGGACAGCGGCGGGCGCGGCGGCG
GCGGGAGCGGCTTCGGCTGCAGGCGCGGCCTCGGCTGCGGGTTTTCTTTGGCGTGACTGG
CTGGCTTGCGTGATGGATGGCTTGCTTGCGCAAAAATGCTACACCTACGTAAATTGCTAC
GTAATCTTATGTAAAAATATAATTTCCTTCCCTAATCCTAACCACTCTCCCCTGATTTTC
GGAATGGACGGGCATGCCAGTCAATTAAGCAAGGCCACCCCAGCATGTAGGTAAGCCTTT
GTAGCAAATTCACGTAAGTGTAGCAAAGCTCCTGGCTTGCGCGATGGATGAGTGGCTGGC
TTGCCGACCCATGTTTAATTAGTCAAGTTGATTTGTCATATGTTGTGTTTTTTTGTTGGA
TTGAACGTGTACGTCTATAATACAATTAGATCTACGTTTCTTTTCGTATGACTATAATGC
CCTTATACATTTTGTTGGGGGTGTACTGAAGCACTTCTCCGAAGAAGAAACACCACATCA
GTATTGATCTTTAGCTCCTTTGG