Map Locations of contig_61943 (13984 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_61943

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_72589 7 983 bp MLOC_72589.5 Available Available LOC_Os01g53280.2, FRAME:-3, EVALUE:2e-80, 13101.m05581 protein 50S ribosomal protein L20, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_72589






Contig Sequence (13984 bp)

>contig_61943 13984 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAAAACAGGAACTGGCACTGCATTAATAAGTTAGTCCNNNNNNNNATATAAAAGGTAAAC
AAAACATCCAGAGTTGACAAGATAACAGCGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNGATACATTTG
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CTGGACTGCCTTGGCCAGCATGTTCTCGAGAGTGTCGCTGTCCCGCGTCAACAACCTTCA
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GCGCTCCCTCTCCGATGAGCTTGCGGAGGCGGGCAAGCCGCTCGGGGATGTGGAGCTCAT
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ACGCACCGAGCCCATCACCGTCGACGCCCTCTTCTCTCTCGTGGCCAACTTTGACCAGCG
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CGGGGTTGCCCCTTCCAAGGGTATGAAGGTTATGAGAAAAAGTGCCAAATCTGTAAGAAA
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AATAAAATTGCAGCTGCAGCTGATACTTCATACGACGTCCATACCAATTGGTATATGGAC
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GGTCGTTCAATTATCAAAACCCCACACAAAAACCTTGATCTCGGTGACATATTGCATGTA
CCTAATGCTTCCAAAACCTTGTTATCTGTTCATCACATTTCCCTTGATAACAATGTCTTT
CTAGAATTTCACCCTTCTTCTTTTTGATCAAGGATCAGGTCACAAAGAAAATTCTTCATA
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TGTCTGCTAGTGTGTCTAAAAAACCTTTGCAACTCATTTTTTCTGATGTATGGGGTCCAG
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TGATTGTCGTTTATCTTATAAATATGTGGCCAAGTCGTACTATATTCAATGAAATCCCAC
TGAACATCTTTTTCATGTCTTGCTAGATTACACCAATCTTCGAGTCTTTGGCTACGCTTG
TTGGCCAAACCTTCGTCCATATAACACTCGCAAACTCATGTTTAGGTCAAAACAATGTGT
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TGTCTCTGTTGGAGCTGCTGCCGACCATGTGTGATCCTCCTCGAGTCCGGCACTCACGTC
TGGGCCGGCCTGGATCGACTCTACCTTGGGATCTGTGGCTATCCAGGCTGCTCGAGCTCC
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AGGTGATGCCACGGTTCTGCTGCAACCTGGTGTGGGCGATCAGCCGGCCGAGCGGTATGG
TCGTGTCTATGCTCGACGTCGCCCAGGTGCTTCTGCCTCCGTGCCTGGTGCAACCGGCAC
GAGATCCGCGTAGGGTTTGCCCTCCAGTCCTGGCTCTTCTGTGGCTACGCCTGGAGCTTC
ACCACCACTCTCCACCAGAGATGAGCCGGTCTCCTCTAGTATGTCTGCTGGCTCTGGTAG
CTCAGGATCGCTGCCCCCTATTTAGCCCAACGCCGACTTTGTTGAACCTTCTGTGTCTAC
ATCAACGCCTCCTCGTAGACGACTGCATGTTGGGGTTATTCAACCAATCAATTATAAAAC
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GGCTGATCCCAAGTGGAAGCAGGCCATGGATGACGAATTTCGAGCTCTTCAGCAAAATCA
CACCTGGCATCTTGTTCCTTTCCAACCTGGTAAAAATGTGATTGGTTGTAAATGGGTGTT
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AGGATTTAAGCACAGATATGACCTGGATTACGAGGACACCTTTAGCCCTGTTATTAAAGT
AGCTACTATTCATCTTGTTTTGTCCATTGATGTGTCTAGAGGATGGAGTCTCCGATAGCT
AGATGTGCAGAATGCGTTCCTTCACGGTGTTTTGGAAGAGGAAGTATATATGCAATAGCC
TCCTGGGTTTGAGGATATCCATCATCCATCTGATATATGCCGACTTGATAAATCTCTCTA
TGGACTTAAACAAGCTCCCACTGGTATTCTCGCTTGAACTCCAAGTTTCAACTGCTTGGT
TTTGTTCCGTCCAAATCTGATACATCACTATTCATTTACAATAAGTTACCTACTATCATA
TTTGTGCTTATTTATGTTGATGATATCATCGTTACTAGCTCCTCTAGCGAGGCAGTGACA
ACTCTTTTGAGAGATTTGCACTCAGAATTTACCCTAAAAGATCTAGGAGATCTTCATTAC
TTACTTGGTATTGAGGTACAAAGAAACACAAAAGGTGGCCTTCATCTCTCTCAAGCAAAA
TATGCAACATATCTTTTGAGCAGGGTCGGGCTGTAGGGTTGTAGAACTTCTCCAACACCC
CTCTTTAGTTCTGAAAAATTGTCTCTTGCCGATGGTGCACCATTAAGTCAAGAGGATGGT
ACTAAGTACAGAAGCTTGGTAGGAGCACTTCGGTATTTGACACTCACCAGGCCTGATATC
TCTTTTGCTATAAATAAAGTATGTCAATATCTTCATGCACCTACTTCTGTACACTGGACG
GCTGCTAAACGTATCTTGAGATATGTGAAGCATACTCTTGGTGTGGGTCTAACCTTCAGC
GAGTCATCATCTACTTTAGTTAGTGCATTTTCTAACTCCGATTGGGCAGGAGACTTGGAT
GACAGAAGGTCCATAGGTGGCTTTGCGGTTTTCTTTGGACCTAACTTGATTTCATGGTGT
GCAAAGAAGCAAGCTACTGTATCAAGATCAAGTACTGAAGCAGAATATAAAGCACTTGCG
AATGCAACGACAGAAATCATATGGGTTAAGTCTATTCTCAAGGAACTAGGGATATATCAT
ACACAAACTCCATGTCTTTGGTGTGACAATCTTGGTGCTACTTATCTTTCTGTCAATCAT
GTGTTTCATGCCAGAACTAAACATATTCAAATTGATTATCATTTTGTCGGAGAGAGGGTG
GCCAACACAGAGTTGAAGATTCGGTTTGTTCCTTCCAAAGATCAGGTTGCAGATGGCTTC
ACCAAGGCTTTGCCCACAAGATCCTTTGAAGATTTTAAACGTGATCTAAATCTTACATGT
TTAGATTAAGGGAAGGTGTTAGAGATATATCACGCCTATCTCTAGGGGCCACGGTGCCTT
AGTTTGGTAGGACTCTATTGTATGGTTAGGATAGTTTAAGATCTCTATCTCTATCCTAAC
TTGTACTCCAATCTTCCTATCAATATATACCCGCGGGCTCTCCTCTGGATGGTTGAGACG
CTTCCATAATATCTTACAATTTCTTCAGTTAGGTCGGGTTCAGTTAAGTCAAGAATCTTG
TTTGTTACAGACAGTAACTTTGTAACTTTGAACACCACTGTAAGACTATATAAGCGAGCT
AGGTGAGAGCTCGTGGTATGAAAAGTGAACTATCAGTTAATATCTCTAGTTTACTTAGTT
CTTATCTTCGTAGTCAGGGTTCCACCAGAAATCCCCAATTCATAGCGGGTGCTCCAATAT
CGGGAGTGGTTTTCTTCTCTCGATCTCAAGTGGGATCTGACTCACATACTATTAGTTTTG
ACATTTTCTCGCACATTTCCTCTCCGGATGGCGAGAGTCACGTCTGTGTCTACAGGTGCG
ACCTACGCCATCGTCGTCCGGCCTCCCCTGTCGGGTGCATGCGGCCTCTGCACCCCACCG
TCGTCCGGCTCACCATCGGGTGCATGCGGCCCGTCCGGCTCCCCGTCAGGTGCATGCGGC
CTGACGGGGGGAGGGGATGCATTGTGAGCAGATGGCGGAGGTGCGGTTTTGACACCGACA
CCCTCCTACACACGCATCTATCCACCGCCCGGCACTGGCTTCGTGGACATCTTCGACGAG
ATGAAAAGTAGGGTAATACATAGTACGTAGGACTTTTCTTTTGTATGCTTTGTATGGATC
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AGTACACGTGGACGGCGTTTGTGAGTCCGAATTAGCAAAATCTAAGCTATTTGATTTGAG
CTGCAACTAGGCTGGTTTTTACTGAGTGCGGGTCCATGTACAAAATTAGTAATCTTCATG
TTACTTCTCTTAGTCTCACGTTACTTGTCTTTTCGTGCAAAATAAATCAGTTGTGGTGGG
ACAAAGGCGCATATTAGGGTTATCCGGGGCGGCCGCCCATACCAGCCCCTACGGTAGCAC
CGCCCCTGCATGGACACATCCATATGGTTTTTGGATGAGTTCGTCAATGAGTGATGGGAC
AGGAGAACTGACAACCGCAACGCTCAAACGCAAGCCGTGACCTCGCTCATCATGTTTGTC
TCATGAACCATTTGAAATGAAATGAAAGAAATGCACGGATGTTCCACCACAAGAGTGCGT
CACCGATTACCTTGCTTTCCTTCATTGTAGAGGAGGCCAAGCTTTTGATAACCGCGGACA
CAAAGAAATTAGGAAATATTTTTCGGGCGAGTAATTGGCATGCTGAACTTGTGAATGTAT
TGTAAAACTCTAAACTCTATTCTCCCCTTATTTAATATATGAGGCAAATCGTATGCCTCC
ATTTTGAAAAAAATGAAGACACGTGCAACATTCCCTTTGTTCGCTCTCTAGCAAAAAACC
TAGGGTTTCTCTCGCTTTCGGCGCCTGAGCCGGAATTTATCTCGTATCTTCTATTGATCT
CTCTGACGCTCCTCTCTCATACTCGGGCTGATCAAGGGGGTACCTCATGTTCCTTCCCGG
CATTGGTTGTGAGTTTTGTCGGGGGTTAGCGAGGGGGAGAAGCTTTAGGGTTTGTTTGTT
GATCCTCGTTCAGTGGCGATGGTGGCTGAGGATCCTGGATCACACAGGAGGGGGACAAGG
GAGAGTGCGGACGATCTCCTAGCCTGTCTGAACCTGCAGGAAGAAGAAGATGACGACTTC
GTGTGGAAAGAGGAGCTTCCTGATCTGATGGCAGCGGCCAAGTGGCTAGCTATTGCTAGG
GTTCGTACCCCAAAAACCTTTAGTTTGAGTGTGCTCTATGGGGACATGCGAGCAGCGTGG
AACCCAGCTAGGCTCGTGGTTTGGAGGAAGATCAATGACAATCTCTTCACAACACAATTC
GGTTGCTTAGCAGATTGGAATAAGGCTATGTTTGAAGGTCCATGGCTCTTCAGGGGACAG
ACACTGATAATGAAAGAGTATGATGGGTTTAAAAAAACTGAATCTATCCAACTGGACAGA
ATAGCAGTGTGGGCGCAGATTCATCGACTCCCAGACAATTTTCTAATAGATCAAGCAGTT
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GTTCTTTGGACAATTTGTTTGGGTCAAAGTCAATATTGATATCAATGCTAAGATAAAGAG
GTTTGTGACAGGGAAGAAGGGAGATGAACGTGTTCATTATCAAGTTAAATATGAAAAGTT
GTCCACCTTCTACTTCAACTGTGGGGAGTTTGGCCACAAGTATGAAGAATGAGGTGATGG
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TGGTCATGCTGGCCGGGGTGTAGCCGGACCACGGAGAGGATGAGGTTTTAGAAGAGGTGA
AGGAGGAGGAAGAGGAAGGGGGAGAGACACGTATAACCCTAACCAGAGTTGACGCTTCAA
TGCACATGATCAGAACACGGTGAATACCAGGGGAAGGATGGAAACTGAAAGGGGAGAGGA
TGAACTCCCTGAAATTCCGGAAGGAAGCACCCTGGCAGTGGTGCAGGATAACTTGCAGTT
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CCGCTTGTACCCCCGCTTCCTCCCATTTATGTCGCCCCATGCAAACAAATCAAAAGGCAC
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CCGAGAGCAATGAGAACCCCAACATGGAACTATTGGGGGTTGCTCTCGCCCACGGAAGTT
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ATAGTAGCTAGTGATGGCAGGGCCGATGGGCTTGTACCCTACTATAGTTCCTCTTATGAA
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CCAGCTTGGCGAATTATAGGGTTCTACGGAGAACCGAACTGGGATAGGAAGCATCTCTCA
TGGACATATCTTTGGGACATTCACGCCAACAATTCTGTTCCATGGATTGTTCCTCGTGAC
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GAGATGTGGGCGAAAAAATTCCCCATGCAGCCCTGATTCACGAACATCATTCCCATTCCG
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ATGCGGAGCAATCACGTGATCTAGTGGGGTTCAAGGTTTGTCGCGATGCCCCTTCCGTTG
TGAACCTCTTATTTGCTGATGACTCCTTAATTTTGATGACAGAAAATGTAGTGAATGCGA
GTAGCTTGAAAACTGTTTTGGATGCTTATTGTGGTGCTTCTGGCTAGCTGGTGAGTGGGG
AGAAATCTAGTATTTTCTTCCGCCCGGGTACGGATGTAAACATCAAGGCTCAGATCTGCT
CCACCCTCACTATCATGAGTGAGGCTCTGAATGACAAATACTTGGGCCTGCCCTATACCC
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ACATCCATTGTTTCAACCTGGCATTACTAGCAAACAAGTTTGGAGACTTATCGATGACCC
CGAGTCTCTCTGTGCTAAGATTCTCAAAGCAAAATATTATCCTGATGATGATATCATGAA
TGCAAGACTGAAAAAGAAAGCTTCGTTTACATGGCAAAGCATAATGGTTGGAGTGGAAAC
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ATCTCGGGTCTCAGACCTCATTGATCAAGTGTCAGGTGACTGGGACTCGTCACTGGTTAA
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TACCATGCTATATGGGACTCAAAATTTGGCCACAATCAAGAGGGTATGCCATGTTCTTCC
GCGCCAACATCTACATGGGACTCGGTGTGGACTCTTTGTTGCCCAGCAAAGATCAAAATC
TTTGTATGGAGCATTCTTCAAAGTGCCATTCCATGCCGATCAATCTTAGCCGACAGACAT
ATCAAGATTAAGCCAAATTGTCCATGTTGCAACCAAGGGCCGGAGAACATCCGCCACCTC
CTGTTCGAATGTCCTGGTTCAGGTTTGGAAACTCTTTGGAGTGTTGGATGTGATAAAGTG
AGGCCTAGCAATGAACCTATGTGGAGAGGCAGTTGTTGATTTCATGCTAAGTTTACCAGA
CAATCATATCCATGTGTTGGGCTTGCCCAAGCTGAGAGAAACGATGTCTATATGCTGCTG
GTTCTTTTGGTGGGAAAGGAGGGAAATTACTCATGGACGTGTCCCACAAACGGGTGAACA
AATCAATCTTGTTGTCCGAGTTATGACGGCAAACTTCGTTGCTGCAAATTTCTCAAAACC
AAAAGTTCGTGTGGATGGCTGGAAGAAACTAAGGAGGGATTATGTCAAGTTAAATGTGGA
TGCCAGCTTCGATCAAGACTCCCTTGAAGGGTCTGTAGGTGCTATTATCAGACATCACAA
CGGCAAGTTTATTGCTGTTGCGAATGAAAAAATAGATATCTGCTATGACGCTTCCAGTGC
AGAAGCAATTGCAGTTAGGTTCAATCTTAACCTCACACAAACAGATGCATCTGCAATTGC
AGTTAGGTTCAATCTTAACCTCACACAAACAGATGGATGCAGCATAGTTGAAGTTAACTA
TCATAATGTGGAGATGATTTTAGCACTCAAGGAAGGATATTCATTCTAGTGGCCAGTGCA
TTTTTTGATGATTGTTATTTTTTGTCTTTGGATTTCAATCATATTATCTTTAACACTATT
TTAAAGAGAACAATAAAGTAGCCCATGAGTTAGCTAGACTAGCTAGATTCACCCCTCTGG
AACTTGGTTAGATGCAGCCCCAGTAGCTGTTATTCCTTTCATTGTATCTGATGCTACAAT
TGTAGCCAATTAATAAAGGGGGTGTGATTTAAAAAAAACACAAGCACTTTACAAGTATGC
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ATCTCTGTTATGCAACTCAGCAATGTTGATTGTTATATTGCCAATCTCTATTATATTGCT
CCAGAATTAACAATCAACATTGCTGACTTGCAACACAGAGTGACCTCTCTCTATAAGACC
AACAGAAAGGGGCCAAATGGGCAATAATGCATTCAAAAGGTGTTCCTGCTAAAGAGAATA
CCACAGGGAATGGTGAAAAGACATTACATGAGTCACCTCCCGGATACAAGATATTGGTAG
ACTGGCAATAACTTTCAGTTGGAATGAAGGGAAAATGGAAGATCAGCATGACATCAGTGA
TTTATTGGGCAAGCTGTTTCACAGAATAGCTGCTAGACCTTCCTTTTGGGCAGGTGGCCT
GTTCCCTGGAAATGCAGTGCGAGATACATCAACAAGTGCCTTGAAGCTGTACGGCTCATG
CATTGACAGCTCCGAGAGCACCTTCCTGTTCAGTTGGATGTTCTCCTTCATCAGTCCATG
CATGAAGTTGCCATAGTTCACCTGGTAGTCAGATGCAAAAAAAAAAAGGGTTACTTAAAC
AGAAGAATTCAAGGCTGCTAGTGTGTTCTATTTACCTGTTTGTCTTAACATAATCATTCA
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GATACATACCCCATGCAGTCGTGTACCAGCATTGATGCGCTCAATCCATAGGGACCGCAT
GTCTCTCTTCTTGTTACGCCTATCCCTGTAGGAATATTGCAAGGCTTTCTCAACCCTCTC
TCGTGCTATCCTTATGCAATTTTTCGCCCTTCCTCTAAATCCCTTTGCCAACTTGAAAAT
CTTCCCCTTGTTCATTGTGTAGCTAACAGGACTCCCTTCCAACAATCTGAAACAACAGAA
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ACAAAAATCAAGAAAAAGCTTAACACCTTAAGCCGCCTGCACTACAGTAAAGCCCTACAA
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CCCACCGAAAATTCAGAACATTTTCCTCTCTGTTTGCTCTGCAAATAGTAACATATGATT
CCGTATGACACTCATTTTGATAAACAATAAGATACTAATACAACATATGGCCCTGAACTT
TTACTCAACATGAACATCCCGGTGAGGAGTTGAGAAAATGTTCTCTCCCTGCTCCATTGT
ATAGCACTGCCAAGGGAATAGGGATCCGTTAGGGGTACAGAAAAACTTTTACACAATCCC
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CACAAAATTCCAGAAGATGTAGCAGGACATATCAACATGCATAGATGGCTCCAAGCGAAG
CGGGCGCTAAGATACTAAGGGGGTGATTTCGCTTGGTTACGGGTTCTACCAATGCGGGAT
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TTGCGGAAGGAAAAGGGACGTCGGCGACAAGAAAGGTTGTGCGAAATCATCCCCTGCCGC
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GGAA