Map Locations of contig_60252 (13063 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_60252

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_71658 1 731 bp MLOC_71658.1 Available Available None
MLOC_71657 4 2519 bp AK372830 Available Available None





CDS Structure of MLOC_71658






CDS Structure of MLOC_71657






Contig Sequence (13063 bp)

>contig_60252 13063 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TTTTGCAGCCTGGCAGTTAATTGCTAGTTTCACTCTGTTTCTGATGCAATAAGAGAGCTA
CTCATGCAATAACATTCAAAGAGAAACAAGAAATACTGTGTGATTCGCACTAAGAAAATT
GTTTGAAGTTGGCCATTTAATGCCATGTTTGGGTTTAGCACGTTTTCTTCTCCTTTGCCT
GAACAGCGCTCGGAAATTATGATGTTTTGTTGGTTCAAGGGTATGTGAGCTACCTAATTG
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GTGCATTCTTGGGGTGATTTGTTACTCATGATTTCTATTAACTCTCGCTTATTGGTCCCC
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TTGACAACATATGGAATCATGCTTTTAGGTAAATTTATTTATCTACTTGATGCAGCTCTG
AGCAATTTCTCCTCTTTAACACGGTCCATCCATAATCAACAATGACACCAGTGAACTACA
ATTAAGTTACTACTAGTTCAAGCTTAACATTTAGCATTCTGTGTTCATTTCACTGATTAT
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TTATTTTCATGTTCTATAGGGCAGCAGAACTTATGTTTGAGAAGTACAAAGTGCCAGCGC
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ATTATTTTAATTGTTGATTGGGTTGTCAGGTTCTCACATCTTTTGCATCTGGACGTGCTA
CATCTCTAGTGGTTGACAGGTCAGCATTTTCTTGATGACATTTTTATCTCTGCAACCTGC
TGTTTTACTTCAAAATAGATGAAGGTCCCATTTTTGCCATGCTAGCCCGATTAGTTGAAC
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TATCATGATAGAAATTTCTGGAATATGACAGAGCGATCATGTTTGGTGCAGTGGTGGTGG
GTCTACTGTGGTTTCTGCTGTGCATGATGGTTATGTTCTGCAAAAGGTATGTTATGCTAT
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TAAAAAATAAGCTGCCTCTCCCCAGCTTAAAAAATGAGCCACTCCTAAAATTTACTGAGG
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ATGGAAAAAGCTGGAGACGAGGCAGATTATTTTTTAAGCCACCAAAAGAACTTGCCCTAA
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GGCAGTCTGTGGCAACTTCTCCGATTGGTGGTGAATTTTTAACTGACTGTATGATGAAAA
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TTGCTGTATTTTCATATATCCTGTTTGTTCACTTCTCAGATCAGGCCCCGTTATTCATTC
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TATTGACATCCTTTTCTTGTCTTCTTGTGATTCCATTGGACCAAGAGATAACTCTTTACA
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GTATAGTTGAAATCAACACACCAGCAAAGAGGAGGGGCAGAATATACAATATATCTATCA
TCCTTGTCTTCTAACAAAAAAAAGTGAGAGAGAACTTGCAGGGTGGTCTGTACCGCTGCC
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CTTTGGAACATCTTTAGTATTTTTCTTCATATTTATGTGGTACTAAGGTTCTGAATTTGC
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TTACTGACATGCTTACACTAGACGGATATATAAGGGAAACTATGTGGTGTTTATTCTGTG
AACCCATTTTTATCTTTTCAGGTTGTAGACCTTGATTTTCCAAACACCACAGAGAGTTAC
AGGTTGTACCACATGGTATGTTCATTGGCAAATCTGTAATTCTTGTTTTGCTTTGTTAAT
TTTTGTCTGGATGCCTTTAATGGTGATGTTTACTCTGTATCACAGAGAGCTATTGCTAGC
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TATTTCCACCATACTGACATGTATAAAAAAAATCTGAGGATCAAGCCAGTTTCAGTTGAT
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TAAAATGCACCATGCATACTAATATGTGATAAATATTCTACAACTATAGAATATGCAAAT
ATAATGATAAATTATGTGTTAGTTTCAATTTAGTCTAAATACTTATGTTTCATACTAACA
AATCTCATTGAAATAATTTCAACAAATTCCAGCAACGCGTGGGGCATCGTCTCTAGTTAT
ATATATGCATACAACCATACTATAGCTGGCTACTTTTTATGCATATCGTCTGTTAATCAC
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CTTGCTTTGTGTTCCTCTTTTAGGTTCTGCTGTTCACTTTTCCTGCTTTATTTTCATGCA
GAAGTGGCATATGCAAATGTTCCAACAACTTCATATGAGCTTCCAGATGGGCAGTAAGTT
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ACTCCATTGTGCATGCCCTCTTTAGTACGCCCAACAAATAGTCATGATAAACTTCGTTTT
TTGCAAATCGACCTAAAACCAATATGTCATAACACCGAGAAATTGTGGTTTAGAAACTAC
GAAGTTTCAACTAGCAAAGGAAGTCTGAAAATAGAACGGCGAAATAGTCACTGTTTACTA
GGATCTTCGCATGTGCCACATTTTAGTATAGCCCTGAGTTGTAATGATGATTGTTGATTT
TTACATGCCCATTACAAATATGCATGGTACTCCAATTTCGGATGCACAATGCACCTATAA
GGTGTTAGGATTCTGATGTCTACTTTCTCCGTTTCTGTTACTGTAATTTTGTGGTAAATA
TGTTGTTTGTGGTTATACTGTTTAAGAGGTTATAACTTATCTATGTTATATCTGAGCAGA
ACTATTGAAGTTGGTGCAGAGAGATTCAAGATTCCTGACATTTTGTTCAACCCATACCTT
TCACAGGTGAGTGAGAAAAGTATATTTTGTTGTGTGCATGTATGTTAGTTGGTCAGGATT
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TATCAATATTCAAATAATTTCTTTTGTACGGCTTGTCATCAAACTCTCTCCTGCACACTA
ATTTTGTGATCAACAGACTATTCCTGGGATCGATGGATTTGGAGATTCCACTTCGATTCG
TGGACTTCCACGAATGGTGAGTTAAATTATGGGTGCTTATATTGTTGTGCAGCTTGGACA
GTTCTTCATGTTAATGAAGTTGCTGCCGCCATTGTTTTTCACCAGGTCCTTGACAGTGTA
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GTTCCAGTGCTACATTGCTACTTCTCTCTCTCTCTACATGTCCCCAGCCCCATGCACAGG
CTTAGTGAAAGAACACTTATAGCATAATCTTTGATTCTCCTGTTATAGTTTGTTAATACA
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GCTAGGATAGATGTTGCTGTATTTTATATTTGTTCACCGTGTCCAAGCATGTTTCATTTT
ATAATATGAACATTCAACCTGTAACCACTAGCATGCACAAAATCATTTACACTTCTCACA
TGAAAAAAACGGTAGCAGGTTTGTCATCAAAAGTTTTCCTATATTATTCCTTTTTATACA
ATGACATCTATTTAGAAATATAGATAGTATTCCTAGAGTTAGGCATGTACTCCCTCCGCT
CCGAATTATAAGATGTTCCAACTTTTTTCTGAATCGGATGTATATTGACGAGTTTTAGTG
TGTTTGTTCACCCATTTGAGTTTGTATGTAGTCCATATTGAAATATCCCAAACATGTTAT
AATCCGGAACAGAGGTTGTATTTTTCGTCTTCGAAGCTTCTGTTAGTTCAATGCAATAAC
TTATATTCTTTGCATGAACTCAAATCATGCTTTAGACAAAGCTTTTCACTTTATTTCTGC
GACCTTCCTAAAAAATAGAAGAATAAAATGCATCTCATTGATTATTTTGGTTAGTGACTA
GTTATTACAGGATAGTTCATAAAAAGGAGAATCTGTGGTTGAGGCTTTTGAGAATGGTTC
CTTTGTCTTATCTCTGAGCTATTCTTATTTTTAACTCAATGATCACAGGAGTGCCCTCAA
AATGCTCGTGTGAAGGTTTTGGCAAGTGGAAACTCAATAGAGAGGCGATTCAGGCAAGAC
CTAGTATACTTGCTTGTCTTCATATGCATTGGCTATGCTCAGTGAATCCTGTTAGCAGCA
GAGGAGCTTGAATGATTGCTTGTGTTGCCACTAGAATGTAAAACTGTTCTTTTTGCTGCT
TTAATTAAATCAGTAGCTTAACGCAAGAACTTGTCGTGGCCATGAAATCAGTTTAAAATT
GGCTGAAAGCATACTGATCGCAATGCCAGTAGAACTTAATCCTTGACCATAGGGAAGGGT
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TTCATCATCTGTTAGATGTTGATTGACATGACTGACATGTTATAATTTGATGAGTGCAGT
GTCTGGATTGGAGGGAGCATCCTTGCATCCCTTGGGTCGTTCCAGCAAATGTGGTTCTCC
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ATGTACTACATCTTAGGTCAGCCATGTCAAACGGTTATTGAAAATTGCACTGCCAAGCTA
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AGGTGGCGGTACGAGCATACTGGTAACAGTAACTCTGGCATGAAGCGGACAAGATAATTT
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GTACACATTCTACTACTAGATTCTTCAGTCTGCCTCTGCTAGGAATCGAAGGTTAGGTTT
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GCCGGCGGCCGCCCCTGACTAGCGCTTCCTGGAGTCGATGAAGGCCTGGAGCGCCGCCAC
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TCTAAAGTTTTATGGACATTTTTTTTTTCATATTCCTGAATATGTTTTGAATACACTATA
ATGTTTTCAAAATCCTGAACATGACTTTATTTCCTAACCATTTTTTCCAGACCGCGGTTA
TTTTTTTATAATTTGCGTACAGATTGGCAAAAACCGCCAACTTTTTTTAATCCCCAAAAA
TTTTATGATTTTATTAATTATTTTTGAATTCACGTATATTTTAAGATTTCTCGAACTCGT
TTTGAAAACTCACAACTTTTAAAATTTGAAAATTCCGAACTGGTTTAAACATGGAAGAAA
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ACACATTTTGATTATTTACAGCAAGTGCAATACTTGATCTCAATTATTTCCGTTTCACCA
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ACGTTTTAGTATGTTTGTTCACTCATTTAGTCTGTATGTACGCCATATTAAAATATCCAC
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TACACTTGGTTGAAAATTATAACATATCACATATTTCATTTATTTCAATTTTTTACAAAA
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TATATTTCAACATAGTGATGTCAGTTTCTTCAAACCAACAATTTCTATTATTTAAAATAG
TGATTTCAATCATTTCAAGATATGCCACATCAACTTCATGCCAAGATTCTAATAAATGTA
ATAACTTCATACATTCCACAGGCGTGTTTCAGTTATTTAAATATAGAGATGATTATTTCA
ATAAAGTGATAATGTTTTTTTTTCAGAATCACATTTGAACCATTTCACTTATTTGGAACA
TTTGAGAGTTTTTATTAAAATTATATCTTAGTAAAGTTAACACCTATTTCAATGTTTGAA
ACAAATGAAATGGCATTTTCACAAAAACGAAATAGTTAGTTGAAACAATTGAAATGGCAT
TGTTTTCACGGAAATTAAATAGTTTGTTGAAACAACGAAATAACTGAAATCATGATTTTT
AAATAACGTGAGCCATTATATTTAAGAAATAAATAAAATAAATTCTGAAATTATTGAACT
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ACACAAGTTTAAAATATAATCCAGGATGGTCTTGTTTTAAAAGATCTTGTTGCCAGAATT
TCATATATATATATCACTCCCTCCGATCCATTAGTACAACTTGGTAAAATTTTATACTAC
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AAATCCAAATTTTATATTTCATACTGTGTTGTAGAAAAAACACAACTAGGATATTATTAA
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ATATCGAAGCATAAACAGGCACCATAAATATGGATACCTCAATTTAAACAACCTGATTCT
ACAATTCCACCAGCAAAAAAATAAAAATAAAATCTATAGTTCCACAAATTTCTCACAAAT
TCCATAAATTTTCCAGTGGTGAAGAATATTTTTTTGTACAATCACCGGGTAGGATAGGGT
ATCCACCTGAATATATTACTAAAAGACCCGAGTTGCTTCCTATATTCACGCTTATAAGGC
CGCCACAAGTTATTAGGTCTTCAGTTTTTTTGCTGGTGTTTCGGTCTTCAGTTTGACTAA
CGAAATATGTGTGCCACCATTTTTTTCTTGTTTAAACGGAGGAAAAAGCTTTGCCTCATC
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CCACAATGCATTCCGAATTCAGACGTATTAGTAGTTCAGTAATAATAAAAAATTAAAAAG
AATATTCACGAGTCACAAACACGAACAGTGCGTGTAAAAATCAAATTACGAGTAAAACCA
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GCACGATTAGTAAACAGGTCGTGCCGTGCCGGCCCACGTGCCCGGGTTTCAGGCCCAAGC
ACGGCACGCGTTGTAATCGTGCCGGCCCGCGACACGTTAGCCGTTCCGTTTTCTTAAAAA
AAACAGACCAAAAAATTCGAAAAAAATCCAAAAAATATATACTTTGACATAGTATTATAT
GGGATAAATCTAGAATTTTATTAGCGCCTGCCTCATTAAAACCTTCCATCGCAAAAAAGT
AAAAGAGTACAAGCCATTATCTAGAAAAGTAGAAATACAAAAATAAGAAAAGATAGAGAA
AGGAAAAAAATTACAAATACTACATTACATGCCATGCTTTGGATTTCTAGAAATCCTTCA
ACCTTGCCCTGCACCTGCAGCTGCAGCTATAGCCGCGTCAGCCGCGTCCGCTGCCTCCTT
CACATGTGCCGTTACGTGACTCAGCAGGTGGCCGGTTCCCGCATTTTGTTTCACGAGTAA
CTTCTTACCGCATTGTTGGCACTTTGCAAAAACCTGGGGAGACCATCCTCATCTTTAACT
ATTTCTTCATCGTAGAAATTCCAAATTGGGTGCCGACGCCTCACAATAGCATCAAGCCAG
TTTTGATTTGCATCAGCCATGTTTGTGTGTGTACAATGAGATGGAGTTAGAAATGAGAAA
CTTGGCATCCCTTTTTATNNNNAAAAAATGGCACGATAGGCACGATAGGCAATGTGGCAT
GTGGGATAAATCTTGAACTTTATTAGTGTGTGCCTCATTAAAACCTTCGATCCCTGGAAA
GTAAAAGAGTACAAAGCCACGCTCTAGAATTAAAAAAAGGAAAGAAAATTACAAAAATAT
AAGAAAATTACAAAAGAAATAGAAAAGGAGTACACTACACCACTAATCTACCGATAGGTC
CAATGCCGAGTCTTCGTCAAAGCACATGTCTTCAAACATGCCT