Map Locations of contig_5853 (8694 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_5853

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_70775 3 4827 bp MLOC_70775.3 Available Available LOC_Os10g39200.1, FRAME:+3, EVALUE:2e-98, 13110.m03587 protein expressed protein
MLOC_70774 1 578 bp AK371873 Not available Available None





CDS Structure of MLOC_70775






CDS Structure of MLOC_70774






Contig Sequence (8694 bp)

>contig_5853 8694 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
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GACAAGACCCACTACTCGGGCACCATGAACGGCACCATCTTCGTCGTCGCCGGCGGCGGC
GGCAGCCACCTGTCGTCCTACACCACCGCCATCCCCAAGTGGAGCATATTCAGGGACCAT
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GGCCGTCATGTCAATGTAATGGAGGGTCATCCATCCAATAAAATTGTGGGCATGTGTTGA
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GGGTGTATGCTCGTTATATATGCTTTGTAACTCCTTCATGTCATATTATTATGGGTTAAT
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TGCTATCCGCTTCATCAGATTGGGCCCTGCGCCCACCGTTGTCAGGCAAATCAGTCTTCT
GAATTAGCTCATCGTGTGCCCCACGACCAAGTCGTTTTGTTTCAAAGTGACCCGCCCAAT
CATCGGAATGGCAAACCTCTTGTCCCTCGTTCACAGCGCTGCTATTGTTGTCTTCACGTC
TTTTCAGGACTTGCAGCCTGGCCATAACCACGTCTTCAAGCTGACCAAATTCATTCTTGC
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ATATCAAATCTTTGAGCTTAGCCATAAAAGCGCCATGGATTTTGCTTTCACTAGATTCTG
CCTGCTCTATGTTGGTACCCTCGTCCAATGATCTTGTATTATTGTTACAGCTCGTGAAAC
CGTTAAGTGCAGCAATGGTAGCACCATCAGACTCACCACCTTCGCTGCTGCTTGCTTCTG
AACGCTCTTTGATGATGTCCTCCACTAAAGAAGTTATCCTATCGTCAACAGCATTATCAA
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CATTGACCTCACGGTAGCAATTTATACTCTCATCACGGAGCTTGAGAACTTTCAGTCGAG
CAAAGACATCAGCATCAACCTTATCACCTCCCTGAGGTAGTAAGGCTGCATTGCCAATAT
TGCGCTCTTTCACATGGTTTTGTTGTTTGCTAGAATCAGCAAACCCTCCAAAACATGAAG
AGTTCTTGTGTTTGGGCATGTAGGCTTTGGCTTCTCCTAATGAATTGGCAGGTGCTGCAG
CTACAAGATTATTCAACACACAGGAGTAAGTGAATGCTACGAATAATCCAGATAAATTAA
GGCACACTTACTTGCTACACACGTACAAACAGAAACACTAACCTGTTTGCTGATTGTAAT
GTTTCGTCACGAGTTTCATGCGGGCAAGTTGCAGTTCATACTTGAGTTTACACATGGAAG
CTTCAGCTTCAATCCACAGATTCTTATATATCAGCATTTGCGCATCTTTAGTATCACCAA
TGACATTCTCTTCTGGAAGCTTAGTAAGATCCTGCACGCAAGATGGCAATAGTATTAGTT
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AAATAAATGTTTTGAAATCTGCACCAATGTTCTCCCAATCAAGGCCATCAAAATTCTCAG
GCTGATGATTCTTTCCATGGCACTTTATTGTTTCTGATTTCGATTGGTGGCACTTTCCAT
TGGCATCATCATTTTTTAATGCAGCCTTGTACACGAAAGTAAACAAACCAAAATGAGTCA
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CTCACAATACACATGGGGGGTCGGGGGTTCTTATGCGCGCGCACAGACGCACCGCGCCGT
GCTCCCGACGCATCTCCCCTCCACGATCCCCACGTTCCGCACTACGCAGCTCGCGCGCCC
GACGCACACACACGCCCCCGCACGACTGGGTCCAGTGCCCCTGACTCGGTCACCCCCGCG
CCGATCGCGCCTAACTAACTCACGCACGCACACCCCCTAGGACACGCACACACGCACCCT
AGTCCGCCACGGCCGGACCTGTCACACTCCTGGCACTCGCTCCCAACCGCGGCTTATTGA
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TTTCCAGGTTGTAACGTGTTCCCTCTGTACCTTAATATAAGATGTTTTTTCACAATGTAA
TGGACTCTAAAAACGTCTTATAAAAAGTCACAGAGGTTGTACATCTTTAATTCTTTAATC
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TCAAGTTGGTGATACCTGAGAATGATGATTTTATACCATACAACCATACCTTACTTATCT
TGGAACTCAAAGAACTGAGATTGTGTATTGTAGATTGAACAAGTGCATGTTCAGATTCCC
CCAACTCATAACCACCATCGCATGTAGATAGAAGCACTACTGAGAAATTATAAATTGACT
TGATTAAGTCTTCTTGAGTCTTGGATCTGTAGGCAACTTTATCTGAAGATACCTTCACTG
ACTCCTCAACACCGGGACTGCAATGGGTTAAATGCTCCAGACCTATATTCATAGGCATCT
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TCTTACCAGAATCTTCATTCATACCCACAACATGACTGCCAAAGTCTCTGGCTAACACTA
TGGGTTCAAATGTTCTTTGGCCAAGAAAAACACCTCCCTGTTGACCTGGTGTTACCCCAT
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GTTGTGCATCACTATGACCTTCAGATTTTTTACACTCTGAAGGCAGACTGGATGAAGAAA
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TGGGAAATAACACAGAATTACTAGTAGTAAACTCAGAAAGCTTCTTGCTTTGGTGCAACT
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ACACATTGGAAGATGATGCTTGCAAGCTGTTGAAACCAGACTTCACTTCTGATGACGGCT
GTACAGGTCTCCCAGATCCAGAAGTGTCACCCGAAAGATAGTTTTCTCCAACTCCATGTC
CATTAAGTGGATAGGTTCCTGGCTGCACAGGCCTCCCAGTTTCTGAACTCTCACCCAAAG
GGTAGTTCTCTCCAACTCCACGTCTACTAAGTGGATAGCTTCCCATTATTCTCGTGCCAC
TATCAGAGTTACTCCAGTCACCACAATGTTTATAAGCAGTCTGATGTCCAAAGAGGTCTT
TCTGTTCATTCTGCATGGTATCAAAATAATCAAGATTTAATCTGCAAGGGTTCATGTATG
GTGAGGAAAATGTATTTTCCAATATATGGCCATCTGTTGTGGGCGACAATGATTTTGTTG
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ATGTTGAGCACGATGGAAGATGTGTCGTGTAGTTATCATAAGCAGAATACGAGGAATGCT
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CGGAAGGCTGATGGATAACTGATGACCCAAAATCACTTGGGAGGGCCTTGGACGTTCTTT
GGTAAATTCCAGGATACTTCTCTTCCATCCACTCGGAGCTGGCTGTTGTGAAGGGATGTG
GCTGCATGGTGTTACCAAAATGACTCCCAGTGTACAAGCCAGTGTGTGTGTTCTCAGAAA
CCAGAAACCCATCCGAGTTGGCAAAACCTGCATAATTTGGTTGGTTGTGTTAGGTAACAA
GATAAGTTTAATCCATGGTATACAACTAGGCATTACTGCAATGTCGACCTCCATGAAATC
GCCCATGACACTAAAATTACAAGACAACACTAATAAACATGAACAGTGAGAAGCGTATAT
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GACCCCTCGACATATCTCATTCAAATGAATCAGACCACCGGCATAACCGCATCAAAAATA
ACAAACCACGGAGCAGAAACAACTCCAGGGCCCAGCCCGGTGACGGGAGAAGGGAGGGCG
TCGGCTCACCTCGGTACCCGGCCGCTGCGCCGGCCTCCAGATCCATGTAGCTCG