Map Locations of contig_58143 (13587 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_58143

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_70544 1 350 bp MLOC_70544.1 Available Available None
MLOC_70548 1 985 bp MLOC_70548.1 Available Available None
MLOC_70543 1 1400 bp MLOC_70543.1 Available Available None
MLOC_70545 1 919 bp MLOC_70545.1 Available Available None
MLOC_70546 1 1059 bp AK368348 Available Available None
MLOC_70547 1 1094 bp MLOC_70547.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_70544






CDS Structure of MLOC_70548






CDS Structure of MLOC_70543






CDS Structure of MLOC_70545






CDS Structure of MLOC_70546






CDS Structure of MLOC_70547






Contig Sequence (13587 bp)

>contig_58143 13587 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAAACGGGCGGCAACGGGGTGCCGATGNNNNNNNNNNNNNNNNNATGATGCGATGATGAC
GCGACAAATAAAATAAATCACATGATGAAAACGGAAAGAGAGGGGAATCTTCTGGAACGC
GGCACCGGGCTGTCACACATCATCTCACAAGCCGTCTCAAGAAGGTGACGATGCTTGCGT
TCAGCCATGTCATTCTGAGCATGAGCACCAGGACAAGAACTCTGAGCAAGAGTACCCTTC
TCAGCAAGAACCCCACACAACATCTTGGAGATATACTCTCCAGCAAAGTTATACATGGAG
AATAATGGTGCATTTATTTATATATATTGATAATATTATTTCAATTTCTCCCATATAGAT
AGATGCATTCATGTGATTTCTTCTTAGGCTTCTCGTCATGGTGAACCTTTAATACACGTA
GGCACTATCCCATTTTGACTAGACCCCGCACTCACACCAACTCTCTTATGTGTTTGTCTT
TTCCTCATCAATTTGAAAGGATTAATCTGAGTTGTTGATATGCATTTGGCTCACACAACT
CACTTCAAGACATGTTTCCCACTTACCACATTAAGAGCCATGGATTGGCACTACATTTCT
GTGGCACGACATCGACGTGCCTTGTGTCGTGCCTTCTTCGTGATGGGCCTCCATGGTATA
CCAATTTGAGATTGGTTTCGTTTTAAGGTGCTTTTTGCATCCCACCTACCTTGTAAATGG
TGACTACAAGGATGTTTGTTTTGTCTCACATGGGGTGGACGCAACACGGAGGACTATGGC
CACTGTGTTCTTGTCTGGAGGTTGAGCCCCCTCTGATGGTGTTGTCTAATGGGCCAGGGC
CATTTTAGGGCCCAATTCTGTTGGCGATTTAAACAGTAAGTTGCCCTCATTTGTTGGGGC
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AGGGATGGCTTATTTTTTAAGCTACCAAAAGAACTGACCCTATTATTCACTAGGTGTTGT
GGTGGCCTACACCGGGTGCCGCTGACCATTGAAACTGGCGGTGGTGCAATGGTGCGAGGG
CTTGGGACATCTGATGCCGCGGCGTTAGCACTAGGAGATGATCTGCGTGGATGGCTCTCC
GACGAACCTAATGGTGGCAGTGTTGGCTCTTCTCCTTGGTCGTGTGGATTACTAGGGGAA
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TTTGGAGGCTCGGATCATAGTGGGCCTGGTGGCAATGGGTCCTTCGACGAGGCACGAGGA
AGTATCGAATGAAATCTTTGTGCTCCCACAACTCCTGTAGGTGTCACGGCCCTCCTCGGG
GTGCTGTTGTGGGTTTTATCGTCCGGGCTCCACGCAAAAAACCCAGTTTGTTTTCATGAA
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TTACACGTGAATTTATTGTCAGCTCTCCTAATTCTTTCTGCTCGAAAACAACATTGGCGC
TCCTCAGTTTGAAGCGAGAGGGCAGAGGGCTCTCTTTGGTAGCAACATCATGGGGACACG
AGGATAAAGTAGGATGAATCCTTATGTATTATTGACGTTGTTTTTCTTGTTTTGTCTTTA
ATTAGTAGGATTTTCTCATCACCTTGTATCGATGGGCCGTGTGGCTTTATTTATAAAATA
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CCTCACTCTTGCTCTCTCTCTGACACACATACACACACACATTCTTCCTGACCATGCATT
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TCAATATTTCATACAACAAAATATAGTCATAAATTTAATTAGTTCCTACAACAATATATA
GTCGTACAACACAAATAGTTCATACAAGATAGTAAGTATAGTCATAAAACTAGATTATTT
GTACAACGATATATAGTCATACGACACAATAGTTCATATAAAGTAGTAAATAAGAAAGTA
GGTGTCACACATATTTTGGAAATTGTATACATGATTAGAAACATTATTCTATATATTATG
CCATAGGTGCTACTAGATGATCTTGAAACTAAGAGTGAGGTGCTTGTCCCTAACTTCATA
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ATGCATGACCATACAAATTGTAGTGATTTGTGAGGGTTTTTCTTCGTGCCAACTTGGGCT
AGTTCACAATAAAAGCAAAATGATCTTGTAACTCTTTTTCCCATCCTTCCTAGCTCTAGT
CAAAAAAGCTTTGACAAACCTATAAGACTATTCTAGTACTCTATGCAATCAAGATAAATT
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ATGACAAAACTATGTTGGTGTTGAGCATTCCTAAGCTCATATTGTTTGTCTGTCTTGTGG
AAGTTGCGAACCAGCTGGTCATTGTTTCGATTGTGGGATCACGATCACACACTCCTCATA
TTTCGATGACTCATTTCTATAAATATGATACATATAGTGCATTAAAGTAATTTTTTATTA
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CTCACGTGTGACTTCCCGCGTCACACGTGAATAGAATAAGATGTATGGTTCAAGAGGCCT
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CTCAAGACTTTGGTCTTTGATAACATGTTAAACTTCATGCACTAGCTAACGCAACCAAAA
GTCCAAACTGATGAAAAGGACTAGGCAATTCACATATACACTTCAACAACATCAACCACT
TTCAAATTTCACTTGGTCACCCATTGTACAACATGTCCCATCTCACCTGAAAATGGACCA
CCTGCACCGCCTTTCTCTCTCACAACCATCATCGCCCTAGCTCAACATCTCTCTCTCGCT
TAAAATTACTTGCTACCCCTTAATCATTTTCTCTTACCACCATGGTCCATTTTTTCCTTA
TATTATTGCTAATAAAATCGCTCTAGTTCCATCCAATGACTATCTTCACTGTCGCACCAC
TCCAATCTCATCCCAGCCTCATCTTCTATCCTACACCATACCCCAAATCTAGTGACGAAC
CCGCTACCTCATCCTTGGCCTTGCATCGTTGGGCTTAGCTTATTGAGGGAGGCAACTTTT
TTGCCAATGCTATCACCACCCTCCATTTGCCCCTCCCACTCCTTTATCTCTCTGCAAGGA
GATCTAGATGCGATGTTGAAAAAGAGCATGACTTTTCCATTTTAGAACCTATTTGGGTGT
GGCTTGTTTTGTTTGATTATTGAGAAGTTAATGAAATGAATTGGGAGAGTTATATCCACC
TTCCAAACTCTGAATCAAAAGAGGGGAGGTGAATCAACTACAAAGTGGATTAACTCGATC
TTTATACCGTCTCCAAGTGACAACTAACCGTAATCCAATGAGCAACTCATCATTCCCCTC
TAAATCACATCCAAAGGCACTTGGGGGTTGTGTCAGAGCATCTCCACCGTCCATTTGCTC
CTTAAAGGAGGAACAAGGAGGAAAAATTAAGATGGGAGGTTTACATACACGTTGTGCATG
ACCATATGGTCGGGGCCACACCGTCCTCTCCTCACACACCGTCTTCTCCTCTTTGCTAGG
TCGCCTTCTCGTGACGTTCCACCTTTTGATGATCCATCTTCTATTGATGAGTTTTCTTCC
TTGACCGCTTCACCATCCATTGGCGCTGATGCACAACCACCTCTTGCCCTTGGTCTCCAC
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GACTGAATTCACTTGAATGTGGGATCTTTTTCCCTTCCTTCTCGTGTTCCTCCCAGTACC
GTGAGCAGGTCTACAAGGTTAAGTATTGCTCTCGTGGTTCTCTTGAGCTCTACAAGGCTC
ATTTTATGACTCGTGGTTTTCAACTGGTTCATGTTGTGACTACAATGAGACATTTGGTCA
TGTGATTCACATGACCACTCCTTTTTCACCCTTTTTGTTGGGGCTTATGTTTGCCTCTAG
TCTATCTCTCAACTTGATGTCAATCTTTCTTAACGTTGAGTTGCGTGAGTAGGTATGCAT
GCATCCACCACCTAGGTATTTCTTGATGGTATGGTGTGATGTCTTTGTCGCTCTATATAT
GGCCTTAAGCAAGTTCCTCGTGCCTGGTTTTAGCGCTTCTTCTTAGCGGTCACTTCTACT
GGTTTTGGAAAGAGTGATCATGATCTTCCGCACTTTTCCACCTTTCATCTTGTGGTTGGG
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ATCAATGATTTTCTTGGTCGTAATGCTCTTCCTAATGAGTGTGCTATTGAGATTGCGTGG
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ATCATATTATTGGAAGTCTTGTCTATCTTGTTGTCACCTCATCCAGATATCTCATCATGC
ACCACTCCCTCTCTCTCTCTCTCATGGAAATACAACTTGCATACTCCTACCAGTTTCATC
ACACCATGATGTTGGACACTTGTGCAATGCCTCTCATTATATAAGAAGCACCATTACAAG
AGAAAAATGCATTGGAGCTTACTAATGATTTCCACCTTGTCAGATTCCCCCCTCAATATT
GGATTAACATGTCCACCTTCTTTGATTCACCCGCCAACATCCCCGTTCTACAAGCGGTTT
TGTGCATATTTGCCACACTTGTATGCTTATATATACTGCATTCGTCCCATGGAAATACAA
TTTGCATACTCCTACTAGTTTCATCACACCATGATGTTGCACACTTTTCATTACAACAGA
AAATTGCATTAGAACTTACTAACTATTTGCACCTTATCAGAACCCTCAATATTTCTGTTA
GTCTAACAGTGCAAGGAGTAATGTGACTATGATAGAAAAGTTGTGAGCGGCCTGAATGAG
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TTCTCCTACTACAGCTATGCATTGGAAAGAAACCTAAAGATTCAAGCGTAAAATTCTTGC
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TTTAAACCTACAACATAAATTTTATTGTAAGCATTATGATCAAATCACAACTATGTTGTA
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GCAGTTTTGTTGTTTTGAAAGAACATGTGACCTTAAAACTCTGGTGAATTTTCTGCAATT
CAAACTGAATTGTATAGGCCGTTATTGTTTTCTGAATTTATACACTTGCAAAATTTATCA
CGGATGGACAAAACCATCTATTGTTGATGCTTGGCTAAATGTGTATCACTACTTGATAGA
AGTGTTGATCCTACAGGAATGACTCTACTATGTATAATGGGATAAGTGAATTATTCTAGA
ATTGACAACTGACTAGCCCTAAAATATATCCTTGCAATGAAGACCATCGGTTGTTACCAC
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GACTGCTGGATAATCAAATCAATCAGGGGTGTTTGTTTTCAGGGACTTTTTGGTGTAGGG
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TATGACATCAATGCAGGGAAACACAACATCATTTGTTATGTTGGTATTACATATTTAATG
CCTTGTGCTTGTCTAAATTAACTGTTATTATTATATTGTATATATTTTACATTTTGAATT
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ATTTGGTTACATAATTTCAATTTGGAGATACTTATGTAGTTAAACGGTGAGATATGGTGT
ATTCACCGAGAGATTAAGCTAGTCAGCAACTCAGCACTAAGAGGCCTATGTTTTCAGTGC
TGGGTTAGGTTTGCAGCCATTTCCCAGCGGATGATACTGCTACTGTAATGTTAAAGCACC
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TATTTCATGGTAGACATACATATTACTACATGGTAGTACAACTTACTTCAGGATTATGCT
TGTGAACATTTATTAGGCCACCAATCTGAAAAAGCTACTTGGTCTCAACTGCAGAAAATA
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TCTGGTGTCGCTGAGACGCAGGAAACTTTTGGGTCAAAATTTGGAAGAATGCTCTATTGA
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GGTTAGCACAGTATGAAGGAGCAATAATAATCTATCTGTGCAACATAAGCTTACGCAACC
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GCGTTGAGGCTCAAGGTAACCTCGCTACCCCATGGAACCTGAAACAAGAGGGAATGTGTA
TAGACAGAGTTTCTCACAAGGCGCTGTTGATTTGTCACATGGACATGGATGGAGCAGGAG
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GCTTCCTTGGCTACCTTGTGCAGTGCCAGAAGGAGCAGCACCTTGAGTTGGAGGCGCCCC
CTGCTCCGGTGACCATGGCGGAGCAGGGCCAGGACGACGCGGTTGAAGTGGAGACGGACC
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GCGTATATAGATATAAACCCTGTGGAGCCGAAACCTTGAGAGTACATACATGAGTTAGTT
GATGTCGTCGTTTCCCCGGGTCCTTCCTGGCCGTGGTGTGCCGATGTCTTGATGAGATGA
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GGTGCCACGCAGGCGCGAGCATGAGCATGAGCATGAGCAGGAGGTGTTGGGTTGGGTGTA
GGGGGGCGAAGCGGCGTTTGGATTTTGCTTCTGGGTTACAGGGCCAGCTCCCTCTGCGCT
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TTCCAACCTCTTCTCTTCCCGGCGTGTGCACGCGTACAAGTTCTAGGAGGATCGATTTTT
TCCTTTTGGCAAAAAGTTGGGGAAAATCCATTTTCTTTTTCGTAAAAGAGGACGTAACTT
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GGCCTCGTGTAGGAGCATCTCTAGTAGACTCCATGTAATGCGGATGTCATTTACAGTTCG
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GGACGTCAACCTGTCGACCCGTAAACCAAATAACTCGTAAATCAGAGAATTACTCATCAT
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ATTCAAATCACCGTAGCAAACTAAATGAATGTCACACATGAATACAAAACTTGTCCCGTA
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ACACGGCTGCCCACATTGTTATAGAAGAACTCTAAGTTCATGTCTCTCTCATCTTCGAGA
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GCATCACGAGACTTGCCACAATACATTCCCTGCCATGCTTTTGGGTAATTTTTCCAAGTC
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ATCAATTTTTTTGTGTCTTCCTCGTTCGACGCCCGAAGATATACAGGACCAAAGACACGG
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NNNNNNNCGGTATAGTCAGCCGGAACGCCGTATGAAATTACCCGCATAGCTGCTGAGATT
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CTTCGGAAGAGGTACGACAGGTATATTGGATTGACGACGAAGTAGTCTCGCATCAGCATC
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GCGAAATGTGAGAAGCATCCTCTCAACATCCGAGTCATGCGAAGAGGATGAATTCTCGAG
AAAAACTTCTCGCACAGGCTCAATTCCATCTCCGGCGGTGGCTCTCTCGCCGCCGTGGAT
TGGCGTATCCAAAGGAACCGGTGCAGCGGCTCGGCGGAAGAGGGAAGCGGCGAACGAGCG
GCGCGATTCGCCCCGAAGATTCGGCTAATAGCGGCGCCCACGGCCGGCGGTCGACCGGGG
GAACAAATGGCGGCGCGGCGGTGGAAGGGGTGGGGAAAGGACGCGGGCTGAAATGTCCAT
CCCGCCAACCGTTTCCTGCGATACAGGGCATCGCATAGGCGAGGCGGAAACCTGTGTTTT
CGCAGGTCACGGAGGGAATTTTGCCGCGCCCCTTAAAATAATTTTACGGGTCGAACGAGT
TTGTAGAGTCTGGTGTGGCAGCATTACCCGTCCCGACCCTTATTTTGACAGTTATTTTAT
GGGTTGAAACATTATACGTGGTCAGCTGGAGATGCTCTAAAAGGCAGCCCCAATTCACTC
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ATGCAGAAAGGCGTGGCTGTTCCTGGATATGGGTGCACCCACATGAACAGTAAAAAAGTT
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TTGCAAAACTTTGTGAGCAAATAGCATGTGAGGGACTCTCACAAGACAAATCACTGCTCA
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ATAAACAGGGTCGTAAGTCGTACTATACTTGGTTGTATGAAATAACGAACATTCCTTAAT
AAAAAATGACTTCCTTTAAATAATTGTGAATTTTCAGAGCACTTAATAAATAATTCTGAA
AACGCTATAGACAGTATAATAGAGCTTCAACATTTTTTTACATTCACACTTAATACTTTT
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TATCAGAGAAAAGGTAAATTAACGTAATGAAAGGAAAGCCAAAGGATTACTTTATACAAA
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GATTTTTATCATTTTTCTCATTGTTTTTATTGGTTTTCTTTGGTTCATCCTGGTTTTTAA
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CTTTTGTTTATGCATTGTACTTTTTAAGTATAAAAAAGCAGTTTACTTGTGAATTGTTAA
TGTACCTCATGCAAGTTCTATAGAGTATAGAGAAAAGTATGCTTTTGGTTCCTCAAGTTT
CCGGAAAATATAGAATTGGTCCCTTAAGATTTTTTGGTATACATTAGGTCCTTCAAGTCT
CAAAACCGGATAAGTTTGATACAAAACCAGATTTTAAGGGCGTTGACAGTGTTATACTTT
CTCCTCTTGAAATTCTTCGATCAAAAATTCTTCTGTGACATTGTTGATGACAAAATGGTG
GCTTCTATTTTCTTTTTGACTTTTATGTCTACAATACAAGGGCCCTTTGTTTCACATGGT
GGTGTCGGTTCTTTCGTTTATTCATTGTTACTATTATTTTTCATAAGAACAAAAGGTCAG
GTTGGCCATCTCGGTGATAACAACACAGTAACAAACTACTCCATCCGTTCTTAAATATAA
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