morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_58077
Source Contig contig_58077
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_58077 (8296 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
	No map location
Predicted Genes from contig_58077

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_70501	2	2121 bp	MLOC_70501.1	Available	Available	LOC_Os06g06560.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13106.m00677 protein starch synthase, putative, expressed
MLOC_70502	1	1049 bp	MLOC_70502.1	Available	Available	LOC_Os06g06550.1, FRAME:+2, EVALUE:2e-51, 13106.m00676 protein plant protein of unknown function domain containing protein, expressed
CDS Structure of MLOC_70501

CDS Structure of MLOC_70502

Contig Sequence (8296 bp)

>contig_58077 8296 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
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TGGAGACCTTCAACCCTTTTGGTGCAAAAGGAGAGGAGGGTACAGGGTATGTACTGCTCG
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TTATTGTTTTTGACCCTTGATTCCTACTGTCTTGCAGGCATTGCGAACCGCGATTTCGAC
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GAAGGGAGGTGCTGCAGGATGGTTGACAGCAAAGCACCACTCAGTCGGCAGCCTCTCTCG
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TCCATCTCATTCTAATTGCCTCGACTATCTAAACAACAAGGTAGCCAGGCAGCACCGGCA
GCTTGAAGCTTAGCTCGATCGTGTTTGTGTGTGTGTGTCTGTCCGTCCATGGCGCCGTCG
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GTGCCGCGGAGCGTCTTCTTCGCGCGCGACGGCGGCAGCGGCATCGACCGCCGCAACAGC
CTCTGGGTCAAGGCTGCGCTCGTCTACGAGTCCGTCACCGGCCGCCACGTCGACGACGGC
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CTCCACCCGCCTCCGCAGCAGGCCGAAGGCGCGACGGACGTCCTCAACTCGCCCACGTCT
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TAACGGTGCATGCACGTACGCTCTGGTTTTTAGCCGGCGCGGGCGGCGGAGATGTTGAGT
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ACGAGGAAAAGCGGGTGATCGACGCCGTCTTCCTCGTCGTAGGCTTCCTCACGAGGCTGG
TAAAGGCCGCCGAGGGCGTCAGCCGCGACGCCGTCGACGAGGGGTTCAAGTCGACGCACA
TGCAGGACATCGTCACGGACGTGATCAAGCTGGAGAACCAGCTCCCCCTCGACCGCATCC
TCGGCGTCGTCGGCCGCGTCCAGAGCGCGGTGCGCCACGTCGCCGCCACCGACGCCAGGT
TCGAGGGGCTCCGGGAACGCCTCCAGGGCTACCAGCTGGGCTTCACCGCCGCCACCTTCT
TCGACGACGTCGTCAGGCCCTTCTGCTGGTACTACTCGCCCTTCTCCAACAAGCAGCTTC
CGGCCGTGGACCGCGCGGCCCAGCACGACGACGACCGCGAGCGCACGCTCCTGGACTTCC
TGCACGCCACCGTGGTGCCGGCGCCGCCCGGCGCGGAGGAGGGGGCGGCCGGCGGCGGCG
CGGCGGCCGCGACGCC