Map Locations of contig_56977 (12149 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_56977

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_69804 3 2375 bp MLOC_69804.2 Available Available LOC_Os12g04440.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13112.m00424 protein 2-isopropylmalate synthase B, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_69804






Contig Sequence (12149 bp)

>contig_56977 12149 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGCTAAACCTAATTTGTTTAAAGAAAAGCTTAAAATTTGTTANNTGCCTATTCACCCCTC
CTCTAGTCAATCGTATCAATCCTTTCACATGGTATCTAATGTGGGGCAGATCAAGAGAGA
ACACAATCTTCTTGGCCTCGTCGACACCTGTAGGACACAGGTTCCTCACGGGAAGATTTT
ATAATGTAGATACTTCAAATGTTGATCGAGGCTTGCGTCTGTCCATTTGTTTTTGGCCTT
CGTCTTTAGAAGTTCGAGCATGTAACTCAAGCGGGTCACCTCGGGATCGCAACCGTCATA
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TCTCTCACTAGTCGTATTCTTGCGAAGCAGGTCTTGAACATGAGGGTCCTGAATGACTGA
ACTTAGTAGCATCAAGGACTACAGCGTATCTGCCTCTTCTTCATCGTGTCCGGCCTCTTC
TGCGTCGTGTATGGCCTCTTCCCTGCCGTGTACGACCTCTTCTCCGCCGCCATGTCTTGC
GTCCTCATCTTCGGGTCCATCGTCGGCCATCTCTTTGTCTAGCCCCATGTCGTTATTGCC
TTCCATATGGACATCCTCCTCATCATCTTGAGTTATCCACCGAGTATAGCCATCCATGAA
ACCATGCATGAGTAGGTGCATCTTCAAACCGCCTAGGTCAAAGGGGTCCAAGATGACTAT
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AGCTAGCTAGTGAGACAAAGGTATGAGTGGGGAAAAGGAAGGAGGGAGAGACAAATAAAG
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TAATAGGGAGAGCACAGAGGTAGGTGAAGGAAGAACTAAGTGAGGGAGGTAGAGGGGAAA
GGGGTGGGTGGGAGAAAAGGTAGTTGCTATGCATAGCAGTAGCACGGGATGCAAATTTGC
GCTACTGCCAAGCACAATAGTAGTAGCGTGTGTCAGTGATCAAGCGCTACTGCTAAGCGG
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ATAAGCTTTCTCCTAGTAGTGGTCACCTACCCTAGTAGTGGTCACCTACCGCCAACGCCT
TGGCCACCATCTGCACCTCGTTGTCTTCCTCCGCATGGCCCACTACAGTCTGTTTCCTCC
AGTACACCACGACACGGTCGTCATCGGGACGCTTGTAGTCCATGTACTTGGCCCACTTGG
CTCTCTGTCGAGCGTCACCCGAGTTGACCTGATTCATTGCCCAAAGAAGGATGTCGACTG
ACATAGCGCCCTTCACTGGCTCAGGAATAATCATCTTCAAATCCTTCGTTGTCCCCTTCT
TCACCATAGCGTCGGCCTCCTTGTGCACTTCAGCCATGCTCGTGAAGTTTGAGTACACTT
CCATTGTGTTTTCAAACTTCGCGGGGTCACCGAGTGAGCACCCGAGGAACAATGCCCTCC
ATCCCATGCCCCATAGGAAAGGGTTGGGGATGGAGTTGGAATTCATGGTGAGGGAGAGGT
GGTGAAACAAGAGGTTGAAGAAGAGAGGGGGTGAAAATGAGAGGTGGTTTGAGTGCGTGT
TGGGTAAGAAGTGTGGGTAAATATAGGAGCGTTAGGCCGGTAGGAATGAATGATGACCTT
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CGGTGCATGATCACCCTAACACGAAGCAGGGGAACTACGTGCACTACCATGAGGAGGCAG
GGCCAAACCACTTCTGCAAGGTGATCTTTGCTTCGAAGCTGGAGGCTATGTCATTGCCTC
TGGACTTCACAATGCACTTCCCTGCCGTGCCTACAGAGTTTAGTCTGAAGACAAATACCG
ACTCCTCATGGAGGGTCACGGTGATGGTGGTCGATGGCAGGGTCACCCTTGATCAGGGTT
GGGCCACCTTCGCTGTCGTTCACCAGGTCAGGATCGTGTACATGCTGACTTTCAAGTTGC
TCACCCCGAATACCATGAAGGTGATCGTCTTCAACGACGACGATGTGGAGGTGGTCACCA
AGTGCAAGAAGCACGACGAGGCCTTTGCCATGGCCTCCTAAATGACCTCTCGTTCCTAGT
TAAGGTGTTGGTTGTTCGTTTAAGACTATGTGTTGCGGCATCGTTTAAGACTATTCATAC
TATGTTAAACTTTTGTGTGTGGTTAAACTTTGATGTGTGCATAAGTTTTTTTGGTTGCTC
TATTTTTGCGCCTCTAGTAACCTCACCACACCGAGTAGTAGGTTACCACACCATTATCGT
GGATGTAACCAAACAATCAGACCTGTGTTTCGCCTCAAACCAGGCCACAACCAAACAACA
TGCCTTCCGTTTCGGCACATGCAGGATAGAGGGGATGCATGCAACCTATTAACATGTAGA
TGTTGCTTTTTTGTGTGCATATGCTCAACGAGTCCCAACTGAGGCAAGTATGCAAAGTGT
TCAAAAAAGATGCAGGTAAAAATGCCCTTTGTGTTTGCGCGTACACAAGCGAGCAACCAA
ATAACATGACTTTCGTGACACGTCATACAACCTAAAATGTATGTAGACAACCGAACTAAA
TGCAGATGTTAGTTTTATGCCTGTTTTACCTCAGTCAGGCCTTATTTACCAGACTATCTA
CGCCTACCAAATACGCCCCAAGCCTTAACCATCGTATTTCCCCCTCTCTACTACACTAGT
ACAATAGTTCACGCCAAGACACTTGCCATATTCCTCTACTATCCTTTGTGAAGTAAACTT
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CGTTAGATTCAGCTGTCCTTTTCTGCAACTAGGATGATGTTGCACTTAAAGGTTTGCAAC
AGAGTTCATGTTACATAACTTTTGCAACAACACATATTGTTGCATTTTTTCCAACAAAAC
TAATGTTGCAGATTTTTTACAAGTATTACTGAAGAAAGTTTTGTAGCATCAGTGATGTTG
CAGAAATCTTTTTTACAACATGGAGGATGTTGCAAGAAAAAAAATCATCATCGATCATTC
GTAGTGAGCTCCCGTTAAACGATGGTGAGGGAGAGCGATCACGATGGTGAGGGAGGAGCA
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CCTCGTCGCCATCCTCCTCTCCGACGAGGTGTGTGCACCACGTGTTGCCAACGGTCGTGG
TGGACGCGTGCGACAACGGTGGCCACTGCACCCGACCCCCAAGCTGCAACCTCGCTGCCA
TCCTCCTCTCCGGCGAGATGGGCGGTTGTTAGTGCCGCCCAAAGCATCGAGTGACCCGCC
TCTCTCGTTCGGTAATATGGGATCTGGATGCGCCGTCACGCTTCGTCTTCGTTAGACCGT
AATAGACTAGTTGTTGCGGTGGTAAAATTGCAACAACGGGTTGGTCGAGAGCTGCGATCC
GTCGAGTGATTAGAAGCGTTTTTTTTCCTTTTCCCTCTACTCTACTACAATAGTACAAAT
TTTCTTTTTGAAAGACAATAGTACAGTACAATAGTTCGCGTCAAAGACGTTGGCCATATT
CCAACTGAACTCGGACAAAACCGGAACATGGTTTCGGAGTGACAAAGTTGTTAAAGTAAA
CCACAAGTGGAAGTGTGGAACACGCACAATCGTGTTCGTGCCCGCTACGGAAGCTGACTC
ATACACACCCGAGATAAGCATAAAACCTCCGGTTGACACTTACTCCCGTCGAAAGGAAAA
GCCCGCATCGTATAGTCATCCAGATTCCGGGCTCCAGCTAAGCCGCCAGACCGCCGCATC
TCCACCGCATCTCCACCGCTTCCCCCTAAACCCACGCCGCCGACCATGGCATCCTCCTCC
GCTAAACCCTACTGCTGCTCCTCCCTAAACCCCGCCCACTCCACCCCCGTCGCCGGGCGC
ACCACCCTCTCCACCCTCCCCGCTGCCAAGCCCCGCCGCTTCTCACATGGCCTCGCCGCC
GTCGCCGCGAACCCTAGGGCCTCCCGCACCGCCGTCCTCCGCTCTGTCCACGCGTGCCTG
GCGGCGCCGCGCCGGCCGGAGTACGTCCCGGACCGAATCGACGACCCCAACTACGTTCGC
ATCTTCGACACCACGCTCCGCGACGGGGAGCAGTCCCCGGGGGCCACCATGACCAGCGCG
GAGAAGCTCGTCGTCGCGCGCCAGCTCGCCCGCCTCGGCGTCGACATCATCGAGGCGGGC
TTCCCGGCGTCCTCGCCAGACGACCTTGATGCCGTGCGATCCATCGCCATCGAGGTGGGG
AACACACCCGTCGGGGAGGATGGCCATGTGCCCGTCATCTGCGGCCTCTCGCGATGCAAC
AAGAGGGACATTGACGCCGCCTGGGAGGCTGTGCGCCATGCCCGGAAGCCGCGCATCCAC
ACCTTCATTGCTACCAGCGAGATCCACATGCAGCACAAGCTGCGGAAGACGCCCGACCAG
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GATACAAATTTGTTTTTTCTGCAGGCCCAGTTTTCTACTAGTTATGACTGTAAAATAACT
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CTCAAAATTAACTAACCTGTCTATAATGATGAATCAAAGAGGCCAAATTTTAGTGAAGCA
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TAAGTTTGGCCATTTCTTGTTAAGCCATACTTATCTAGCTTCTTTTACAACTTTTTATGG
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GACACCGTTGGGTACACTCTCCCTCATGAATTTGGGAAATTAATTGCTGACATAAAAGCA
AATACTCCTGGGATTGAAAATGCAATTATATCTACTCATTGCCAAAACGATCTTGGTCTT
GCAAGTGCCAACACATTAGCGGTAATTCCTGTTTCCTATTTATTTAATTGTTTGTTATCA
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GAGCTCATAATACTATATTTATGTTGTCTGTGGGCATTATTTACAAGTTTTCCTTGTTGG
GTAGTGAAAAGACGTGTGGCCGGGTAAGGCATTACTACTTGTCACATTTCTAATATTTTC
TGACCCCTCTTCAGGTTGTTATGGCAATTAAATGTCGACGAGAACTCTTAGATGGATTAT
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TCTTATTTCTTTGTACTTTTTTCCCAGGCAATTTTAGCTTATACAAATTCTGTAATTGTT
TTAGGTACAAGAGCACAGTGGACTTCATGTACAGCCGCATAAAGCTATTGTTGGTGCCAA
TGCCTTTGCTCATGAAAGTGGAATTCATCAGGTAACCAGATTTGCAGTCTCTTTTATTTG
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CAGCATTTATCTTTGTGTGCTGTCCTTTTGCGGTTACCACGTGCCACTTAACGCTATATG
TTGATTCACAGATGATGGTATTCATATATTTTTTCTGTTTCCATGTTAACTGTTCTAGAA
TGAAATGGCAGAATTCAGTTTTTCCTTTTCTTTTCTTTGCAGGATGGGATGCTTAAATTC
AAAGGAACTTATGAGATAATATCGCCTGATGATATTGGTTTAACACGTGCAAATGAGTTC
GGTATTGTTCTTGGAAAGCTCAGGTACCATGGAGATGTATCTTTGCCCCATAGCCATTCT
GCATAATTCCTATACAATTCCTATACATACATTCAGTATATTTTTCTTCTCTCTCTTGAG
CTTTCTACTAGCATGATGTGGTGTATCACTGTTTGTTCCAAATGCTTAGATAGTTAGATA
TTTAATAGTATGTGGATAATGTGAGTACTACCAAATTCTTTGAGACATGTATGCATTGAC
CGTAAGTACAATGATTGATAATTTAGAAGGGTGCTATGTACACCCTTCTGGGGTCACAAC
CTAAATTATTTACTTGTGTTTTTACTCCATGATTTGCTACATTCTGGAAGCTCAACCTAG
ATCATTTGATATGCAGGAAACCCCTACTGGAATGTTTTATTTATTTGTTTATATGGTACT
CCCTCTGTAAACTAANNTAAGAGTGTTTAGATAACTAAAATAATGATCTAAACGCTCTTA
TATTAGTTTACAGAGGAGTACTATTTATCATCTTTACTCTTCTAGAATAGCATAGGCCAA
TTTCCTGGTTAATTTAATATGGTAATCCTGCTCAAATACATTTAGATATACATAATACAT
TCAATGGTAGTTTAGGTCAAATTTAAGATTCTGAACCTTAATTGCGATTTTTGGTCTTTT
GTTTCAGTGGAAGGCATGCCGTCAGAACTAAACTAGTGGAGGTATTTCTCAATTAATTTG
GTTGTATTTTCTAGTTAATGCAACAGATTTGTCATTTATTTTTTGCTGTTACCAAATTGA
CATCTTTGATGTACAAACGTGTAGCTTGGATATGAAATCAATGACAGGGAATTTGAAGAT
TTCTTTAAACGCTACAAAGAGGTTGCAGAGAAAAAGAAGGTGATAATTTTCTGGAGTACT
CGTTCTATATTCAGTGATATCCATTTTATTCCTCTCTGTCTAAAATGTAAAGCACGACGA
CATCATGTCATTGATTGATAATGGTCCACCTTGTTTTATTTTTTATGAAGCATTTATTAT
GTATGTTTTCATGGAAGCCTTACATTTTTTCTTCTATTATTACTCATTAGGAGCTTGCTT
TTCCAATCCATTGTCTCTCTCTCATATGTACAAAGTTTCCTTTTTTGTAGCGTGTAACTG
ATGAAGACATAGAAGCTTTACTGTCTGATGAGATATTTCAGCCTAAGGTTATTTGGTCCC
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CCGTTACCTACGTTTGTGTGTCATCTCTGCAGGCAACATGTGGAACACTTGGTTTATCTA
CAGCAACTGTCAAATTGATAACTTTAGATGGAGAGGAAAAGATAGGTTGTTCTGTTGGAA
CTGGCCCAGTTGATGCAGCATACAAGGCTGTTGACCAAATAATACAGGTTAGCTGTTGCT
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TCTTGGAACTTAGAGCCATCGTAATGATTTATGATAATGTCAATAGCATCTTCTTCTGTT
TTTGACAACATCGATAGCTGGGAATATATTTTGGTTGGCAGCTTGAGAAAGAGCGAAGTA
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CGCTCCCTCCACCCCTCTTTCTCTCTCCCTTGGTGCGTGCTCACAGTTTGTTTTTTCATC
TTTGCTTTTCTTACTATCTCTTATTTATAGTGTCTTTTTCTCGCTCACAAACGTATCTTT
ATGCCTGTTGATTTCAGTGGGAGTGGTGCAGCCATGGATGTTGTTGTATCCAGTGTCCGA
GCTTACCTGAGCGCCCTGAACAAGATGTCCAGTTTTGTTGGCGCTATAAAAGCCAGCAGC
GCAGCACCTGAAACCCTAAGTGCTCAGACCACAGAATGAGTGTTTACATCACATTTCTTT
TCTGTTATTTCATCCCCGGAGCAATGTGAATTTACATGTTAGTAAAGAGCTGTTTGGTAG
TGTAAGGGACTGGGTTTTCTAGCTGGTGTGCATCTGAAGGATATTTTGTTCTCCTTGGTT
TATTGCAACTTTTGCTTGAGCAATGAGCAAATTTACAACAATGTCTAGTGCATAATTTCT
ACTCCCTCCGTCCCAAAATATAAGACCATTTTTTACACTATGATAGTATTTAACAAAATT
GCTCCCAAAAATTAATAATTATTCATATGTTCGACGTAATACCATTCCTATGTTGGGTGA
ATCAAGTGATTTGCCCCACTCAGGACATAGGATTACCTGAGTACCAAGACATGCTTTGTT
TAAAGGTGCCAATGTGACTGCGGAGTAACCATTCCAGTTCAAAGGAAGTTTGTATCTTCT
TTTACAGGGGAATACCAGCGCGTCATCCGTCCCAGTTGCAGCCTCGCTGCTTGCCTCTGT
TCGGTCGCAGTGTCTATCGTCGTTGCTCGCAGCCATCGGTTGCCTTCTCCTTGCTCTCAG
CATCACTGGTGGTCTTACCAACGCTCGCAGCAGCCACCTGGTCAGCTTGCCGCCGCCACT
AAACCTTGCAGCACTGTCGAGCAGCCTTCTCGACACCGTGACATGGAACTCACAACAGAC
TTCCAGCACTCCAACACGCCGGCATTGCTCGCAATAGCCATTGCAACCACTTTTCACAGG
ACGGCATCTATTTAGTCAAAGGGTTTGCAGCACCGCCGAGTGGACTCGCGACACGACCGT
CGAGGCCTGCAACAACGACGAGCTCAAACACATGGTTCCCGACCAAAGCATGCGCTAGCC
CTAGCAGTGTCACTGACAACACGCAGGCGCAGCACGTAGCACCATCGAGCAGGGCTCACA
ATATGTGTGATAGGGCATGCCTGTAAGGTTCTAAGATACGTGCACAATTCTACATGTTGT
CTATCTAGGAGAAATAAGTTAAAAGGCTTCAGATCTCAGAAACCCAGGCCTTTAATGTAC
TTTGGCCTAGTCATCACTTTCCATGCCTTGGTGAACAATTCAGACAAAAGAAAATGTAAA
AAAGGCTACCGAACCGGACCCCTCATTATCCCTGCACGTCCAGTTGTCTGTCATCCTTCA
AATCTAGCCCATATGTGGAAAGGATATAAGGATATTTGGGCTGCTCATCACATGGATCTC
ATCTTAGATCATTTGTTTCTTTTTTTCTCCCTCTCTTTTCATCCCATCAATCATATGTAT
ATGACCGGACAATTTGACGGGCCACAACTCACAAATGATGGTTTGAAATGGACAATCTCG
AACAATGTCTAGACACATCCTTAAGGCCAATCCTATTTGCTGCAGTTGTAGAGAGCCTCC
AGTTGGGACGACCCACGTACATATTTGCATGATGTTTTCGTTCGTTGTTTCTTGCCATTT
TTTATTTTTTTCTTCTGCGGTTTCTTTCTTCTGTTTTTGTCATTTTTTTGTTCAATTTTC
AATGGTTTTCTTTTGACTTTTCAGTTTTTCAGTTTTGGTTCCTTTTTTCCTTTTAGTTAT
TTCATGAATTTTCCCATTCCCATCTCCTTTTATCTCTCTTTTCTGTGTATTACCTAAAAA
GTTCATCGCGTATTACGAAAATGATCATCGTTTATTATGAAAGTATTCACCGAATATTAT
GAGATTTTTCATCGTGTACAAAAATGTTCATCATATATGAAGAAATTGTTCAACGTATAC
TACAAAATATTCATCATTTTTTATCATATATTAAGAAATTGTTCAAGATATACTACAAAT
GTTCATTCTATATTTGGAAAAAAATCAGCATTTTTTACTAACAAGTTTGTAGTATTTTTT
TTAATGTATATGACAGAAATGTTCAATGTGTATTTAAAAATTGTCTAGTGTATATATTCG
TATTTTCAAAAACAAATATCAAACTAAAACCCAAGAAAAAAAGGGAATGCTACAATGAAC
CACTATGCATTATCATTTTGCTACAGTACAAACAATCTACAGTGTCTCTTTGTCATCGTT
TTCAAAGTTGAACTGCAAATGTGCGTCCTATAGCGACTCTCTAGTTGAATCGCCAATGTG
CGAAGCCACAACTTCTTAACGCGGCGTCCTAGCTTACAGTTTAAAGCGATTTTTATCCGC
TGAAGCATGAAGTTTTTTGCTAGGGCAAGAGATTGACGACAAGCCAGAGCTTCACGGGTA
GCCGACTCAACCATCCTAGGAAGGACCAAAGAAGAAGAACAAAGATAAATGTTGAGTATA
TTGATTATTAGGAAATATGGGATAGATTAGGATTTGTCCTACCTTGTATTTCAAGTTGAT
CAGTGTACTCCTATATATATGCCCATGAG