Map Locations of contig_5686 (12217 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_5686

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_69714 11 2916 bp AK365737 Available Available None





CDS Structure of MLOC_69714






Contig Sequence (12217 bp)

>contig_5686 12217 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGTCTAGCAAGATCGAACTTCTGTGTGATGCGTGAGTCCACGTTGCTGGTGTTCGTAATT
TGACAATATGGCCAGGTTGATTTGACAGAGGGGAGGTACCTGCTCTCGGGGGCGTCGGAT
GGCTCCGCCGCCGTCTTCGATCTGAAGGACGCGACGGAGTACGAGGCCGGCTTCATAGCC
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TGAGTTTCACATTTTGCCCCGTTGAGGTGTTGATTCAGATGTTCTGGTCATTCTTGCCAT
GGTTTTCTTTTCCTAGGTGGTCATGGATTTCAAGATGCCCGGCAAAGTGTACAGTGCTGC
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GATTCAGGCTGCAATACTTTGGTCAATTTTGAAGCCATGCGATTGCAAACTAGCAAGCCA
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AAGGTATGCGGTTGCTTTTCCAGCTTTATGGCTTCATTCTGCATTTTGAAATTCATGTCT
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TGGGCATTATGACCATGTAAATTGCTGCTACTATAACTCACAAGACCAAGTAAGTTTCTC
CTCTATTGTCCTCTGTTAAGCTTTAGTGTTTTAATAGCGTGTATTCCATTCCTAAATATT
CAAGAATGCAGGAACTTTATACTGGTAGCAATGATCGACAAATTCTCGTGTGGTCTCCAT
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TTTTGAATTTTTCTAGTGAGTTAATATCCTCCCAATGGGAGTTTGAAAAGGAATTTAGTA
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TTTTGTGGGAGAGAACTTGAGTTGATCATGTGTATATACGAGGTTACTAACAATATTGAC
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TTGTGTTTGGTTACTACTGAAAGAATGTTGTACATTAGGATTTTTTTTTTTTTTGAAGAT
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GGGTTCTCCTATTAGGTTTACATGAAGCATATCATGAAACTTTGATCAAGAGCAATGGCT
CATGATTTCCATTATTGGCCTGTTACATATTGGTGCGACATTGTTCAGTTTGTCAATGTT
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AGTTCCTAAGATACACAGCTCTGTTATGTAAGTATAATTGTGCATAACTGAACGTCCGCA
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CAGCTTATTGTGTAGGTGGATATACACGGATGACCCTGGTCTGCGGCAAACATGCAACAA
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GATGCCTGCGGCGCCTCCATAGCATAACCATTTCTCGCTACCTTTGTTCATATTCCATCT
CAGTCGATGCAGCGCTACAGCTTTGGGAGGGAAGAGCTCAAAGTCTTTAGTGTCTTCATC
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ATGTTCTACAGGGTAGTTCAGCAGGTATGTCAGACAGTAAGGCAATGATACAAGTTGCAG
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AAGTAAGCTACACATGCAATATTTGTTTACCACACATGAGATTCTGTATGACAAGCAGAA
GTAGAAAATGGCCATGGTTATGGAGTACAGGCTAGCAAGTTTACCTGGAAGCGCACAGCA
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CAATTATAAGAGTCCACCAATATATGCTTAAGGTTGATATATTTTACAAGAAGCTACTCC
CTCTCCCTTGCTTCTATATAGAGATTCATTTATATATCTTTAATATCAAGTGTCCAAAAT
GTACGAAAAATATATATTAAAATAATAGGTACCACAAAAAAGGTGATCCAGTGTCCAAAA
CAGAATACTAGGTATTAATATTACTAAACTAATAAGCTATTCAACTATTACTATATGTCG
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ATTAACTTGTAATGTAACTGCATACTACTTAGGCCGGATATTGATTATGGTTAGGCACGT
TCTGGAAATGTACCGGTAATTTCTGAGACATGGACATTCCATATCAGATATTCTGACAAC
TGATAAGTAGAAACACCCTGAGTTTTAGTCCCAGCAAATGGCCTTCCGGTGACTGAAACA
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TAAGCTATACAAACTAAATACAAATTGAAACATAAAGGACACAGAAGCATTAAAAGAACT
AATTAGTTTTTACTAGCTACACATCTACCTTAGCAAGTTAGCATGCTGAGTTGCTGACAT
ATCACACAGATCAGATGAGCCATGTATTGTATAACACCATAATAAATCCTTTTTCCATTT
TTCTTGAAACTTGGTTTGTGTTTCAACTTTAATGAATATAAGGATATGTATGCATCAGAA
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ATTTATTTACTTCAGAAGGAACATGATTCAAATGGAATGAGATTTATTTGCTACAAATGG
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TTCAGTATTCAAACATTGCAGCTCATTCAAAAAAATCATAGCTAGAAAAGGCTGTGAATC
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CATAAAACTAGACAACGGCCATGGGCTGTGGCAACTAAATGGCGATGTTTTTCATTGAAA
GTTGCGCTGTATTTGTTCATGTGAGGATAACAGATTCTGCAGGTTAAACACACCTTCGTT
TATTGACCCCAAATGTTATCGTTGCAAAACAGCACAAAAAAGATGCATGGTTCTCAAATT
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GACATGTCATCTGAATGGCGCAAGTGACAGAAATCCTGTGAAAAGGGAGGTAGCAGACGA
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AAATCCAACCACAAAACTTTCAGCACAGCGCCTACTAACCAAACAGTACAGTGATCAGAT
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CCAGTATCATATCATGAGAAGAAGGCGACCAATCAACTGTCAAGGGAATGCTGTTTCCCA
TTATAAAGAGGCAATGATTTCAAAATGAAACTTCATGCTGACGAATTTAACAGAAAAATT
AAATTTGCCATTTAGTTTTAATAGAAAAATGATGAAAATAGAAGTTGGAATACCTCTGTA
TGTTTCCGCACTTCACTTTAGCACATCTAAATACAGGTTGCAGCTTTAGAAAGCGAGGAT
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CCCATCTGTGCACAATAATGAATAAGTGCATAATAAGTGGTGATATTCAAAAAGTGATGG
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CCCAACAGTACTGCAAGAAAACCCAAATGTGATTTCTGTTCTGACTGATTTGGTAAAGGA
GGCTTCCATTTGATGTCCCAAGCAACTTTGCCGTTATGAGCTAAACACAAAACGACCCTT
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TCCATGACTTCATGGTTACCAAGTGCACTCTTACATCCAACCAAACCTGCCTCATTAGCC
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GAGCAGGTCTCATTTGAAGCAGGTTTCTTTGTAGGTCCTCGTACACGCCTTCTGGTGTAG
ACAAGTAATTCTTTCTTGCAATTTTGGACTGAGGCCACATTATCACTTGTCTGGGGAGTT
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GGTGGTGATGCAGCACTCATATTGACATTGCACATTCCTATATGACACCTCATCAACGAA
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GACTCCTCGCCATTTGATTTAGCTGCAATGTGCATGGGCAGCAAGGAATCTTCTAAAGTG
GGGCTTGTGTGCACATTGCCATCAATTGAACAAAGCTCACTTGTCAAGTTGGAGTGTCCA
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GGTCGACCCCTACCTCTTTTTGGAGCTGAGTCCACAGACTTCACAGATGGTATAGCACAA
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TTTCGAGGAACTGATGAACTCTCAATTGAATTGTGCTCATTCGGTATTTTTCTAGGCCTT
CCTCTACGATTGCTATTACTGTATGCAAGCGTTGACTGATTAGTACGTGCCTCTTCAAAG
GGTGCTACGATACACCAAACTTGAATGATGCCTCTGCCAATCAGTGGCATACCAATTTTA
TGGTAAGAAGAACCAGGAGGATGAGCAGCAACAGCAAGATACTGCAAAAGATAAAAGAAC
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TTAGAAGTACAACGAATCACTATGCCATTGAAATGTGGGCTTCTGACCACATGCGAAGCA
AATAGATGATGGCATTTTTCTCATTGCTAAATTTGGCGGTGAACAACATAAGCTTTTTCG
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ACCTCACAATTTACAGGAGAAGAAGGCTTGTCGCACAACCTTGGGCACCAGTCCAGCGAC
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ACAGTTCAATCAGCATGGTTCTCCAGAGTCATATTGATAATGTAGAAGAGAAAACTGAAA
GAGTGTAGAAATAAGAAGGTCAAAATTAGCAGTGTGTCCACATATCATTATTTTATGACA
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CCAAAGAACAAAATGGTATTCATATATTGGTCAATGAAATTACTTCCTTAGCACTAATTA
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CCATGTTACATGTGAAACAGCAAGAAAATTGTTATACTTTGGTGGAAAATTCTTCACCAA
CAAGATGAGAATAGGTACTGGTCTGCTTACCAGTCCCTGTGCAGCAACCTTTGAATTGTG
AGCAGATAAACAAAAATATTACATAAAAAGGGCTATATGAAAATCTCGGGGCATAACTTC
AATACTCCAAATAACCAGAACTGAGGGACTTAAATCATAATGTATCTCTCCACAACAAAC
TTAGGGAGAATCATGTAACAAAATAAGAAGATTATAGTAGCTGGAAAAGTCTAGCTTCTA
GAAAGAATACCTGTATGTATTATTATCCCTCCCATCTTCCAAGTGAGTGACCTGCATTGA
TTTGCACTTATGTGATCCAAGAAATCAGCAGAAAGCTTCCCTCCAATGTTATAACAGGAA
TTTTAGAATCAGGAATTAGGACCGTAGTTTTACTAACCTGAGGAACAGATGCAGACGAGA
ATTGTGGTAAGGTAATCTCATGTGTGTTATCTCTGGATGAAGTTGATCCAGTGCCGTGAG
TAAAACTTACACCTTTTGGCTCATAATTAAAATGCCTCCATTCTCTGGAAGATAACAATT
GATTAAATGTCCAGCAGAATGGGTTCTGAGTAATCCGAAAACACTAAACTACGAAAACAG
GAAGGACAGAGTAAGCTAGTAAAAACGAAACAAGAAGACATCTTGTGCTCTCCAATTAGG
TATACTGCCAATGTAACAACTGCAACTTTTCACAATGTGCTAATCTTATGGACAAACAGA
GCCATCTCCGATGAGCATGTGCTACTACTAAGCAGAAAAGGCTCAAATTAATTCCATACC
AAGTCAATAAAAGTGGCCTTACTTGCCAATAAATCTGATCTTTTTAATCTAAAATGAAAG
GAACTAGAACTGTAGATCAAGAAAAGGCCAAAAAATCCCAGTGTACAGGCGCCCAGCCAT
TGAATTTAAAAGATCCTATCATCAACAATCAGTCAAACAAAAAACTTGAACTTACTAAAT
TTTAGCTACCACGGCACCATATTCTCACAACAGGTCTCATGGTATCACTTTAATCAGGCA
AAAACCAGCTGATAACAACACAATCACACGCAGTGGCTGTATCAAATGAATCCTTGTGAA
CACCAACCGCAAGAAATAAATGCTACCATAACAAGAACATGACGACTAGAATTTATCGTT
TTGAATTGTGATGGTGCCATAAACTCCAAATTTCACAAACTACAACAAAACTCTCCCGCA
CACACGACGAATCAATCAACAGAACTAAAGAAGCCCCACGTTCCAAGCTCCACCGTACTC
GCACAACCACATCTCCGTCACGCGCCACGTGTAAAAAGTTCAACCGATGAAGCAGATGTT
AATTACTGTCGCCGCTGTACGGTTTGCAAGCCCGAAACTGAAAGCTGCCAGATTCTATCG
CGGTGTTTGGGGAGCAAGGAGGGCGTGTCTTCACCTGAGGAACGTTATCGAGGAGGCGAG
CCGTTCCGCCTCGGCGTCGGGGAAGCCGGGCTCGGGCTCGCCGGCGGCGAGCTCCGAGAT
GGCGCGTACCGCTCTGGAGAAGTCCTCTGCAGATTGCTCGAAGCAGCAGACCTCGACGCC
CGCGTTTCCCTTGTCCTCCCCTTCCGGCGGGGACGGCGCGCCCGTCGTCTCCGGCGGCGC
GGCCATCACCGGCGGGGGGGGCAGCGACGAAAAGCAAGGGGGGGTCTAGGGCTTAGAGCC
GCGGGAAGAGAGGGCAGGGGTGGGGGGAGAGGGCGTA