Map Locations of contig_5646 (6541 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_5646

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_69463 2 1042 bp AK373333 Available Available None





CDS Structure of MLOC_69463






Contig Sequence (6541 bp)

>contig_5646 6541 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGCCGACGCCCTGCCCGGGGCCGTCGTCCCGGGCCGGGATCGCCGGCGCGGTCTCCTTCT
CCCTGACGTTCGCCACGGTGGCGGTGGCCGAGGTGCAGGCCAAGGAGCGGCTGCCCTCGG
ATCTGCTGCCCCGGAACGTCGTGCTCTACCAGTACCAGGCCTGCCCCTTCTGCAACAAGG
TCAGAGGTGAGGTTGCTCCCCAATTGCTCCCTCGGATCCATATTGATTGACGCTGCCTTA
GTGCTAGCATTTTTTCGATTCGCGCCTCGGCTCTTTAGAAAATGGCGAGATCCCGTTGCG
CTGACAGATTCGATCAGAGTTGGCATGGCTTTAAAATCTAGAGTACGATTTTGTAGTGTA
TTAGGGTAGATTTGTATGTTGGTTAGAAGAATTTGTTCTCATCGGATCGAATTGGACTGT
AATCGGAGCTTGTCAACATATTATTTCTGCTCCTGCTAGAGACTAAAGGGCTGTTGGGGA
AATCTATGGCTAAGCACCTATAGAGTTATTCATCTCTGCTTGTATGGCTTTATAATTGGC
AAATGTAGAATGCTTTCTGACCTGGTGGTCCCATCTGGTGCCATTTCTGCGTGTATTGGC
ATGGTTCAAGATCAATAAGTATTGTGTTATTCTTGTTTGAAATCATCAATTGTGCTTGTT
TGAGACCATTAGTTGTGCTTGTCTGCAATCATACTGTATTCATCCAAGCAATGCAAACAT
TATGCTTGAAAAATATTTCTACTACACTCAAGAGCCGCAAAAAGATATGAAGCTATGTTG
ATTCATCATCATAACTAAAACATAGTTTTTTTGGGGAAAGCAGTAGACATTCCTATCTTT
TGGGATGTTTGTATATGTACAAGAAGAGGGTACATAAAGCTAATTTAGACAGAGATATAT
GCATTATCTATGCATTACTAAGGATTATTGTAATTGTAAATCTTCAGTTTTTTGTTTGTA
TGTTAGTGATAGGGTCTTATCCCTGTATTTATTAGCTGGAGACTAGATTGGAATGTCAGG
AGGACAACCTTTTATAAGCACGTGCATTTTAACCCTTTCTCGTTATACACAGACCATCTT
TTCTCCTTCCCCTGTGGTGGGCCTGCCAACCTCAGCTACAGCACTCCCATATGGTATTTT
TATGTGTTAGGCCAAGGCCCAGGCTGCAGCCCTATTTATGTGGCAGCTTGGTGCATATGT
TGTCCGGTAGGATTTGGCTTTCTGTTGTAAAGAGTATCAGTAGAGTTAGGTAAAGAGTCC
TAGTTCAGTTCAGAAATTGAGTCTGGTATTCTTGTATGGAAAGTACCACTATAAAGATCT
GATGCGAAAGCTATTGATATTAAGCAAGAAAATGTCCCCTGCTATTGAGAAAGCATTTTT
GAAATGGTTCCACGTATTGGGCTGAGGCAGCTTGTTTTATACTTTCGAGATTTTTATGCT
GGTATGGATTGGTTAGAGAAACTTGCAAATCATCTAAGTTCAGTTAAATATAATTGGATA
ACTAAGTTTTGAAACTGGATGCACTAATTTCGTTATTGCATTTTTATAATGGTCAGGATT
TTTGTTTTGACATTTCAAAGGAGTACTGGTGATTCAGAATTTCAAAATATTTGAAGTTGA
TTGCTAGAGACTTGTAGGTTGTTCTGACATATTACTGCCTGTGTTCTGCACAATCACCTT
GAGTCTTAACTGTTTTCTATTGGCTTTGTTTAGCTTTCCTAGACTATCATGATATACCCT
ACAAAGTTGTGGAAGTTAATCCACTGAGCAAAAAGGAAATCAAGTGGTCTGAGTACAAGA
AGGTCCCAATATTGACGGTAGATGGTGAACATCTGGTTGATTCTACAGGTTACGCTTGTT
ACCTACAAGTTTCTTTTGCAATTCATGTCCTTCACTTTGTTGCAGCTTCAAGTACTCTTG
TGTTAACATTTATTTATTTCTTGTTGGCAGACATAATCAATATATTACAGCACAGGATCA
GCCCTGATGATGAAGTCACTAATGAAGAGGAAACAAAATGGCGCAAGTATGTGATTTTTT
AATTGATTGGTGTGCAACTATGCGTTAGATGTTAATGTTGTCTTTGGTGCTCCCTTTCTT
TAGCATTATATGTTTTAGAGGTTCAGTTGCATATTTCTTTCCATTACAAATACTTAGTAC
ACACCCATTTTACTTATTGGCAGTGTTTTACTTAGCAAGTTAATTGACGATACCAAGAGC
TTTCCCATGCCAAGGTGTCTGGAAGACCATACTCAACAGATCGAAATTCTTTTATTTTCA
TTTTGCAGTATTAAGTCCTTATAAAGAAGAAAATAGCTACGTGCATCATGTTGCCGGCTG
CTGGCATAAAGTCCAATCTCATCCATGAATTATTTAATGCCGACCCCAACCTATCATATC
CCAAACCACTGGCATAAGGCCCAATCTAACCCATGACTCATCATACAATTCACATTCCCA
AACCAACCTTAACTCCCAGGAATCTAGCCATAGTTGCTCCATTCTCTCTGCCCTCGTGGA
GGGACTCGTACACCTTCTTAGCTCTGGCACATCTATGCCCCAGCATAGTTGCGTCCATTC
ATTTCCTTGGCCCTGGTGCTCCTCCACATATAGGCCTTTGTGTTTGTGCTGCTGATATAC
TCCCTGAGCTGATGTTCTGCTACTGTTTTACTGATTGCGAAAGCAGCTGAACTGCTATTT
TGATGTTGTGAATTAGTTGCTTAACCGAAAACAGATGACAAGACCTATATAAATTGGTTC
TGCATACACGGATGACAGGACCTATATAAATGGGTTACAGGACCTATATAAACCCCCCGC
AAAAAATGGACCTATATAAATTGCTTATTAGGTTTGGTGTCTCCTTTTTTTTGGTTTGTT
GCTATTTCTATGGGCTTTACTAAATAAACCAGATGCCCATCCCTACTGCATTTTATCCAT
GGCCTGAAAACTACACAAGATAAACTTTAGTGATCACTACTTTTAGGCTTTTAGCAGATG
TAGCTTTGGCCAACTTTGTGCTTTTCCCTTGAGTTGACGAGTACTCAATCCTTTTATACA
AACCAATAATAGCATGTGTAAGTTTTATTCATTGATTTAGTAAACAATAATAAGTTTATA
CTCCTGAAATTTCCGATACCATTTATGTTCTTTGAAAATATATGCAAGTAACTTCTTCTG
AACACTGCTCACAGGGTCACACCCATGTTCCAAAGCCAGTTAGGACCAGTATGGCCAGTT
CAGCTGGCATTAGGCCATAGTTCATTACTTCTGGATGGAATTAGGATTGTATTGAGGATT
GACATACTTGCAACATACTCTTATCTACTAGAGCATGACAAGTTTCCTGCATCTTTCTTT
GATCTAGGTGGGTTGATGAGCACCTTGTGCATGTATTGTCACCAAATATATACCGGACGA
CTTCAGAGGCTCTAGAATCTTTTGACTACATTGCAAAACATGGTAAAATTCTGGAACTTT
TATCTTCCTTTTGCTGCCAATAAATTTACTATCCTTCAGAATTGTAATAGCAAATACCCT
TTGTGAACTTGTGCTCATTGTTTATTGAAGTTTCCATAGAGAACGTTGTAAAGTATCATG
CAAGTTTGTTGGTATTTGGGTGATATTTGATTGCAAATAACTAAACAAGCACCCAGGATG
TTCTAAAAATGTTTATGTGATTGTATAAATTGGAGGTTATCTGCTTCTAATCCTATTACA
GTTCCGTTTGCTATTTCTTAACAGTCCTATGAATTTCCAGTCATATGAAATATTGTGAGT
ATTGCATGAGTTCTTTTGGTTGCTTTTGTTACGTATAAACCTTTACGCCCCAGCCTCATG
TGGGGGCAAAGTTTGCCGATCCATTTGATGGGTTTTATTATTGTTCAATTACAATAAGTG
GATTTTGTTGTTTGCACTGCAATGCTTGTAAAATGTGATTTTGTGAACCAGACTGGAAGG
TAATTGCACAATACATGAGACAAATATTATTATTCTGTGAAGCCCACAAAACATAACTAA
ACAGGCTAGTCAGTTTCCATACACCGATTTCTCCCGTGATGAATCCTAAATGCAGGACAG
GTTGGTGACATGATTAGAAACAAACGGAAAATGGGTGAAGATGTGGTGGTCTGTGTTCTT
CTGTTTGACAGTTGGAACATTAACTGTTGAAAACTTAAAAGTACTCATGTTCTTGATTTC
CTCACTATTGTTCCTTTCTCGACCCAAACTGTGATGCAGGTAACTTTAGTTACACCGAGC
GGTTTGCTGTGAAGTATGCTGGTGCTGCAGCAATGTACTTCGTGGCTAAGAAGCTTAAGA
AGAAATACAACATTACTGATGAGCGTGCCTCATTGTATGATGCGGCCAACACGTGGACGG
AAGCCCTGAATGGAAGAAATTTTCTCGGTATCTTATTTATCCTTAGGCCAAAAGAAACAT
ATTGGGAGCTACAGGAAAATTAGAATACAGCGAGTTTATTATATTCCTTAGCATTAATTT
GGTTTTCACTTTCTTTGTCATCCAGGTGGCTCCAAGCCTAACTTGGCAGATCTGGCAGCA
TTTGGTGTTCTGAGACCTATCAGATACCTGCAGTCTGGAAAAGACATGGTTGAGCATACC
CAAATCGGCGAGTGGTACCAGCGGATGGAAGATGCGGTCGGAGAACCATCGAGAATCCCG
GAGGGCCAGTACCAGGAGTAGAGAAAAAATATCGCCACTATTAGGTTTTTGTTTGCTCGT
TCAGGTCCTCATTTCGAATGGATGAAATCGATTGGAATGCCTGTCTTTCATAGACAGTAG
AGCTATTGAAATTTTGCCAAGGTTTTAGTAGTATGCAATAATGCTGCCACATATATGAAG
TTAAATACACGGTTTGACATGAAAACATACTTTGATTGATTTTGGAGTAGGAGACATGAG
AATTCCTGCTTCTATCTATCTTTAGCCCAGTGCCTAGTTTGACAAATGTTTGAAATGAGA
CCTATCCCCTCCGTTCCTATATATAAGTCTTTTTAAAGATTTTACTAGGAGACTATATAT
GTAACAAAATGTATGAATTTATGTATATATATATCCGTATATAGTTCCTTAATGGGATCC
CTAAAAAGACTTGTGTTTAGGAATGGATGGAGTAGAAGGTTAGTGATAGTGATGAGCAAG
TACGGGTGCGTTTGGTCATTTGCATGAGTTACACATATCAACTTAGCCTATAAGACAACT
AAATAAAACGGTGGGGAAAAGTCACGGACGCGTTTGGCTCATTGGAGACTGGTTAAGCAA
ATGCATCCTCTAAATCAATATCTGCGTATCTCTCTTGCATTAGGGGATCAATTTTGGCAT
AGCGTTCGGTTGTCTGCATTGGCTGGGCTCACTCATCTACACGGTGTTTGGTTGTATACG
TGAGATATGATTAAGAGCTAACACTTACACTTAGCACACATATTGTGTCTCACGACTGTG
GTGGGCGGTAACCGCAACGCCGCGTCTGACACGATGAGCATAGTCTTGGGTGAGTGTTCT
TACCGACGCCGCGACGAACTAGTTGCTAGCGTCGTCCACACAGAGAAAGCCCATGCGGAG
GAGCGCTGAGGCAGAGGATGGGGGGCAGAAATGCAATGCGTGTCGGACCATGGCGAATGC
GGTGGACGGTGACGGCGCCACGTCCGACACGATGATCAAGGAGTCTCGTGCGAGCGTTCT
TGCCAACGCCGCGACAAACTAGTTGCTAGCGTTGTCGCCGCAAAGAAAGCTCGTGCGGAG
GAGCGCCGAGGCAGAGGACGGGGGAGCAAAAATGCAATGCGTGTCAGACCATGGCAACTA
AGGTGGAAGGTGGTCGTGGTGCCATCTCCAACACGACGAGCACAGTGTCATGCGCAAACG
ACCTCGTCGGCGACGCGGCGAACTAGTTGCTAGCTTCGCCGTCGCAGAAATAGCCTGCAC
GAAGACAGTGGACAGAGGAGGAAAAATGTAGTGCTCGCGCCATGGTAATGTCAATGTAGC
GGGACGAGAGAAAGGAGGCCAAGATAAATGACGCCAAAGACGATTCCAGTGTAATAACAT
GATGCGGTCAAGAGAAATGACGTGAGCTTCGAAATGAACGAATATGTGTTGTGAGACAGA
GGAGAAACAGAGGAGAAGAAATACAATATACACGTAATTGTGATGTTAGTGCACTAGAAT
TGTCGAAACAAAAAACTTGCAACATGAATGTCATGTGAAACTGCATGATGAAGGTGACGG
TCAAAGAAAATCTCAAACCAATAATCCTAGAGGTACAAAGCTTTACGGGGTTGTTACGGA
CAAGACAACTTGTGATTCGTCAATAATCTCTCGCCCTCCTATTTTCAGACGGGGAGGCAT
CCCGAACTAATAGCATGTCTCCAAATCACCACCTCCGTAATCTTCTGTAAAAAGTGCCCG
TATATGTAGGGTTACTGATCTCAAACGGTCGACCATATGCGACGAATTTGATAAATTCAT
CCAAAAATAGCTTCAAACGTGAATATAAAATTAAGCATTTACGGTCAACGAAACTACAAA
C