Contig Data
morexGenes
Links



Map Locations of contig_55729 (4632 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_55729

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_68996 1 720 bp MLOC_68996.1 Available Available LOC_Os05g19570.1, FRAME:-2, EVALUE:3e-60, 13105.m02070 protein expansin precursor, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_68996






Contig Sequence (4632 bp)

>contig_55729 4632 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TACGAAGTTATTACGCAATACAATTATAGCATGGATAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGG
AATTATAATAATAACTGTACATTTATTATTGCCTCTAGGGCATAATTCCAACAACAATGT
TTCTATCGGAATGCAAAAAAGCCTTAACCATGGCAAGAAAGCTTCATCCGGAGTGAAAAA
AAGCTTGAACCGCCGTCGAGAAAAGTTTCAACCGCTGTGAAAAAATGTTTCGATTGGAAT
GGGAAAGAGCATCAACCATGGTGGAAAAGCTTCATCCGGCGTGAAAAAAAGCTTCAACCG
CTATGAAAAAAGCTTCCACGGTGAAACTTCTGAAAAACGAGTGTTGGCTAGAGCTATGAG
GTGATGGCGAAAACTATAAACGAGCGTTGAGGAGAGCTACAGGCGGCTATGGAAAAAAGC
TTCAACCGGTTGCAGCTTCGACATGGCCGGGTCCGACGTGGCAGGTAGAGCTCCGGTGGC
GTGGATCCGAGCAGATCTGGCCGGCGACGAGGGGAGCTTGCAGTGGTATGTGAGCAGTAG
GGAGGAGAGAGAAATCATGGCTATGGAGTCCCGACTGGAGGTCGAATAAAAGAAAAGAAA
GGAAAGGCCAGCGAAAGGATAAGGATATGAGAGGGGATATTTGTGCGAAGGCCCACCAGT
ACACACGTGTGACACGCAAGCATAGTTTTCGTAAGCGTTGGGACCAGCGCGGCGCGCGAG
CCCGCCGAACGTTTCGGCTGACGTCGCAACCCCAAACGTTTACCTTTCTAATTTGCAATT
ATTCAAATTTTATCACCATACATAATATTACACGTTGGCACTGTTGTGCACTGGTAGAAG
GGAGAAACACACTCAGTACTAAAAAGTCATCTATTCGCTCGTTCCTAAATATAATTTTTT
TATTTTACATTATATATGAAGCAAAATAAATGAATCTACACTCCAAAGTATGCCTAGATA
CACTCTTATATAGCCTGTAATGAAATCTTTAAAAAATACATATAGAACAGCCCACTTTCA
GGTATGGACTATTTGTCTTACAATCAATTTGTTTATTAAATTTGCAATCATTCAAATATT
ATCACCATACACAATATTACATGCTGGCACCATTGTGCACTAGTAGAAGTGAAAAGGCAC
TTAGTAGTAAAATGTCATCATCGATCTGCAAAAAAAGAGTAAAATGTCATCTATCTATAT
ATAAATATACTATGCTCCGCAATTTTAAGGTCCACAATCAATTGAGGTTTCGATTTACAA
TTGGGTCCGGATCAATAATTTCTCAAGATACTCCGTATTAAAGTATTTTAATTTATTATC
CTCCCTAGTTTTGAATCTGTCGTATTCGTTTGAGGTATTTAATTTTAGATTTGGTTCGTC
ATTTTCACAGGGTCAATGGTTTTTCAAATCAGAAATCGGCCTATAAAAATATATCAACCT
CGCACACCTTCTCAACATCTAGAAAAAAGTACCAACATGTGATATTGTAGCATCTATATA
GTATATGCGGATATTGATGCAGAATTTTTTCACACATACGAACAGATTGATTAACAGATA
ACATCGAATCACACTGTTGAAGGCCCACCATACCATCACATTTATATAAATAAAAAGAAA
ACACACTCCATCTTCTCCCCCACTTACCAAACCAAATACTCTATGGTTCCAAAGTATAAG
GTGTATTAGCTATAATAAGGTCAAATTTCTTTAACTTTTCCCAAGATCAGAGCCAAAAAT
ATCGACATCCACAACAATAAATAAATAAAATATAAAAACTCATTTCATGGTTAATACAAT
GATACCGATTTGATATTATGTATATTGACATATCTCTCTACAAATTTGGTCAAACTTAAA
GATGTTTGACTTATAAGAAAACTAATACAACTTATATTTTGAAACAAATGGAGTAGAAAA
ATGATGAAAGTGCAGCAACACGAATGGCACAACAAAGCGCGCCAACCCTTCAAGTTTTAC
ATGATTTCAAATCAAAAATTGCAGTGCTTTCTTGATATGCGCATGTCGTCCTAACGCAGG
GGCCATACTCTCTGTTGCGTTCTAATTTTATCGTATGTCCCCAAAGGGACAAAAACATTA
TAATGTTGTTTACCCTTATTTACATATTTGAAAACATGTACGGTAAGTGTAATGCAATAA
AAATTCAATTATCCTCAATAAATAAATAATACTATTACCCAACATAAATAAAGACAAGAC
TTACATACCAAAGTAGAAGTCCATTAGCTAACCTACAAACATAGAAAAAGTGAAAGGTAA
ACAACTAGTAGTAAAGATCCATTATAATTACAAAACCAAATTAAATTGTGCCTTACCATA
ATTTACATGATACATATCTTGTAAAACCACTGTAATGAATATATAGCCCTTTTTGCACAA
CAAATGTAACTTATTAAGATAATTGCAAATACAAATGCTTGAGGAATAAACACAACCACG
ATGGATGTTTGAGTTTGGTGGCGTTTGATTTTGGAGGGGGGGGGGGGATTGAGCTGATTG
ATGAGGCAGACTGTGTGAACAAAACCACCAGAATTACGACAAGGAACGAAAAATATCTGA
ATTTGACAATTGGTGGACTAAGTTTGTCTTATATTAGAGATGATTAACCATATGTAAACT
ATCAATAAAGTTAAGCGATAACAACGTATATGGAGGTGGCGTCCTAAGGATTGCAGTGCG
CTTAGTGAAACATAACATTTCGTTCAATATAACGTAAGTTACATGTGGCGAATTTACCAA
ATGAAGCTTTGCAAGTAGAGTTGCGTATGTGTATGCCTATATGTGTCTAAACTATACATG
GCGTTTTCTAAGGAAAATAATATTAAATCTTAATTATCCTGAAATTGACTCCTAATGCAG
CATTCATGATAAGCCATATCACTTTAAAAAATAGTTAGATTATATTAAACAGCAAGCAAG
ACCACTAGAACTTGGCAGAAGGTGCCTATGAGCAATCATGTCGTTTGGTTAAAAAACATA
TCCCTTGATCAAAGGGTGTCTCTCCACGAAAAGAAGAAATAATACATCTACACATCTTTA
AAACGGGCGTCTCTTCTTAAAAAACCAGAGGAAGAAAATGAAAATAAGCATAATAATTGT
TAGGCTGCCACTAGCGCTCAAAATCTTGAACAACATTACAAAAGGTGTTTCCCATTAGGC
GCCTTCAATATCCGTTAACGTGCGTTTTGCTAACTAGCGCTAAAGGCGCTCTTACCTGGG
CCAGCCAATCTATGCCTCTAAGCATGTAAAGGGAGAGACATTTTCCTGGTTTTGAGAACC
TAAGCTTTCCAACTGTTTTTTTAAAATTTTGGTTTTTTCCTATACCTATATTTTTTAGTT
TTTTCTTCTTCTATTTTTTTGAAACTTTTATTCTCTATTCTTTATTTTCTTTTCAAAATA
CTTATTTTTTTAGAAAAAAATGATAAGTTTTTCTAACAACTCATTGATTTAGAAAAAATG
ATGAATTGATTTACATGTTTATGGAATTCTGTTTCAAAGTTGATTGCTTTTCAAATTTTC
TATCCCTTTTCAAATTGATAAAAAAATAATTCAGAATCCATTCATATTCGTGCAACCTCT
TTTTTTAAATAATCAAGTTTTTTTTTTCTGAATTCATGAACTTTTTTCAAATGCGTGATT
TTTTAATTCGTGATTGTTTTTATTCCATGCTTGTCAGCAGTCGTTCAACAGTAGCGACCG
TCTTTTGTTTTTTGTGAGAGAGCGACCGCTCTGGTGGGGCGGCCCATGCAAGCAACCGTG
CGACCGCCTTCTTATTAACTAGCGCAAAGAGCGCCAAATAGGATGACCCATCACCTAATT
CTTTCCCAACAATGTGTTAATTTTTTTAAGCTTACTTAATTTCATAAGTTATAGATGATT
TTTTTAGCAACTTTCATGATTCTTTTAACAAGTTTTCCGCAGCAACATCATCTAGTTAAT
TATGTGTAGGTGCAAGAAGAAAGAGTGTGTGTTACAACACTTCTTGGTTGCGTGCGTGCA
TTGCATGCAGTTCGTGAAGCAAGCCCATCTAAAACATGAAGGAATGTGCGGCTGCCAAAC
ACAACTGTGGCCAATGCAACAGAGGGCGCCTTACGATTTAATAGTACCACTATTATATAC
TAAAACGATGATAGATTAAGCAGTGCCGTGGATGGACCGGTTTGATTGATGCATGCATGG
TCCGGCCGGTACTAATTAAGCTAGTAGAAGTTGATCCAGGAACTGTATGTGGCCCCGAAC
CACCAGTTGGACGGCGCGACGTCGCTGGCCGTGGCCTCGCGGCCGTCGTCGAGCCTGACC
CTGAAGGAGAGCCTCTGGCCGTTGAGGTAGGCGTTGCTCTGCCAGTTTGCGCCCCAGTTC
CGGCTCATGGCGAGCCAGTTGGTGTTGGAGCCCTTGATCCACATCTGCGCCACGACCCCG
CTGCCGCCGACGTTGGTCACCACCACCAGCTCGAAGTAGTCCCTCCCGGAGATGCCGAAG
CGGATGCCGTCGCGCTTCTGGCAGGAGACCCTCTTGTACATGACCGGGACTATGCCGGCC
TGGTAGATGGCGATGCTGGTCCAAGCGGGCTGCGACATGTCGAAGTGGAGGCGCGGGGGG
GGGGGGCGCCCC