morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_55354
Source Contig contig_55354
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_55354 (7571 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
		No map location
Predicted Genes from contig_55354

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_68789	5	1180 bp	None	Available	Available	None
MLOC_68790	1	228 bp	MLOC_68790.1	Available	Available	None
MLOC_68788	3	1972 bp	MLOC_68788.2	Available	Available	LOC_Os09g24440.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13109.m02320 protein expressed protein
CDS Structure of MLOC_68789

CDS Structure of MLOC_68790

CDS Structure of MLOC_68788

Contig Sequence (7571 bp)

>contig_55354 7571 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ACCCACCCACACACACACACACAACAACAACANCAACAACAACAACAACAAAAAAAGGCT
ATTCTGCAGCCTTAACTGTCAATATTGTGACTTGTATTTTACTACAGAAAAAACTCAATT
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GCTGGTGGGGGGATTTCTAATCTCATTGCTTTATCCATACGAATGTTGCTGATGTCATTT
GAATTGGATGGCTGTTGATTAAGTTAGTAAATCAATGATCATGGTCATGCTTTCTCATGC
CATTGTTGTTGCACTGATCTTTTTTCTTTGTGCTTTTTTGATTAGGCAATTCCTCATGCA
GTAGCTCTTGTTAGATCATCAGATAAGAGCAGCCCGAGGCAAGCTATTGAATTTATTCTT
CAGCTTCTAAAGGTTTGCATTTTATCAACGAATAACATATAGCCCTATGCCTACATGTTG
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GATAACAACGGAAATGTATACTCTGATGCCTACTGGCTAGCTGCAATGGTCCAGGCAATA
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GACCGACTCCTGCAATTTGACAAGTTCGTGGAATTGCCCTAGTAGTATTTTCATTTACTT
GCTCTCATATCAAGGTGATTCCTACTAACTGGCCTGAAAATTTCATGCAGCTTTATGCCT
GGTTACAATGGGGTTTTGACTGTCAGCTGCATTCGGGCTCTTGCACGTATAGCGGAGAGG
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TATTGTCCGTGCTCTTCCTGCATAACCCAATCATGTGGTGCAATTTTTTGTTATTGCAGG
ATCGTATTTGTGAATTAATTGCCCCTTTCCGTAGCATGGATAAACCATGGAAAGTCCGAA
TAGAAGCTAGCAGGGTTCTTCTTGATCTTGAGCTTCACCATAAAGGGCTAGATGCAGCTC
TCTTGTTGTTCTTGAAATATACAGATGAAGAAAGATCTTTGCGAGGTTAGATTGGTAGAG
TACTTTAGGCTTTTTGCTCAACTTGATTTCTTGACATTGAGTTATTGCAGGTGGAACAAA
GTTGGCTGTTCATGTCTTGCGCATATGCCAAGCAAATATTGAATCTAACCTTACTGATCA
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CAACCTTTGCATATGTTGGCTTTCCTGAAATGGGATACAAATTCATGAAGCGTACTCAAC
ATGATTGTTAAACTGCAAAGCTTTTTGGTGTGTTGCTGAGCTGTGCCAAGTGGTATCCTT
AGTTATTACTCCCTCCATTCCACAATGTAGTGCGCCCGCGCTTTCCGAGATCTAAGTTTG
ACCATACATTTAACCAACGAGACCGATTGGTTAATGTATGGTCAAGCTAAGATCTCGGAA
AGCGCGGGCGCACTACATTGTGGAATGGAGGGAGCATTATGCTAAGTAATGCATGATTCT
GCTAAAAACATAATGCATGATCAACACTAATTATTACCTGCTTTTCCATTTTTATTTTGT
GGTATAACCAGCTGGAGTTTTGGTCGATATATATGGCCATTTAAAAAAGATGGTGACAAT
GTTTCATTAGTGTACCAACTACCAAGGGCAAATCTGAAGTCATTGAGCATTCCTTCCAAT
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CCAACACTGTATGGAGTTCCAAAGAATGTCGCCCCATCTCCACTGGTCCAGGAGATATCC
GTTGATCAGCATACTAAAGCTGATTCCTCGGTTCCTCAACTATCAAGGCCTCAAGAACCT
TCCACTAGCACTCCTAGTGTCCGTGAGGTCTTACCTGCCACTGTACCTTCCAAAGATGCT
GATAACATATCTAACTGTAGCGAGCGAAGGAATGTTGTCAAAATTAGGGTTAGGCGTACT
GCATCATCCAGTAAAGGAGATGGTGCTGATCACAGGGATCATTCACATGGTGGAAGAAAT
GAAAACGAAGCGGGTCCTTGTAGTTCTATGTCGGTGGATGCCCCTATGGTTGGAGTGCCA
AATGAGCCACCGACCACAAGTAATCATAATATTGAGGAGCAGAACTCATGTCATGAACGT
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CAGCTTGAAGGAGTATCCACCAGCTATGTTGGAACCCAAGCTCCAGATTCCGTCAACGGG
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AAAAAGATGGAGAAAGAGTTAGCCCGAAAGCAGAAGGAAGGTGACAGAGCTTCTTCTCAG
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GAGCGAAGCGCCGAGCCCCAGGTTTCAAACAAGGATGCTGCGGTTGACAGGACACCGCCG
CCGACCAAGAAAATAAAGATCAAATTCAAGCCCTTGAAGAAGATAGGCTAATAAGCGGAG
TTGTAAGAGATCCTACCTAGATGGTCGTCGCGCCACTTTTTATGAGGATTGAGTTGCTGT
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TTTTTTTGTGAATGGCTAATGTATCTTGTAAAAACACAACCGCCCCAGTAATTTCTGGGA
GTAATTCAGATGAAGCTGTAGGGGGTAAGCAACTTAGGGCCAAGGCGAGCGCCCCATTAT
GTGATTGCTCCATTGTCAAGTCTCCCTATCGTGGATGCCATGGTGCAGTTCAACTCTGTT
GACGAAGGCTTTTCATTTGTATGCCATATAAGAAGTCTTGGATGCATTGCTACAGGTTGT
CCTTGTGTATTTGTAATGTTGCGTTTTTCTTTTGACACTTCCGAAGTTGTCATGCTCCGT
AATTTGCCATAAGAAAAGCGTCAGTTTTGTCATGGCCCTTGCCTCCGGGAAGTTCCCGGC
AAGCAAACCCTTCTCGAAATAGCAAACTGAATCCAGACAAAGCTGCCAGCAACCAAACGC
CCTCTAAAAAAAAAGGGAAGTAAAGCGGCGAGGAAACCGCACGGGTTTTAGGCCAAGAAA
GGGAAGTAAAGCGATGGCCTTATCCGGGCAACGCGGTCTTCCAGACCGTGCGATGAGTCC
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AACAAAAGAGAGCTCCTGAACGGGCTGGACGGCGGGCGCCGTCGCACTACTATGGCACAT
GGAGCAGCATCAGGCGCCGCCGCGCGGGCGGGCAGGGGCTCGCCGGGGACGTGGAGGCGG
GTGCGGAGGGCGGCGCGGGAGGCGGCGGCGCACGCGCTGCTGCTCTGCTTCACCACCCTC
CTCGCCCTCAGGCTCGACGGCGTCTTCTTCTCCCGCTCCTGGTGGTAAGTTTAGTCCGCC
CACCCCCAACCAACCCCATACCCTAGCCATGCCCGTACCTTTTTTGTCAGTTACAGTAGC
TCTCGGCGAGAATCTGGGCGGGCGCCTGAGTCGAGACCGTGCGTCATTCGTGGTGTGCAC
CACTCTGAATCTCGTGCGGTTATTATAGCAACCCTGAGGTAGTTAGATCGAGCATGCTGT
TTTTTCTTTTCCGGACGCTTTGTTTTGAATTTACCACCGAGGACGACGAGAACAGGAAAT
AGCTGGCACGATATCGATGGAAAAAAAGCTGCATTCCGATTTAACATGCAGATTCGTGTC
TCATCGGTTTTGGGAAGCGGTATATTGGTATTGGTGATTTGAGAACATCCCTGTAGAGTT
TTTGTACTTTGCTACGGCCTAGCTTTTGCTTCACCATTCATTGCTAGACACTCCAATATG
CAAAACCAAAATAAGCCTTACATCTTGGTACAGAGAGGTCGTAGGAAACAGTGTTGTAAA
GTCCACAAAATAGGTGATTCCAATGCCACACACGCCACCCCTAAGCGCCAAGCTCCAACC
CGAAGCCTGCCCGAACCACTGCTCCACTGATGGACGCACTTCCACACCGATTTTTATTGA
ACAGCATGGCAGCCTCATGCCTGTCCCCATTGAAGGCGGCAGCATTTTGCGGGTCTTCCA
GATCTATCACCAAGGATAAGACCTTTCTCTGTGAGGATGAGGCTGTGTCCGTAGCTAATT
GCTATACCCAAGAGAAGACTAACCATTTGAGGGGAATTGGGCGGCAACTGGTCTTATAAA
TTGGTTCCAACTATTTTTCTGATAACAAAAGCTAAATAAGTTGGTTTTGTCTTCATTTCC
TAGTTATACCAAGCTGTACTTTGTCTGGTGATGAACTGAGGGTACCCTCTGCATGTTGCA
ATTTTCAAAATGCTCGACAAATCTGCAGGGTGCTTTTCGTTCCTCTCTGGTTGTTCCATG
CTGTCGTTGCTCGGTATAGATTCTCATTGCCTGCTCCTTCGTTGCTTCAAAATTATCAGG
TGTGTCTGCTAACTTTTGCTCCAAATTCATTTTTCCATTCTGAAGTTGAAATTTCTGGCA
GCAAGTAAATTACACTATTCAACTTCACAGCGTATTCCATGCCATTCCATTGTTGCCACG
CCCTTGCTAGTTGCGTTTGAACTGCTTCTCTGTATCTACCTGGAAGGTGAATCCAACGCT
CATTGTGAATTTATCCAAAAAACACATTCGTTTTTGTTTGTCTCCTTATTTTCACTTGCC
AGCTGAGTGTGTTATCTGTCATCTGCAGGTCAGGGTGAACCTTTTCTAGATTTAAAGCTT
GTTTTCCTTCCACTCCTGGCCTTGGAAATTATTACATTAGTTGACAATTTCAGGTAACTG
ACAATTCTTTAGGGCAAAACTGCAATTGTACTTGTATTGTATGTATCACTGTTGGAAATT
TACTAGCATTCATCCAAAAGTTGGTTTTCCAGTTTTATCCGAGTCACTCAATGTTCTAAG
ATTTTAAACACCTATGTCCAATCAACATTGTCTTAGCTGCCAGGGTGGGCCCCCTCCTTC
CAAATCAAAATCTCGTTAATATGTACGAAAAAAATTGTGATTTGGTACTTAATCAAGGCA
GGCATTAAATCTTTACATACTCCCTCCGTCACGGTTTAGAAGGCACGCTTGCAAATTCTC
TGGAACCTAGGTGGTTATTGATTGGCTGTCAGATGAGTTGAAAAATAGCATTCACACTAC
ACATGCATATAGAAATAGTACAACGGAGTACTAATTAGCTGTTAGGAGTAAATGCAATGT
TCCTTAAACCTTGTCTATTATGAAAATGCACGTAAATTTAACCGTGCCTTNNAAACTGTG
ACGGAGGGAGTACTAAATTAATACACTATTGATTGGCCCCAGCTTGATATCTAGTTAAGC
CCTGCCACTGGCAATCAATGACCATTAATTAACATTTTGCAGGTTTAGTAACTTCAGTTC
CATGCATTACTAATAATATTTTGGATAACATTCCATATTACAATTGTACTCCCTCCGTAC
CATAATATATGATGTTTTAGCAGCTCAATTTGAGCTGCTAAATGTCATATATTATGGTAC
AGAGGGAGTATTTTTAAACTTGGGAGGGTTTCAATTCAATGTTCCGACTGCCTAGCCAGG
TAGCCATGATAACATGTTACTATGATGCAAACCGATGAACTTCTATTGCACAATACATTT
TTGTCAGTAATAATCCAACCTGTACAATGTCACTCTCACTCAATGTCTCACATTGTAGAA
ACTGCTGACAGTGAATAAAATCTTATGGTATTATTATTCACATGATAGTAACTTAGTAAT
CAATAATTTTCGCTTATATACTTGTTCCTGGCCACTGGGTTGCTCAATACTACCTTATAT
GCTATGCTAATTGCTAGTATATTATTGACTAAATTTTAATGTGAACACATGACTCACTGG
ACGTCTTCGAGTGAACATTTGTCCATTTCAGAAACTATGTTGTAAAGAATATTTTAGCTA
ACATTTCTAGTTGTTTTGTTGTGCTTCCTATCTTTTCCCATTATCATTAGGATGTTTGGT
GCTCTAATGCCTGGACATGGGGAAACAATCACTGATGAAGAGATATGGGATAGGCTTCCT
GTAAGAATCCAGAGTACACACTGCACCTGCTGTTCCATAATTTTTGTCCTGTGTTGGCTT
GTTCTCCTACCTTTTAACCGAATCAACAAAACCTATATTCTTTTCCATTTCAGTAGAAAT
CATTTCCCCAAAGTGCATTTTTTGGATAAATGTTGCTTTTTCCAACAAAGTGATATGTTG
CTAATTCTAGCATACTTACATACATGTACCATAATGTATTTAAAAATAATAGACATCAAC
AAGGGATGTCCAAAAAGGTCAATGGTGATTACTGGATAATCTTCTATGAAGACTTAACCT
TAGCCATTACTAACAGCTTCATATTTCCTTTAGCACTTCTGGGTTGCAATTTCCATGGTG
TTTCTACTAGCAGCTACTTCACTCATGCTTCTTAAGCTATGCGGTAAGCTATACAAATAC
TATTAAGTGTGGTCTAGTTATGCTGTTTGACATTATATATGCTTCCCTCTTTCTACTAGA
TTACATCAATG