morexGenes - Barley RNA-seq Database

Contig contig_55308
Source Contig contig_55308
Contig Data
|Contig Location|
|Microarray Probes|
|Predicted Genes|
|CDS Structure|
|DNA Sequence|
morexGenes
Links
Map Locations of contig_55308 (11486 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013	Oregon Wolfe POPSEQ 2013	Morex Genome Release 2012
No map location
Predicted Genes from contig_55308

Gene ID	# CDS Predicted	Max CDS Length	Probes in Cluster	FPKM by Treatment	FPKM by Replicate	Top Rice Hit
MLOC_68758	3	1419 bp	MLOC_68758.3	Available	Available	LOC_Os10g32700.1, FRAME:+2, EVALUE:1e-177, 13110.m02859 protein hypersensitive-induced response protein, putative, expressed
MLOC_68760	1	936 bp	MLOC_68760.1	Available	Available	LOC_Os10g32690.1, FRAME:-1, EVALUE:1e-14, 13110.m02858 protein expressed protein
MLOC_68759	4	1824 bp	AK371021	Available	Available	None
CDS Structure of MLOC_68758

CDS Structure of MLOC_68760

CDS Structure of MLOC_68759

Contig Sequence (11486 bp)

>contig_55308 11486 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAAAAGTGCCTAGGGTTTTGGCCTCCCCCATTCCAGGTTAAAAAAAACATAAAAAAGAAG
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ACGACACTCATTTTGCTCTGTATGTAGACTCCTAGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT
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GATGTTTTGCACATGATGCATGTGTTTGCCGTGGCGGGCTCCTTCACCGACGCGTCCACA
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CAAAAAGTTCCTACCTCACGTCGACTCTTGTATTACTAGTAAACGGGCACTAAACACAAA
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TGACAGAGAAGATTGCTAAACACTCCAGCCAAAGTGAAATTTTAATATCACTCCACAAAA
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CATTAGCTGCTTCCACACTGTAAATCGAGCATTTAAGACAGCAGGCTTTGAACTAAAAAT
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ACGGTTGGCTGCAACTAATTTGAATACCAAAGGTACAAAACCCACCCCAAGAAGTTCCTA
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TACATATGACCGGACTACTCATGTATAAAAGCACTCCCCATGCCCCTAGACAATTCAAGA
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GTCCACGAACAATAATTGGTGACAACATCATCTTTCTTAGATAACTTTCAATATATTGGC
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AGTTAGTCATAGCTTGTTGGATTTCACTATTTCATCCTGGAGGATTACCTATATGTAGTT
ATGTACACCATTTTCTTGTATAGTGCTGCTGCAGCACACATAATTTGCCTGCAAAAACTG
ACTGACAATGATTTTTTTCAATCTGAAAGCTGTTGTAACATTGATTCTTCACTATTTGAA
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AGTGGACCAGTCAACAGTAGCCATCAAGGAAAGATTTGGGAAATTTGAGGATGTGCTTGA
TCCAGGGTGTCACTGTGTGCCATGGATTATCGGAAGCCGTGTCAGTGGTAAGCTTACACT
TAGGCTTAGGCAAATGGACGTTCGCTGTGAGACAAAGACAAAGGTACTCTTAAATTTCAC
TTCTCGAATTATCCACTCAAAACACCCCCATGCACCACAAAAACTTGTAGGGATCACATT
GGTTTATGCGATCTATTTTCTGCTGACACTATGCATCCTCTTACAGGATAACGTTTTTGT
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TCTTAAAATATAGTAATTTCTGGAAATTCTCATGAATCAAAGAAAATTTTGGATATGTAA
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ATCAACTAAGATGTTTCATGTATGTATTGCTAACAAACCTTAGGAGTAGTTCACATTAGG
GTGTTGATATAGCTGATCTAAAACCCTAATGTTTATCTATGCAGTTTGATGTATATGTAT
AACCATTCCTTTTGTTATGCAATTCAGCTGCAAGAATGCGCGTTGCGGCAAATGAGAAGG
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TGTCTGGCCTTGGAATTGCAAGGCAGCGGCAGGCAATAGTTGATGGCCTCAGGGACAGTG
TGCTTGGCTTTTCTGGCAATGTGCCTGGGACTTCCGCCAAGGATGTGATGGACTTGGTTC
TGCTCACTCAATACTTTGACACCATGAAAGAGATCGGTGCTTCATCCAAATCTTCTGCAG
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TTCTTCAGGCGTCCACACATAATGCCTGAACTAAACTCATGTGTACAAGAATTTGAATTG
GTGAGGTCATTCCTACAGGCTCCGGGTTTGACAGACGAAAGTGGTTCTTTAAGCACGTGA
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TTTCATAATGTATCAGCTTGTCCTTAGATGTCCGTAGATAAATGCCTAAATATATATGAA
TGTATTGCATGATTATTGTGTGGGTATACTTGGGCTTCTGAGAAAATAATGTTTCCACAT
ATTCTTTTAATTTAATATATATCTTTGGTTTCGTATATTTCAGCAATAATTATACAATAG
CTCATCTTAGTCTCACTGAATTTCCTTAGATAGCACTACTCACAATCAAAATCTGCAGTC
GGAATCAAAATAAGAAACTGAGATCAAGTTAAATAATTTAAAACTTGTAATTAGAAGTAT
CAATGTTCATGAATCATTAACTCAGCTCGGTACCTACACAAGCTTAAATCAAACAGCACC
ATGTTGGTTGGGAAAGTGAATAGTTATCAGTTAAGATATGAATATTAGCTTAACCTCATA
AACCAAAAGGAGTTAGCAAGGGTTGAACTCAAATTGGTCAATTTGGCAAGACATGATCCA
TTTCGCACCACATATCATTTCAGACACCGGGTGAAGATAAAATCACTCTGAAGGGATCAC
TAGATCACATTATGTGCAGAAATATTAAGCACATTTTGAACTACATAGGTGCACAGGATA
GTCATTGGCAGCACGATACTTAGTGGAATGGGAGATGATCAGACCCATCAGGGGAAAGAC
CCCAACACTGATGCACAATAAAATTGCAATAGATAGTACTCCTAACAGCTGGGATAGGCT
TCAGTAAGGTCGACCCTCCTCGGGATACCCCTCTTCCGGCCAGTACCTCAGCCACGAGAA
CATGGGCCCCTTGGCCATCGCCAGCTCCAGGATGTCAGCGCCGGCGACCCCCGGATCCAC
GTCCCTCCCAACCAACCTCACGGCCTCCACTAGCGGGTCGTGCTGGTGTCCCCCTCTCTC
CGCGCCGGCCGCCTTGCCCTTCCTGCTCCCCGCGGCACTGCCGCCGCGCGCGCTTCGGTT
CCCGCTGGACGAAGGAGGGAGGAGCAGCGTTGGAGGAAGGGAGCGAGGAGCGGCCGCGGC
GACAGAGGATGAGATCTCGGAGGCGGGCGGCGTTGGCGGCGGCGGCGGCGGTTTCGACAT
GGCTTCTCCCGGAAGGAGAGCGAGAGTTTTTTTCTAATGAGTAGAGAAAAGTGAGAGTTT
TTTCTTTTTTGAGGGGTAGGGAGAGTGAGAGTTTTTGGCCTTTCTTGGCGTCGGTTTCTT
CTAACCCGCTTTCGTGTCGGCCTGGGCTCAGCCCGAATCCTGATGAAACCCGCACTTAAA
TATGACCTGGGCCAAAACAAATTATCCCTCAAATGGGCCAGGTGTGAAACCTCGGACGAG
CCGAGCGGGATAGGCGTCGTGACTGGCTTGGACAAATCCACCCGCAACTCCTGCTGCTCG
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CCCCCGCCCCACTCCACTTCCGCCTCGCTCCCCAACCTTTCATGGCCGGCAACACCCTCG
CCGCCGCGAGATTCTCCGCGGCCGTTACGCTCCTCCGCACCCGCCGCTCCCCGGTGGTCG
CCGTGCCGCTCGCCCCGTCCGGTCTCCGCCACCACCGCCGCAGCGTCGGCATGGCCGCCG
GCGCCGCGCCCTCACCCATTCCCGCCTCCGATCCGCTTCCCAAGGTACGCGCCCGGAAGT
GGAACTTAGTTTTACTCCAACGTTAGGGATGGTCCTTTCGTGGGCATGTCCTGCTCTGCT
CCTGTCCTGTTGATTCCTTGTTATCGTCGGAGGGGAGGCCCTGTTCCAAGCCTGGAGACA
CCAGAGCGCTCTAGAAACTGCTGGAAATCCTTGTCGTAAGTAGATAAAAAAAAACTGTTC
CTATATAACCTCGGTCCTCCGAGTTATTTGGAAGCGCTTTTTTTCAGTTAACGATTCATA
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TTCTCTGTTATCCATGTCTTTCAGGCAGACTTCCGACCGGGCCAAACAAAAAACCTGTGA
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CCAACAGACCTTATAAATTCTTTGTACACAAAAGGTCAAAATAAATTTGCTACACCATGG
TTTATTAATCACCAAGAATGGACCCCACATGTAATTTTTTACGATAATGCTACTCAGCTG
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TTAGGTGGATTTGCCATGCTTGCAAACTAAACTTGTCATCCTCGGCAAACATAAATTGCC
ATGCAGATCGTTCGCAATTGCCATGCTTCCCAGCTGACGTCCTCTGTATTTAGAGGGTCC
ATTTTTCTGGATCAACCTTGAAACAATTGTTCCTTCTTTTCTTTTTTTTTTGAATTTTAA
TTGTTCCTTCTTTGATTTCTTTGGCAAATTCTCCTGTTACTAATTTTTGTTATGAGCTAC
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AATGCAAAATCCTATATGCTGGAAAACTTTCAGTCACTTTGATTTTCGTACTTCCTAAAT
GTTTTGGCTATATTTTACTTGATTTATACTTGTTGTTTCATCTTTCATGGATTACTTACT
GCTCAAATTTTCCTGGAAACAAACTAATAGTCCTAACTTTCTTCTACTTCAGGGTTCTGA
TCTATTTTTGCGGTCAGTTCTCTCAAACATGCAAAAAGTCTATTTGAGTAGGAATCCAAC
TGCAGAAAAGATTCTGGACCTTGTCCATTCTTATGATGGGGACAACATTTGTTTTGATCA
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CTCTGTGTTGCATAATGCAAAGTTGTGTGATGTTGATTATTGTAATGAAAATTTCCCATC
TGTTATAACCGCAGGTTGATGGTTATGGTATAAACTCACTTGCGGAATTTTTTACTGATT
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TTTCCCCTCCCAACAATGATGGATACTCCAGAACTGGTATATATGGACCTTTGCCAAGAA
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TCATAATATTCTTGTAGGGCTAAAGGCATTTCAGACATAGGTCATAACACTTTTGTATGG
CTGATGAAGACTACTGAAACATATCACCTTTGAAAAAATATTGCTTTCTAAAAGTCATTT
CTCTTTAGGTTATTTCTGTATAGAGTAAATAATCAGAGATGAGCAGGTTCTAATGTTCTA
TGTGCGGGCACTAGTGTTAAGTTACTTAGTTTGGAAGATCAGACATGAACCTCGGGCGTC
CTATGCTATCTGTCAGGGGATTTGACTACTGAGCTCTGATATGACTGCCACTAGAGCTAC
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AATATGCTGTTCTTGCAAGTACATTTGGGGAGCTGACATGGGAAAAGCCTACTTATTCTG
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AGCTAAATCGTATGTTGCTCGCCACAACACTGTTTGCACATTATGGGTGATTCTGTGCAA
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CTTTCACACATTTATTTCTGTATTCCATTAGCCCTGTTGACTATCTCCATACTTTCCATT
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TGCTGATTTCTAAACCAACCAGATTGTATTCAGTAGTTAGTGGGTAGAGGTCCATGGCTA
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TCTTAGGAAGAGTGTATTTTTTGGTTGCCTGTTAGGCCCTTCTTTTGTGGTTTTATGTAT
GGATGAACTGTTAGCTAGACCTCAAATAATAGCTTTTCATGGACATAAGATCACTTGTTT
CTTTGCATTTATTTGACATACCATCTATCTATCTATTATGTGCTACATCTTGAGAATAGC
TGTTAGCTAAAGGATACATGTCCATTTAATCCTTGTACCACAGTTTAAATAGGAACTGGT
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GAATTTGCTGAATGGTACTCCCTCTTTAAACTAATATAATAGTGTTTAGATACTACTTTA
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GTGTTGTGTAATTATTGTATATGCCATATGCCTTGAAGTGCGCTGAAAATCAGATGCTCA
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CAACATCTAACACCATATTTCTGGGGAAGTTTGTTTTCGCCACTGACCTGGATGTTTCTC
ATGTTGCATCTTCGTGGCAACAACAAAGTTTCCTGGGTATTTGTTCTTCATTTGTGTCGA
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GTATTTGATATAAATGTGCCCTTGAGACCCGGCCCGGCTGGCCTCATCCTTTTCCGCATT
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CGTGCTTACCATGCAGAGATGGCAGCACTCTGGATAGTTCCCAGCGCATGGTGACACATG
ATGGATTTGTATGAGCTGAACGTCACACACTCACACACACAGACACACATACACGTGTGC
AGGCATTCGGATCATGCATGTACAGGTGTGAAGCAGACGAGTTTGCTGACAATTGTGCGC
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GAAAAAAGTTACTACCATGCAATTCCTTTGCGAAACTTCCTGGTACTCGCCTGCTGATCT
AGTTGGACGTCTGAATGCACGATTATTCAGTGGAGTTTTAGCTTTAGCCTGCAAGTGAAT
CAGTTCCATCTTCTTCGAGAACGAAATGAATCAGTTCCATTTACTAGGTCAATAATTTTT
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TTTTTCATGACAGTGAAAAATAAAAGGAGTAACAATTACTAAATCATAGAGCGATTAAAA
GGAACTAGTTTAAAATATGATGTGATCCTGAAAAACGTTTAGTAATAGCCACGAACGAAT
CTTTTGCTCTCATTCTGTGTTTATGTCACTTCAATGTCGCTACTTTCTTATATTGCTTAG
GCGCTAATTCATAGCCGAGCCTTAGCTCATCTACTCCCGGGTGAACAATGAATCAGGAAA
CAAAGATAGCAAAAAATGTTTTTTTTTAGCAAAATGCTCGATTTTTTTTGGGTGCTTGAA
GGGTTTAGTATCGAGATGTTTTTGGCAGGAAAATCGGAACTCCAAAATGTCAAAAGTTGC
TTGAATTTTCTGAGATCTGGTTTTGATATTTCCATACAGAGCTCACGCGATGTCATCTCG
TCACCAAAATTTGCAAGCACCTAGAAATATCAAGCATCTTTGATGTCAAAAAGTTTAAGA
TATTTGAGTTTTTTGCTATTTATTTTCGATTTTTTTAATAAGACAGCAGGAGATCTGTTG
TAGGAGATCTGTTGTGATTCTATTAA