Map Locations of contig_55217 (6093 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_55217

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_68704 3 888 bp MLOC_68704.1 Available Available LOC_Os03g01270.1, FRAME:+1, EVALUE:1e-95, 13103.m00042 protein expansin precursor, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_68704






Contig Sequence (6093 bp)

>contig_55217 6093 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCTCCTCGGCGTTCCCTGAGCCGGTGATCATCCCCGACATGAACTACTACCCGGTGTCCC
GCTACCACTTCGACCTCAGCGGCACCGCCTTCGGCGCCATGGCCAAGGACGGCCAAAACG
ACGAGCTCCGCCACGCCGGCATCATCGACATGCAGTTCAAGAGGTCTCCTACTTTTTGGC
ACTCTGCTTTTGTTATTTTTGTTTGCTCCTGACAAGACATACGTAGCAGCATAGGAGATC
GATCGCCATTCGCCAAGATAGTACTGTATATTTTGTGACGCCGGCACTCATCCATTGCAG
GGTGCCGTGCCAGTACCCGGGGTTGTCGGTGACGTTCCACGTGGAGCAGGGGTCGAACCC
GAACTACCTGGCGATCCTGGTGGAGTACGGGAACGGTGACGGCGATGTGGCGCAGGTGGA
CCTCATGGAGTCGCGGCCGGAGAATGGTGAGCCGACGGGGGTCTGGAGGCCGATGAGGGA
GTCGTGGGGCTCCATCTGGCGGCTGGACACGCACCGCCCGCTGCAGGGGCCCTTTTCGCT
GCGAGTCACGAACGAGTCCGGCAGGTCGCTCGTCGCCGAGCAGGTCATCCCCGCAGACTG
GCAGCCCGACATGGTGTACAGCTCCCTCGTTCAATTCGATTGATCTCTTCCACCCATCCA
TGGAAGGCATGCACATCCATGCATGGGTTAATTGTGCGGCTTGTGCCAAGCTAGCTGAGA
CGTCGCTTGTGACGTCCGGTGTGTGTCGTCCTCGTGTACTAGTTACGTATTCTCTCTCGT
AGTGCATACGCTTTTCATGGTAATATAGTATAACATGTTTCTTCATATAATATAATAAAG
GTACTTTGGCTATATGTAAGTTGCGTGAAAACTAAATTTAGGCCAGTCGGTCGTTTTGGC
CGTTGATTGCTGCTCCAAGATTCATGCTTTTTACTTTCCTTGCTGCGTGGGTGTTTGGGT
CAAATTCTATTTGGCGCCTTATGCTTCAGTTGTAGCCATTTTTGTTACTTGGCGCAAATC
ACTCCATAGCATTGTGTAACAAAATAGTCGCCCATATAGGCCTGTTTTTTCACCATGTTT
TGGAAATCTTCCATGAAAAATTTGTCGATTTTTTTCAGCGGTTTTTTCTTTTGATTTTCC
CTAGCACAGGATTAGACTGGTTTTCTTTTCATTCCTATTTATTTTATTCTTTTTCTGTTT
TTATTTTCGTTTTTCATTTTTCTTTTTATCAAAATCATGAATTTTCACAAATTTATGAAC
CTTTTATTCAAATCTGTGGATTTTTTCTTAAATTTGTGAATCCTTTTTTCCAAATTCTTG
GAATCTTTTTCTTTAATTCATTCTTTTTTATGTTTGCAAACTTTTTAAAATACAAACTTT
TCCAAGTCTTGGTGTATTTTTAAATTCACGAAGTTCTTACAAAATTTTATTAAAAATATA
TTTATTGAACTTTTTTGGGAAAATTAAATAATTTTTTTCTTTTTTTGATAAATCAATGGT
CAATGGGTCAGCGGTCAACGAACGCCACCGGTCATATCCGTGAATAGTTTTGTTGAATTT
GTGATTTTTTTAACATTTAAATCTTAAAAACAAATTCATTTTTTCTTTTAGCAAACCGAT
GGTGTCATACATCGGGGGTCACTTCCGACAAGCGAGACCCGCAGCTGACTTGACAATGGA
CCCACAAGACTCACCAAGGAGTCAAGGACGAAAGGAAACCCAAAGCGACCAGCACGCGCC
TCTAGGACCATCTTGGCCCCAAGTCATCATGGCGGTGTGCGAGATGTGATTTGTTCCTTG
TAAAAACCCTAGCTCCCATCATGTATATATGATGAAGGGTCATGATATGTCTCAAACGTA
TCTCTAATTTTTGATTGTTTTGTGATAATATAGTATCATGTTTATATATGTTTATAGTAA
TTTATACTGTTTTTTGTAGACTGGCCTATTAGTTTAGTGCCAATATTGGTTCCTCTTTTC
TGCGTGTTTTTGGTTTCACAATAAATCAATATCTACGGAGGTCAAATACGTTATTGATTT
AATATGATTTTGTTGGGCAATAAGAAACACTGGAAGCTTTGGGAGAGATCGAGATGAGCC
ATAAGGGTCCCACACGGACAGGTGGCATGACTAGGGGGATTCTCGCGTCCCTTGCCCGTG
TGGGGCCCTTACTTTATCGCCTTGACCTGATCCCACCGGCATAATTTTCTATAAATGCCA
AAACCATCCATCATGACTCTAGAAGATTTTTATCACCGTCACAAGTCTCTATCATGAAAA
GATCCCATTTGGAACCATGTTCTGGATCCCTGCCGGAGAAGGAAGCCATGTCGAAGCCAT
CTCTTCATCAACCTTGCTACCTCCATGACCATGTGTGAGTAGTTTCTTTTGGACCTATGT
GTTCGTAATAGTAGTTAGATGGTTCTCTCTCTTTTTTGGATCTTCAATACCATGTTCTCG
TTCTTGATCGAGATTAATTTGATGTAATCGATGGTGTGTTTGTTGGGACATTCTGAATTT
TTAATTTATGATCAGATTGTTCACTGAAATCAATTGAATCTTTTGGGGGGGGGGTCATAA
TTAAATAGCTTTGTATGCTCTCCGATCTATCTATCTTCTTTGGACAAGTTCGATAGGCTT
TGTTCATAGGAAATTGTTCTTTGTAGTAGGTTCGATCTTGCAGTGCTCTAAGCGAGTGAC
AAAAAGGAACAAGGCACGTATTGTATTGTTGTCAAAGTATAAAATGACGGGGTTTGCTCA
TATTTATTGACTTCTTCCTACCTACATTATATCATATGAAGCCATGGCCAAGGACGGCCA
AAATGACGAGCTCCGCCACGCCGGCATCATCGACATGCAGTTCAAGAGGTCTCGTACTTT
TTGGTACTCTCCTTTCGTTGTCTTTGGTTGCTCGTGACCTAAGTAGCAGCATAGGAGATC
GATCGCCAAGATAGTAAATTTTGTGACGCCGACAGTGATCCATTGTAGGGTGTCGTGCCA
GTACCCGGGGTTGTTGGTGACGTTCCACGTGGAGCAGGGGTCGAACCCGAACTACCTAGC
GTTCCTCGTGGAGTACGAGAACGGTGACGGCGATGTGGCTCAGGTGGACCTCATGGAGTC
GCGATCGGAGAATGGTGAGCCGACGGGGGTCTGGAGGCCCATGAAGGAGTCGTGGGGCTC
CATCTGGCGGCTCGACACGCATCGCCCACTGCAGGGGCCCTTTTCGCTGCAAGTCACAAA
CGAGTCCGACAAGTCGCTCGTCGTCGAGCAAGTCATCCCCGCCAACTAGCAGCCCGACAC
GGTGTACAACTCCCTCGTCCAGTTCAATTGACCCATCTCTTCATCGACTAAATATGCATG
GGTTAATTGTGCCAACCTAGCTGAGACGTCGCGTGTACGTCCGTTGTGTGTCGTGCTCGT
GTGCTAGCTATGTATTCTCTCTCGTGATGCATACGTTTTTCATGGTAATATATACATGTC
TCGTTCATATAATAAATATACTTTAGCTATATGTAAGTTGTGTCAAAATTAAATTTGGGT
CAGTCAGATCTTTTTGAGGAATGATTGCTGCGCGGAGTGCTTGTTTCGGTCAAATCCTAT
TTGGCGCCTTATGCTTCAATTGTAAGCATTTTTGTTACTTGTCACACATCCCTCCATAGC
ACTATGTATCAAAATGGCCTGGTCTATGTAGGTCCTTTTCCCAACTTGATTTGAAACCTT
CCCATGAAGGTTCTTTTGGCTTTTTTAGGCGGTTTTTCTTTTGGTTTTCCCCAGCGTAGG
ATTTGCCAGGTTTTCTTTTAGCTCCTTTTTTATTTATTCCTTTTTTTCTCGAATTCATAA
ACTTTTCATAAATTCATGAAGTTTTTATTCAAATCCATGAACTTTCTTCAATTTGTGAAA
CTTTTCCCAGATTTTATTAATCTTTTTACTTCATTTGACTTTTTTGTGAACTTTTAAATG
ACAAACTTTTCCAAGTCTTGAGCTTTTTTCAGATTCACGAACATTTTACCATTCTTTATA
GTACAAAATCTGTTTTCGAACTTTTTTGAAGAAACATTTTCCCTTTTTCGAATAGTCAAT
GGTCAATAAGTCAGCGAGCGATGGTCGCTGGCCCATTAGTCAAATATGTGAGCTTTTTGT
AGAATTTATGAATTTTATATATTTAAATCTTTAAAATTGAATATGTTTTTAGCAAACTGG
CGATGTTATACACCGGGGGTGACATCCGATGGGGGAGGCTGGCAGCAGGCTTGACAAGCG
ACCCACGAGGCCCACCAAGGAGTCAAGGACGGAAGGTAACCCCAAGAAACGAGTAGGCGC
CTCGAGGACCATCTTGGCCCGAAGTCATCATGGTGGCGGCCCAAATGAGATATGTGTTCT
TTGTAAAACCATAGCTCCAACCATGTATGTAAGTTGAGGGCTATGATATGTCTCAAACGT
ATCCATACTTTTTTATTTTATGTTATTATATTATTTTTATGGACTAACCTATTAATTTAG
TGTCCAATGTCACTTCATGTTTTCTACTTGTTTTTGGTTTCGCAAGTAATCAATATCGAA
TGGAGGTTACCCGAAGCTTTGGGAAGGATTGAGACAAGCCACGAGGGTCCCACACGGATA
GGTGACACGACCATGGGGTGGAAGCGCCCCTTGCCCGTGTGGGGCTCCTACTTACCACCT
TGACCTGATTCCACCGCCATAATTTCCTATAATTACTGAAACTATTGGTTGTGTCTCTAA
AATATTTTATCGCCGCCGCAAGTCTCTCTTCCGAAGATATTTCATCTCGAGCCGTGCCGG
AGGAGGAAGTCATTGCGTGAGCCATCTTCATCAACCTTTCTACCTCCATGACCATGTGTG
AGTAGATCCCTTGGACCTACGGGTCCATAGTAGTAGCTAGATGGCTTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTGCCTCCATCTCTCCCTCCCTCTCTCTAATGTTCAATACCATGTTATC
ATTCTTGATCAAGATCAATTCGATGTAGTCGGTGGTGTGTTTGTTAGGGCATGATGAATT
GGTGCTTCTTGATCAGATTATTCATCGAAATAAATTGAATCTTTTTGAGTTTCGTTGCTG
CATAATTAAATACCTTTGTAAGCTCTCCGATCTATCTATTTCCTTTGGCCAAGTTTGATG
GGTTTTTCTTCAGAGGGAGTTGTGCTTTATAGTGAGTTCAGTCTTGGGTGCTCTAACCCA
ATGACAAAAGGGCAAAGACACGTATTGTTGCCACTAAGGATAAACGTTGGAGTTTGGTCA
TATTGATTGACTTCTTCCTGGATACACTATGTCATCTTTCTTATCGTGATATTATGTTTC
TTACAAACTTAATAGCTTAATATGCAGGCTAGATAACAGTTTTGGCATGGGGTATTAGTA
CTAGATGCAGATGAATGAACGGTCTACTTATCATAAATGTAATGCCTATATGAGATTACG
CCATGAATGGTCATCGTCCTAAATATTGCAATCTTTTTAGTGGCCCAACTATAATATGTT
TATCATGACATTCACATGTTTTTGAGAGAGATGCCACCAGTGAACCTATTGCCCCGGAGT
CTATTCTCCATCAATTCTTTCTTCTACAAAATTTGCTCTTTTATTGCCTTACTATTTCCT
CATTACCATCTATCTCTATTTGCTTTTACTCTTGAACTAGCAAGACAAGGGCTTGACAAC
CCTCCTGCCACATTAGGTGCAAGTTTTTATCTTATTTGTGCGCAGGTGCTATTGTTTGCT
TAGAATCTCCTTCTCGTTCAATAAACCTTGGTTCTTAAGTGAGGGAAAACTTTGTTGTTG
ATATATTTCACCCTTAATATTTGGGGAATGTAACACCCTGTGTTTAGCTTTCCTGACTAA
TTAGCTTATTTCAAAAATTAGGACCAATTTCAAAATTTTGTGAATGCTTGTGATGCTTGA
ATTGACTATTCGTTGCGTGCTTGCTGGTATGCTTGTGTTGATCCCCAATGATTCTTGCTA
TTCTCCAACTCACCTCCTTAGCCCATGTTCTCCTGCCTAATGATCATGCCATGTGTTTAG
GACCAAACTCTATTTTTACCAAATAATATCTTC