Map Locations of contig_54561 (11753 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_54561

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_68305 12 2941 bp AK374611 Available Available None





CDS Structure of MLOC_68305






Contig Sequence (11753 bp)

>contig_54561 11753 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGGCGACCTCCGATATCTACCCTCTTTCACTTTTTCAGGCAATTGGTCTTGTTCTGTTTG
GTTGGCTTGCGCCGGCGTTGATTTTGCTGCTCGGGTGTCGGGGCGTGGGTTGCCCGGCAG
GGGGTTTATCGGTGTTGAGGTGCCCAACTGATTGATCCCGAGTAGGTCTCTGATTGGACG
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TAGCTGAAATATGTTTGTGAAGGGTAGGCTTAAGCCTGATGATGCCTACCTAGTAGACTC
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TAGCTTCTTCCTCCATGTGGTTCAGGCCACAAATTTAATAAGGTTGATGGTAGCAAACCA
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TAACCGTGATTTGTGCCGTGATTTTGTAGGTAATGTTCACTAAATATTCCTAACAGGCAT
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GCATGTTTCTTCTGCTGACAGCAACATGGGTATTGGTAATAATTTAATACTGAACCGCAA
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TTCAATTGATTACCTGATTCTAAGTTTTTTTTCCTGTGAAGTATGCATTTGGCTTTTGTA
GGTTCACTTATTCAAAGATGATACCAGAGCTTCACTTTTAACTGGTCTGTTTCATCAGCA
TGCAAATGTGTGCAACATTACATAATGAAGCTGGTGGCATAGCTGCTAGATTGAATATGA
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CGTACCTGAACTTGCTTGGGACAAAATGCTACTGTTGTTGGTGTAATGTCATTCGGTTAT
ATTTTATTGACAGATCATGTCAGGAGCATGTTCATGCTGTTAGGTTAACAGATCTGCGTT
GCTGTAGGGATGAACATTTAATCTTCGTGCGTTGTTTTAAGAGAATGATACAGACAGATT
TGCAGACTATCATAGCCAACCAGAGGAAACATAGTTGCGCTGTATTATTGCCTCGTTTTG
TCTTGTTTGAACCCTTCTCTGTTTGCAGTGAACTGCAGAAGTTGCATAAGAAGTTTGTGC
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GCTGATGGACAGGTATGCTATTGGTCTATAATCATTGCGAGCCTATGTGGCATACTATGA
TAGTTTCTGCAGTACATGGCTGTATATGTTGATTATCTTAATTTACTCATTTCTGATTTA
TGTGTATCCTTTCACAGACAAACAAGGTTACTTTCAGTCTGACTACTGAGATTATCCATC
AGGTACATTCTTTCTACCTCGGTAATGAATTATCATCTAAAGCAGGTCTGCCTGCTAGCA
TCATTTGTTACTTCTTTAACCATCACAAATGCAGCTACGCATACATCTAAATGCTGCCCT
GCCAGGTAGCATCATTTGCAATATTTCTAACTGTCATGTGTAGTGCTATGTACCTAAAAA
AGGTGTAATGCCATGGTTAATGGAATTTCTAAACAGTTGTGTTGTTTAATGGCTTCTACT
TGACCAACTATTTATTAGCACCTATTGCATTCTGTGTAAGGAGCAACACCCCCTTGTTTT
CTTAGGGTAATGTACTAACACATGGCCCTAGACTCCACGTCATCCTCACTGGGTGGTATT
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AAACCTTGAGTGGGCTACTGAAACACATTCTTGCATCTGTTAAGTCTGGATCATTGAAGC
AATGCTCAGGATTGGCCTATCTAGACTATCAGGCATTGCAAGCCTGTCCTGGCCATAGTT
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AGAGGGGCAGATTGAGAGGAAGTGAGCTAGTCCTAGCAGTTGATGTCACCTCATTTTGTT
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GAGAGGTGGCGTTAGGAAGGGGATTAAGGCTGGGGAGGGGAAGCGAGATGATGGCCCTTG
TGGGCCGCTTATGTTAATTTGCTGGAGCTGTGTGCTGGGTTGTCCCACAGCCCACTCTCT
TCTCATTCTCTTCTTCATCTCCCTCTCCAAATACATTTAGATTGCGTCGATGTATTATCT
GACTCTTAGGGTCATCGCCCCGGATTCATCGGGCCACATTCCTAATGAGTGTCATGAAGA
ATATTGCCCCTTTTGAATCACACAGGTAGCCACCTGTGAGTGAGGCCACACCATCATGAC
CGCATTTCTCGACTCGGTCGAATAGGCTTATTCTTGTCCTTGGGCTGGGCTACATCTGCT
CAGTAATACCAGTTTACCTGGCATACATTATTAACCATGTAAATGCTGAACTACGAGATT
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TTGGATTCTCATTTTGCTCTGTTTTTCCTTCATCTGCCGTGACTCCCAAAAAGTTGTCAG
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TGCATATTTTGCAATACATTTTTCCTTCAATTTTTTTGGTGACTCGGTTCTTGTTTACAG
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CTTCCGGTGTGTTTGTGTTCTTGCTACTGTTTTGTTGTATCTGCAACTTCACAAAGACGA
GTGGTTTATTTGTTTCTCATATTGAGCAACTTTTTCTGCTATTTTGAGTACAACCTCATG
TATTGCTTAGTCCTATTTTGGAATTTTTCATATCATTATTCTTTTGGGCATCTAGGATCA
TGGGATTCTCCGTGATGGCAGCAGAGAGACAACTGATACTGATAGCGAGTTGGCTAGGAG
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AAGTTGATTGGTCAAGCATGCTATTACTATCATGAGATGATACTGATATGCTAACAGCCT
AACGTTCTCCTGCAACCAGTTCTTCTACTGGCTTCCTGTTTGTCTGTCTAATACTTTCCT
GGAAAAGAATGCACAGACAATTGCACAAATCGACCATCCTATACTGCTGGTTGGTTGCAC
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GGAATGCCAGTCATTTCTACTTTGCATTTGCTTATTGTCTGTTAATATCTTAGTATTAAA
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CAGATATTGAATCAACTGATACGAAGACTGTGGCTGAAGCACTTGCAAGGTCCAAGAAAG
GTTAGTAATTATATCACTGTGTGCATCTTTTCTCACTCTAATTAGTTCCTTACTAGGCTG
TTGAGGTATGAACTGCAGAACCACCTCCTAGCTCTGTTGCTGATGATGCTAGTCATGAGA
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CATATGCACCACTTTGTATAAAGGTAATAGTTGGTTTATATGGTTGATATAATATATCAA
CTACAGTAATATATCACAAGGTTATGGATTCTCACGCCTGTCTTGTCTTTATAGGATCCT
CGAGAATATTTTGATTCTCAGCAAGCAAATGCTCTGAGACCTTTAGGTAACAACGATGGA
AGAAAGGCGCGCAGCTGCAGCCTGAGCGCCGATGATGCATTCCGTCATTTGATGGATCAA
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AGTTTTACTTTAACCTGATACCAATGTTCTATAGTCAACTTTACGGGGATTAGGTCCTGT
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CGTGGAAGTCGGGGCAATATTATAAAATAAAAAATAGATGTTTCAAAAATGCTATTTTTT
TAAAGCATTTTGGTGTGCTGAATTTATTTTTTTGTCATGACTTCCATGAATGTCATTTCA
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TTTTTTTTTTGAATTTTACTGTTCATACCAAGCTCATTTGAGCAGGAGTAGAAGAGGACT
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TGTTGGACTATGAGAAAAGTTGATGTCTGTAACTGTTCTATATATGACTAACTTACACCT
TATCTGGTGCACAACTTTGCATTGCTGAAAAAGAAACAGTATCTAGTTACCTTTGTTTGT
TTCGTTCTAATTCTACATAGTGGATTGTCATTTCATCAACATCCCAGTACCCCCAAGTAC
CCCAATACTCCAAGTTTTCCTTACAAACACACCTTCTGGATGCTGTGCTGTGCCTTCTCT
ATTCTTAAGCTATTAAATTGCATGAGCAGGAAAACCTAACTACCTACATGGTATGGGCCT
AGGTTCTTAACGAATTGAATGAAGGAATTTCACGTTCACGGAGGCTTAATCTTAAGAATC
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GATACTGCACCTATTTACCTTTTATGCAGAAGTTGTACCGTACTTCCAATTTGTTCTAGA
ATGTTTATTTTCTGGACTTATCTTAATGTACCTTTATTTGTTTATTTATGTATATTTGTC
TGACCATTCTGAAATCTTCTTATCACTGCACTCGAGATCTTATTATACATCTTGTATTGA
CAGAGTTTCTTGTGACTCTATTTTCTTAGCATTGGTCGGCTTATATTTGTCTGACCATTC
TCAAATCTTCTTATCACTGCACTTGAGATCTTATTATACATCTTGTATTGACAGAGTTTC
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GCTTTGATTTTGCCGTGTATTTTTCATGTACACGTGGAACATAATAACGTGCTAACTTGC
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AATTTGCTGCTGCGAGGGAATACTTACTTTGTTCCATGTTAAAAAAAAATAGGCATCTTC
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CAAAATTAGAAATCCGAATGTGTTTGATGAATAGCCTTGTTGCACACTACATCTAAGTAG
TCAAGTTACATGAAGTTTGCATGCTAGGGCTGTTGTCATACGACCATTCTAGAACCGATG
GAGCAACACGGCACAGAAGGTGTGATGGTGGCCGCAGAAACCTTTTTTTTTTGAGATGAT
GGCTGTAAACATTGCCATTAGTAAGAACATCCTCAACAGCCGAATAAAAAAATTGCATTC
AATTTTTTTTTAGCATGCCATTGTAGCATTCTTAATGCGTGTAGAACAGAGTCTAATCCA
GCAACCCCACCTGCCTACTCATAGTTGGTTCAAATAAACAGCGCGTGATACCGTTTTGCT
TCGTGCGATAAACCAATTATAGCATGCACACGTTTTTTATGATTTTTTCAGCGAGGTGTT
AAAAGTCACGCGTCTGTGTTGGAGGGAGATGCTCTAAGAGCAAGTACAATAAAGTTGAGT
CAGCTGGCTATAAAGAATAAATTAATATATTTTTGGTTAGTTAAAGTAAAGAGAAGAGGA
GAGAGAAGGTAAAAGAGCCCGCTCTAACACGTGCTCCTAGTCATTTTGTGAGTATAAAAG
GTGGACCATATAATAAAAAAATAGTATACATTTACAATAAACTATTGTACATGTTAACTA
TAAGATGGGCTATAGATGACATGACAATGACTTNNNNNNNNNNNNNNNCTATACTATTGT
ACTTGCTCTAAGACTGGTTAACAGCCGGTGGACCGTGGACTGGTGCGTAAGTGTTGGCAC
GTCATTGCTGCTCTATCTCTGGACTCCGGTAGACCATCGCTAGCTGCAAAATCTCGCGAG
GCTGGGCTGATCGATGAATGAATAACTTCACTTCGAATTTAAGAGAGAAAAGTAATAAAG
CACAAGAAAATGAGTTCAGAATAAGTAATAGAAGCATTTTTTAAGGAATAACTTCACTTC
GAATTTAAGAGAGAAAAATAATAACGCAGAAGAAAATGAGTTCAGAATAAGTAACAGAAG
CAAAATAAAAACTCAAACACGCCCAAGTAATAGAAGCAGGAATAACTTCACTTCGAATTT
AAGTGAGAAAAATAATAACGCACAAGAAAATGAGTTCAAAAATAATAACAGAAACAAAAT
TAAAAATTAAACACGCCCAGTGGGACTCGAACCCACAATCGCCTGATTAGAAGTCAGACG
CCTTATCCATTAGGCCATGGGCGCTTTTTGATTAAATCGCACACAAAATCTATTAGTATT
TTTCTCCCTTCCTTTTCGGGTTTTGAAACAAAGTAAAGGGCAATTTGCATGAAATCCGTC
TCCCAACTGTTTTCTTTATGTTATTTTCTTAACACCACATACACATACACGCTTACATAT
AGACTCATCCCTATGAACACATATACATGTCTTATTCCTATAAGCACCTCCGAGAAATTG
AGCGAGCACATCATTTTAAGATTTACGAAATCTTCACACACACCTTTGTAGTCGACGGGA
ATGTCTCATCCCACTAAAGCACGTTGTCTGTGACGTGAACTCTGAATTGAGAATACCACT
CTTTTTGCAACCATTCAATCACATGTTGGTTCACATTTCTTTTGTGTTATTGGGTTGGAA
GGAGAAGATTATTATGGGGCTCAACAAAGCATATTATGGAACATGCACTTTTTTTAGGAC
TATTAGAGCATGTACTATGGAGGCAACACTTTGGTGCTGCGCGAGCCCATCCAGCCAGAT
AGAAATAAGTGAGGCATATGTTCGGTTTATTTTTCACCCAATGCCAATAGCTGATGCGCT
CAGTCATAGGGGCCCAAGTTCGTCATCTTTATCCTCCCAACCATGCGCCCAACTCAATAT
GCCGGTGGCTGCCGTCGACCTTCTGCTACGTCAACAAAAAGATCCCTGGCAACGACGCCA
GAAATACTTCTGATGGCAGCTGTGCTTCCCTTGCAACGACGCCAAAAATAGTCATGTCGA
CGGCACCAGTAATCCATCAGCTGCGGCTACGCCTTAAAGGACTTCCTAGGCCA