Map Locations of contig_54555 (14774 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_54555

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_68302 1 1732 bp MLOC_68302.1 Available Available LOC_Os05g48300.1, FRAME:+2, EVALUE:2e-124, 13105.m05132 protein purine permease, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_68302






Contig Sequence (14774 bp)

>contig_54555 14774 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AAACTTCCCACCACCTTGTCATGCTACCACCTACATGGGCCCTTGGAGATTTTTCTGAAA
TTCTCTTATGGGCCTAAAGCCCACTATCAATTTCAACATTTTGGCTACAATTTTTTCTAG
AACCCAAAACTCTGTTTCACCGAGTAGAAAATATTTATTATACAGAACTGCTAAAGCGCA
ATGAATTTTGAGAAATTTATGTCTTCTATTTTCATTTGCAGTGTTTTATTTATTTAACTT
TACTTTTCTATTTGTTGTACTATACTTCCAAATTGCACTTCCTTCTTTATTTTGCTTATT
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ATGTGACTAGGAATCTTTCAGCACTCCTTCTCTTTTATATATGTATTGATATTGGAAAGG
ATGATCCAGAGGATTTTGAACCACAAATGTGTTCAAATAGTGGCAATGGATCTAAAAGTA
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GTCCGGTGCAACCATGCAAGCTCTGCCACCGGTCCCGTTCATTCCAAGAACATGAATACG
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ATGGAGTCATGGGAGTGGACATGCTTGCTCACACAGGTCGTTTGGCGTAAAACTGATCAT
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CTTAGCACGTTATGATAGAAGATATAAAAACATCACAGACAACTAGCTAAATGCATTGTT
TCTTAGGGGTTCTATCTAAATTTGATGATTTGAGGCTCATGCATACATGTGATTGGCCTA
ACAGTTTTTTTTTCCTACGGTCACGTGCAAGGGATACAACCTCGTTTCTTTCTTCATTAA
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CGATTTTACTAACAGTCTACATACGGAGCAAAATGATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNTCCGTATGTAGTCCACTAGTGAAATCCCTACAAAGACTTATATTTTGAAAC
GGAGGGAGTATAAAACAGTGCTAAGGAACTTGCCCGTCGAAGGTGCCACAACTCACTTCC
CGGAATACGATATGTGCTGCTAAATGCGGCAAAATGCCACTGCTTCGCACAGGCCAGGAA
CGCACAAGCTACAGATTGACCGGCTCAATTAGCTACGATCTGTTTATTTCCGCTGCCTTT
TCCTTTTTATTTTTTTCCTCACTGGTATTCCTTTCCTTATCTCTTTATATTTTTTCATAA
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AAAACAATGTTTGAAAAATGGAAAATGTCCTATTTAATATTTCCCTTTTTACAAAAATAG
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TTCACTTTCCAGTAGAGCATCTCTAGCACACCCCGTAAAAGGTCGAACCCCCAAAATTCC
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GTCCGTAAACTTTTTACCGCGACCCGCAAAAAGACCTCTCCAGCCGGCATACATGCAGTT
TCACAGCGCGTTTACAGGTCAAACCCTATCCTCCGTCGCCGCAGCTCCGCCGCGATTCAA
CTCCCACTTCGCCCTAATTTCTCGCCGTCGGCCAGACAAAAAACAACCAGCGGGCCGTCC
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TCGGCTCTCCGGCTCCTATGCTGCTGGGAGTTCGTCCGCGGGCGCCTCGTCCTCGTGGAC
CATCACTTTGATGAAGAGAATAGCGGAGGAGCTCTGGCCGCTCCCCGTCAAGCTCGAGGA
CGACGCCAGCCAGCTGCGTGGAGGCGTCATCAGCCCCGAGGACTACCTGCCCCCGGGGCA
GGAGGATCACCTCATGCGCGCCATCATGGAGCGCTTGGTGAGGGAGGCGGCGGAGGACGC
CGCGCGCAACCGTCCCAAGCTCGAGATCGAGCAGATCTTCCTCGAGTAAGGGGTCACGGC
GTCGCGGGCGAGCGTTTCTAAGGAGGCAGGCATGCGCTCCTAAAGGCCGAGCAGGACAAG
ATCTCGACCGACCTCGACTCCGACGAGGCTGAGCTCCTCCGGCTCCTCCGCCGCGTCGTC
GCCGCCGCACCCGTCGTTTTTGATAGCATTGGCTCGGGTACGCTGCACGGCCCGCAGATC
CCCACTACCTAGTAGTAGTATGAAGAGCTTATATAGTTTGATGAAGAACTGATGTAGTTT
GATGAAAAACTATGATGTAGTTTGATGAATGACGTAGTAGTTGCTTCCCGCGAACAATTC
TTTTCACATTTTATAGTTTCATATACGGAGTCTGATATTTGAGGCACGAAATGGCCATGC
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AGAGATGCTCTTAGAATCATTTAAAAAAAAGAGATGCTCTTAGACTCCAAAGGTCAGGAA
CTCCATTGGCTAGCCACTACCATTCACTAGCTGGAGGTCCTAATGCAAGCTATGCATCCA
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ATTTATCGACATAAATAATAAGTTAAATTGCAGCAACCATGAACGACTAACTAATTGATT
AAACACATTCTTACAAACGCAGCCAATCAAAGAGCTAGAAAGACGAGCAAATTCGCCATG
GAGGTTGCAAGCGCGCATGGCGTTGCATCACACTCCATCTCCATGCATGGCGGCCTGGGC
GCACGCACGCAGTGCAGCAGTCTGTAGATTTTTTTTTTTTTTGAGACAATGCACGGTGTG
CAGCGGTGTGTAGGTGTTGTACCTGTACGATCCTTTTTTTTTTGAATTGTTTACCACAGG
TGTCACAAATTCTATGAATAGAATTAGGAAAAGATATGTCATTTAGTTTACATCATACAT
TTAATATAAAGTCTAGACTTATGGTTTTTTTAAATGTGGAGGATAGGAACGAATCCTGTG
TAGGTACAGATTTCCATTCCTATGAACCAAAGGCTCTGACAGAAAAATTCCTCTAAGAAT
TCTATCCTATGAAATTCCCGTAAAATTCTTTCAGACCAAAGAATGCGTAATTGTTATTTT
GCGGGTACCGGTATTGTAGTTCAAAATTTTAAGTGCATTTCTGCGTGTGAGAAAAATACA
AAGGAAAGAGAGTACGTATACGACCAACCGAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATA
CGACAGGTAGAACTAGTTGAGACGGACTGATATCATGCGCATTCATCTCATCGGAGACTT
TTTTTTTCTTTTTATTTGAACCTGCATCTCATCGGAGACTTTGTTGGCAAGGGTAGAAAG
CAGACGCGAGGAAGGCACGGCGAGGATAAGGAGGGCCACGGCAGGGTGACCTCGCTTTTA
CGAAGTATGTTGTGTTGGCAACTTGGCATAACCGGGAATGCATGCATGGATGCACGAGCC
AGCACGCACTTACCACTACGTACACTTGGCTCTGTACGTGGTACGTGGAGGTCTTCCTAT
GCAGGGAGGGTGCCCGGCCGCTTGCTCCACACTTGTCGTGACAAGTTACTACTAACTCAG
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AATGAATATACACTTTAAAATATATCTATATACATTCGTATGTAGTTTTTTTTAAAAGAC
TTATATTTAAAAACGGATGGAGTATGATGAAACTGAGGCTGCGGGCCTGGAGCATGTTCT
CTTTCATTTGTGAATGCCCTTGGCTTGATGGACCTCTTCCAGATTTGGCTCATTTGCTCT
TGTTGCCTTCATTTTTTTTTTGCAAGGTCTTGCCTTCATATTTAACTTTGGGGCAGTGCT
CTGCGCTGGCGCGCAGGTCGAAAGTACGCGAGCTGCCCGATCCGCCTGATTGAATCTAGT
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AGCAAATTTCGGTCACGTATGCAGCAAAAGCATGGTTGTAGCAAAAAGTATCAACGTGGT
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AAATTAAACGCCGGTTGTAGTGAAAAAATTCGACGAACTCGGGTTGCAACCAAACGTGGA
TGTAACTTTTTTAATGAATAAATTACATCAAATGGGAAAACGCTGATAGCAAATTTATAC
GCCGATTGCAGCAAATCTTGACGAAAAATGCTGCCTGACTGGATCACCCACCCGTGCGTG
TCACGCGCGACCGACCAAACGGTTCGGGCGACACGCCGGTCCAAACGTTTCCCTTAACTT
TGTCATTTCTCTTCACTTCTTTTCACTTGTTGCCGATGCCCAATTGCTTGGACTTTTGCT
GATTTGACTTGATGTTGACAAATATTAGCATGCGGATGCCATGTAGGGTTAAGTGAAACC
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AGTCATGCAAACATGACACATAAGTAAGTATGCATGCAAGACATAACTAATATTTTTTCA
TTACTCTACGCGTGTAATGGTGCCACATCATCCATTCATGCATATTAGTCTTAAGTAATT
TTTTGCATTACAGTTCATCCTCCTTATTTTGTTAGAAATTACATTGTAACTTCAATTTTC
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ATTTTTTTTATAACAACTATCTATTCATTTTTTAGCAATGTTCCTGCAGCAACGCGTGGA
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AAAAGGAATGGTTTAGGCTTTCCTAACAAATTCTCCCCATTAAATTTAAGGTGCTTCTTT
GGTCGGCGTTGAAAATAAACATTTCACCAAAAAGGCATATATGGGTGGAAAGGTGGAGAT
GAATTGTGTGCGTTCTGTGGAGTACATGAAACCATTGAACACAATTGTTCGTTTGGTTTT
CAAAATTTGTCCACATAAAAATGTCTTTCTATATTTCCAAATGCCCTTTAGAGCATATTA
TTTTTTCTCTTATCATATAGTAATCAAAACCAATAACATTCAACAAATGGTCTTCTCACT
TTCTAGATGCATTTAGCTCATTAGAGGTGGGGGTGATTAAGGAGGAGATAGATGGCGACT
TGCATCTTTACAATGTATTTCTTACTCCACTCCGTAATTTATTTTAAAATTTCTACATAT
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TGTGACGCGCACATCTTTTTGAGGATGATGCTGAAAGTTGATGGATTGCTGGAATGTCGA
TCGATGGCAACAACTTGTGTTCTATTTTCTGCAATCGTGTTTCCCTCTTTTAAGTATCTG
TCCGTTACTTTCTTTCTTGTAAGAATCTTTAATTGAAAATGAGGGGACGAGCCTTGCTAA
AAATGTTTCCGTATACCCTGATGGAGTGGACGCGTCGATTAGTTCCACAATAACGGGAGG
AATCGATACAAGTAACGTGCTTGCCGAAACCTGTATCTCTGCTACTATAAACATATATAT
ACATTTTTTGTGAGAGCCTACGCTATCCTATGTATTTCTAAATAATTACGATACTCAACA
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ACAAGTGTCGACTGGCCCGCTACTTCCCTCGACAAGTGTCCACCGGGTACGAAACCACAT
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CCACGCAAAACCACATGTACTCCTACAAAGCTGGTGATGTCAACACCAGTCAAGTGAAGT
ACGTAGTAGTAAGTGCATCCATCCATCCATGATCCATCCATTCATCCGATGATCCGGCCC
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CGAACGCAGGGTCAAAGAAATATGGTACTCCGTCTAAATCTTTTAAGAGATTTCAATAAA
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ATGTAGTCTATTAGCGAAACCTTTAGAAAGACTTATTCTCTCTCCGTTCCAAAATAAATG
CCTCAAACTTAATACAACTTTGTACTAGAGCTAGTACAAAGTTTGAGACATTTATTTTGG
AACGGAGGAAATATTTAGGCCCTGTTTTTTTTAAAATTCATAATACTTTTTTTAGTCCCA
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TCCATGTAAAGAAACACCACCTTAGGAACGGATGGGAGTAGGTGTTAATCGGCACAACCA
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CCCAGTAGCCCCCTGGTCTATAGCTCTTACGACGTCTCTTGCCACTTCTTACACACAAGC
ATATAGTTCCAAATCAATCTTTATTGGTGCAAAAATGTAACGTCTATCTACATCCACAAA
TACAGACGTAAATCACGTGACATATATGTGGACGTCATATATTATGCACCAGCGACGGTG
TGCGTCCAACTTTACCTCACGCATAATAGGCCATAATAATGGACAAGTCTCTCTTTACTT
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TATCCATTTCCACGGATATACTTCAATTAATAATGAATGTATGGATATATACATCCATAT
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CATACGTATATGGAGTACTACCATAGCTGGCCTTTTTCCACACCCAGCCATTCGGAAAAC
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ATTGCCATTATAAACGTGTCCTCGTCGCCAATTCACCATTAATCCATCGCTTCCCACTCC
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GCCCGGCCGCCGTTGCGCCTCGACGCCGCAGGTCGACGCTGCTCCTGATGGCGAACTACG
CGGCGCTCCTCGTCGGGTCCGTGGCGTCCAGCCTGCTGTCCCGTTTCTACTTCGACCATG
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TCTCGCGCCGGTTCCTGGCCGTGTGCCTGGCCATCGGCGCGCTCATGGGCGTGAGCAACC
TGCTCTTCGCCTACAGCACGTCGCTCCTGCCGGTGTCCACCTCGTCGCTGCTGCTGTCCA
TGCAGCTCGCCTTCACGCTCATCCTCGCCGTCGTCATCGTCCGCCACCCGCTCACCTTCA
ACAACCTCAACGCCGTCGTGCTCATGACCCTCTGCTCCGTGCTCCTCGCGCTCCGGTCGG
GGGACGCCGGCGAGAGCCCGAATCGGAGGGGATACATCGTGGGCTACGTCGTGACGCTTT
GCGCGGCGGGGCTCTTCTCGGCGTACCTCCCCGTCATGGAGCTCGTGTACCGGGAGGCGG
TCTCCGGCGGGTTCATCCTCGCGGTGGAGGTGCAGGCGGTGATGCAGGCCATGGCCACCG
TGGAGGCGGCGGTCGGGCTGGCGGTTTCGCGCGGCTTCAGCGACGACGTGGCCCACTGGA
AGGGGTCGCACGCCGTGTACTGGGTCGTGGTGGCGACGCTGGTGGTGACGTGGCAGGCGT
GCTTCATGGGCACCGCCGGCGTGATCTACCTGACGTCGTCGCTGCACAGCGGCGTGTGCA
TGGCGGCGGTGCTCACGGCCAACGTGATCGGCGGCGTCGTGGTGTTCGGCGACCCGTTCG
GTTCGGAGAAGGCCGTCGCCACCGCGCTCTGCGTCTGGGGTCTCTCATCGTACCTCTACG
GCGAGTACAGGAAGAACAAGAGGAGAGCCGCCGATGGTCAGGACGATGGCAATACCCTCA
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GCGGCACCGTCGGAACCGTTTGAACCAAGCGAGGTAGCGCCGGCCACAGGGGGTACGCAC
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CAGGGTTTAGCAGAGCATGGATGCATGCTATGTTGCACGGGTGTGCCAAAAACTAGCACA
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TATAAGTCTTTCTAATGGTTTCACTCACTGATGAAAATACGGGGTGGATAGAATGGTCCA
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ATAATCCATAGTGAAATCTCTGAATATGCTTGAGATCGTTCTAGTATTTTTGCCGTTGTT
GTGCTTTTGTTTCGATGATGAACCAATTGACAACGGTCAGTTGCATTATTGTCTTTTCAT
AGTAATTTGACCTTGATGAGATTCTGACAGCATGTTGTGCAACATATGTCTCTCTTATCC
ATATTGGATCATCCCATATACTTGCTCGCGAAACATCGGTAGTCCACACATATATTTATT
TCTAATTTGGTAGGAGGGTTGATATCGAGTAGCAAAGGAACACAATAGGACTATTTGAAG
CGGCAAACCCCCAAATGCATTTGTTTCCAACGCTCCTTGTCAGATAACCAAGTTATCAGA
ATTGATATTATGACCTTCATAGATAGGATATATTCTCGAAAAAGCTCTTTAAGGAGGCAT
CTTGTATACTTTTCGGCACATCACCCCTTTTTTGCAGGGACTTATAATTGTTAGTTGGAA
TGTGATTGTACTAACTTGGTTACCTTATTTTAACTATGCACAATGTATATTTGAATATTA
CCTCGCAAATCACTTATATGGTCATAACACTCGGGAGGTATTTAATATTCATACAACACC
CATTGTATAATGTTTAATTCTTCCTCGATAGGGTGAATACGACGAGTGGTCATACACCGG
CATTGGATTAAAATTGTGCAGACCTTCAACATCCAGGAAGACATAATATGGGTCTTTCTC
TTCTACAACCTACTGAATAAGCTTCGTATTTCTGTTCACCGTCTGTGATGCTACTTTTTG
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TTATGGCACTTGTTCAATTTAGTCCTTGTATATTTTTGTATTAATTCATATGATTCTACA
CTGATGTCACTTATGCAATGGTGGCTGAACATATGTTGGATATGAAATATGTTCTGGTGC
CTATGTTAAAATTAAAATTCTGACCAATTTACTTGCAGGAATAAATTATGAGACAATTAA
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GAACACCTACACCACACACGATTATACCATAGGCCGATTCTGAGATGGCAAACCAACACA
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GATGCCCCATCTCACACGTTCCATTGTACCCAAATATGTATATGGAAACCACGAATGTGC
AAACGTTTCATTGTAATAATCGTGTGAGATGGATACATGTTTATTATATCAAATTGTGTG
TTATGGCACCCTCCGTCACACATGCTTCTTTCCAGACAAACCTTGTGTGATGGAGCAACC
CATCATACATATTTTTTCTGTAATCTTGTGCAATGCGCTCCGAGGAGCGCTGATTGTTTG
ACTATCCGTTTCTTGGTGTGTGTGGGATGACAGGTCAACACTAGTCAAATTTGTAATGTT
TATTTTTGAAATAGGATTCTTTTAATGATAAGTGTCACAAGTATGGCATGAAGCAATTTC
GTCCTAACATATTTTACAACTAAATTTGTCAATTCAAAAAATTAAACATTATACAGCCAT
GACCTTGAGATGCGATCTGTACAAAAGGAACAAATTTATGGAATTTTGGGATGAATAGTA
TCATGTGTTAAAAAGCCGCAGATTTGTTATTTTTGCACAACCATCGTTTCAACGTATTTC
GTCTTGGAAATTTAAACTCATGAGTATTATGTCTCTATGTATATCTGTATTTTCTTCAGG
TTTTTTTGAAATGTAAAAATATGTATTTTGATGATTTTTGTTTTTTTCAAAACCCGACCT
CCTTGAAAGTCGAGCTTCAAACGACATTTTAAACAAAATCGTGTCTATATACATCTGACT
TACAAAAAAAAGAACATCTTAAATATAATCCCAACCAGTGGTTGTTGTCATAAGAGGCAA
GCATAGTAAGGGCGTCTTCGTCCGGAGCAGTCACGCGTTAGGTTAACTGGGTTGGATGTT
CATCCAAGGACGACAAAACCAAAATTTAATTGGGGAGAATGCAACGCGATTATACTGTAA
AGACGAGGAAAGTATTGTAGAAGATCCAACAATTAAAAGGATCAACTGTGATTTGAATAG
TAAGAACACTAGATGACTGGTTAAGCCATTATATTTTTTCACACACACACGCACCCATAT
GACCCACACAAGGAGAAAATCTGCAACCATACCCCAGCCATACATATACATGTATGTCGT
GACTCGTGAGGATACTACTAGCTGAAGTCCTAACACACGTACTATTGAAGTCTTCAATGG
ATATACACATGACATCCGCGATAGCCAGGCTATAGGCCTGCCGTGCTGGAGTCACATCGG
TCGTCGACCCCATGCATGTCGACCTAATCCGGTTTCAAGCAAGCTACCTACTTAGCACGA
CAAGTGTCGACCACCACCGACCCTCTCCGGCCTGGGCCGTTTTCCCCTAGGTGCAACGAC
AGGTGTCGGGCGGCCGGCCGGCCGGGCACACTCCCCGGCCGCCTTGGCAGCTCTCCAACG
TAACAAAACTGGTGATGTCAACGTAGCGCCAAGTGTAGTACGTACGTAGCGGTAGGTGCA
TGATGGCTCTTATCTTCCTTCCATGCATGCATGCATTTCCGGCTGTATCTCTTCTCAGCG
TACGCACGCTCCCTGTTAGAGCATCTCCAACAGGGGTCGAACGCGCCGCGCGTAAAAAAC
TTGTTTACCGCGTGTCCATCATCTGGATTGACGCGGCGTGCAGCGCTGGCTCCAGCAGCT
GCGCTAAAATGCAGCGCGCGCGCGCCCCGTTCCAGCAGCGCGCAAAAATGCAGCGCGCGC
ACAATATTTTACAACTATAGATAGATTGCAAAATAAATAGATTGCATAAAATAAAAAACG
ATACAAAGTTATTTTACATCGGTGCAACTAGATAGATAGTTCGAAAACATAGATAAAAGT
ACGGTGCAAGTAGATAGATAGTTCGAAAACATAGAAACTACCCCCAGTCGCTCCAGTCAT
CACCATCATCATCGTCGCTGGTGTCGTCAGAGGTTGACAGCCATATGTCCAACCAACGAT
CATCGTTTTCAGTGAAGAACGACCTCCCGCCTGCTGCAACGAGATCGGCCTGCGCACTCG
CCAATGCCTTCCGC