Contig Data
morexGenes
Links



Map Locations of contig_54028 (3945 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_54028

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_67991 1 814 bp AK252395.1 Available Available None
MLOC_67992 1 605 bp MLOC_67992.1 Available Available LOC_Os10g38229.1, FRAME:-3, EVALUE:6e-25, 13110.m07791 protein photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1, putative





CDS Structure of MLOC_67991






CDS Structure of MLOC_67992






Contig Sequence (3945 bp)

>contig_54028 3945 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGCCCGAGGATCTGTGGGGTTTCTGGCCCTTCCGGGGATTTTCCTCTCAAAACCTCCCAA
ACCCCCTTAACCAAACGAGGCCTCACGGAGAAAAAAAAATGATAAAGGTAACTACTGTTT
GTCAAAAGTAGGCGGTGCATATTTCGTGATCCATGATAGAGCCATCCATATACTAAGTCA
ACTAAAGAAAAAGGACAGTCAGCTTACAAATTCCATAATCTAACTTCTTATTTGAAAGTC
CAGCATATTATTCCCGGTCTTTGTAAATTACACTGGGTCGCATGGCAATACATCACCCCG
CACACACAAAAAAAGAGTTTGCCAATACTATATCAGCAATGCATATTGCACAATTATTAC
AAGTAAAAGACCCAAAACCTTGATATTACCTGCTAATAAGTACCCCCTATGATTCAAATT
CTATATTTTTAAAACTTTTTCTTAAATCAGATGTATATAAACACATTTTAGTGTGTTCGT
TCACTCATTTAAATCCTTATGTAGTTTATATTAACATATTTATTAAAACGTTTTATAATT
CAGAACGGTTCTGTTCGGAATTACTTATTGTAAAAATATTTAAAATATATTTAAAATTAA
AATACATCTAGATACATTCATTTTTATGACAAATAATCTGGATCAAGCGAGTATGAAATC
ACAGGAAGGCATTCTCACCACGCACAGAGTTTTCAAACAAATTAGCCAAAATAAAACTCC
ACGGGAATTTGCATCCAAACCCAAAGAGGCAAAGAAGTAACGGCCCCAGCGGTCCAGCAC
CCTGCGCTCCCCTTTCCCACCACTCCCCCTTCCTCCGCGGGCACAGCAGCCATGGCCGCC
TCCAGCGACCTCCTCGACGTCGACCCGCCCGAGCTCCAGTTCCCCTGTAAGCTCACCGCT
CCTCTCGCCCCCGTGCCACCTTCCTCCCGCTTTAGATTGCTTTTCTCTTGAATTTTCCCG
CTGACCCCTCCGCAATTTCTTGGCATGCCCAGTCGAGCTCGACAAGCAGATCTCCTGCCC
CCTCAAGATGACCAACAAGACCGACAGGACCGTCGCCTTTAAGGTGATTCTCCTGTTAGC
CGCCGTGTTTAATCCTAGAAAAATCCTGTCGCTTTAGCCTCTCGAGGGATTCTCTTATGA
GTTATGCTTTTCTTGGTGCCCCTGTGATGCGTGACGGGTAGTAGGTTAAGACGACGAGCC
CCAAGAAGTACTGCGTGCGCCCCAACAATGGCGTCGTGCGGCCGCGGTCCACCTGCCAAG
TTGTAGGTACTGTGCTGTTGTTGTTGTGTTCACTGGACCAGCTAGAGCTCAAGAAACTGC
TCAAGTTCAGGCTCCAGAGTCCTCCTTTTATTTCATTTTAATGGGAGATGTTTCAACGCG
TTTTTGTGGACCAGTGACGATGCAGGCCCAGACTGTTGCACCACCGGACCTGCAGTGCAA
GGACAAATTCCTGGTGCAAAGCGTGGTCGTCGCCGATGGCTTATCGGCCAAGGACATCAC
CCCTCAAATGGTAATGGTAGTACTAGACTAGAGTGTAGTTTTTATGTGGTTCATGGCTTT
AGGTTGACAATGGACTTGTGGGTTTCTTAGTTCATGAAACAAGAGGGTAACATTGTTGAG
GAGGTGAGGATGAGGGTCACTTATGTGATGCCACCCGAATCGCCGTCGGAGATTGCGGAG
GAAAGCGATGGGCCACAGCGAATCTTGGCGCCTATGCAGAGAATTGCGGATCATGGGAGG
AGCGCATCGGAGCTGTCGAGTGGCTCGGTGTCCTTGAGATCAGCTGACCTGGGGACAGTA
AGTCTACTGAATGTTTCATACGTGATATTCATATTTCTCTGGTAGTGTGAGTCCTTAAGG
ACATAAATGATGTGTTTTCAGGAGGTGGGGTCACCTACTGGACCAGCTGTAAGGACTGAA
GAATTACTGAGGGCTGCAGGACATGCTGTTGTATGTGCTACTTAAGTTTTTTCTCTATAG
TTCTATATTTTTTTGTATAATTTTTAACATGTTGGTTGTTTGCTGCAGGAAACAAGAACA
CATACAGGCCCTGAAGCACAGCCCCTTGAGGTGTGTTCTTTTGCCTTCCAAAGCAGTTTG
GCAGTTCTTGTCTTCCTTAGTTGTTGTTCTGTGTGCAATACTAACAGCCAGGTCACACGG
CAAAGTAAAATACCAAAGATACTTATTTGACACATTTTGATCCTTGCTGATTCTACTCAT
TCATAGCTCTATGCCTTGTTAATCGTTTTTGCCTACTAATAGGTTTCCTGTACTAAGAAT
AAGGCATATGATCGATTTTTAGTTGCTTCATATTGGAATTATATGATTAAGTGTATTTAT
ATTATTTTTTAACTGTGCATACATGGGTATTGCTCTCCATCCAGTTAATTTGCTTTAGAT
CTTTGGGACTGTTTGTTCTTATCGTCTTGGCCATCCTTTTAGTTCCCTATAGACATCATA
CAACTGGCATTAGTTACATGGATATCTTATAATTTAGCTTGTTTTAGTGTTTAACTAGTG
ATTGTGCCAGCCTTCCTGGTATCATGTTACTTGTTCAATGGGAATGTAATCTTCTTTGGA
TTTCACTTATAATTATTGTTTCTGGCTGAATAACCACATCCCTTCCTCTAATCCAGCTGT
TGGCTTTAATTACAAAATTGACGAAGGAAAAGGATTCTGCCCTTGAGCAAAATAAAAAGC
TTCGCAGTGAGTTGGTGAGTATTATTGTTTTAAGTTCAAAACTTTGAATCATATGCTCTT
TCCATGAGCTACCATTGGCACCCTAAAAGCAGATGTACTTAACAATGGAGGAGTTTTGTC
CTCATGATTAATATACTAGGAAAAGGTCCTTTTTACTCCCAATTATAATGTGAGTAAATA
ACTTAAATGTTCCTGTAAAACGTACACAGAAACCACTATTGAAAGGGTCCAAGTTGCATA
TGTGTGGCAGTATACACCATTAATTAATGCAGTTTGTTCAACATCGCATGTAATTTTGTA
TTCTTTTAGGGATATCCATATTATATCAACAGAGTTTTGTTGCCTGAAGTATTACGCGCC
TACACCATAATATGGATGGGAAACAATAATAGATGCTTACTTATACACTCAATATAATGT
GAAGTAGACACTTGTACAGTTTTTTTTGGAAAAAGAGGGTCACCCCCGGCCTCTACATTA
TCAAAATGCACACAGCCATATACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTCTAGTAC
AACTATGTAATAACTTTAATATAAAGTGAGACACTTATTTTGGGACAGAGGGGGTATTTA
TTAAGGTTCGAGTACGAAGTTCAACTACTGAAGTACAAAAGATCAAATAAAAGCCACAAC
CAGCGAAAATAGGCACTTATAGAGTTACGCACCGGTATATGGTTGAAGAATGTGATATAA
AGAACTGGAGTAGCTCTACCCAGAAGATTTATTTTCTTCTTTGAAGGGAATACGGCAGGG
CACTGCCTGCTGTTAGTAGATAAAAAAATACTCCCATCCGATCCATATTAATTGTCGCTG
TTTTAGTACGATTTTATACTAAAGAACTGGAGAGAAGAGGTGGAACCTATCCTCTTGATG
TTCCAAGATAAAGAGAGCAGATGATTCTGTGTCATTGAAGTTCTACCTCTTCCTTTTCAA
TTCAGAAATTCCCTCAAGTGAACTCCCTGAATATGATCAAACCGGTCAATTACGAATTAT
CACGCAGGAAGATCAGATTACTGCATCAGAAGGACATATTTTAGTTGATTTCTGCAAGCC
TAAACTAAATAATGTGCTGAGGCATAGAATACATATGATGAGCTACAACAATGGTTGTAG
AGCCTAGCATAGCTAGGTTAAGAGATAATTGAGCATGCCATGACGTTGTTAAGATTTCAT
AAAGACCCTTATGGCCTTGTCCTGTAAATGGGCCCTTGTGAGCCT