Map Locations of contig_53572 (11239 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
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Predicted Genes from contig_53572

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_67752 2 1856 bp MLOC_67752.1 Available Available LOC_Os01g15709.1, FRAME:-3, EVALUE:1e-162, 13101.m01742 protein transferase family protein, putative
MLOC_67852 9 3058 bp MLOC_67852.2 Available Available LOC_Os12g08140.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13112.m00858 protein pentatricopeptide, putative, expressed
MLOC_68 5 1767 bp MLOC_68.2 Available Available LOC_Os02g48964.1, FRAME:-3, EVALUE:0.0, 13102.m05542 protein WD-40 repeat family protein, putative, expressed
MLOC_67753 1 740 bp MLOC_67753.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_67752






CDS Structure of MLOC_67852






CDS Structure of MLOC_68






CDS Structure of MLOC_67753






Contig Sequence (11239 bp)

>contig_53572 11239 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCTATCTCTATCGTTTCTGTTGGGCGTTGATCGCCTTGTAATTTATGCTTACGGGTTACC
GTTAGACTTTGTACTTGCTTTGGATTATTCCGGTTCTTAATAAAGGGCTGCATGCATCAC
TCGATGCAGAGGCCGGGGCGATGTCTCCTTTTCGGAAAAAAAAGATAAATGCATGCGTGT
AAAATCTGGTTGTCACCTGAGCGCTACTAGATGGCCAGGAGATGGATGCGCTTGGGACTG
TTAAAATGTACAGCTGCACTTTTAAGTATTTGTGATAAAAAATATATTTGATGAGTGTTT
TCAAAATAACACTCTCCTCAAGTCCCATACCATGTCTACTGTAATTTTTTTCTGATTGTA
AATATAGTAAACGCCTCATTTGCAGACTATCCGATAAAATACACTCGGCAAACAGCCCAG
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AGATAACTCGGTACAAAATACATCGTGCACCGTTTTTATGTGCTTGGAGTATTATGCATG
CACTAATTTGTTATCTGCTTGTGCACCGTTGGTATTGATCATTATGGATACATGCATCGA
ACAATCGGTATTTCAAGAACCACCATCGATCAATTGCACAAGCCAAACGTCAATCTCTAG
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TCTGTTTCGGGAATTATAGTGGAGCTTTGAAAGACGTCAGAGTAGCTACATGCAAATTTT
CAGCTCAATCAACAAATATTTGGACCCCCAAATATCTATCTAGTCTTCCTCCCTAATTTT
CTTTTGTGGAAAAGTGGAAGTGTCCGTCCAAAACAACACAGCCCCAACTGGGCCGGCCCA
TCTCCTTCTCTCCTTTCTCCCTGGATTTTTACATCGTGCAACCACACCCCAACACATCTC
TCTCCCTACTCAGGCCAACTCACCTCTCAAGCATGGAGTAGTGTTATAATCATGACCATC
ACCGATGGTGGTGCACACCATCCCTAACTACCACCTTGCTGCACAGAGTCCTACCAATGC
CCATCAACCCATGAAATAACATGGCAGGAACTGTAGCACAAAACAGGGATCACCATCACC
GACGTGTGAACGCCGTTTTTGTCCGTACCAATGAACATAGAGGGATAATACACAATAGTG
GCCAGAAAACACCCGATGTCTAGCCGCGATCGCAACCGAAGCATGCCAACCCCCAACACA
TCTAATCAAATTCCGTCGAGCCCAGTCTCTCTAGCCAAGGCTTCCTATATGGATATCGTG
TTGTGATGAGGAAGCTCCTCGCTGCCACCGTCCACCGCGTGGGCTTCACATGGTGGCCAC
AGCAGGCGACAGCAATGGCCAGAGGGGTGACGGCGTAAGGGGACCTGCGCGGGCAGCGAT
CTTCACCCTCTTCTTCTTTTAAGTGAGTGACACGGGAGTGGCTCGACTTGAGTCCTCACA
AACATTGGCCATAGATGCTGAAAAGAAAAGAGAAGAAAAAATATATCTTTGATGCGTGTT
TTCAAAACAACACTCTCCTCAAGGCCCACACTTTGTCTAATGTTATTTCCTGATTATAAG
TATAATAAAAACCTCATTTACGGATGAAATGCAATCGGCAAACAACCCGGCACTAGAAAA
AAAAAGTTCATAAAAAAATACGTTCGTGCATACATGTACATTCAGATAACCCGGTACAAA
CGGCAACGTGCTTGTGCACCATTGTTATGTGGTCGAAGTATTATGCATGACACTAATTTG
TTATGGGCTTGTGCACCGTTGGTGTTGATCATTATGGATAGAGGCATCGACCAATAAGTA
TTTCAAGAGCCACCATGGACATATCTAATTGGACGCAACAACCGAGCATGATGCATCCCT
TCGTTTAATTGTTACACTTGTGAAATGCACTGGTTGACCTTTTCTCTCAAATATAAAATG
CAACACATGTATGCGTGTTCCCTCCAAAAAAAAAAACAGATGTATGAGTGTTCAAAAAAA
TGCATCCTACAATGCATCAAGGATGATTTCGATTCTACTCCACAGGTGGACAGGTCGACC
AGTGTAGGGGTCAAACCTTACATGGGCATGCACTGATCTTCCATATCTGCTGTCTGCTGA
TGGATCACCGGCCAGAGTAGGTGATGCTTCGTTATAAGCACTGAATAAAATAAGCATAAA
CCAACACGATCTCTGGCGATCTCTAATGATTTTCTACTCCTGGCAAATCACCTGCGATAA
GCGCGATCCAGACAAATCACCCATGATTTAATATTGTGATTATAACACCCGAGGGTCATC
AGGATGGTTCTATAATTGAAGTCATATATTTGCAGATACCGCATCAAGTCTGTGCATAAC
TAAAGCAGTGTGATTTGATATAAGGGAGCCCATGCATACTGTCACTATCCATAAGGTTCT
CTCTTTAATTGTGAAATGATAATTGAGCATATTGTTTACGTACCCCCAAATATTTCTATT
CTCTTCTTCTTTACTTTTGTTTACTGAAAAATGGAAGAATTAATTCATCATCGCACAACC
GTGACTTGGCCATCCTTTCTCCCTTGCCTTTTCTAGGCGCAACCACACCCTAGCCCATCT
CGCTGCCCAACCAAACTCAGCTAACAAGGGTGGAGTGGTCGTCATCATGAACATCACCAA
TGGTCGAGCACACCACCACTGACTACTACCTCGCTGGAGAGTCACACATCCTGACCATCA
CCCATATTATTAAGCACCGCATGGCACATGTCAGCAAGACCAAAAATTCACATATTATGA
AGCCGGACACATCACCCATATCAGACGTCAACAGTTGAAGCAGACTATCGTATAGTAGTT
AACCAACCATATATAGCTATAATTAAAGCAGTGCGATTTGATAAGGGAGCCCGTGCATAC
TGTCACTATCCATAAGATTCTCTCTTTAATTGTGAAATGATAATTCAGCATATTGTCTAC
GTACCTACACTCAATAATTGTGTCTACGGATAGGATAAGGGAGCCCAGGCATACAATATG
GCATATAATTGTGAAGGGATATTATCATCGTCGATACAGCTGATTGTTTGCCAACAACGA
TGATTTGGACTGATTTTGATGCTCGGGCATACAATCTGTATAGAATAGTAGTTCACGATG
ATCTTTGAGAAGCTAATTCTTCCAGCGAGGAGTAGGTCATCTTGTTCTGTTCACTCTTGG
TTACAACTAGCATCTTGATTCTATTCTTTTGGCCACCAATCCAGCACAATATATTCCAAA
TCAGTATACCACCATGTGGTCACGAAGTTTATTATCCGCACATCATTACAGCTTCACGAA
CAATTCACCAACGAGCTTGAAGCACTCTAAATGCCCTCTCCACATTCTTCCTAGCATCTT
CCAGCATTGTTGTGAAGTGCTTTTGTTTATTGGCACGTGTTTCAGATATGGTCTTCAAAA
ACACCGTGCATTGATGATAGATGTCATCAACTAGATAGTATCCAATGTGGTAGTCTTGGC
CGTTGACATGTAGTTGCACGGCGGCAATTCCCCATTACAAAGCCTCCTGGACACTGAAGA
CCGTTAATGTCGTTGTGAGAACCCGACAGTCCAATGAAAGCATGTCAAATCCATAAGTCA
TGTGATTCTACTACTTTCAGTATAATGGTGGCCTCTTTGGTATGACCTTGATACATTTCT
CACAATGGGGCAATTTTTCAATTGCCAATACATACAATCAATTGATCCGAGCAAAAAAAG
AAGAAAGCAAATGGGTGGAGGGGCGAATTTGGTGCAGTTTGTGATGGGGTAGGCTTGTCG
GGAGGACACGCCCGGATGCCCCATATCCGCCCTATATTTGGGCTGGATATATATGAAGGA
TGCACGTTAGCCCGAACGTTTAAGGCTCATTTGAGGTGTCTGTCTGAATCGCATTTTTGT
GACCGATGAGTGATTGGACCGTCCGCCAGGGTGTTTGAGACAGGTTTAGGGCGTCTGACT
ATAAATATTCTTAGATCTGAAGCATATTGGTGTCACTATTTAGTGGCATGGTATAATACT
TATGTAGTGCAGAGACTTATGTGAAAATCCACAATGTAATCCCACGTAAATGGTTGAGAT
TTATACCGATACATTTTTAATCATATAATTCATCTTTGTATATAGCTATATCTATACCTT
TTTTTATTTTTAATAACATTATTAGTATGAATATTTTATGAATATTAATATATTAATCTA
TAACCATATCTATAGTTTATTTTTTAATTAATATATTGATGTTAATATTAATAATTTTCA
ATTAATAAAGTAAGGTCTGCTTCTTAAGAACACAGAGATGCTGAGCCGGGATATCATCTT
GAGATTGACAAAGCTACCACAAGTGCCTCATAGTCGACGGAAATATCTCCTTCTATTGAA
CATGCATCGCTGGAAATTATGAAATAAATCTAGGAATAATGCAAGCACCAGGAATTAAAT
CCTGATGGGCTGGGAATACCACGGTCCTCCTAACCATTCAACCACAGGTTTGTTCGTCGA
ACATGTTAATTATGCTCGTCCCATAAAACAAGTTGGTTAAAAGAAAAAATAGTCCCATCT
TGCCTTTTTACATCTAGTTTCACAAATTTATATATATCCGTGAATATAGGAATTAACAAT
GGGCCTAGAGCAAAAACAAAGTACCCTTTATTTGTGAAAAGGAAGTAAGGGTCGTGTAAC
CAATGAATTAACAAACAGAAAAAAATTAAATCTTACAAAAATAAGGGCAATTGAGGTCCT
TGAAACAAAGGAATTAAGGAACTAAATGTCCCGATTGGCATAAATAAACCCGAATGATAA
TGCTCAAACGTATGACACGTTTGCAATTTGTTCACACGCATTGATCCACGTTGATTCTGT
TTTGTACAAGTCTTAAAGGAATTTATTGGAATTTCAGTGTCACGTAGGCATCATCGTATG
TGTGCGCGTTGCAGAGTTCGCCCACACGACCCGCAGCACACGGTAGACAGCTGCGTCGTG
TGGCCAAACCATTTTCTCCCCCACACAGTCACCATCTAGTCCACGCGCGTGTGGACGAAC
TGCTCTTCGTCCACACAATGCTCGTACATTGCTAGATGGCAACTGCAGTTGTACGTGCGT
GGCAACTAGGTAAACTCATTTGGCAACTATAATTCATTTCTAGATGGTAACTGCAGTTGT
GCGTATGGGGTCACGAGGTAAATATACGAGGCAACTATGCTTAATCATACGTAGCAACTA
TGATTGGATCACATATGATAGCTACGTAAACACACATGGTAACTATATTTCCGGATTACT
AAAGTGTCATCCTGCGGGTAACTATAGTTAACTAAGACGGAAAGAGTTGCCAAGTTTTTC
CATCTATATTTGCCATCCCGGGTACTAAAATTGCCATCCATGGGGGTAACTGAAGTGTCA
TCCCGCGGGTAACTAATGTAGTTGCGTCATGTGTGCGGACAGATTTACTGCGTGTGCCAC
AGGAAGGTGGGGAGATGAGTAGTACTTGTTGGGCGTGTGGCACGAAGTAGCTGCGCTCAC
ACGTGTGGGAGTTTTAATGTTCACCCACACACGATCCATGTGGGCTGCCTGCTGCGTACA
CCATACACGGTATGTGAACGGATGTGGATATGGAAACCTTAAATGAAAGGGATTGTGGGT
TGTACAATGAGGAAATTAAAATCTTTGTCTGGGATGCCAAGGAGGCTCCAAAGGGATGAA
ACCTCGGGAAATGTATTTGGCCAGATATTTGAATGAAGGGGGTATTAGTTGGCCTTATAT
CTTCTTTTTACTAATTGAAGGCACTTTTCAAGCCTTTTCATTAATCCACATCATCAAAAA
CAATTACACCGTTGAATTATATAATCTGTGATCATGATAAAAGGAAAATTTGCATAATGC
GGATTGCAATGTCCCATAAAAAAACATTGACACGTTCAACGTTAAATTTTTTTTAGGCAC
GTGTGACTTTATTTAAAACATAAGAAAGACAGACTACATCTTTTTCTATACATGGGCTCC
TTCCATTAAAAAACTCCTGCCTTCTATAAAAGAAAAAAAACAACGATCCGGCTGATTGCC
CTTATAAGATAGAGTGGAAATAGAGAACCATCAATAAATTTAAAACTTTGTAAGAATCTA
ATTCTTTGTTTGATAAAGAATCGACACTTCCGATCATTTACAAATGAATATGAATTTCAG
TATTGACTAAAGAATGTACACTCACAAATGTATAAAATAGTTCATGCCCATTCGTAAAGA
GTAATGGATTATGAATTTTCAATTACAACACAATATTAAAAGAATCATTGTTATCTCAAA
TTGAAAAATCTAATCAAGACTAAATTTGATGTCACAATAAATGTACAATTTTACCAAAAA
TATTATCCAATTTCTACTTTTCTGCTTTTCCATAATGTATGAGTTTCTCCAATAATTTTG
CAACATAACTTTTTGGCATTTTCCATATTACTACCGCGAATTAGCGATTATTTCCTCACT
TTGTATTGGACATATATCAAATTTGTACATTGCCAATGATCATCGTCGTGCTTTCATTCA
GATGCGGAAAAAGTGACCGTGAATTTGGAATGTACACTTATAATTTGAAACTGTCAATTG
ATTTGTGAGGTTTATTACTTTTTCAAAGTATAGGAAATACAAACTTTTTGACTCAAGATC
GCTAGCCCGTGCAGGTGCACAGGTTGATGCACTAGCTAGTTTGAATGAATGGAGTAGTAG
TTGACTGGCGTGAAGGCAAACTGGAGCTTTATTTAATTATTCAATGGAGAAACTTTTACA
ACTCGCAACACAATGCACAACCAAGTAGACATGCGCTTAGAAAACATGAATCGATCTTCA
AAACATGCATGCATTTGCATTTGCATTTGCAGGAGAAGAATTCAGAGACGAGGTCTTGAA
AACACGGCGTCACGCAGCGCATAGTTGGCACGGGTAAGACCAAGGTACTCCGCGGTGAGA
GGCTTGAAGACACGCTGCTGGTCTGACTCTAGCGCGGCCGCGAGGCGAGGCCATATGAAG
GCGCTGATGATCCACGTTCCTGGGTTTCCCGGCTTGGCGGAGACGCACAGAAACCCCGTG
CACAGCCTCCCGAGGTTGGCGTCCACCGGCATCGCCAGCGCGGCGTGGCCGAAGCCGAAG
TCGGTGTCGTTGGGGAAGGTCGTCCATACCGTCTGCGTTATCGTGGGGCTGCCGAGACCG
ATGAAGGACGTCTCGATGAACTTTTGTGGCTTGTGCACCTCCAGCCAGTCCACCATGTCC
TGGTACAGCTCGTCGTAGTTGACGGACGTGATGGCCTCCCGCACCATGCTCGCCACCTCC
ACCAGCGGCTTGCTCAGCACCGTGCCCACAGCCTCGTCCGCCAGCACGTACGACGTCACG
TTCCCTGCGTAGTTGCGCAACGCCGACCGGAGCTCTGGAGATGACACCCGCTTTCGGCCG
TCCACCCACCAGAGCATGCGGCACCGCTTCTCGGCCTCGGGCAGCAGCTTGGACGCGTCC
ACGATACCTGTCAGGAATCGTCTATGACTTTACTCTTGAACTTATTTAATACCGTATGTA
ATATATGAATGCATGAATCGATTGATGCAAAGGTCGGGTGGTTTGCTCCTCCTTTTTCTA
AAAAAGAAAAAGATACCTGCAAGGACCTTCCACAGGTACGCCGACACCGCCTGGACGCGC
GTCGCCTGCTGGCCCTCCGTGCTCGCCGCCTCGCGCAGCATTGCGATGTCGCGCTCCTCC
ACGTAGTAGAGCCGCTCGATGAAGCTTGCCTCCGCCGTCAGGGCGTTCACCTCGTGCTCG
TGGTCCCACTGGGTGAACATGCCGTCCAACGACGGGTCGTACTGCGGCGGCTCACGAGGG
CTGAACAGCGACCGGTCGTGGCTGGGTCCGCCCTCGGAGATGGTCCCTGACCGCACCAGC
TCCGACCACATCCTCACCAGCATGATCCCGACGTTCCCGTCGCCGATAAGGTTGTTGGTC
GCCCACACGACGGCGAAGCCCCCGCAGGTGAAGGACACCAGCTGCACTGAGAGCGGCACC
TCCGCCGCGTACGGCAGCTGGATCCTCTTCAGCGACTCCTCCGACAGGCCCCAGTCCAGG
GTCCACAGCTCCACGCCGGCGTCTCCCACGATGAGCTCCGTTCCTTGGTTGAAGCAGTGG
AGCTCGGGCATGCCGGAGCTCGGATTGACCGCGATGCGCCCAGCCATGGGATAGAAATAG
TTGAGGAAGGACGGCAGGTGGGCGTCGAAGGCGGCCACAACGGAGTTGAAGTCGCCGGTA
GGAGGCTTGGGGTAGACGCACGTCACCGACCCTTGTGCCGAGTTGGGGTAGAGGTCCAGG
TTATTGAAGGCGGCCACATGCGGCTTGATGGAGGGGTCAGAGGCTTTCACCAGCCGCCGG
CTCAACACCCTGATGGGCAACCCATTGCCTGCACTCGCGCGCTTAGGCAAACCCATTGAT
TCCTAGTTAGTGCTCCGAAGCTATTTGGTCTCAAATGATCAGCCAGAGAGCAAGGTGTGG
ATGAGTAGTGCATTACAATGGTCCTTATTTATAGGGAACCACTAGCGTTTCATCAGAGTA
TACTGATGCCTACTCCCACACCATACGCATTGAATTGCATTCATTGAAGCGTCCGACTGA
GCCAGGAAAACATATGAATGCATCAATGTATTCCCAACTCACGGCAATAACTCTATTTTC
TTTTGTTTTTTGCAAGTTGTGATTTGCTTCTACTAGTATAGGACTAAGTATAGAATAAGT
ACAGAAATTAATGTTTCTCAGAAATTAGGAGAATAACTCCTTTTTTTATTTATAGGGCTG
CCAATAGCGTGTATTATTATAAGTTAGTATAATGCATATGATACTAGTATTGTATATTAC
ACATTTTATCAAAATAATTGTACTTAGGAAGCATTAGACTAGTTCTTTTCAACTATAATT
ATTTAGATACAGAAAAAGTACTACCTTGAGTGATCTTATTTATTGTCGTGTAATGCATAA
TGCGTATGGAGACTTGTTATAATCAGTCATATGATTCCCGAGCGAGTTTTCTATTTTACG
CGGGCTTACATCAACAAGTGATACATGTGCAGCATACGCGGGGAAGCTCGATGTGCTGCT
CGAAACATTAGTAATTATATACAATTATCAAGCAGTATGAGATATATCCAGGCCAAATAA
ATTGCAGAATTTGCTTTTGGAGGCTCCATGAAGGCCATGCAGAATTCATAATTCACGAAA
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GTGCACAAGTGTGCAAATTTCACGACGAAATACGAAGAAATGAGGGTTGTGCAAAAAAGA
CAAATATGTGGCTTCTTAACACATGATAATATTCATCTTTTCGGATCATGAATTTGTCTT
TTTTGTACATGTCGCACTTCAACGTATTTCATAATGAAATATTACACACATATGCCTCAC
ATACTTATTTACTTGTACAATTTTTTCAGATATTTTGACACTGAAATTTTTGAATTATCA
TTTTTTTTAAAAAAAACCGGCCTCCATGGAGACGGAGAGCCAAACGTACATTCCCAATAA
ATTGGGGCCAAGAACCTCATGTATGTAAGAAAAGCTAAGGGCATCTCCAGGGCGACGCAC
AAATTTTCTCCCGCATCCGTACGCGGACAGGGAGGTCAGTCTGTAAACACGCGAGATCAC
CATCCAACAATAGTCACATATATTTTAACAATAGTTTTGACCAACAAGACAAAATTTGTG
CAAACACGGCCGGATTTCATATAAACATGACAGATTTTAAACAAACCGGGCGAAAACATT
TACATTTTGAACATATTTTTACTAAAAGATAACACTATGTGCACGTACGGTCCATGGAGC
TCCACTCCCACGACACAGATACACTCCAATTCCACCGCTCATTGGAAGGGAACCGCTGGA
TGCTTCAGCCAGAGGGGAAGAGGGATCCTCCGCTTCCGTGGAGCCCAGACCAGGGCGCCA
TTGGTCTAAGATAGAGAACCGGGTAGATCATCGGATCTACAAGCGACGGCGCACCGACAG
TGCCCGGCATGTGATACAAGCCGTGATGGCCTCCCATGTTCCAATTTCTCTCGATGTTAG
CAGCGGACTCTGACATGTCGGCCACCGAATCATCGATCTTCGTGCAACTGGCTTCTTTCT
CTATCAGGAAGTTCTGGTCACGCACGCGTTGACTGTGGGCACAGGAGTCGCGATACGACG
CGACGCCTTTGACGACATCGACAATGCTCGGGCCGCCCTACTCCCCGCCCTGTCGGCCTG
GAGTGACCCATCACTCCTTCTCGAGCTAACTTGGAGTGGCGAGTTGCTGAACCAAGCACC
GGCTTGGCGGCACCTCGCTCCATCGAGCTTGGCGCAGGACGTGGAGCAATGAGCTGCGTC
GCTTGTATCCGGCGGACTCGGCAGGCCACCCAGCCGGCTTTTATGCTGGAGAACTGGTTG
TCTTGTTTGTCCGATTGCATTGAAAGGGTGGAGAAGGAGGATTTGGGGAGCGGACTTGGT
GGTACAATTCTTGCCCGGCGCCTTGCCTCATTTAAATAGAGGACGGGATGGGAGGAGCTT
GATTGGCATTGCATTTAATGTTGGCCCGCTCGTAAACGGATGTGTGGACGGAGTAGGTTC
CTCGGCTTTCACGGGGTTTAATGGAGGCATTTGAATGCGACGGGGAGGCGTGTTCTGTCG
GGCGTGCAATGGGTGGCGCCCTCGGCCCTGAGACGTCATCAATGTGGAAAGGTGCGCTCT
ACGGCGGCATGAATGTAGCCAGCTGGCGCGGGGTGGAAACACGCGGACGAAGGAGTGGTT
TGTGTGGGCTAAGGCAGTCACATACGGTCTCTGAACTCCCGCAGAAACCACCGACGTTTG
TTTCCGGATTGCTGGGAAAAGTACGTCCGGACTGTGCCGTGGACTGATACAACACTCCGT
TGGATGGCTTCCGCAGTCCGGCATGTCCGGATGTCTCCCTATCGCCCCACGTATGAACCC
GATAAGGGGGGTGCTGGTCATCCCCAGATTTTGGGACGGGTTTTTCAATGTGGTTGGATA
CAATTTTTCTATTTTGACAGTGACTGGCCAGCCAGCTCGGACATTTAGGGCGATTATGGC
GGCTCCAGTTCTATATGCT