Map Locations of contig_52005 (12116 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_52005

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_66710 1 699 bp MLOC_66710.1 Available Available None
MLOC_66709 1 3014 bp MLOC_66709.1 Available Available LOC_Os09g25160.1, FRAME:+1, EVALUE:6e-26, 13109.m02404 protein retrotransposon protein, putative, unclassified
MLOC_66711 1 2132 bp AK251750.1 Available Available None





CDS Structure of MLOC_66710






CDS Structure of MLOC_66709






CDS Structure of MLOC_66711






Contig Sequence (12116 bp)

>contig_52005 12116 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
AGATCCATCTCGGTGCGCTCATCTTCATTGCCGATGACTCGGCATGGCTTCAGGAGGCAC
CTCTCGACATTGAGGTGCTCCCGATCCGTGGGGCGACGCACTTCCGTGCAAGTTCCTGCA
TGTTCTTCTTCGGCAGCCATCGACTCCAGTTGAGTACTTTTCAACCCTGCGCACAATTCA
TTGTTGAGGGTCTTGATCTATGATGACTTCATAACCGAATCATGCAGGTGCGATGCCAAA
CGTTCACTAGTAGTACAGAAAAACCTAGCTATGGCAAGCCAAATTCGCCTTGCTGGCCTG
GAGACCCGACGCCACCAATATGGCGCCGCTGTTAAAAAGTATTGCTGGCATTGCAGACGA
CGTCAATAGTATTTGACATGTTTATGGCGTGCCATGTCGCCAACGCCAGCACTAATATAT
ATCAGTAGTGGAATTGCATGTTAATCCAATGCCAGCAATTTCATTTTGAGATTTAAACCA
AATATGTATGGCAGCATGATCAAACCAAAATGGCAGCATAATCAAAATTTAGAATAGTAA
TTAAACATTACAATTCAAATACCATAATCTAAGTTCAATAGTATCCATTTATTGACATTA
TTCAAAAAAGTATCAATAATAGGCAAATAACACAAGTACACAAATTCAACTAAACAGGAG
GTGGTAACAACATGAGATATGCCATGTATGCATGCCTACTGGCTAGCTACTTGACATTAC
GGCGGGGGGAGTCAGGATCATAATCAGGAGCAAGCAGACCATCATCATCGCTGTCAGCAG
GCATGTAGTAGACCTTGATGTCATCGCGATCGGAGTGAAGGTATAATGTGGCTCTCTTTC
TAACTTCCACCTCGTAAGCAATTGCAAGAGTTGTTAAACCAGGACAATCGACATTGTTTT
GAATCATTGATGACAAGACAATTGAACTGTTGGACCGTCAGCATCTTCATTAGGGTGCAT
TGGAATGTGATGGTTACATCAAGCGAAACTCAAGACTTTCCTAAAAAGTCAGGCCTTACC
CAGCAAGCGATGACCTGAGCGAGATTGGAAAAAAGAATAGCTAGTTAGACAACTTCGGCC
ACAACTGTATGATATGAAATTTACACATGCGCAACCAATCTTTATACTATTTCAATAATG
GCACAAATGATAGTATAGAAATTTACACTTATGCGCAACCAAGCTTTATACTATTTCACT
AATGCCATATATCAAATAACTCCTCAACATATGTGTAAATATGTAGAGAATCATGTAGAA
ATAACTCATAGCACAATAAAGTATCATAGTTGCTAATATATTATAGTTTTGTATTAGACA
TATAGGACTAAGATGGTGATCGAGCCGCTGAACACGCTCGGGCACTAGCGGTGGACAGGT
TTTCGGCCTTGGGGGAACTAACCCGCTACCCTCCTTCTTTCTTATTGGAATTTCTTCTCA
TGTTGTGGATCAGTTTGGCCTCTTCAAAGGACTCGTAAACTCCTACCTAGGGTTTCACAT
TCATGACAGGTAATTTATGGGACGGACAGTTAAATTGAGTATCCTACATAAATGTACTGC
CATAATCTAAAAATTATGGCTGACCCCCCCCCCCTCCCCGGAAGTCAAAAATGTAAAAGT
TCTTGGCATATTTGGAATCATGAGGATTTTCATTTTATAGTTATATGCAAATCCGCACTA
TAACGTGCGGTTGAGGTAGTGTCCGATTTAAAGAATCATGTTTTACCTATAGCCATGTTA
TATCCACCAAATATATCACGCAGTAAGACTCCATGAGAAAAAACCTCCAATCCCCCCCCC
ACACACACATTGCATGCACAAGGACACCCGAAAGTTTGGCCGGAACCTAAGTTTAATATT
TCGTGTTGTACCCACTGGACACCCCAAAGATTAACCTCATAACTTTGGATTTATCCTTGG
TTTTGGTTCCTGCCTCTAGAAAATGAGGAGGTATGAGCTCCCTCCCCTCCCCCTCTAAAC
TTTGGGTTGTGTATGGTTATCCTGTCATCCTTGGTCAAAATACTAAATGGTATAATGGGG
GAGGGGGACCTTTTAGAACTAGACTAGTAAAGAAGGTCACACAATTCATAAGCCTCACCA
ACAAAGAGTTAATTTGCAATTAATTAATCCCTAGTTTATTAGTACTTATGTTAACTCAGG
TTCCACTACCGTTAATTATGTTTTTTCATATTGTTTCACTACATGAACAAGTAGTTAATG
AGGATTATTGAGGTTGTGGTTAGGATTGAACATCTAAAAATGTCATGAATGCAACATCAA
AAGCATGTTATGCAAACAATTATTTGTTTGTATTTATTCCCAAGTTTTATCTAGTATTGG
ATGGAATCGCACAGATGATGGTGCATGACACTTTATTTTTCATTGCTACATCGATACTCC
AATCGAGTAACAATGAAGGTCCATCGATCTAGTATTACAACTCTTGTCATTTCATTGGCC
ACCACTGCCGGTAGCCATGCTACCAAATGGTGAGCAATAAGGTGGAACATGCACATTGCA
TAACATAGGAAGTGTCTGAATCACCAATGACCCAACCACCTTGAACTGGGCTTGTTGTTG
AGGTAGGACAAGGGCCTGGCCCGGCTGTTGTTGAAGTTGGATGGGCATTCCCTGGCCCAA
CTGTTGCAGTTGAGATTGGACAAAACCATGACCCACCTGTTGTTGTACTTGTTGTTGTTG
TTGTTGCATGACGATGGCATGCACAATGGTTTGGATGGCTGGGCATCGGGATTGCTCATT
GATATTTGCTAGTTGTTGACAACATTGTTGTCGCTTCAATTGGCAACTGTTTTGTTGCGA
GATATGTGGTCGGAGGAACGAGATCACTGACTGGAGTAATGGTACCTTCTCGTCCAGGGT
GCACTGCTGTAGGAGGAACTCCTTGCACAAGTTCAATTGATGTTGTTCCTCTATAGAAGG
TTGTTGTTGTGCCAATGGTTGCTGTTGCGGATATGGTTGTTGTGTTAATGGTTGTTGATA
TTGGCCAAATGGTTTTTGTTGCGGGAATTGTGGTTGTTGTTGCGGCTGGAGTGGCATCTG
CTGCGGAAATTGTTGTTGCGGCAACTGCTGTGGAAATTGATGTTGATGGGGAAGTTGTGG
TTGCTGCGGAAATGGTTGTTGTTGGGGAAGTGGTTGTTGTTGTGGATATGGTTGTTCTGG
CTCTTGCTGCAGAAATGGTGGTTGTTGGGGAAGTGGTTGCCATTGTGGAAATAATTGTTG
TGGCCTTTCTAGTTCAAGGCCGCTTGGGTTGAACTGCATGGTGGTGGTAGTGATGGCCGT
TGCCACACCAAGGAGGGAAAACAATAGGAAGATCTTCATGGTTGATTTGTGGTTACTCTT
GATTGTTTCGTTTGGATGTCTATGCTGCAGATCTTTGAAGGATGGATAATGGAAGTGGTT
CTTCACGGTTCATGCCTATTTATAGCTGGCATGAGATGATTTATGTTCGCCTTTACATTT
GCTTTCTTGTAAAGTGCTTCTAATCTTATCAAACTGATCATTTGGGTATGTTTTCTTGGT
GACGCTACTTACAAGTGTAATTTTGGATTGATCCTGAAAGTTGCTTTTATCATAACGCAC
ATTGCTGGTGTGTCAGGGAAGCTTGATAATGGTAATGACTCGGCATATCCATTTTACATG
TCAAACACTTATCTAGATTGCATCCCTTTCTAAAACTAAGTTTGTAATATTCTATAGTTG
TTACGCACATCGAGGTTGGCATAGCTTGTGGGGAACTAAGTTTGTAGTCTTGCTTTGCCT
TGTTAAGATAGGTCATACTTGTAATGTTAAGATTGTTCTGGACTCCTTTTTTCTTAACTA
ACTTCGTAGTTTTCTGTAATATGATGGTAACATGAACAAGAATACATGACTCATTGATTC
TTTCTTTTTATTTCAAGGGTAGTTATGTCAAGTGTTGAGAAGCCTACTAGAAGCCCAAGA
GGTATATCCCTCCCCCTTATGTTCCATATGTCCTACTGCACGGCTCATCGGAGTGGCAGA
CGGGGGGCTTAGCCGGAGGGGAAGGGTTGCATCCAATTTCGCGAAGCATGGATCTATGCT
AGTTTTTTGGGCGGGGGACGACGATGGCTGGCGAGAGAGGACAAGACATCGGTTGTTGAC
ACCGACGACTCGACTGTGGTGGCCTTCCTTGAACCAAAGCGTTGGTAGCCTTCCATGTTC
TACTTTTCCTTGGCGTTAGCGATAGACGCGAACACGCTGACCGCCGGCTTGCGAGCTCTG
CATAGCCAGCTTGTTTCTCCATGTACCAGGCACGGTTACGCCAATATTGACGACGGATGG
CACGACATCTGTCCTCATCCAAGCCAGCACTGATCCGGCATTGTCGTGCCCGCCCCCCTT
AGCATGATGCATGGAGCAACTTGTCACTCCTCCGGGAGCTGGCTTGAAGCAGCGAGTTGG
TAAACCACGTGCCAGCATAGAAAGGCAACTTGTTTCGTCGGGATAGGCGAGGGTGGTGGA
GCAGCAAGTTGCCTGGCTCATGTCCGGTGGGCTCAACGGGCCACCTAGCCGGCTTTTATG
CCGGAGAACTGTTGCTCCTATTCGTTGGATGCCATCAGGAAGGTGAAGAAATTGGTGGAA
GGAGGAGATGGTGAGCGGAGGAGTGGTGTAATTCTTGCCCTCCGTTTGGCCTCCTTCAAA
TATCGAGCGGGCGTGAGGAGCTTGCCCGGCATTGTGGTTCGTACCAGTCGCCTCAAGAAC
TGGCATCTGGGCATAGTAGATTTATCGACACACGCACACATTTAATGAAGGTGTTCGAAT
ACACCTAGGAGGTGTGTCAAGCTGGGTGTGTAATGGGTGGCGCCCTAGGCCAATGTTGCT
GCTTCAGTGACAGAGCCACTAAGAGATCGCATCCCGTAAGGGTGTGTTCGGTTTGAGGAT
AAGGTGCCATCGGATGGGATGATTCTATTCCATGCAGCCCATCCTCGTGTTTGGTTTCGT
TTGTATCCAGAACCGGACCGTCCGCATGCAATGGATATTCCCTCCAGATGCTTCATCTAG
CGATACCTGGGAATCGGTGGAACGGCCTTGTTATTCATCGATTGAACACAAAAAGGGGAA
AAGAAACCAATGCCTCACCGCTCTCACCCCTCATGCCCCGAACTGTATACCTCACCTCTC
GTTCTTTCCTCCCAGTCACCACTCTCCCTCTCTCTCGCATCTGCTCTCGACCAGCGATGC
CGAGGGAGACGACGGCCAACGAAGGGGAAGGAATCGGCCGACCTACAGCGCCTCCTCCTC
CCAACCCAACCTGCAGCGCCTCCTCCTCTCAGCCTGCCCCTATCTTCCTCGAGCTCTAGC
AGCTCCTGCTCCCGCCTAAAGGTATGAATCCCGTCGTCCAGCACCATCATTCCCACACCC
ACCCTCCCACAAAGTTTCTTCTGCCCTAGGAGAGGCTAGGGTTTATCCTAATCGAATGCA
TCCATGATTTACTACCATAGATAGTCAGATCTATCATATACTTGTTATGTTTGATAGAGT
CCATGCATTGTAGATGGTCAAGAGGATGAATAGAAGGAAATGGATGATTAGGGGTGCAGT
TGTTTTTGTGGTTCTTGCTGCGGTGGCAGTAATTGTTCGTGCCATAATAAGGAAGAGGAG
AGCTCGCATTTCCTATGGCCCTATGCATGAAAGAGATCGGCAAAGATTTGATTATCTAAG
TAGCAAAATTTGGCAGTGTGACGTGAAGTGTAAAAACATGTTGAGGTTTGAGAGAGCTCC
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TTGCATACTATTGGACATAATCTTCGGAATAGGGTTGTGGCAATAAACTTTTGCAAATCA
TTTGGGACAATTAGCATCTACTTTAGACGTGTCCTTCATGCCATAGGTCAGCTGCATAAT
GATTATATCAGACCCCTTCATTGGAGAATTTGGGACAATTAGCATATATTTTAGAAGTGG
AGGAAGATTTGGGGCAGGCTAGTCAGATTGAAGAATTTAAGTGGAGCTCTATGGGATGAG
GATACCTGCACTATCAGGCTGAGTGATGATCACTATGCAGGTCATTGTAAGGTAAGATTT
GATGCATGAAGATCTGACATGTTGTCTATATGTTATGCTAATCATTTGAACAATTTGTGT
AGGATCACAAATCTCATGTGGGCTTCTTGAATACCCCAATTGAGCATTATCGCGCCATGG
AGACAATTTTCCTTCAGAAAAATGCTACAGGGAAGAATGCAAGGTCTGGTAAGGATGACC
TTTCCATTGAAATAGAAGATGATGAAATTGGTGAGGTGAACATGTCACCAAATGTTGGTG
AGTCCTCTAATCGCAATGAACCAGCAAAAAAGAAGGCTAAGGTGGTGAAAAATAAGGATG
ATCCATTGGTGACAACTCTCCAAGATGGGTTCAAACTTGTAGCCGAGGCTCTTGTGAAGT
CCGGTGGAGATGATGATACTATACCAAATGACCTTTGGCAAGTTGTCTCTGGCAGTACTC
GATTTGCTGAAGGATACCTTGCTCACTACTATGCCCATCTTGTGGACAATCCCAAGATAG
CAACAGCTTTCATGTCGCTCGGCGAGTCTAACCGATTGATTTGGGTGGGTAGGTATGTGA
CGAAGAACTTCGCATGATGCACTTTATTTTATGGACTAGTGTGAGATGATGAACTTTGCA
TTATGAACTTGTATTGAACTTCAATTATCAAAGCTTTTGGATGACTAGTATGTGAACCAT
ATGTATGGATTGTAATGAACAATATTTCTTTTCGATGATGACCTTGTGATATTGTTGCAT
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ATCATATACTGTTTAAATTACTTGTTGAAAATACAAAGAAAATGCTGCCAAAATATTGAT
ATTTATGTTCTCCAAATGTAGAGAGATATATGAGCACATAGAGGTAATATCACCATTCAT
ATGTAGAGAGGTGAGTGGAATGAGAATCTTCTCATTTTACCTCCCAAACCAAACACATGG
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GGACGGGAACGCGTGGTGAAGAGGGAGGAGGGTTTTGGGTGGGCCAGGCGGTCAGAGAAT
GGTGTGGGTGATGTCCGGTTTGCGAGAGCCCACTCATGTTTGTCTTTGGTTTCACTGCAA
AGCCCGCTCATGTTTGTCTCACACTCGGAGCAGTCCTGCGCTGTCTGGTTTTTGTTGTGC
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AGAACAATTTAAAAAACGTGAACAAATTTGGAAGTGGGAACAATTTTTTAAAGCACCAAC
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GAATCTTGCTAATAAAATTTTGAGAAGGAAAACAATTTTGAAAAGCCCCGAACAAATTTG
TAAGCACGAACGAATTTAAAAAAAAACGAACATTTCTTGAATTTTGAGAACAAATTCTGA
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TTGAGAACAAAATTTTGAAAAGGAGAACAATTTTGAATAGCCCCAAACAAATTTGAAAGG
AGGAAGAAATTTTTAAAGCATGAACATTTTTTGAATTTTGGGAACAAAATTTGAAACCAA
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TTTTTTTTAAAATACATTACACTTTCTAAAAAACAATTGAAAATCCAGAACATTTTTTGA
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GCCCGATCCCCTCCCGCCCAACCAAACTGGCCCTCACGACAGCCCCACTGGTAATAAAGA
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GATTAAACACGGAAAAAGAAAACCTAGACGGGCCGGATCAGTTAATGCACCTACGCGTCG
GTTTGCGGAAATAGTAGTGACCGGCGCCTCAAGCGTCGGATAGGGTTTGTCGTAGGCGAA
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TCCCTCTATTTTTTAATATAATATACAAACGCAAGTGTTCATATACATGTGCATACACTC
ATCCTTATGGACGCACGTAGGCACACCGTACCCCTATGAGCACGACTGAGCCAGCATATC
ATCTTGAAATTTATAGTCACCGTAGACACCTCGCGATTGACGCAAACGTCGCCTCGCACT
GAATGTGCATCACTGGAAATTCTTAAAAAAATCGAGGAATAAATGTGAGCACCAAGACCT
GAACCCTGGTAGGATGGGGATACCACAGTCCCTCTAACCATCCAACCATAGGTTGGTTCA
CCTCTTCGCTCTATTATGTTTCTTTCCTTATCGTCTCCCGTCCTCGGTTCCTTCTTCTAT
CTTTCTTCGCTATCCACCGGCCGGCGTTTCCTCTTTTCAGAATTGGTTATCGCCATGGCT
GGCCAAGGTTAGTTGTGCCCCTCCCATCTTTTCCATGGAGGATTAGTGAAGCAGGTTATG
GTTATTGCCTCGATCCTATTATGGCTATGTAGTAGTTTGTGATTGGGGTTTCGGATCGAT
GAGAGAGCTGGATAGCGTGACCCGATTTGTGTAGCTCGATGGTGTGATTAGGGGTTTCAG
AATGATTTTAGAGTTGGAGGGTAGGGTTTCGTTGAATTTGGTAGGGATCGCTTTGATTTG
GTTGGAATTCCTCCGTGCTTCTTAAACCCTAGATCCAGTTGGTGCTCTGTTTTAGTAGGG
TTCCTCTGATCTGTTAGGGATTGTTTTGATTTGGTTTGTATTTCCTCCCTGTTTCTTATC
CCATAGATCATTATGGTGCTCTTTTTCGTAGGGATTCGTTTGGTTTGTTAGGGATTGTTT
TGATTTGGTTGTATTTCCTCCCTGCTTCTTAATTGTTAGGTCAATCTGTTGTTGTTGGCT
ACCTGAACCTAGAATTGGAGTGGATTAAGTGTATTGCCAAATCAATCTCTATATCATAGT
TAATTTATGTGGAAGGTGAATCATAGTGTTAATTTCATACAGGAATTTTCCTTGTCCTCT
CCATGACTCATGTGCAAATTTTTTTGAAGGAAAAATTATGTGCCATCTGACTACGACTTA
TCTACTTCTTGTTTGGGAGAAACGGTGGAAACAATGTTTGGTTTACCCAATCCAACCATG
TCTTATGAGAAAGGTGTAACAGCACCCGGGTGCCTAGGGACCCTCTATGAACAGGTAAAT
CGAAAAAAATAGAAAACAAGCTTAAAAAATCTGAAACTTTGCAACATATAATATGGTCAA
ACTTTGTAGGTCCATACATGTTTTCAAGCCAAAATATCATGTAGAGAATGGTGTACAAAC
AAGTTTCAGATTTCATTGCTAAAAGTGCTCAAAATTTGAAGTACTAAAATGTTTTTCCTA
TGTAGAGCTCTTCAAATGGTTTTTTGGCATGAAAACTTGCAAGCACCTAGAAAGATCGGT
CATCTTTAATCTTGCAAAGTTTTAGAGTTTTTTTATTTTGATCCTATTTGTTTTGTTGTT
ACTGTTCATAGAGGGTGCCTAGGCACCCGGGTGCTCAAAATCCACTCTCATGACTTATTT
CACTATTTCTTTTTGCAGAGTTTGCACTGTATAATATAAACTACTTAAGAATGGATCTAA
TTTACATGTTAATTGCCTATTTGTTCTAAAGTAATCACCTTTCATTTCTAAAGGTTATTT
GTTAGCATTTCATATATATATATATATATCATTTTTTCTTGAGTTATCTTCATTTTGGTG
TCGTTTACTGAAATTTCTTCTTTATGTTTCCATTTTTTATACCTGCCTCTCTTTGTTTTT
CTAGGCCAAAATGTTCATGCACGGTCCACAGCGACTTTCCAGTCAAGGTCTCCTTTGTAG
AGAAGCTTTATGCCACGCTAATTCAAACATCTTCTAATTGTGCGTGGACATTTGATTGTG
CCCATGGATTTGCTGCAATGGTTAGCAAAACATATGTGATATGGTAAAGTAGGCATTTTT
TAGAACACTAATAAAGTCATTCCTATTACCCGAGATATGGTTGATATATATGCTATCAAA
GAACAATCTGGTCCAAGTAGATAAAGTGAAATGTAAAAGCAAAACCTGTCAATCTGAACA
CTAGTTGGTGTTTGGATGTGTTTCGTTTCACACAAGTTTGGTTGTTCTAATGTGATGTTC
TTCCATATTAGTGAAGTATGGTCCCCAAATAGTATGTGAAAGGTGATCCATAGTGTTTTT
TCGTTAAGCAATTTTCCTTATTCTGCATGGGTGCTATTTTTTCAATCATTCTCAATCTGA
ACATGACATATGTCTTCCATATGTAGTGAAGTTTGGTCTCATATTTTTAAGGAAAGGTGA
AATAGAGTGATGTTTCCTTTTGTGTTGGGAGATATTCTAATTTTTATTGCCTTTTTCTGA
GTTTGCCCTGCAGAATATCATCTACTTAAGCATGGTCGTAATTAACTTGTCATTCTGTGA
ATTTGGTTCCTAATTAATCAACTTTCAGCGTAAACAGAAATAGTTTTTGTTAATAAACAT
TCCAACATTTGTTCATCATCTATTAAACTTCACTAGTAGAAAACAAGGCTTCAGTCCCGG
TTCCTGAGGGCCTTCAATCCCGGTTCTACAACAGGGACTGAACTACCGGGACAAATGGCC
GAAAGTTTTAGTCTCGGTTGTGTTATGAACCGGGACTAACAGTGCTCCAGGTGGCCGATG
CGGGGCGCGAGGGCAGGAGGACATTTAGTACCAGTTGGTAACAAAACCGGGACTAAAAAT
CAGCCACGCGTCAACAACTGCTTGAAGCTAGGTTTTTTTTAAAGGAGAGGTTTAGGGGTT
TTATATTGTGTTTACCCTTTTATTTTTGTGTTTACCCTTCAATTCTTTTACATTTAGGAT
TTCTCCTTATTTTATGTTGTTCATTCTACTCAACGCTAGCTCCTACATATAGCAAT