Map Locations of contig_51489 (13045 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_51489

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_66388 8 2931 bp MLOC_66388.3 Available Available LOC_Os05g05260.1, FRAME:+2, EVALUE:0.0, 13105.m00544 protein helicase, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_66388






Contig Sequence (13045 bp)

>contig_51489 13045 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CCCATGCTACGTTCCCCAACAAAAACTATGGCCCGGGGTCTACTTACACATATTTACTAA
ACCCTAAAAATACCTCACTGACTTTATTTATTTGTTTTTATTATTTATATTTTCTATATC
TATCAGAATTCATCCTTGCAAGTAATGAGTTCAAGGGGGCTTGACAACCCCTCTTGCCCG
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TGAGTGGCCTATGTTGTGCTGAAATGTTGATTCATTTCCGTTTCGATAAATTTCAAGCGC
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TACATTCATCGAAGTATTATCCTATTCTTGTTTTGTCTATCCTCCCCTTTGTTCTCAGAT
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CTTGCTCATAACCTATTACTTATTGTTTCCTCAAATTAGGTTATAGCAAACTTATATTGT
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GGAACATTTTTGGATTTTGCGTTCCAGATTTGTGAACATTTTTGCTCAAATCATTGAACT
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TCCATGAATTTTATTAAGTCGGTGAACACTTTAGAATCCATAACATTTTTCCTAATTCAG
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TTTTATAAATAAATCAGCATTCTTAAAAAAATGTGATTTTTATATATACATAAAAAGGTA
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TGTTAGAAGCGCCAGATAGGGGGATTTATGGGCAGGCCGAACAAACATGCGTGCATCAGC
GCCTCACGTCTATTTTTACATTGTTACACATTTTAACATTATATAAACTTTTTCAAAACA
CAAGTCACATATATTCTTTCAAGGGTATGACACACTTGTTGAGGTTTTAAACTTTGTTCC
CATTTTTAAAGTTTACACAAAGTGTTTGCTCTTTAGAAAAAATCTGATTTCAAAAAAAAT
GTTTCATAAAGTGTTTGCTTATTAGAAATTGATTGTTTGTCAAAAACTAATTGTTTTTTA
AAGTATTCAGAATTTTTAAAAAGTTACCACTCTTTATAAAATGTTCGGACATTCTGAAAT
TGTTTACATTTTCAATATTTTTTCCCAAAAAATAAGTTCGAAGTTCGTTGCTTCAGTGTT
TTTCAAAACACAAACAATTTAAGAATTTGCTAAAACATTATTTGTAAAATATTACACAAT
TTTGGAAAGTCCTTATCATTTTTCGTAGCATCTGAAAAACTGTTGGAATTCTGATGTTTT
TTGACAAATATGATTTTTTTTGTATATAACAGATAGTTTTTAAAAAATGCGAATAGAATT
TCAAATTCCAAACATATTTTAAAAAACAAAAAATAATTGAATTTGTGCCAAGAATAGAAA
AAAGAACATTTTTTAAATTTCTGGATAATTTTAGAAATGCGCAAAAAAAATTCTAAACTT
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TAATTCCGGTCGGTTATAGTATTCCCAGCGTGTCAAACAAGTCTATGGTCTAAAATAGAC
CGAGATTACAAGTTCAGAGTGTCAATTTCCGGATTCAAAGGTTAGGATTTGATTTAGCTT
TTGTCTATAATTGAGTTTGTTTTGGACTTTTTCCTTTGCTTTGCATCAAGATTTGTCCGA
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CTAGTAATATTAAATATGTATTTAAAAAATGTTAAACGCTTAAAAGATCCTGATGCATGC
GAAAAATGTATGATGTGTATGAAAGATGTTGACATGTGTTGAAAGAAAGGAGAAAAAAAC
CAAGAAGTAAGAGAACAATGAAAGCAGGTGAAATTCGAAGAAAACAAAGAAAAAGAAAAA
ACAAAACTCAAAGAAAACTTATACACACTTGTAACATAAAGCAGAGAATTTTACGAAATC
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GCACTGCATAGCGTGCCACTTGTCGCAACCTGAGAGTTTTCCCTTTTTCCGTAGATCTGT
ATTTTCAAAACGTTTTATCTTCTAATAATCTGTGCGTCCAAATATGGAACCGTTTTCACC
GTTGGCTTTCTCGCGTCGAGATCTTCAAAACTAGAATCTCATATTGATAGGTTTTGGCTA
TCTTTTTTTTTTCATGAAAAAAACCCGGAAAAAAAACGGACGATAAAACCATGCCTTTCG
CGATGGATAAAAAAAAGAAATCACGTTTTTTCCCTTTCCGAAAGTCAGGGACGTGCCTCT
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CTTTCGAAAGTGGCACGGGCGTGCTTCTCGCGAAGGCAAAACCGTGCCTTTCACGGAAGC
AAAACCATGCCTCTCGCAAAAAGAAAATAAAAATAAAAACATATTTTTTCCCTTTCCGAA
AGGCACGGATGTGCCTCTCGCGAAGGCAAGACCGTGCCTTTCGCGAAAGTAAAATCGTGC
CTCTTGCCAAAGAAACGCGTTTCCCCCTTTCCGAGAGGCACGGACGTGTCTCTCGCGAAG
GCAAAACCATGTCTATCACAAAAAAAAAAGAAAAAACGCGCTTTTTCCTTTTCGAGAGGC
CCCCTCGCGAAGGCAAAACCGTGCCTCTCGCAAAAAAAAACAGGAAATATGTTTTTTCAC
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CGATGAAAAACCGGAACAACAAAAAAAATCAGAAAAAAAAACACTCAAAAGAAGCAAAAA
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TCCCGCGGCTTCCATCCTCCTAGCCACCACGATGAAGTTCGATCTTGAAGGCCTGACGGT
GCACTTCCCGTACGCGGCGATCTACCCGGAACAGCACGCGTACATGGGCGAGCTCAAGCG
AGCCCTGGACGCGCGCGGCCACGCGCTGCTGGAGATGCCGACGGGCACCGGCAAGACGGC
GGCGCTCATCTCCCTCATCACCTCTTACTCCCTCGCCAACCCCTCCCGCCCGCTCCGGCT
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CTTCTCCCACCTCCCGCCCGAGGCCTCGCGCTCCCTCCTCGCGCTCGGACTCTCCTCCCG
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AGCCTGCCGCCGCCTGACGGCGTCCTGGGTCCGCGACAAGGCGGCCTCCGACCCGGAGTC
GACCCCTCTCTGCGAATTCTTCGAGTCATTCGACCGGGCCGCGGCCGCCGGCGACCTCTC
TTCTTTCATGCCCCCTGGGGTCTACACTCTCGCCGACCTCCGTTCGCTCGGCCGTGAGCG
TCGGATATGCCCCTACTTCCTCGCCAGGCAGATGGTCAAGTACGCCAATGTGGTGGTCTA
CAGCTACCAGTACCTGCTCGACCCAAAGGTGGCCAGCATTGTGTCCCGGGAGATGCAGAA
GGAGTGCGTGGTCGTGTTTGATGAGGCGCACAACATCGATAACGTCTGCATTGAGGCGCT
GAGCGTCAGCGTTCGCAAGCAGACACTGGATGGTGCCGAGCGAAACTTGAGGCGCATCTC
GCAAGAGATTGATAGGTACTGAGCATCGAAGAAGTAAATACTTGCTCCTTTCAGGATTGT
GGATGTTTCCTTTAGAATCATCAAAAGTTTACATGGATATGTAAAGGTTGCTCACTAACT
AATTTATTTGGTAGGAAGGTTCAAGGCCACCGATGCCAATAGGCTTCGTGCTGAATACAA
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CCTGTTTCCTTTGTTGCTTCAATCCATTCCCAGGCTGGAATTGACCAGAGAATGTTGAGG
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TTTTCAATCATAATTGAACCCTATGATGATAGAATGCCGGAAATTCGTGATCCTGTGATT
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TGCTAATGTGGTTGTGTGTGTTCCAGCTCAGTTGTCATGACGCTTCACTCGCAATACAAC
CTGTTTTCGAGCGTTTCCAAACTGTTGTCATCACTTCGGGAACTCTGAGCCCAATCACTC
TGTACCCTCGTCTTCTGAATTTTCAGCCTGTTATAAGCAGGAGCTTCACAATGTCCCTAA
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TGCTTTCATATTTCAAGTTTGTATATTTGGAAACACACTTATGGCATGCTCCTTATGCTA
GTAGAATAACATGATGCTAGTGCTAAATTTATGCAACTGGTTTAGTTGTCTCTCAAAATT
CTTATTTTACCTTTTTATGTTATGATATGAATTCAGTTGTGTAATGTTAACCATTTGATC
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GTGAGGAATTATGGCCGCCTCTTGCTAGAAATGGCTTCTTCTGTTCCTGACGGCATCGTC
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ATTTTGCAGGTTATTTCCATCACCAGCACATTATTCTTATGTGGGGATGTCTAGAATTTA
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GCAGTGAATGATCTGTTGAGCTGGGTTGACATTAAAGAGTATCAACTACTCTGTAGTCTT
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ATGTCTCAGCCAAGAATAATAATTGTGTCCGTCGTGTACGTGTAGAGATAAAACTTTATT
AAAATCTTGCTCCATTAAGTTTCTATACACGCTGTGCATCTTGATGGCATCCATTCCTTT
TTCCTCTTGTATGATCCTGGATGTGCCTCATGTTGTGAAGATAAATACAACGGAATTGTT
CTCTAAGAATGGCCATCTTATGATGTTATTGTGCAGGATATTATGCAGCACAAGTTGGTA
TTCATCGAAACACCAGATGTTGTTGAGACAACATTGGCCCTTGATAATTACAGAAAAGCA
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GTCTGAGACCACCCTTCAAAATTCACCATCAGTCTACAGTTGAACTCATGATAGGATTGC
TTGAAAATTTGGCAGCATATAATTTAGTTTTGACTTTTGACACCGATCAAAGTAGTCATT
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TTAGTAGGGGTGGTAACTCATCAAGATGCATGTCAGCACTTCCAGTTTGTTAACAAGTCA
ACTGCCAGACCCAAATCAAGCAAACTATCACATTCAGCAACTCAAACAGCAACCAACATG
TGTGTTTATGTGTTAATATGAAGGACTCTTGTAGCGCTGTAAGATTGCATGCAAAATTGT
TTTGATTGGGCCTCATTGCTTCAAAGGGTATTTTGGTGGATTGGAATCCTTGGAAGTTTC
TCTATGGTGTTTGTTCATTTCATAGGATTGTTATCTCAATGGGACTTTTCCCAAGGACTC
CGCTACATTACATTTCATAGGAATTTTCCTAAAAAAATCATTTATTTTTCCTGCAGTGCA
ACCAAACAAGTTTTGGTGCAAACCCTTGTAGGATTCAAGAGGGCATGCCATTGTAATCCT
ACGTTTTTCTTTTACCTTTTTTTGGAATTATGTGAATCAAAGAGGCTTTCTTGAATTGTC
ATAAAAGAATGATCTCATTATTAGCTCATTTTCTTGTGATTTGGAGGTTATAATAAGCAA
TTAAGCATTACTCAGTTAGCACTATGAGCTATAATATGTACACACATAATAATAAATTAT
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CATTGATTTTGACCGACACTATGGCAGACTTGTGATCATGTTTGGAGTTCCATTCCAGTA
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GGTCTTGGCCTATAAGATAGCATTACTTTTGGTTCATCATATGCATACCAGGATAATAAT
GCTGTGTCGATTGAATGACATTTATGTCCCAATGTTCTGGCCTGTGATGGTTACCTTCTA
ACAGCCATGTTTTATGCATGTCTTGTGTCTATGTGCAGGATATTGCGTGCTAGGTTGGAG
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ATGTGTTGGCCGTGTCATTCGTTCGAAAGCAGATTATGGAATGATGATATTTGCTGACAA
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TGTGCCCTTTAAATTGGCCTAGCAATTTTCAATCTGTCTATTTCTTTCTTAAATAACAAG
TTCAAAATTTGTTGCATTGAACATGTGATGGACTTGTGGTCAACTAGCAAGAAACTGCTT
AGTTTAATCTGATTTAATGAAATTCCCTTGGGAGTTATTATATATATATATATATATATA
TATGCTGCATAAAATTGGGCTTTGCTACTAAATAGTGTACTTTTAGTCAATGATTGTGGC
AAATAGAACAGAACTACTTCCTCCATCCCATAATATAAGACGTTATTACATTCAATATGC
TCACATATTGAATGTAATAACATATATTATTTGATGGAGGGAGTAGTTATAGTCATTGCT
TCATTTGATACTCAGGTGCTCTGGGCCTGGGTGCACCATATATCAAACATAGAGTGCTCA
TCAAACATCAATATATCTTGCCGATCTGTTATATGTATTTTTAGGGCCGAGGTCTTTTAA
GTTCATCATTTCATCCCATATCAGTCATACAGTCATACTACTACTGCCTGCTAAAGTGCC
ATGCCATTTGTGACTCGCAGATACAGTCGGCATGATAAACGGTCCAAACTGCCAGGATGG
ATACTGTCACACTTGCACGAAGCGCACCTGAATCTGAGCACCGATATGGCTCTGCATACA
GCCCGTGAGGTATGCCCCCTTGCATCGCTCTACTCAATTAGCAATTGCTTGGGGATATTA
CAACATGGATGCTTTCAAAAGAGCAAGCCACCGTCTTGGTTGCGGATAAGGCAATGCCGC
CATCTTCCGGTCAAGCAGCAATACCTAAACATGCACAGTTTCCATGCTTCCAACTGCTTG
CAATGCAACCTGTTATAGCTGTGGCCACCTGCCAGCATATTTTGTAATTCTTTTCCATGT
CTGCATTCATGGATTTTGTTTGAATTTGTAGTGTTTTTTTCTGGAGGATATTCTCACCTC
AGTTCAACTAGCCATCTGTTTTGGTCACAAAATTAAGTATAGCCGTGTTTTGTTCTGTGA
CAGTTCCTCCGGAGGATGGCGCAGCCATACGACAAGGCTGGGAGCGGCGGGGCGAAGACG
CTGTTGACGGAGGAGGACCTGCAGGACATGGGTCGGGCCCCCATGGAGACGTGAACCCAG
AGAGTGTGCTGTAGCCTGTAGGTACACAATAGTCAAAGTTGCTGATGTACACATTCTTTG
GCTACTCGTATGATCACGCTGAAGCATAAATTCAGTTTTTAGCTGCAGTTTGCATGAAAT
CAATCGGCTCGGAACTTCACCAGAGGTCCTGGAGTGGAGGGTAATAAATGCACTTGCAAA
TGGTGGGGGCCTGAGCGTAGGGTTTAGGTAAGACAGCTGTGAAGAAGAAAGCAGTTCCGG
GCTGGCTGTTGGCCTCGCTCGTGCTGGGCTTCACGTACTGTAGAGAGCAGAAATTGTAGA
TACGATTGACAATTGACAAACGGATCAATGAGCGGGTGCTATTGATGAAGGGCCGTGCTA
GGGATCAGCCGCCCGGTGTGTCTACGTGTGGAACGAATACGAATACGAGACCATAAGGCA
TGTTTGCTTGCCTTCATTATCTCTACAGCCACACAGACCCAACGAATACGAGAAAAACCT
GTTTAGTTGCGTATAGGGAGGCTTGGTTTGCATCCGCATAAACCTTAGAGCATCTTCAAT
AGATAATTCAAATGTAAAAATAACTAACTTTTGGACCGTCTGGGGCAAAAAAAAGCATCT
TCAATAGATGATTCAAATGTAAAAATAACTAACTTTTGGACCGTCTGGGGCAAAAAACGG
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ACCACCCCAAATCCCCGTCGCCGCC