Map Locations of contig_50724 (22152 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012
No map location




Predicted Genes from contig_50724

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_65828 5 2362 bp MLOC_65828.2 Available Available LOC_Os04g53530.1, FRAME:+3, EVALUE:0.0, 13104.m05512 protein expressed protein
MLOC_65829 3 3610 bp MLOC_65829.2 Available Available LOC_Os04g53540.3, FRAME:-1, EVALUE:0.0, 13104.m11959 protein homeobox and START domains containing protein, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_65828






CDS Structure of MLOC_65829






Contig Sequence (22152 bp)

>contig_50724 22152 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TGTGGAAAATATGGTAATCGTGGGTTTTTTATAATATATATATATATAATATTTTTAAAA
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GCTATAGTACATGATCACTACCATGGGCCAACCCATTAGCTTTCCTGTGTTACTCCTTGC
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GCTTTTCTAGTTAGAGACCAAGAAAAGGGATTAATAATCCTACAACTAGAACCAATTAGT
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TACATTATTGGCCTCCCTCGGGAAGTGTACAAAAGATGTACAAGGGAATTCACATGCCGT
GTGATAGTAGTCGTAAAAAATGGCGACTTGGAGACCAGCCTCCTTCACTCATTGTATTAA
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AATATGAAATCAAAAAAGGTTTACAGATTTAAGGAAAAAGGTTCATCCATTTGAAAAAAA
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TGTTCATCAAGTTTCAATAAAGTTCATCATTATTCAAAAAAGTTGATATAATTTTAATAT
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GCATTTCAGCGATCACTTCCACGCGCCGTCCTTGGCGCGTTCCCAGTCATCGATACGTGT
CGCGTTCTGAGCGTTTCCTTCGGGGTTTTTCCGCATGTATGTTTCGCCTTTTTTGAGTGG
TTTTTTTCTGAATATTTTTGGTGTTCCGGTTTTTCACCGGTCTTTCGTAGCTTTTCGCAA
AAAAACGTGTTTTCTGTTGTTGTTTTTGCGAGAGGCACGATTTTGATTCCGCGGAAGGCA
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CTATCACATGAGGCATGGTTTTTTGTCTGATTATTTTCTTCCGGTTTTTTTCATGAAAAA
ATAGTTCGTCGAAACCTATGAACATAAGATCTAGTATTGAGATCTCGACGCGAGAAGCCA
ACGATGAAAACAGTTCATGATTTGGACACACGGGTTAGGAGATAAAATGTTTTAAAAATA
TGGATCTACGTAGAATTTCTAGATGGGTTGGCCCATTGCGGTGCGTTGCAGGCGTCACAA
CCTGTAAAGGTGGGAGTAACCGTTCGCTAACTAGTGATTTCGCAGACAAACCCTATTTAG
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GGCCAACCCATCTTGAAATTCTTCATGAACTTTTTTAGCCTGTAAACGTTTTTTGAAAAC
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TGCTGGCGCCCGTTCCCCTACTGGCGCCTGAAGCGCCACATAGGAGGTCACGATGTAATT
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GCCCTTACTCGAAGCCCAAATCATCTCGGTCTCTCACCCACTCGCCAGAGGCAGACACGA
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ACCTCCGCTCGCTCTCCACCGCATCACGGGACTCTGCGGCGGCCGCCGATCCCGCCTCCG
ACCCCAACCTCCTCCAGTCCGTAAGCGCGCGCATCTCCCTCCGATCCCCTTCTCCTTCCC
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GTGTTCGAGATGTGCAAGGAGGCCAAGGGAGCCAACGACGAGATGGTGGCGCGGGCGTTT
CCCGTGATGAACAAGCTCTTCCAGCGCTGCGCCGCCGCGCCCACGCTCTCCACGGCCTCC
ACCGGCGTGCTGCTGCTTGTAAGACCTCGACTGAGCAAATTATCTAGTCACATTTTTGGT
GGAAAGGGCTCAAGTCTCTTGAAATTTTGATCATCTCGGGTAGAATCGTGCTTGTACATT
GCAATTTCGTGCAATACTGTTGGAGCTTTTGAGTGGTTAGAGAGCTTGATATAGAGTTAA
CTGTTAATCCCAGAAAGGCAAATGTACTTACTCTGCAGTTCTTTAATTGTATCTGCTTGA
TTGATTGTGCGTACAGTGATTCACATTGGATGACTATTGTTTCCTGATTTGTGCAAATAG
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GACTATTTTGCAGTTCTTCCTGGACTTTGGAGAGGCGGTCTTGCACGATGCTGATGGTAG
CTTGAAAACCTTCTTCCGCTCTTGCTTAAGTAGGTAATATTTTTCATATTTGTTTCTTGT
TGTATTGGGCACGCCTTGGTCGGATTGCTTCTACAAGCCCTCAAAATCACTCGATGTTTC
TTTCTTGGTGATAGGGAATTTGCGGACCCTATTGTTGCAGAACGCACGCTTGAATTCCTG
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TGCTATGAAAAATCTCAATCAGTTTACATTCTTTGAGTTTCTAATATGATTCCTGTTTTC
TCTATCTAATTTCAAAACGTACTAACCATTCAGCTAGATTCTGATTTTACTTTTGTAATG
TTGTTTCTATGCAGTTCTTCCCATTGCTGCTGAAGTTGATTGCATCAAATGGTGATAGGT
ATGCTCTTTCAATTTCTAGGCATCTCATCACGTATTTGCTTTTGGTTCGCGAGGAAGTCC
ATACTACTTTTCCCCCCCTTAACTGACTTGATAGTTGCTACTGGTAACATAAACATTTTA
GAAAATATTGATGACCTGTTACCTACCTAATTTGGTTTGCTCTTCTTCCAGGTTGGACAA
GAAGTTCTCGGAAGTGCTCCCATTGATGATGTCAGCAGGATCTTTTCTTCCTCTCTTCCT
GTCCCTTATGGACCTGCCAAGTATGCCTGACAATTCTTTACCTTCAGAACTTTCACGGGG
GTTATTATTATTATTTAGGGTTAATTATCTTTTTCAGTTAAATATGATAAATGCATGATG
ATATTATTATGCTCTTCTGTGTGCTGGTATATGGTCCACATCTCTTTGGAATATATGCTG
ATCATGTACCACAATATAGCATGAATCTTGCGATGAGCGTTGTTTATCATGTACTCCCTC
TGTCCCCAATTACTTGTCGCGGAAATGGATGTATCTAGACGTATTTTAGGTCTAGATACA
TCCATTTCCGCGACAAGTTATTCCGGACGGAGGGACTATTTTTAGAACTGCTTATCCTGC
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TTATTCTGTATTAACTCCTGGAACATCACTCAGTGTTAGTGGTAGCGTTGGAAAAGGTGG
AAAGAAGTTCTGGAACTCTCATCGGTAGTAGTTTAGCTACTATACAGAAGAGTGCTGCTC
CTGAGGTTGCTTTTAAAACGATCTGTCCTCAAAAGCTATGAGTGCAATATCTAGCTCCAA
TCTGTTAAGCCTGTTATCCTTTTCCATACTGCAGATGCTCCTTGCACTGATGGATGAGGC
ATATACTGGCTCCGCAATAGAAGACCAAAGTGGCAATTCAGGTTCTGATGATAGTGGTCC
TCTAGACCTTGCTGACCCAATGTTCCTCGACCTTCTAAAAGATGAGAATGATGGCATTGC
TGTAATAGTTCCTCACTAGCATCTAATTGCGGCTTATGTTTCACTATCTTCCTGATATTC
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TTCATATATCTTAGTTGTTTGAGTTAATAGAAGTTGCTGCTTGGACATGAAGCTGATTTT
AATAAGAATCAAGTAGCAACATCTCGAGGCATACTTGAAGGATAGATCCATACTTGAAAC
TTTAATTTCTAAAGCTTATCGACAAGTTTAAAATGCTTTGAATGTCTAAGTGTAGTGTAC
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TTATTACCACATGATGTTCATATGCATGTGTGGATTTAGGTTTGGTTATTTGGCCACAAC
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CGTTTAGATCACTACTTTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTCTTTACAGAGGGAGTACA
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GCCTATTACTGATAGACTTGGGGAGTCCCATGGTAATCCTGCAAAGGCAAGTTTATTTGT
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GTCATTGCCTGCTGTTATTCTTGTGCTGAGTGCTGATTATCTTTAATAAGTAAATTGCCA
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CAAAGATGTAGCACGCGAGCTATTTGAGAATCTGGAGTTGCTACTATACGAAAACCTGGC
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TGATTGACTTCTTCCATCTCTTGCTTACAAGTCGTTTGGGATTAAGTCAAGATCCAGGGT
TCGATTCTATGGGTGCAAGCTCTAGAAAGTCGTCCCAAGCTCGGCTCCTCTGCTTTGTGG
TGACTGCCATTGCGAAGCTAGCAACATGCCATAACGAGCTGCTTCCAAGAGCACGTGTAT
CATTGGCTAAGGTTGTGACTTTGTCAACTTATCAAGAGTTTGTTATATTGGCATCATCCA
TGATTGAGGTATGTTAGTTGCTTTCCTGCAGGTCGCTCGGTCCAGGACCTCAGACAGGCG
AGTCTGGCAGCGCGCCTGTGACTATTTAGGGCTCATGAATGAACCAGCCATTTGTTTGTC
TGTACTGGGACCATCCACTGCCCAAGGAAATGGTCCTGGGATTGTGAACTGGAGCGAAGG
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TTTTATTATAACCACTTAAATAGTTTTTTTTAAAACACCTCGAGAGGGGCAGAGGGTTCT
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CCTAACATTCTCGCTTAATTAGGGAAAACCGAATGAAAACCTAAAAAATGAAAAGAAAAA
GAAAAGGAGAAAAAAAAGTGGCACTAGAACTTGAGACCAGGACTTAACCACTTAAATAGT
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TACCTCGGCACCTCGCTAGCGCCATTGAAGAATAAGCAACTCAAGTGCCATTCAAGAATA
ATAAAGTAATAAAAACTATTCTGAAGGAAAAGATGGTCTGTGTAACTTGATCTTCATCTC
ATGTTATTTTTTTTTCATAATATCCATCCGTTCATAAATACTCCTAAAATGAGTAAACAA
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CATGCCTTGCAGGTCCACCATCTCATGATTTTTCATATTCCGACCTCCTTCCCGCAGAAT
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CTGTTGTAGTTTCTGGGATTGATCAACTGTGCAGTTTGTGGGTGTGTGGATGGTATTCAG
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GCAGTGTTGTAAATTAGGATCTCTGATGGTGCACATCTGGAAATGGAAAGATTGTTCTAT
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GCACCTACAAAGCACTGGAAGTCTGAAACAGCAGCATGAACAACGACAAGTCGAAGGAAT
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AAGAAACTCAGAGGTAGCAGCATCCGAGAGGCCGACACGAAGATGAAGTCAATACCCGAA
CCAACCGCCCTTGCGTAGTGGTGACCGCATCTTGTTTTGGCAAATGTTTTCTTGCATGGA
ACGAAGAAGTCGCGGAGTTTCCCCGGTCGAATTCACAGGGAACAATCTATGGCTATGAGC
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ATTTTGCTGCTCCTGCATCAGTTGCAACTTGTTTCAGAGAATTCAGATAAAACCCAACAC
ATGCATTTCTCATGAACAGTTTTGCTTGCAGACTTACCTCTGATACAGAACATAGGAAGA
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CTTGATGCGCTCCACGGTGCAGGCGATGAGGCTGTTGACGGTGGCCACCGACCCTAGGGA
GAGCTTGGCAGTGGGGACGGAGTCGACCAGGATCTGGAACGCCACTGTCAGGAGCGACCC
ACCGGTGCCGGTTGCCCCTGCCGCGGCGTGCATTGTCCCTGCAGGACCGTCGGGCAGGAT
GGCGAAGCCCGAGGGCAGGAGCGCGACGTAATCAGGGTCGCCGCCGTTGAGAACCACGTT
CATTGCCACCACGTCCACCGGCGCGTAGATGACGTAGGAGCCTGATGCGTCCGTGCAGCT
CTCTTGCAGGATCAGCATGTTGCTTTGGTTCGAGTTGGTGCTCTGCACATAAACACACAA
TGTCCTTGGTTATTCCGATTTATCACATGCATGAGCATGAGGTCATTGCATGATCAGATT
CTCTTGTACTTACATTCACGCGAAGGAGTGAGACGCAGTTGCCATGGTCACGGCCATTGG
CGATGTGAGCCATTTCTTGAACGATGCCGCCATTGGAAAGGATGTCCCACTGCCAACACC
AAGATATGAGTGTTCATCATCAACCATAGAATTGCAAGAAATTGGCAATGATCATTTTCA
TGATAGATGATGTGTGTACCTCGCTGCGAGAGGTTTCGTCACGGAGGAAATCAAAGACGC
GCTTGGGCGGGACAGGGAGCCAGAAGGAGGTAGCGGCGTTGAGGACGATGCCCGGCGGCC
TCCCTGGGTCGTCGACGCTCTTCCTGGTCATGACCCTGACGTCCTCGGCACCGCTCCCCG
ACAGTGTTGTCCATTGGTGCGCAACAGAGGCCGTCACGCCGCCGCAGAAGCTTGCCACCA
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GCGCTCGCACTGGCGGCCGAGGACGCCAACCCACCGGCGGGCGCCGAAGGCCAGGCCGGA
GCCGACCAGCGGCTTGTAGATGTTGTGCACGGACCTGTCGTCCACCTCCACATGCTCCAC
CCACGTCACCTTGGAGTAGCCGTTGGGCGCCTCCTGGATGAGGCAGCCGGAGGGCCTGCG
CCGGCACTTGACCCCTTGCAGGCCGTCCAGTGACACGTCGACGACGGCCCAGGCGCCATC
AGCATTGCGCTTGCAGTAGCGCACGAAGTAGCTCTCCCTTGTCGGCACCAGCGGCGACGG
CACCTGGAACTCCACCGACATGACCTGCAGCGCGCCGTCGTAGCACCCAGCCACGCCGGT
GGACAGCACCTCCAGCGTTGCCGCCCTTGACACGATGCTCGAGAACACTGCCGCGTACTG
GTTCTGCATCAATTCCACACACAAAAGTGAAGCTGAACATCAGGGCAATGCACGATGCAT
GATAGAAAAAGAAAGAGAAGAAAGGATCGATGAGTGTTGAGTGCTTACGACGTCCATGAG
GATCTCGACGAGGCTGGCGGGGGTCATGATGACAACGGTGGCGTCGCGGGAGGCCTCAGA
GACGAGGCCATACTGCTTAGGTCCAAGGCCGCCGCGCGGGTCGATGAACATCCTTGCATA
CTCCTCCTCGTCCAGCGCCAACGTCTGGTCCACCGTGGTGGCCCAGAGCGGGTCGTCGAG
GCGCGCCATGCGGAGCAGCTCCTCCATGGCGGCGACGGCCAGCTCGACCACGACGCCCTG
CTGCTTGTCGTCAGGCGGCGCCTGCAGCACGGAGGCAGCCCCGGCGAAGACGTCGTAGGC
GGAGGCGCCCGGGGCGGCGGCGAGGGGGCTGGAGAGCACCGGGAAGGGCACCATGGGCTT
GCCGACGTACTTGGCGGCGATGGCGGAGATGCGGTCGATCTCGTCGCGCAGGCGCGCGTT
CTCGACGCGGAGGTGGTGCTCGTCGAACGACATCTCGCCGAGCGCCGCCGGGCCGCCGCA
GTTGGGGCATGACGCGCTGCTGAGCGCCTCCTTGTAGCGCATGTTCTCCGCCCGCAGCTT
GTCGTTGTCCGCCCTCAGCTGCGAGTTCTCGTGCCTCTCGTGCTGGTTCTGCATCATCCA
TGATCAGCACCAATATTAATTACCATCAGATTAACAACCATACTAAGGAGTAGTTAGTAC
CATAAACATGCATGCGTGGACACCATCTTGCAAACACGTTGCATTTACGGACGGGTGAGC
TGACAGTGCAATGTGCATGCGACTGACTGAGGGTGCATGCATGCATGCACATGCAGTGGG
CAGGAAGGCCCAGGTGATGAGCAACTGGTGACTGTACACGTAGGAGCCATGGCAGCAAAG
ATTGTGGGGTTTGACTATGCAAGCGTCTATCGGGCAGTGTGCACGCAGGCAGACGCGGAG
GAGATGGGCCTGCCTGCCTGCCTGAGTGCCAGCGTGTGTATGGGTGTGTGTGGGCGAAGC
TTGTCCAGATATAGCAACAGGCCATGAATGCGTGCTGCTCCGGTCAGAGGCTTAAATGAG
GTGGTTGCAACGCTGGCCGGCCTTGGATCTCTCCTTCCTCTCCGGCCGGCCGGCACCAAA
TTTCTCAACGCCCATCTCGATCAGCCGAAGTGTTGATGATATGAAGGGATTATTAACAAA
TTTCAGAGTGATTAGTTAGTAGTATAGTTACCTTCATTTGGGTCCTCTTGTTCTGGAACC
AGAACTTGACCTGGAGCGGCTCCAGCCCCAGCTCCCGGCTCAGCTCCTTGCGCTGCTTGT
CGTCAGGGTGCGGGCACTCCTTGAAGAACCTGCATACATATACACATACACGAATATACA
TTATCAATACACATTACATCATCGTCGTCGCAATTCTCAATGGCGCACGCTAATATAAAA
TTCCACGATTTAATATATTGCAGCCAAAAGGCGGGAGAAAAATTAATAACAACAAAGTCC
AGCGGCGGCAGCAGCGGTGTGAACCGTGGACGCGTACGTAGGCCTGGATTGAATGCTGCG
TCTTCCGTCGTCCGTTTGTTTGGGGAAGGGCGCAAGGCAACAGAAACGGTTCGGCCCAGG
CCCAGGCCCAGGCCCGGTCAACTTAGAGACGTACGTGTAGGGGTGGGTGCGTGCGTACGT
ACGCTGTTTGTCCACTCCACACACACACACCACACCCGAGGACACAATTTGACTTGTGCG
TCTCGTATGAACGCTGCTAGCTAGCTAGCAACACTACTCATCCGGTTGCAGCCACACTGT
TTTGTTCTCTTCTCATCTTCCCATCCAATCTCCTCGGCCACATCCCCAACAACAAGCATG
AAATGTGCTTTTCTTTTTTTCTCTGGGTTTTTTTGGTAGTGATTGAGATCTCTAGAACAA
TGGGAGGAAACATTCATTGGGAATTGATGGTGACCTTTCAATAACAAGAAATAAATAAGT
AGCATATGTGTTACTAATTCCTTGGGTAAAGGGAAGGATACTCGATTTTATAGTAGACTT
CCATCTAATAGCAATTAGAACAAGTGAGAATTTATTCATTTAAGTAGGGATGGATAAGAT
ATATCGATCCAAGACATTACAACAACACAAGAAAGAATTGGGCAAAAAATTAGCACTCTG
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CAACGTATGCTTTCCTTCTATCAATTCAAGAACAAGCGTAAATTCAAGGAAAGATAATTA
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CTGGTCTAAGAGAGTATGACCAACCAGTGGTGAATGGAATGTGGAGGAGATTTGAGTTGA
GTATACATACGCTTCCATCTCCTGGATCTGGTGCTGTGTGTGGCGGTGATACCGCTTCTT
GCGCGGCCGCTGGTTGGGGTCCTGGTCCTGCTCGGCGTTGTCCACGGCGTCGCCGTCCAC
GTTCTCGCTGCCGGACCGGCTCTCGAACTCGTCCCCCAGCGGGTCCATCGACTCCCGCCC
GCGGATCATGCCCACGCCGCCGCCGCCGCTGCCGATGTTGTTGTCGCCGCTCTCCGCCGC
GCGCACCGGGATCTGCTCCAGGAGGTGGTGCTGCAGGAGGTGCTGGTTGCTGCCGTCCAG
CAGGTTTGGCTGCAATTTATAGCGGAAGCAAAGTTAAGGTCGTCCCGCCGGTTAGCAGTG
TGCCGCTAAACATAGAACCAATTAATTAATCCAATTACGAAGTAGCAAGTGGCAGCAATT
AGCATCCAGATAAAGGGGAGAAGTTTCAGGGTGAAGATGAAACGGAAAATTTCCTGTAAA
AAGTAGTAAAAAACCATCGGAAAATTCACTCCTGCTAATTTGCTTGGGAGGGGAAAAAAC
GTGTTCATGCGGGCGAACAATTTGGGCGGTGGAATGGAAACGGTAGCTAGCTACAAATCA
GGGATCAAGCTATAGGGGTCGCGTTCTGGATCAAGGGAGGGGTGAAGCAACTTTTTCTCC
CTTGATTGATGTCTCATTTTCTCCCCCAGAGATGTGAAAGCAAGATTGCAAAAAGAAAGA
AAGGGAGGAAGAAGAATAGAAGGTAGGTTTGGTCATAAAGACCAATAGATTTGGAAGAAC
AAGGCAGGAAGCAACAGCAAACCTGTGGCAGCAATCACTATTCTCCACACCACTCCCCTC
CTCTGGATGTGTGCAAGATCAAGAACTCAGTAGAGTGAAGTCTCTCTCTCTCTCTCGTCC
CCCCCAACCTATAGCGCTGTAGTCTTCTTTATCTGCTCCGTTTATATAGGGGCGGGTCTT
AAAGAAAGGGGGCTGAGCTCTGGTGACCTAATCTATGTGTGAACAGCAGCCGCGCCTAAG
TACCCGGAGATAACCCCCCTCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCCAAGGGGAAAAAGTC
CAGCAGTAGTAAAGTACAAATTATTTTGAGACGGATCAGTAGTCCGCTATATGCAAATCG
AGGAGTACATGTCTCTTCTGTCTCCATACACAAAAAAAGTGGCAAAATATGCAAATCGAA
GCGGAGGAAGTTTTTTAAAGAAGCAAATCGGGCTGCATCGGTACTTGCAAATGGAAACAA
AGGAGAAATTAAAGGGGCAAATCATTAAGGATCAGACGAGTACGTACATGCAAGTCAAAA
CAAGAGAGTTGTAATCACGCAGAAATTAAAGGCAACGACAACAGCAATGACTCCTGCGAA
GCAGCGATCTTCCTTTCCAAAAACGAAGACAACGGAAATGGAAGCAAAATTAAGCCAATC
CCACGATTTCTTTCAGCTGGAAATTGAACTTTCTGGAGGTGTAGAAAGGATATATATATA
CCTGGCCGAGCGACAGTGCTGATGAGGATCCGTAGGGCGCGCCGCCGCTGCTCCGGCCGA
TCATCGACGACGGCATGTGCCTCGCCGGGATCATCATGGTACGTACGTACTCTCTACCTT
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