Map Locations of contig_50522 (11509 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_50522

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_65690 1 3116 bp MLOC_65690.1 Available Available LOC_Os03g12590.1, FRAME:+1, EVALUE:0.0, 13103.m01442 protein coatomer subunit gamma-1, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_65690






Contig Sequence (11509 bp)

>contig_50522 11509 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
ACTGGTATAACTGCTGATAATGTATGCTATACGAAGTTATTACGATCAACCTTGTGTCTC
TATGACCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNTTCAAGAAGTGCCTATGAACAAATCCATTAAATATAACTTAAGGC
AACCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAGATATATGCTC
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AACCATCTAACCACATGTTGATTTGCATGATCATCATTAGATAATGCTTTTCTCAAACAC
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AAAGCCTAAACACATATTCACTATATATCAATGGAACTTGATTAGAGCTTGAAGGTATTC
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TGAGATATAGAATCTTGTTTAGAAAGCATGTTATAAAAATAGAGAGATATGTAGATTGTA
GGTTGGATGTCATGGGAGGGGTGTTTTGGCTCCCGAGAGCATATGCTTCCGGATGAATAG
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GTTAGTGTGACAAGCATGCTTGACAATTTTCATACAAATGGAGCAGTAGTGTTTTGTCGG
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TGACCATAGATTTCACTAGCAAAATATGTTGTATACGTAGTAAAAATAGTATCACCGGAA
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ATTTATACATCTATGGTCAAACTTTGGCACTAAATAACGAGGGGGAGCAATAATCCCGGC
ACAGAGGGAGTATCATATAAGATTATGTGAAGGAAAACAATTCATAGTTTTTGGTGGTCT
TGTTTCATTGAATAAATTTTTTTTGTAAAAAATATGAATTGAAAATTCTACTGTATTTCT
ACGAAAATCTTTCTGTCCAAATGTATGTGTGGCAGCAAAGTTGGGCTGGGCCGTGCTGCA
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TGTAATTACATGCAAAACTTAACATAAAACTATCTTTATATTCCGCAAAAGAAAACACAA
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CCGAAGTGCAAAAAGGGCGCGTAACAAACCACTGACTAGAGAGAGTACGAGCCTCGTCCC
AAGAGTCCCGATCGGCCGATCCCCACCACCCCACCCCACCCCACCGTCCCACCAGTCCAC
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CGGAGGACACAAAGCCCACCCGCCACCCCGCTCCACCATTAGAACGTCGCATGCCTCGCT
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ACGACTCCGACAGTTAGTCTCCTTCTCCCTCGCTTAACCCCATCAGCGCCTCCTCCTCGC
GCTCCCCTCCCCTAACCTGCTGCTTTGGTTCGGCTGTGATGCGACCCCGAGGGGACGCCA
CCGCCCACGGGAATGCCGGATCTGGCGCGATCTCGCGGCGGATCTCACGTAGTGTGTCCC
GCGCGTGGTGTTGCTGTTGGTGGCGGTGGCCGTGCGGCCTCGTTTGACGACGCTCCGCTG
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ACCTTGCCTTTTGCTTCGTGCTCCTATTAGCAGCAGCGATCATTTCTGGCAATTGACTGA
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CGTTATGTGGATGCGCTCCTTAGCTTGTACTAGTATTTTTGTTTGGCCAATTAGATTGAC
AGGATAGGCATGCTTTTGGAGATATGATCTCACGAGCTGGTTAGATGTGTTATCATTGGC
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TGATATTGCAACTAGAGCTTATATCTGATTAAAGTTTTAAGGACATTGGTTATCTGTGCC
GTTGACAATTTTTATAGCTGGCAGGACGTGAAAACAATGAATTGCTTGTGTTTCTGCTCA
TTTACCGTCAGGTGGTTCTGTGTTAAATGGACCTTAGTGCATGTTTTCCTGTCCCTTATT
CCTCCTCAGACCATCATGTGACTCCACTCAAGCATTTGTCCAGCACAAAAGCACATGCTA
ATTAATCAATAAATACGAATTTTAAATTTTCCATCCTAACTTTTTATGCATTTTGGCTGG
AGCAATTCAGTTTATCGCTTGAATCTTGATAATACGTACAATATGGCTTTACTTGTTGCA
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CTTGATGATCATGTTTTGATCGAATCATGTTCTGTTTTGCATCCATTCCAGCCTAAACCT
TTTAAACTTAAGAGCTTCTGATTCTTCTGGATGTTGGGCTCGGGGACTGTAGCTTTTGAT
GGTTTTTGACCCTGAGTTTAGGTTTGACCTTCTGTTAAAAGGGTCCTATCTCTTATGCTC
CTAGATCACGCTCAGTGTAACCAAATGCTTTCAGCTTATGACATGTTTATTAACCGCGTG
TAAGCTTTTGCAGTCGAGTACTCACCATTTTTCGGGATTGAGAAGGGGGCTGTTCTGCAG
GAGGCACGGGCTTTCCATGATCCCCAGCTTGATGCCAGAAGATGCTCGCAAGTAAGTGTT
GCTTACAGTCACTAAAATTTCTCATCCTTTGTAGTGGTACATTGAGTTGTGTATTTTTGC
CCACTTTCTCTTGGGGACTCTGACTGTTTGCTTGATATTTGTCTTGGATCTGCAGGTTAT
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CATGTTATCAATCTGGGTGATCAAAAGAGCGATTCTGTTGCATATACCTTTTTAAAAAGA
GCCATTGTGATTTTGATCTTCTTTTGATTTCTGATGGATATGTTATGTTGCAGGTTGAGG
CCACAGAAGTCTTCTTTGCAGTTACTAAGTTATTCCAGTCCAATGATGCTGGTCTCAGGA
GGCTGGTGTATTTGATGATCAAAGAGCTTTCTCCATCATCAGATGAGGTGAATGCTGTTT
CCGATGCACAATTTGGTGTAGTTTATTTCATGTCTTACCAATCTTAGTTGTTTGAATTTT
GTATTTGCAACAGGTTTTCATAGTCACAAGCTCATTGATGAAAGATATGAACAGTAAGAC
AGATATGTATCGTGCCAATGCAATTAGAGTTCTCTGTAGAATAATTGATGGCAACCTCCT
TACTCAAATTGAGAGATACTTGAAGCAAGCTATTGTAGACAAAAATCCTGTGGTTGCTAG
TGCTGCTCTTGTTAGTGGTATCCACCTGCTTCAGGTACTGATATAGCTCTATACAATTTT
CTTGTTCCTGCTTCAGTCTATACAATTTTCTTGTTCCTTGTTTGGAGACACTTCAAAAGA
TTTTTTTTATCTATAGGCAAATCCAGAAATTGTGAAGAGATGGAGCAATGAAGTGCAGGA
AGCTGTGCAATCAAGAGCTGCACTTGTGCAATTTCATGGCCTTGCTCTTCTTCACCAGGT
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GAATTGAAGAGTGAACTACCTTACTTTTATATGAGCTAAGTATTGTGGTTAACATGGAAC
TGCTGACTTACACCTGTGTATCAGGGAAGCTGGCTGCAGTGCTGTGCTTAGAAATGTAGG
TTGCAACTTCTGTCTGCTAATATTTTAGCAACAGTACATCATATCAGCTGCATGGTATCA
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TAGCTTTTCACCATTCGTTCTTCTAATGCTGTTCTAGGAGGACACTTGTCTTGCTAAGTT
CCCTGAACCAGTCCCTGCATCCAGGCTAACTTGATAGCTTATTTTTTTAGTCCAGGACAC
TGTAAGGTCAGATCATATAAGTACAGTTGTTACCAAGTTAAAATAGATCATATCTGGCTT
ACCAGCTCGTCATGGGTCACTAACTTGTGCACCAGCCGATGCCAGCACCACGTATATCAG
TTGTCAAATAATGACCCTTTTATAACAGAAAGTTATAGACGAATAAGCTTGAGGGACTAG
CACCTTTAACTATGTCCAGTTCTGAATATGTGTTTTTGACTTTTGCGGAACAAAATATTT
TGTAGCAATGTTCTGCTCATGTGACGACTTTATACTGTGCTAATACTGCAATCATCATTC
TATTCTATTTTAACATCTCCAAAAATGTATAGTGGTGTAGAAATTAAATACTGTACTATA
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TATTAGCAAGCTCGTTTCTAGTTTGACTAGGGGGTCAGTGCGCTCGCCCCTTGCACAATG
TCTTCTGATTCGTTACACAAGCCAGGTAACCTATATTTACTTGTATTTGACTCTTACAAA
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ATTTGCTGCTGTCCGAACACTCAATAAGGTAATTCATGCATGTTTGTCAAGCTCTTGTAC
CTTTTTAATATTATCTTGTGTCCATTCTTGATATGCCTATTGTCTTGCAGGTTGCTATAA
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ACAGGAGTATAGCGACCCTGGCAATTACTACACTTCTTAAAACTGGCAATGAATCAAGTG
TGGATCGCCTCATGAAACAAATTACCAGTTTCATGTCTGACATATCAGATGAATTCAAGA
TAGTTGTCATCGAAGCTATACGGTCTCTGTGCCTGAAGTTCCCACTGAAGTATCGTTCGA
TGTATGTGAGCGATTAATGGGTGTTGATTCATTGATATAACATTTATGTCCGTTTTTTCT
TTTGACTATTTTTAGTTGCATTTATAGCCAGTATTTTAACTATTTTTTCTTCTCTAGGAT
GATTTTCTTAAGTAACAGTTTGAGAGAAGAAGGGGGCTTTGAGTATAAAAAGGCCATAGT
TGATTCTATAGTTACCCTGATCGGTGCGATACCAGACGCGAAAGAGATTGGTCTTCTGCA
TCTTTGCGAATTCATCGAAGACTGTGAATTCACATATCTTTCTAGTCAGGTAATTACATT
TTTTATTCTAGTACTGATGATTACACAATGGTTCAGTAACTTCCAAACTCACTGTCTCAC
GAACCAGTACTTCTTTATTTCTAATATATGTTTAATCAACGTTCAATAAAGCGGAAAGCA
TAAGCGAAGCGGAAGGCCACAGCTTAGAGCAATGGACGCTTAAGCGCAGCTTAACCGCAC
TTAAGCGTTTTTTGAAATTGGCTAGAATTTGACAGATTTTGAATAATATACACAGGAAAA
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AGTCATAGCCTAATAGAGATCATGTGGCCATAATTTTGCCAGCATATGAAGGAAATAGTT
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GCAAAAGTAGTTCAAAAACAGTCAAATTCTGGCCAAATTTAAAAAAAAACGCTTAATCTA
CCGCTTAGGGCAAAAGCGAAGCGCTTTGCCATCGCTCAGTGCTTAAGCGACGCTTCTTAA
AAACGCTTTCTTGAACACTGTGTTTAATTATGGATAGGATGATCATTTTGTTCTCTCCCT
CTATTGGAAATACCGGCTCACTCAAACTACGTCTTGAATAGAGTTTGTGGATCAGAAGCT
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AGTTTCTTTAAAAAGGGGTTTCCTGTTAGTTCAACATCCAAACTAGAGAATTAACCCTCT
TATTCTCTTGTTACCAGATATTGCACTTTTTGGGAAATGAAGGACCAAGAACATCAGATC
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CTAGTGCTGTCAGTACATTGGCAAAGTTTGGTGCCTTGGTCGATGAATTGAAGGTATCAT
AAAATCATTCAATCTTTCTTCACATTCTTTCACCATTTTTTTTTTTTTGCATATAACTCA
TTTATGGCTTTTTTTAGCCTCGTATATTTGTTCTTCTGCGCCGATGCCTGTTTGACACTG
ATGATGAGGTAAATTTTGATTTCTCACTTGATTTTAGTTATCTCCTTTGTGTGACATGCA
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TGGACTATACCTCTAGCATTAAAACGGCTAGTTGCATTCTGGGCAATAATAAGTTAATAA
GCACTAATTGGTCTTTCCTATTGTAGGTCCGGGACCGTGCTACACTTTACCTCCAAACTC
TGAATGGTGAAGTTGCTGTAGGTAACTCTGAGAAGGACGTGAAGGAATTTCTATTTGGAT
CCTTTGATGTGCCTCTCGCCAACTTGGAAGCAAGTCTAAGAACCTATGTAGGTTTATAGT
GGGCATTCCATGTAGCATGTTTCAAGTGAATCATATCCTATGCTATGCTCACATCTTCAA
GAATAACAGGAACCATCTGAGGAGCCCTTTGATATTTCCTTGGTGTCAAGAGAAGCCAGG
TCACAGCCACTTCAAGATAAAAAGGCCGCTGGAAAGAAGCCACCTGCTGGTGCTCCCACC
CCTGCGCCTGTTTCGGCTGTTGATGCTTATCAGAAGATGCTTTCATCTATCCCTGAGTTC
TCTGGGTTCGGAAGGCTCTTCAAGGTTTGTAGAGTAAATACTTAAGTGATATTTGACAAG
TTCACATGCTAAATCTCTTCCATTCCCTCAGTCCTCAGAACCTGTGGAGCTGACAGAGGC
AGAGACTGAATATGCAGTTAATGTGGTTAAGCACATCTACGAAAACCATGTTGTATTGCA
GTACAACTGTACAAACACCATACCTGAACAACTGCTAGAAGATGTAAGCACTGGTCCTTT
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CTTCTTTCAGGTTACAGTATATGTTGATGCCACGGATGCTGAAGAGTTTTCAGAAGTTTT
TTCAAAGCCTCTTAAAAGCTTGCCTTATGATTCACCTGGGCAAATTTTTGTTGCTTTTGA
AAAGCCGGAACATGTTCCTGCAATCGGGAGATTTTCAAATGTACTGAAGTTCACTGTTAA
AGAGGTAAGTGTAATAATGTTTCTCATATTATTGGATTCTAGTATGAGTAATGGTGTTTC
TAGGTTCCACTAATATTGCTTCGGTACTTACTGCCTAGGTCTTGTCGAAAATCTTTTCCA
TAAACTCTTATCTCTTTGATTACTAATATGTAGCATGGTGGTTTCACCTTCTAGGAATTT
TGGAATCTTCATTTGAAACCTGCTTCATCTGTTCATACAACTGGAATATTTTGAAAATAA
ATTCGGAATCTAATATATAATAAAGTGTTCTGGACTTACAACTTACAAGCATTATAAGTC
ATTGTCCATAAATGCCTATTGACATAATGACATTTAACAACCTCAACCGAGGTAGGCATC
ATCTTGGTGTTCTTTGAGTTAATGCTGTTTATTATTATCAGGTTGACACATCTTCAGGGG
AAGCTGATGAAGATGGTGTGGAGGATGAATACCAGTTAGAAGACCTTGAAATTGTTTCAG
CTGATTATATGCTGAGGGTCGCAGTCTCTAATTTTAGGAATGCCTGGGAGAATATGGACC
CGGAAAGTGAGCGTGTTGATGAGTATGGACTTGGGGCTAGAGAGAGCTTGGCTGAGGCCG
TGAGTGCTGTCACTAGTATCCTTGGCATGCAACCGTGTGAGGTGAGCTTTCAGTTCTTTA
AATTAATATCTGGTTAAGTAGTTTACCTGTTTTCCTATTCATCCTTGGCCGTTTCTTCGA
GCATCAACACAACTGAACCCAGGAATTTACATACATTGTGTAGTGCCTTATGCATTCTAT
ATTTGTGTTGCTGTTCCTGTTCTTCCACCATCATGGGGGGATGTGACGAGACAGAATAAT
TGACTAATTGACGTACTTGACAGTGGCATGCAATATTCAATTGAACTACATATACTATAT
TGGAATCTATAGGCCAGTCTGCCAAGGATATGTTCTGTTCATGGCCAAAATCTGCGATAC
CAATCTTTTTGGTTATAGGGAAAAAATCTATCTCTGTTTGTATGGTTGCCAATGTTTTGG
CATGTCCACACTGCTTTGCCCACTCAAGTTCATTTTCGTGCCAGCATTGGCCAAATCATG
GGCAAACGAGATATTCTGGATTGGCCAAACTTCTTTGTAGGGTCAACTTGGGTTGAACTA
AACACCCCAAAACTTGTGAAAAACTGAAAGTTGACTAAAAATGGTTACTCATGTTTGCAG
GGCACTGAGGTTGTATCAAGCAATGCAAGATCGCATGTATGCCTGCTGTCTGGCGTGTAT
ATAGGGGGCGTGAAGGTTCTTGTGAGGTTATCATTCGGACTAAGTGGGCCCAAGGAAGTG
GCGATGAAGCTGGCGGTAAGGTCAGATGACCCCGAAGTCAGCGACAAGATCCATGAGATT
GTTGCCAGTGGGTAAAACGGATGGCGGCCTCTGCCTCTGCCTCTGCCCCTGCCGAAACCT
GTGTAGAGCCGGTATATAGTCTTCAGTATCATGCCAGAAAGAAAATAGTTTTCAGTTTTG
TGAGGAAAGTGTACCTGTTGATGCGTTGGTGTTTTACAGAATGCTCTTCGCTCCATGCGT
TACTGCTGCTTAGCCGTTCATTGCACAGTTGATTCTTGAGCATGCTTTGTCTCAAATGAA
ATATGTTATGATGTATTGATATGCATGCATGCCTGCTGTAAAATGTGTGGGCTAATCTGC
TAGTCGAATCTCTCACTACTATACACAAATGATATGCAAGCTTGAGCGGAAGTTGCTAAT
GGAGCTCGAGCTCCATGGAGCCTTTGCTTTTTTTTTCGAGAAAGCGCAAAAGACTTTTGC
GGTTCATTGTATTGAAAAGAAGGGGTTTAGTACAATCCTCCTAGGAGGCATATTTACAAG
GTGAACACATGCACACTAGTGGACGTCCCATGTTTGTGGCAAGATGGCC