| Morex x Barke POPSEQ 2013 | Oregon Wolfe POPSEQ 2013 | Morex Genome Release 2012 |
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Predicted Genes from contig_49702
| Gene ID | # CDS Predicted | Max CDS Length | Probes in Cluster | FPKM by Treatment | FPKM by Replicate | Top Rice Hit |
|---|
| MLOC_65066 |
3 |
1663 bp |
MLOC_65066.2 |
Available |
Available |
LOC_Os07g37240.1, FRAME:-3, EVALUE:5e-173, 13107.m03830 protein chlorophyll A-B binding protein, putative, expressed |
| MLOC_65067 |
2 |
2639 bp |
MLOC_65067.1 |
Available |
Available |
LOC_Os07g37250.1, FRAME:-2, EVALUE:5e-147, 13107.m03832 protein THYLAKOID FORMATION1, chloroplast precursor, putative, expressed |
CDS Structure of MLOC_65066
CDS Structure of MLOC_65067
Contig Sequence (9643 bp)
>contig_49702 9643 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
TATAATTCTAGCATGGATAATAAACGGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAACCAA
ATTATTATTGCCTCTAGAGCATATTTCCAACACCAGGAACTGTATTTGAGGATGAAGAGG
GAGTTGTGATCTCCTTTCCTTGGCCTCATGCATGTGTGAGAATGAGAGGGAGAGAGTGTG
GGTGTGAGAGCCTCCTTGAGTGTGCCTGACCATGAGTGAGCTCTCGTGGTGCCTCTTATA
AGGGAGGCCTTGGGGATAAGAAATGACACACATGACATATTACATTATTGGAAAAGACAC
GCGAGGTGATGCATGATGCATGCTATAGTGTGTCACTATTGAAATGGACGCGCAAGATGA
CGCATGACGCGGGCTATAGTGTGTCATCATTGGTCAACGGTGTTGGACTATTGGAGTGCA
GCGAAGTGATGTGGCTATAGTGTCTTCGTGTCGTGTCTCACGGGACACGTCGGTTGACCT
CAGTGGCGGAGCCACCTCCCGGCGACCCTGGGCAGCTGCCCGGGCTCTGCCCAGGAACTC
CCATGAAATTATAGAAGGAGATGGTGATTTAATCATCAATTTTTGTGGGCAAATCGCCAT
GAGCCACATCCCTTCGTATTTTGCCCCGGCTTCATGGACTAGCTAGCTTCGCCATTGGTT
GACCTCGTGCAGCCGGCCGGAGCAGCCAGGTAGGGAACTGGCTGGACTGAGGGGCGTTGG
TCGCCCCGATGTTTTGAAACGTCGTCTTGTCTTCTTGAGCCTACCCGGGGGTCATCCCCC
GACACTAGATTATGACGATCTTGTCCTCCTCAAGTTGGACCACCTTTCTTGATTGCGATG
GCTCGATGAAGACTAATATATTACTCCCCCATACACGATTATGGGTGAGACATTCTTCGG
CACGTCTTCACAAATATATTGTCACCACGATGGACGACAAGCTTCAAGCGTGATCTTTTC
GTGATGCTCCACTTGAAATTGCACGTCACAATCTTGGTGAAGATCATCACTTGATGTCAT
CTTCCATGAGTTCTATGAGATCTTCCTCTTGACGCAAGCCCTCGAAACATACCTAACCCC
ACATAATACTTCCATGTAGATCATGAGTTAATACACAAAGCATAATGGACAATGTTTACC
ATACCATGGGATCAATTGATCCCACTTGGTACATCTTATACACTTTGTGTGTTCACCAAC
TTGATTCATTCTTTGACTTAGTCTTGATAAACCTTGTATCTTGTCTTATTTATGACAAAT
CATTGGGTAATCCCTTGAATAACACCTTGGTCAACACATAATCTTCTTCTAATAACCTTG
AAACCAATCGATGGTCTTCAAACAATGTCTATGGACAAACCCTTCAAATATAACTCAAGG
CAATCATTACCAACTTTAGTAAAGATTTTAAATCTCACACTAAGCAGACATATCGGTCTG
AACTGCTCAATACGAACTGCCCCCTTCTTTTTTGCCAACAACCTTGTTTTCTAAAAGTTT
AGGTGAAATAAATGAAGTTGGCCTCATGAAACATAGGCATGAGCTCACACTCAGCATCTT
TTATACAACTTTGTTGCGAATCCATACGGTCCTAGTGGCCTGCTATTACTCATTTGTGCA
ATAGCTTCAAACACCTCTTTCTGTGTGAAAGGTGTTGACGGAGTTTCATTCTCATCAACA
TCGAGTAGTGCGAAATTCCCAACCAGCTGCTCATCAAGCGACACAAAATTGTCCACTCGT
GCTTCAAAGAGCCTTTTATAATACTCGGAGATGTATAATTTCAGGTTCTTGTGTCCACCC
TCCTCCTGTTCGAGCTGATTTTTGTTCTTTCTTTTTTCTGTGTTTTTCATGGCAATCAGA
TGGTAGAACTGTGTGTTGTTGTCTCCTTCCACGACCTGCCGCACTTTTGCTCTAAATGGC
CACTTCATTTGTTCTGCCCTAAGAAGAAGTGTAATTAGGAATTGCGCTTGCGTGGATGTC
GTCTTTGTAATCGCAAAAAACAAACAAAAAATCAGCTCAAGATTGATGTACAAGTGGATG
CATTGAGTCACCATTGGTTCATATTTTACAAATCACCAAGTCCCAGCAGCTCTCCTATGT
GATCGGACCAGCATTATAATCAACAAAGGATCTTTGCGATACCCTCTCATCCATCACTCG
TCATACAAAACCAAAGCACGTTCGTTACACGGACGCGCGTTCGTCCATTTTGCAGCTGAG
CTGACAGAAACTGCTCGACCACCGACCACTTAAGAGGAGCCGAAGGTGTCGAAGATGGTG
GTGTGCAGCGGGTCGCTGAGGTGGGTGGCCCAGTTGTTGAGCGGACCCTTGCCGGTGGCG
GCGGCCTGCACGGCGAAGCCGAGGAAGGCGACCATGGCGAGGCGGGCGTGCTTGATCTCC
GCCAGCTGCAGAGTCTCCTTCTTCTCCGGGTCCGCCGCGAGTCCCAGCGGGTCGAAGTAG
GAGCCTCCGGGGTAGAGCCTCCTCTCCGGGTCCAGCTCCGCGTTGCGCTGGAACTCGATG
TACCCGATCACCAGCACCTCGATCCAGATGAGCGTGGTGATCGTGAACGGCAGCGGCTGA
CCCAGGTACGACGACCCGTCCACCAGCTCCACCTGCCAACATCGTCGACGTACGCCATAC
ACAGATCAGTCGTCGTACTCCAGATTCACGTGCCTGCTAACTATCTACTCATATCGCCAA
TGAATCACATATGACTAGAGAGGACGTTACCTTGCCGGCGTCCTGCCAGGTGACGCCAGT
GAGCCACTCGACGGTGAGGGCGCCGAGGGTGGCGAGCATGGCCCAGCGGCCGTGGATGAG
CTCGCACTCGCGGAACCTCTGGAGGCCGAACACCTCCGCGTAGGGCTGGAACGGGGTGGA
CTTGACGTCGGCGTCCTCGAACCGGGTGCCGATGATCTCACCCGCCAGGTTCTGTGCAAG
GTTCTGGTCCAGGGAGTCCACGTCGTACTGCAGGTACTCCGCGGGCTTCCCGAGGCCGAA
GGGGTCGAAGCCGTAGTCGCCGACGAGCGTGCCGTCGAGGTACTCGGGCGCCTGCGCGCC
GGGGAACCACAGCGGCCGGTCGGTGGTCGGGGGCGCCTTGGCCTTCTTCGGCGGGGCCTT
CTTCTTGCCGAAGCCGAACCGCGCCACGATGCGCCCGTTCTGCGGCGCCGGGTCCGCCAG
CCGGGTCCCGAGGAACGTGCTCGCCGCGGCGGCCACCGACGAAGCCATGGCTGCTCACTC
GCTCCTCCTACCTTTGTCCTCCTCGGCCTTTGCGTGCGTTGGGGTGGCGGCTGGTGCTGT
GTGGTGTGTGGCCGTCACGGGGTACAAATAGGGTGCTTATAAGAAATTCCCGGTGTTATC
TCTGGCGTGGCACATCGGACGGCGACGAGGGCGGCGGTGATCTATCTGACGGGCAAGGCC
GGCTCTGCCTTATCCGAGTCTTATCTGTATGGTCCTATGAACGGGGGAGGTTGCATTGGA
CGTAGGCGACACGTGGAGACCCAGGATTGGATGGTGGGGCTTCAGAGCGCTTGTGATTTG
TGGTCGTCAGGGTGCGTGGGACCGGAAAGATATGGCGTAAAAATGACCTTGGCAGCTCTG
GGCTCTGGCCCTGTAATAACTGTATAAATGCATATTGGTCCTTCCTGGAAACAATGCAGT
TTTGGTTGGCTTCGAATTACCCGTGGATTCGCGTGAATCAGCTTTGCCACTGAAGGAGTA
TTTGTTTCAGCTTCAGTTGGCTTCGAATCACCCATTGATTCGCGTCAGCTTTGCCATTCA
AGTACACCGGACCCGTGCTTGAGGCAATTGCACTGAAAAAGGCCGGAATCCTACATCGGA
CCTGTGCTTGAGGCAATTGCACTGAAAATGGCCAGAATCCAGGTTCAACTTCACCGGCAA
AGTTGCTTGCAAATAGTAGTTGTTTTTTTCATGATGAATCGATCTAATACTACTCATAGG
TTATAAACCATTCACACATCTAACACGCATCTTGTAAAATTCTCCAGTTTCCTTACTTGC
AAAACGCTTTTATATTGTGCGACTGAGGGAGTACATTTTACTTCTATTATGCTGCTTTAG
TCACTTGGGTACTTTTGATGATCCAGCATGAAATAACCTTTTTTTTAAAGAAGGGGAGCA
CCACGGTCTCTACATCATAAGATGCACACAGCCATACTACGATCTATTATGATGATTTCC
ACCACAGATACTTGCAAATTTCAGCTTTTTATACGCAGATTCAGATTAACAGCACCAGTC
AGAATGACTTCTTTTTCACCAAAATATATGATTTCTCATCTTGTGAGTAACATTCACCAC
CAGATAACTCTTCATATATTGTCAACGAAGTGAAGAAAACGGTACATTCGAACACAGAGA
AGGAGAAATTACAAAATACCAACTACTGCGAATAATCTGGATCTTTTTGTACCGCCGAGT
ACTACACCACGCAAAGAGCAGCCAAAGATGCCCCCGATAGTTCTCAACGCTATCCAGATG
TATAACTGTTAATATCTGTTATCCGGACAAGCTCTCCTCTGGGGAAAGGTTGAGTTAATG
CTTCAAGGGATAAGTGCTTCCATCGAATTTTGCAACAGCCTCGTTCGGCTTGGGCGTCTC
CAATCTCTCTGCTCTCTTCTTCTTTTCCCTGCCAAGAGAGTCCAAGTTAGCCCAGTCCAA
TTAATTGCAACAAAAGTCTTACAAGGTAAAACTGGTAGAAGAGATTACCTCTCGACGTAT
TCCTTAAGAAGTTCCTTGGCTTGAACCAATTTCGACAGTAAGTTGCGGTAAACGTCAAGG
TCTCTATCCACGCTTTTTTTATTGATGTTTAGAGCAGCGCAAAGCTATTGAGCAAGAAGA
AAAGTCAGTATCTATTGTTATATCAGCAAATAATGCCTAAGACTATACTCATTTTGCGCC
TTCTTGGCGTTTTTCTTCTAATACTAATAATTTTGGTGCGTGTTTGAGAAAATAAAACTG
CCCTCCATTTTAAAATCATCCAAAAACAATATAAATGCTATGTCTGATGTACTTCAGTGC
TTTTCAAGTATTACCCTTCATGCTACTGCTACTAAGTTCGCTGCTGGGCAGTACGAGAAA
AGTTAGGCAGCCCTGGTCCGAATTATTAAGCTAGCAGAGTTGTTCTTTTCTATGGTCATT
CAGAGACGAGTAAAGAGAGAAGAGGAAACACAAGAATGTAAATGGCATCTTAAGACAAAG
CAGAAATTGCACGCCATCAATTCGCATATATCTACTTGAAACACAAAATAGAGAAGTACG
GAGTCACAAGGTTGCCTTACTGTACTGGGTAGAAGAGCGTAGCATACCGGTGGAAAGTAG
AGGTTGAAAAATAAATCTAGCAGCAAGCCTAACGTCAATGGGTCTGCGGTCTGCCAATAG
AAAAATCTGAATGTGCACATAGAGGCACGCCACCAAGCAACTTGCGTCGAATGTGTTGAA
TTCTCTAATATGTTATTCCTATTTCAGCTCAAGAAAAACCAACCCCTTAACAATATTGGG
GATGGCCAGTACAGCAGGCAAGCTATGTAAATACAATAAGGTTAGCACTTCTATCTTTGC
AATGAAAGAACGCGATGGTGGTCCTAAAACACTTCTGGTTACTAAATAAATAAATATCAG
ATGCAAATCATCCCCTCAATTGGTTTACTCCCTCTGTTCCAAAATAGATGAAGTTTCAGA
TTTTGCAGTGTCTAGAGCAACGTTACTGTTTAATTTTTGTGTGCATATATAGTAATTAAT
TAGAAAAAAAAATGTGAAACTATTATTCATGACAAATTTGAAGGTACAATTGAACTCACT
CCCGTTTAAATTATAGATGTCTTTTTCGGCTGTTCACATTTTCTCAAAATATTTGTCCTC
CACTCCTACAGTTCTAATACTCCCTTCATCAATGCCATTGTGTTCCTACTTTGCTCTTCA
TCATTTTTTTAAAGCTAATTAATTAATTATTGTTTGCTTTCGGGAGGGAAAATAGGCAAT
TTAATGGTTTTGTAAAGAAGAGATGGGTGATATGGACAATTGACTCAGACTCTTTTTGTA
CCCAATTCTAGAAAAATATTATTCTTCAAAAAGAAAAATAGTCCGAAAAAATAATTCCTT
TCAAAATAAAAATTAGGAAACAAACAATAATGGGAAAAGGAAAAAACAATTGGGAAAAAA
GTAACAACTAGCAGGAAATGTGAAAACAAAATAATTAATGGCAAGAACAACCTTGTCCAG
TACGGTTGGCTCCGTCGCATTTGAGAGCTCAAGCAAACGGAACAAGCCAACAGCAAAGAA
CCGGCTGTAGCTGAAGTTTCCCTTACCCTGGGCCCTTTCTGATATATCTTTCAGAATGGA
CTCTATTTCCCCATCTCTGGAAGAAAATTCAACTAACAGATTACCATTTTGTGAGCGTGC
CCACTCTTCCATCCTTTGTGCATCAGCCCTAAACAGAGAAGTAAAAACTCTTAATATTTG
TTTGAAACAAAAAATTCTTACAGAGGAAAAACTTTTACTAATGCCAACAAAGCAAATGAA
CTAGTAACAAATAATACATGAGATTTTGGTGCCAAGGAAGCAGACTAACTAGTGACCCAA
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GCGCATAAGTTAATAAAACCTCTCTAAGAAAAAAAATAAGGGTTGTTTATAACATATTTA
AATGAGACGAGGGGTAATAGATATAACATTTACAGAAGAGAATTATAACAATCCCACGTG
TACCAATAGTTATGAAAATTAATTTGAGGATTCAGGATATGGATATGAAAAGAAAAATAC
AATCTAATATAAAGAAAAAGATGCTAACATGTCACTGGTTCAAAGCCATTTATATGAGTT
CTGTTATGCACCTGTATTGCTCAGGATCTTCATTTAACGCCGTTACATATGACTTGAAGA
TGGCATCCCTGTCCTCGTTGCTGGGGTACCCTTCCATAAGCTGGTCATAGACGGTGACAA
ATCCAAGAGCAAACACAGGATCATACTGATACGTACTTTTGTATCTCATCAGATGTTGCT
GCACCAAAAGTTCTTGTAGAACTGTACTGTAAATGCTTGGAATAGGACGTTTGTACGACT
TCAGGAAGTTCATCTTTGTATCTGCCACAGTAGGTGGAATATCTGCAAAAGATTCAGAGT
AAATGAAAAGTTCAGACAAAGATCCTTTATTTGGTTATACTTCACATGATTAAGCTTCTC
TTGTGTATATAATCACACGATTTCTTTTTATGTGCCTCTTATACACGTTCAAAACGCTTC
AGGCTGCGTCGTAGTTGCTACACGTTACCAAGCCCCAGCAGCACAAAAGTTGGACTAATA
CCATAATTCAACTAAACAAAAAATTCAGCCTCCCAACAATTGACCCTAAAATTTTCTTTG
CACAAGACATGTATAAATTAACAAATCCAATTAACAGTTGACCCTAAACTTTTCTTTGCA
CAGGCACAAATGGTGGATAAATTGAGGGATCTGTAGCAGAAACACCCTATTAACAGACTG
AAACCGTAATCATGAGTTCATCACACAAACCAATCCAAAAGCAACAATTATTAGGATTAA
AGAGTTTAGCAGCATGACCTCCCAGTCCTTGCAGCCCCATGTAGAGGCCTCGCCGGTTAA
CAGAAAATATCTAACCTTTGCTAGTAAACTGAAACCCCACAAAAGTTTTTATAAATCGGC
CTAAAATAAACAAGAAAAGCATTAGCTGCTGGCAAACTAATGGAGCCATAGACTGCATCA
GCAAGACGTTATTGAGACCATAAAAAGGCCCAGGTCGGTGCCTCAACCAAATGAGACCTC
ACCAGCTTAATAAACAAGTATCCAGTAAATTTAATAACAAGGTGTCACGCTAACTCAGAC
ACTGTAAACTTGCTCTGATGGTTCATTCTGCAACATAATTGCTACCAATTGGTTTAGTTG
AACCGTTCAGTGTCTTAGTTTGCATCGCTCGATTAGTTTCCAGTAGTGCTTTACATACTC
TCTCGATAGTACCATCCAGATTAAACCTGTAATTAAATGGAGGGAGGGCCTTTACCGTTA
ATATTCTATATCTAATTATCAGGAAATGAGACTGAATTTGAATCAGATGAGTAGCATAAG
GGGAAATAAGCATTTCTAATTGCAGGTTGTGAGGTTGATGCCATATTACCTCAAATTCAC
AACAGGAACTATAACTAGATGGTACAAAATGAGTTCAAAAGGTAATTGTCACAGAAAGAA
TCACAGGATAACCAGTGCCCGATGGTGTGAAAAATTGAACAATTAGATGCTAAATTCGTA
TAAGGCGTGCTGGCCCAAATGGTAACAAAGTATATGGTTACTCAAAGCTTCAGAGTTCAG
GACGCCCGGCACCCCACTCAAAGAAAACGAGGGTTTGGGATGGGAGCAGGGATGGAACAG
GGTGTCATATTACCCCGCTGAAACTCACTAGCCTGCAGCTCAGCGGCAGCGTGCATCAGC
TTGTACCAAGTACGATGCCGTCGGTCGCTGCAGCAGCGCATCGGCGCTGCCTAGTTCGAG
TGGCGCCCCAGCGCCAGCTGGATGCAGAGGGGTGGTGGACTACGGCGTCTGCCAGGCCAC
AAGCAGCAATACGAGAGGCAGAGCGCGAGCGAACTCACCACCGGCAGTGATGACGCAGCG
CACCACCGAACGTGAGCCCCGCCGAGCCCTCGCGTTGAGCATGACGCCACCGGAGACGCT
CACCGCGGCAGTCGCCGTCGACGGCCTCCAGTCGGCCGCTCGGCGCAGTGCAGCGAACGG
AAGCGACGATATGGCCGCCATGGGAGAGTCCTCGGGCTGCTACCGGCTCTCGCACTGGAT
ACGGCGGCGGATGGTCGACACCGCCGGTGAGGGCAAAAGGGTAATTGACAGGGGCAGGTG
CGAGGAAAGGCTATTGCTCGTCTGGGAAGGGAGGGATGCGATCTTTCTTATCCAGTAGGC
GAACAAAGGCTTCCTGGCCACCAGACGTTGCCACATGGGATGGCATTCTTTTGATCGCGA
AATATCCCTTGTTTCCGAGGACGGTTTTTGCTGAAATTTCATGGGCGTCGGAGGTTGGAT
TTGCTTCGGGTTCTGCAATTACGAGTTCTGGAACGGCGTTTTGATGGATTAGTCGAGACT
TCAGCAGCTAATGTCCATCCAAGTGTTTTGGAATGTTGTTACTAGTTCTTTGTGTACACG
CAACAAAAGCATGTTGATTCAGCTGACGACTAAAAAGGAAGAACAGGCTGAGGTAGACTT
TGTCTAGATTGTTTTTGTACAGCTGATTAAATTTCTGTTTTAATTTTGCATTCTTATTTC
TCATGAAAGTCAAAACAGCCCCTATGTATGGGTGTCGGTATCAAAAAAATTGAGTTACAG
TTTGATAAAAAAAAAATCTTTGCTATCCGTAAATTTACAAATTTTAGTCTCAAGATCCAA
GGGCTTACATTTTTAAATTGATATTACCCTCTAGTTAATTCTACTTCAATTACCTTTTAA
TTACTCTAAATTTTAAGTGTTATACATTTTAATTGTGAATTATGACTCATCTAGTATACG
CATGGTAACATTTTTATGAGCCACTAAGGCCACCGTATTCTCC
