Map Locations of contig_49664 (10658 bp)

Morex x Barke POPSEQ 2013Oregon Wolfe POPSEQ 2013Morex Genome Release 2012




Predicted Genes from contig_49664

Gene ID# CDS PredictedMax CDS LengthProbes in ClusterFPKM by TreatmentFPKM by ReplicateTop Rice Hit
MLOC_65040 1 1917 bp MLOC_65040.1 Available Available LOC_Os06g02780.1, FRAME:+3, EVALUE:7e-157, 13106.m00210 protein aspartic protease, putative, expressed





CDS Structure of MLOC_65040






Contig Sequence (10658 bp)

>contig_49664 10658 assembly3_WGSMorex_rbca.fasta
CGGGGGCTAAGTGAAGGGCGGCGGCGGCGCACTGGTTTCGCCCGAGTCGCCCCCGCCTGG
AGAGCGACGCAAGGGGAGCGTTGGTTATTGGGATGACAGACATGACTGTTTTTTTTATGC
AGAATGTATATACTTTATAAGGGCTATACTTATGATGGGGGTAAAGATGACAGATGGATA
AACACCAACGAAAAAATAGCGTGCTACGAGAAAATAGTGTGGCCCTTAAAATACACTATT
AGCATGCTATATTGCTCCATAGGGTGGTATTAGCTAGACATTGTACATCGACTTATTGAG
CGAAACATTGCAAATGAACGCTATAGGGTGCTATTAACGATGCTATAGCACGTTTCTTTT
TTCAATGATAAAACCCCCCTTCTAATTTCTCCACATAATGCTCATGTTTATGTGTGCAGA
GACGTTGTACTGAATGGAGGCATTATCGTCAGTTTTTTTGTGCGGTGCAGAGTGCACTCT
CCTAGCCCTAGCTACGAGCCTCACTGCTTCTCTTTTAAATTTTAGATTCACCGCAAGTGC
AATGGGCAGCGATGAAAGCCATTTGTACTGACTGTATCCAAGATGCTTGAAATGCCACTG
ACGATCACTTTTAGTGGTCCAACGGAAATATAATTCCCCTGTAGCGCGACACATAAATTG
GGATATTAGACACTGAAATATAATATTCTTTAAAAGGGCTGTACCTATGTTGGGAAAGAG
GACAGATGGATAAGCATCACCCTTCTGATTTCTCCACATAATGCTCATGATTATGTGTGC
GGAGACTTTGCACTGAATGGAGGCATTGCCGTCAGATCTTTTTGTGCGGTGCAGAGTGCC
ATTGAAATTGAGCTACCTCACGGTTGTGACATTTCAATGGCACTGAACAAAACACTTTCA
AAAAGATATTTTCTGCTGATCACTAAAATATCACAATACAAACATAAAATATGTCTCCCT
ATTTGCACAAAATCAGAACATTTCGTTCAGCCTATCGATAACGACATGAGGGCACAGTGA
CTCTAGATCTGGAGAAGAGGAGCTCGAAATGGGATCCCACGTACCAAAGCATGCACAGCA
AAAAAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAGAGCCGTATCAGATGCCGATCGCAAAGCCGC
ATACTAAAGTCTAGAAGAAGCGAAAAAAGTCAGACTGGACCAGCCCATGCATATAGCATA
ACAAAAGCATTTCACCTTGTATAAAAGCTGGCCATGCATATATGCGTGCTGCTACCAACG
TACTGTGTAACTGTGGCCCCAAACCTTGGAGTTATATCATTGCATGCACCCAGACTGTCT
AGAGGCAAAATCAGCACTGCTCCCTCCATCCATATAATGGGCCTAATGCGTTTTTCGAGA
GTAACTTTGACCACGTGTTAGAGCAAATAATATATGACATCCAAATTACACAAAACATAC
CATCAAATTCATACGTGAAAGGAGCTTCCGATGATATAATTTTTATATTATACATTTCAT
ATAATATTAATCTTATCAATAGTCAAACATAGTATAGGAAATGCATTAGGCCCTATATAT
ATGAATGGAGGGAGTATGTTAGATGTACTATTCATTCCATATTATCATGGACAATTTGTT
TTTATGCTCAGATTTTTTATGGGGAGTTTTCGGCTGTCAATGTTTTATGAGTAGGTCACA
TGTTAAGTTTGTTCAAAAAAAAATTCAAAGATTATTGACTTTGTACCGAATTACTAATTT
TATTTCTGCCAGAAAATAGTTTATGCGGTTCATCTACAACTAAGTGTATCCTGGTATTTC
TAGATAATCGGCGTTTCATGACCAGCTCAACCTATGTAACACACACACATAGAAAAGAGA
CATATTTATCAATACAATCCACCTTGTAGTAAAGGGAAATCATTTAGTAGATGGAAGGCC
AGCAAGCAAACCAACATGTGGTTGGATGGTTACGAGGACAATGGTATCCTCGGTCCACCA
GGGTTTAAGTCCTAGACTTGACGCGGGTGCTTGTATTTTTTCTGGATTTATTTAAGGCCT
TCTGGCGATGTGCTTTTAGTGAGAGGAGATGTTTCAGTAGACTAAGAAGGTGTATGTGGC
AACTTCGTCGCTCTCAAAATGATGTGACGGCTCAGTCTTTTGATGGTACTTATAAGGATA
GGATGTGTGTATGCGCGTTCATAGGGATTAGTACATTTGTGTATGTTTGAGTGTCTGCAT
CTATACTTTGTTCAAAAAAAGGAAGGGCAGCAAGCTGGGAATAAGATGATTTACGTTCGA
TTGCCATTTTCTCTTTTATCATATGCCGTTTTATGATCTCCCTAGCTTACTCTTAGCATT
TCACCTTATATACTGACCGTGGCAAAATCCATAGAAGGAACCTATGGATATCTATACCTG
ATGCCTATATGCAACTATGCCATGTATAATCATACTCATAAAATTCCAATTTAATGATAG
ACAAATTTGTTCACCATGCCATGTTATCTATCATTGGAGGGATGCCACTAGTGTAACTAT
GGATCCTAGTTTGTCTATTCATCCCTATTGATTTAAACCTTGATCAAATTCTTTTATAAC
ATTTTGTTTCTTTTATTACATTCATTATTTCCAAACACAAGTTGCATTAATCCGTGTAAC
TCACAAAAGGCTAATAAGACTAACAATCTTACTAGTTTTTGTTGTGGATCTGAGGCAAAT
TCTGTATTTATGTGTGCAGGTATTGATCATTGGTTGCACTTCAAAGCGCCTACTAGTTCG
ATAAACCTTAAGGTCTCCACTTAAGGCAAATTGTTTTTTACATGTAATTAAGGCAAATTG
TTGCTTGCTACAAACCTTTGTACTTAGTGGAAGCGCGTACCCGCGAGAGGAGGGTATTCA
CCCATGTGCGGCGGAGGTTGGGGGTGATCGTCCAGAGAATGTTGTTGATGAAATCCAACG
GTGCGGAGGTGGACTCGAGGTGCCGGTACACCCGAATACCCTAGCGACGAGTGAGCGCAT
CCAATTTACCAAAAACATCCTTGGTCATACAAAAGTTTTTTTACCAAAGAGGGCGAAAGC
AATGTGTACATGGCCTATTGCTAAGGTGTCTTCCATATTGGGTGAACAGACCCTATCTAA
GTATCTATGATACGGTCATGCACCTGCACATGCATACTATAGATGACCAAAGTATAGATC
TAGCCATCCAGTAGGCAGTCGTATATGAAGGACCTACAAACTACGTGATACTTATGCAAA
TTATCATCAGTAAAAACAACCGTCTTAAAGAAAGTCCAGATGGGACAGACGAGCATATAT
CTCGCGGTAACTTTGTGTTAGTGGTCCGCCCTGCCATTATTTCGTAAGCCGTGGAAGTCA
ATATGCAAAATTGTTCACCATGCCATGTTATCCTTCATTGGAGGGATGCCACCAGTGAAA
CTATGGATCCTCGTCTATTCATCCCTACTAATATAAACGTTGATCGAATGCTTTTACTAA
TCTTTGTTTCTGTTATTAAATTCAATATTTTGAAACACAAGTTGCATTAATCCTTGTAAC
TCGCAAAAGGCCAATAGGACTAAGAAACCTACTGGTTTTGTTGTGCGCCGAGGCAAGTTC
TATATTTGTGTGTGCAGGTACTGATCTTTGGTTGAAGTTCAAAGCTCTTACGGGTTCGAT
AAACCATAAGGTCTCCACTTAATCCAAATTGTTTTTCTAGCAGCACTTCAGGAAAATTGT
TGCTTGCTACAAACCTCTACACTTGGTGGCGGGCATGTGTATATTAGAGGAAGCACCTAC
GCGCGAGAGGAGGGTGTTGACTCATGCACGGCGGGGATTGGGGGGTGGTCGTCTAGCGGA
TGTTGTTGATCAAATCCGACGGTGCGGAGGTGGGCCGGTCGAGGCTCCGGTGTGCACTGC
CTAACCCTAGCGATGAGTGCGCGCTTTCAATTTATCATAAGCATCCATAGTCTTACAAAA
GTTTGGTACCAGAAAGGGATAAAGCATTGTGCACATGGCCTATTGCTAAGGTGTCTTCCA
TATTGGGTGAACAGACTCTGATACGGTAATGCACCTGCACATGCATCCTTGCTTTTTTCG
ACAAAAGATGGATTTTATTCGGTTAAAGTGAAGCATCAAGAGGACACAAACATAATGAAC
ACACACCCGACCTCTATATAGGTAGGATGCATATATAACATGCATCCTAGCTTAACAATG
TACGTATAGATCAAATACGTAATACTTATGGAAATTATCATTAGTAAAAACAACCATGTA
CAAGAAAGTCCATATAGACAGACGAGCATATATCTCGCGATAACTTTGTGTTAGTGGTCC
GGCACACCATTATTTCGTAAGCCGTGGGATGTTCTAGGCTCCAAGACCACCCTATCGTAT
TTGTGTATATAATAGGACCTTGCAGTGTGTAAGAGTAAGAGGAAGCATCGACCATCACAC
ATAAGTCACCATGGCTCCCCTTGTGCCATTATTGCTGCTGCTTCTCTTGTCTAGCTTCTG
TAGTACATCGTCGTCTCTCGACCTTGTCCATGGAGCAGCCAGCGTCGAGGAGGAGCTCAG
CAACTACGTCGTCGTGGAAACTAGCTCGCTCGAGCCAAGCCCCGTATGCCAAGGCCACAG
GGGTACGTGTTGTGTACGTACCTACGTACCGTGGCTTACCATATAGAGTAGGACGATGAC
AAAAACATTTGTAAATTGATGATGAATGTTTGTGATGCATACATGTAGTGAGCCCACCGG
CCAGCAGCAACCTTACCGGCGGCGGCTGGGTGCCGCTGAGCCGTCCTCATGGCCCATGCT
CCTCGGCGGGTGACAGGGCGGCGCCGCCGTCCTCCGTTGCTGAGACGCTCCGGTGGGACG
AGCACCGTGTCAGCTACATCCAAAGGAAGCTCTCGGGCGCGCCCCTCGAGACACCCCAGT
CTGACCAGACGGATACCCAGCCCGCCTCGCCCTTCGGAATTGGAGGACCAAAGGTGAAAT
CAAACACGTTACATACAATGCCTTCTAATTAAAAGAATCCAAGCAGTTGTTTCAGTCAAA
TGTGGATCATGAAATTCGAGCGTAACATCAAACCAATGCAGGGGACGTCCGACGTTTCTC
CGGCGGCCACCGGCGGCGGGGGGAAGCTGCCTGGAGTGACCCAACACATGCTGCTCGACA
CGGCCAGCGACGTGCCGTGGGTACAGTGCGCGCCCTGCCCACAGCCGCAGTGCTACCGAC
AGACGGACGTCACCTACGACCCAAGCAAGTCCGGCACCTATGCCCCCTTCCCCTGCAGCT
CCTCCGTCTGCCGCCAGCTCGGACCCTACGCCAATGGCTGCACCGGCGCAGGCAACACCG
GCCAGTGCCAGTACCGCGTCCAGTACCCCGACGGATCATCCACCTCCGGCACCTACATCT
CCGACGTGCTCACCATCAACCCCACCCCCGCCGGCACCGTCGGCAGCTTCCGCTTCGGGT
GCAGCCACGCCGTGCAGCGCCCCGACCTCTTCAGCAACACCACCGCCGGAATCATGTCTC
TCGGCCGGGGCGCGCAGTCGCTGTCCTCCCAGACAAAGGGAACCTACGGCAACGCCTTCT
CCTACTGCGTCCCGCCGACGACGAGCCACAACGGCTTCTTCATCCTCGGCGTGCCGAGAA
TCGACGCCTCCAGATACCTGCTCACGCCGATGCTCAAGAGCAAGATGGCCCCCTCGCTCT
ACCTCGTCCGCCTGCAGGCCATCATCGTCGCGGGTCAGCCGCTCGCCGTGCCACCGATGG
TCTTCGCCGCCGGCGCCGTGATGGACTCCCGCACCGTCATCACGCGCCTCCAGCCAACGG
CGTACCGTGCTCTGCGCGCCGCGTTCAGGGCCCAGATGGGCGCGTACCGCGTCGCCCCAT
CCACGGGCCAGCTGGACACCTGCTACGACTTCACCGGCGTCCAAAACGTGAGGCTGCCCA
AGATCTCGCTTGTGTTCTACAGCCGGCGCAACGGCGGCGCTGCCGTGGAGCTTGACCCGT
CGGGGGTGCTGTTCAACAGCTGCCTCGCGTTCGCGTCCACCGGCGGCGGCGACGGTTCCA
CCGGTATCATCGGCCACGTCCAGCAGCGGACTATCGAGGTGCTATACAACGTAGGCGGCA
GTGCCGTCGGGTTCCGCCGTCGCGCGTGCTGAGCACCTATTACCGTTTGAGCTCTTGGGG
CATATCTATCGGGCCTTTAACCTATGGCCGTCAAAATAAGCCCGTTTGATTAGTGTTCTG
CATGCTGTATCTCCCTTTACATGTAATTTGTGTGTGATTTATCGATTGTAAAAGCTTATT
GTATGAAATGAAACTTAAGGTTTATTTTTATTTTTCGGTGAGGAAAGTTTAAAATTTGTA
TCTGATAAGTGTCACATGGGTGACATGAATACATACCAACTCCTAACGTTTTTTATGGCA
GCATGACAACTTTTTTTTCAAATGGCAAGTATCAGTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTT
CAAATATCAACTATAATTGTAAATAGAGTGCTTCATGTCACACGTGTGGCATATATCATT
TGGATAATATTTGTTTACCAGACTATTTAGTCCTTGTTCGAGTTGCAGGCTATGATGATC
CTGAAATGATCAAGAATTCTTCACCATATATGAACCATTATAAAATAATCAAAATCATTA
TGCATAATTTTACTGTTTTACATATTCTTAATCGTACGTCCATTCAAGTTAGCTGTCATA
CTTCCTCCATCATAGTTTATAAGGCGTGCACGTGTACCTAGATCGTCAATTTGACTTATA
TANNNNNNNNTGTTTAACATAAAAATTATATCATTGTTTTTTTTTCTTTTGCAAGTAAAT
ATGCATCGATCAAATTGCAAGCTAAATTCAACTTTTATATGTAATTAGAGTGACAACAAA
ATGGTGTGTAAACTATGACAATTACATAGAAAATATTGATGACTCATTGTAATGCATAGA
AAATTTCCTAGTAATAGGTAAAAATAAGTCCTAACTCACCATATGGGATGTTGCCCCATC
TGCCCGAGGCAAAAATACTGATACTCTCGGCTATGTTTTTTGAAGTTACTCATAAGTATG
TACGAACGTTCATCCCAAAAAAAAAAAGTATGTACGAACGTTCGCGTTTTTACTGTGTAA
AAAGAAAACCGTGTCGTGTTTGAACCACTCAGGAAAGAGAGGCTTGGCATCGTGTTGCTT
TGAGTGCCATACGTAACCCACATCGTCGCCCCATCCAAGGGCCAGCTGGACACCTGCTAC
GACTTCACCGGCGTCCGCAACGTGAGGCTGCCCAAGATCTCGCTTGTGTTCTATAGCCGG
AGCAATGGCGGCGCTGCCGTGGAGCTTGACCCGTCGGGGGTGCTGTTCAACAGCTGCCTC
GCGTTTGCGTCCACCAGCGGTGGCGATGGATCCACCGGTATCATCGGCCACGTCCAGCAG
CGGACCATCGAGGTTTGCATGTTTATTGTTTTACATATTCGGCGGACCATCGAGGTGCTA
TACAACGTCGGCGGCAGCGCCGTCGGGTTCCGCCGTCGCGCGTGCTGAGCAGCTATCAGT
CTATCACCGTTTGAGCTCTTGGGGCATGTCTATAGGGCCTTTAACCTATGGCCGATAAAA
TAAGCCCGTTTGATTAGTGTTTTGCATGCTGTATCTCCCTTTACATGTATTTTGTGTGTG
ATTTATTGATTGTAAAAGCTTATTGTATGAAATGATGCTTAAGATCTATTTTTCTATTTT
GGCAGGGAAATCAAAAGCTTATTGTGTGAAATGAGCTTATTGTTTGTGGTTTATTGATTG
TAAAAGCTTATTGTGTGAAATGATGCTTAAGGTTTATTTTTATTTTCTGCCGGGTAAAGA
TCAAAATTTGGATCTGATTAGTGTCATAAGTGTGGCACAAGCACATGACAACTACTCCCT
CCGTTCCTAAANNNNNGTCTTTTAAGAGGTTTCACTAAAAGGACTACGTACGGATGTATA
TAGACATGCTTTAGAGTATAGATTTATCCATTTTGCTCCGTATGTAGCCCTCTAGTGAAA
TCTCTAAAAAAGACTTATATTTAAAAACGAAGGGAGTTCATATGTTTTTATGTCAGGTTT
AGTGACGTGAGGATGACAAGTTTCTTTTCAGGTGGCAAGTTTCGTTTTTCCTTTTTATGA
TTTTTTTCCCGGATGACAACTTTAGTTTAAAAGGTCAGGACGGGAGTGCTTTGTGACACA
GGTATGACACTTATCATTTCGATAAGATTTATTTACCAGACTATTTAGTCCTTATTCAAG
TTGTAGGCTGTGATGATTCTGAAATGCTCAAGTATTTTGCACCATATACGACCCGCTATA
AAATAATCACAATCAGTTTGCATGTTTACTGTTTTACATATTCTTAACTGGATATCCATT
CAAATCGAAGCACAGGTTATCCTGAGCTGTCACACTATTTGTTGTGATGAAACCAGCCCA
CCCGAATTCATGTTTTGTACTTGGCATAGCTGCTCATATTTAGGAATCGGTGGACTTAGT
TGTGACTGTCTGCGGGTATACTAGCCCTGCAATATACATCCAAAGGAGGATTGATAATAC
AACGTACCATTCCCAGACCTAAAGGAAGTGATAGTTACTAGACCATATTCAATTTTGAGC
AATGAGCATTTCTATTTGCTTTGCAAAATAAATCTTACAAATGTGGAGGTGGTCACGATC
AAAATGAACTAGTACGTAGCGGTCTTGTAGAATCTTTAAATATGAATATGATTTCAGTTT
ATCTTACATTATCGTGCTCGAAAAATTAGTTCCTCTCCACGCTGGTACCTATGCACGCAT
CTTTCATCCTTACACACCCTCTATCCCATGCGTGCAAGCACCCATAGGTTGCAGAGAGCC
AACATGGTTTAGGCAGATAACATTGCATGATAAATTGTTTTGCATTCAAGCTTCCTACCT
ATTGTCAGAAGAGAGGAAAATCTTTCCCAGGAAAGAAATGTGAACTATCCTATATCTTGG
AGTTGACCGCAGTAGCAGCGCGAAGCCACACTAAACATGAAAGCTAAGCATGTGACCATA
TCTATAGAGGTCAGGGGCAACAAACAGAGTGGACAAGCAATTGATCACATTAGCATAGGT
TAGGACTTGGGAGAAGCAAACTAGAGTAGATGACTTGCGGTTCAAGCCACGTATGACATG
GTAGCAAAGCAATCGATTACATTAATAGAGGTTAATCGCAATAAGGGTGAGTAAACGGCG
ATATGAAAAAAATGCCAGAAATTAACCGAGCAAGATAACACAGCAGAGGTTAGAGAAACA
ATGGTTAGTAAATTGCGATAGAAAAAACACCGGCATGTAGCCGAGCCAACTATATAACAC
ATTAGAGGTTACCCCAACAAGGTGGAGTGGACATTTGAAACGATGTTGGACACGGTAGCT
GGGCAAGGGATTGCACTAGTAGCTGTGTATAAATCAGATCTTCCATTCAAAATTATTGTT
GCAAAGTAAAATCATTGTTTTCTTTTGCAAGCTAACAGATATCGGTCAAACTGCACTCTA
AATATTTATGATGCGTTGTAATGCAAAGAAAAAAAATCCTAGTAATACATCAAAAACTTA
TTATACCCTAGCTAACCACATGGGATCTTGCCCCATTCGCACGAGGCAAAAATCCTGATA
GTTGAAAGACTGTGTCGGTGGCTTAAACTGATGGTCACATTTTTCAGATTTATTTCATGT
TATTCGATGATGTGACTTCTCTGAAAGAAAAAAGTTCTCGTCGACTATAAAGAAGTCTGT
GATGACTTCTTTTATTTTAAAATAATATGTTTGTTCAATTTGTTAGAGGTGTTCATAGGG
ATAGAATGTGCGTGTGTGCGGCTATAAAAATGAGTTTACGTGTATATGTATGAATTTTTG
CGTCTATACCGTGTTAAAAAAAAATACCATGCAGTACCGACCGGGTCGTTTGGCATCGTG
TTGCTTTGCGTGCCCTATCCACATCTGATTCGCGCTGCCTCCGCTTTCGTTTTTTGCTTT
GCCGGTATGCAAAAGGGCACATGTGCTCGTTTATCTGGTGCACAAAGGGCGCATGAAACG
TATTATAATACTTGGCAGCCAAGACAGATCCTCTCTTTCCACTGTGGATAAATAGATCGA
TGCTTTAGAAAGGAAGGAGCATGTCGATGCTTCATGATTAAGGTGATAATTTCGTCTCCA
GGATTCGATCTCGGTTTGGTGGTGCCACCTGCTAGATGCTTTGAAGAAAGCCTGTTGCAC
AACAAAACATACAGGTCATACAAAAATAAAGATACAATTGGTGCACAACCTATCCGTTAA
CCGGATAGAATGATTGTACTCTTTTTTGCCAATCTTGCCTAGAAATGGAATTGACTGATG
TATTTTTCTCAGTTACTCAATATATTTCCTTGTACATTATATATTAATAGGAAATAACGG
TAGATTCATGTGAGGGTAAAAAAAACATAGACGAGAACGTATGGATTAGGATTACTAGCA
AAAGGGTCCGTGTGTTGCAACAGAACAAAAAAAATACCATACGTTTTTAATCNNNNNNNN
NNNNNNNNNNTTTATTAAAATAATAAGCTAACTAATGTAGTCAGTTCTATCCTATTTTGT
TGAGAAATCAACCCGTTCATTGTTAATTCCACCATGAT